Das Differenzbereinigungsverfahren zu den Nachmeldungen zum Nachtrag I zum Voranschlag 2020 dauerte zwar einige Runden, wurde jedoch in nur zwei Tagen der ausserordentlichen Session zur Bewältigung der Corona-Krise abgewickelt. Entsprechen sei man als Mitglied einer Finanzkommission «eigentlich von einer Sitzung an die nächste» gegangen, wie Ursula Schneider Schüttel (sp, NR) erklärte und die zu kurze Behandlungszeit monierte. Noch offen waren bei der Differenzbereinigung die Kredite für die Institutionen der Kinderbetreuung, für den Tourismus, für die Geschäftsmieten sowie die Rahmenbedingungen für die Flugverkehrsunternehmen und die flugnahen Betriebe. Zu den ersten drei Punkten redete Finanzminister Maurer dem Parlament zu Beginn der Differenzbereinigung ins Gewissen: Das Legiferieren aufgrund von Notrecht sei nur bei Gefahr oder Eintreten einer schweren Störung der öffentlichen Ordnung oder bei Gefährdung der inneren oder äusseren Sicherheit möglich. Dies sei jedoch bei den noch offenen Fragen zur Kinderbetreuung, zum Tourismus und zum Wohnungswesen nicht der Fall. Entsprechend habe man keine Berechtigung, hier einen Kredit zu sprechen. Dieser Appell stiess beim Parlament jedoch mehrheitlich auf taube Ohren.
Bezüglich des Kredits für die Institutionen zur Kinderbetreuung betonte etwa Céline Widmer (sp, ZH), die nationalrätliche Kommissionssprecherin, die Notwendigkeit der Bundesunterstützung aufgrund der aktuellen Notlage. Zahlreiche Sprechende betonten denn auch die soziale und wirtschaftliche Bedeutung von Krippen und hoben hervor, dass das Kinderbetreuungsnetz langwierig und teuer aufgebaut worden sei und nun Gefahr laufe, zusammenzubrechen. Zu glauben, dass die Gemeinden und Kantone diese Zahlungen leisten könnten, sei illusorisch, erklärte etwa Minderheitssprecher Christian Dandrès (sp, GE). Auch die Kommissionsmehrheit sah einen Beitrag vor: Insgesamt liege der geschätzte Finanzbedarf bei CHF 200 Mio., davon solle der Bund wie vom Ständerat vorgeschlagen einen Drittel, die Kantone zwei Drittel übernehmen, erklärte Kommissionssprecherin Widmer. Zwar beantragten zwei Minderheiten, bei CHF 100 Mio. zu bleiben respektive gar kein Geld zu sprechen, die Ratsmehrheit entschied sich jedoch, dem Ständerat beizupflichten und diese Differenz zu bereinigen.
Als nächstes galt es, die Bedingungen der Kreditverwendung für die Flugverkehrsunternehmen und flugnahen Betriebe zu bereinigen. Auch hier willigte der Nationalrat in die Formulierung des Ständerates ein: Statt Umschulungsplänen für den Fall eines Stellenabbaus zu erarbeiten, sollten die entsprechenden Unternehmen dazu verpflichtet werden, bei einem allfälligen Personalabbau sozialverträgliche Lösungen zu finden. Umstrittener war die Frage, ob die Flugverkehrsunternehmen verpflichtet werden sollten, den Reisebüros die ausgefallenen Flüge zu bezahlen. Löste dies bei der Mehrheit des Ständerates anfänglich aufgrund der Ungleichbehandlung von Reisebüros und Privaten noch Kopfschütteln aus, liess sie sich in der Folge vom Argument überzeugen, dass Umbuchungen, Gutscheine und Rückzahlungen bis April 2021 zwar für Private eine Möglichkeit seien, nicht aber für die Reisebüros, welche den Kunden ihrerseits ab Anfang Oktober das Geld zurückerstatten müssten. Für diese sei eben eine Rückzahlung existenziell. Stillschweigend willigte der Ständerat folglich in diese Bedingung zur Kreditverwendung ein.
Länger dauerten die Debatten zu den Geschäftsmieten und zum Tourismus.
Die Diskussion um den Kredit zu den Geschäftsmieten lehnte sich eng an die Diskussion um das Gesetz und somit die Formalitäten zum Erlass der Geschäftsmieten an. Die CHF 50 Mio., welche der Ständerat anfangs beantragt hatte, entsprachen denn auch dem Betrag, der gemäss des Konzepts der WAK-SR nötig wäre. Da der Vorschlag der WAK-NR lediglich eine Aufteilung zwischen Mietenden und Vermietenden, ohne Beteiligung des Bundes vorsah, und der Nationalrat diesen gegenüber dem ständerätlichen Vorschlag bevorzugte, lehnte die grosse Kammer einen entsprechenden Bundeskredit ab. Eine Minderheit Friedl (sp, SG) zog jedoch in Betracht, CHF 20 Mio. für einen Härtefallfonds, den es auch im nationalrätlichen Konzept brauche, einzustellen, erzielte mit diesem Vorschlag jedoch keine Mehrheit. Es fehle die Gesetzesgrundlage für einen entsprechenden Kredit, zumal man sich bezüglich des Gesetzes nicht habe einigen können, betonten dessen Gegnerinnen und Gegner. Ähnlich verlief anschliessend auch die Debatte im Ständerat, auch hier sprach sich die Kommissionsmehrheit dagegen aus, einen Betrag zu sprechen, ohne dass die gesetzliche Grundlage vorliege. In der Zwischenzeit hatte die WAK-SR ein neues, auf dem Vorschlag ihrer Schwesterkommission beruhendes Konzept erarbeitet, das ebenfalls einen Härtefallfonds beinhaltete. Um diesen zu finanzieren, schlug auch im Ständerat eine Minderheit einen Kredit über CHF 20 Mio. vor – hier jedoch mit 21 zu 20 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) erfolgreich, wenn auch äusserst knapp. Die Argumentation der Minderheit lautete, dass das Geld mit diesem Kredit bereit wäre, falls die Räte eine Übereinkunft bezüglich des Gesetzes treffen würden, und ansonsten eh nicht verwendet werden könnte. Nachdem sich der Nationalrat jedoch von dieser Argumentation nicht hatte überzeugen lassen und auf einer Streichung des entsprechenden Kredits beharrt hatte, willigte der Ständerat ein: Ohne Gesetzesgrundlage gebe es auch keinen Kredit; man habe ja in der Sommersession erneut eine Möglichkeit, diesbezüglich eine Gesetzesgrundlage zu erarbeiten, war aus der kleinen Kammer zu vernehmen.
Somit verblieb noch der kombinierte Kredit für den Tourismus. Hier hatte sich der Nationalrat mit den CHF 40 Mio. für die Werbekampagne für den Schweizer Tourismus für die nächsten drei Jahre abgefunden, wollte diese aber nur unter der Bedingung genehmigen, dass dieser Tourismuskredit für dreifach nachhaltige – ökologische, sozial gerechte und wirtschaftlich sorgsame – Förderprogramme eingesetzt würde. Die wegfallenden Tourismusabgaben in der Höhe von CHF 27 Mio. wollte er hingegen nicht finanzieren – diese hätte der Bund anstelle der privaten Beitragszahlenden, darunter die UBS, die Zürcher Kantonalbank und Red Bull, übernehmen sollen, wie Bundesrat Maurer eine Erklärung des SECO wiedergab. Letzteres sei ebenfalls der Meinung, es brauche keinen zusätzlichen Kredite, ergänzte der Finanzminister. Man wolle nicht die Beiträge von Privaten übernehmen, zudem würde das Geld nicht den Geschädigten zugutekommen, befürchtete die grosse Kammer. Der Ständerat präzisierte die Ausgangslage der Tourismusabgaben: Normalerweise würde dieser Betrag durch rund 1200 Partner aus dem Tourismusbereich – CHF 22 Mio. stammten dabei von lokalen Akteuren, CHF 5 Mio. von grossen Sponsoren – finanziert und vor allem kleineren und regionalen Partnern zugute kommen. Der Ständerat hielt somit vorerst am höheren Betrag von CHF 67 Mio. fest, gab jedoch kurz vor der Einigungskonferenz nach, nachdem der Nationalrat einen Kompromissvorschlag einer Minderheit Matter (glp, GE) über CHF 53.5 Mio., bei dem der Bund entsprechend nur die Hälfte der Tourismusabgabe hätte übernehmen sollen, abgelehnt hatte. Kommissionspräsident Hegglin (cvp, ZG) verwies jedoch darauf, dass man hier unter der Bedingung einlenke, dass der Bundesrat die CHF 40 Mio je hälftig den regionalen Tourismusorganisationen und Schweiz Tourismus zukommen lasse. Beat Rieder (cvp, VS) ergänzte, dass damit bei Schweizerinnen und Schweizern Werbung für Ferien in der Schweiz gemacht und nicht international für Ferien in der Schweiz geworben werden solle. Schliesslich willigte der Ständerat auch in die Bedingung ein, dass der Kredit für die Förderung eines nachhaltigen Tourismus eingesetzt werden solle, auch wenn gemäss Hegglin die «Zuständigen des SECO» die Folgen dieser Bedingung nicht genau hätten abschätzen können.
Insgesamt folgte das Parlament somit nur bei den Geschäftsmieten dem Aufruf des Finanzministers sowie einer Minderheit Schwander (svp, SZ) und verzichtete auf weitere Kredite im Rahmen des Notrechts, entschied sich bei den übrigen zwei Fragen aber immerhin für des Finanzministers zweitliebste Option: die günstigere.

«Historischer Kompromiss» (Hannes Germann; svp, SH), «gelebte Solidarität» (Werner Hösli; svp, GL), «Garant für einen funktionierenden Föderalismus und auch für den nationalen Zusammenhalt» (Peter Hegglin; cvp, ZG). Mit diesen, grossen Enthusiasmus demonstrierenden Worten begann die Debatte zum Bundesgesetz über den Finanz- und Lastenausgleich (FiLaG) in der Wintersession 2018 im Ständerat. Auch die FK-SR hatte zuvor in ihrer Medienmitteilung vom Oktober 2018 betont, die Vorlage sei «ausgewogen» und trage den Interessen der Geber- und Nehmerkantone sowie des Bundes Rechnung. Entsprechend eindeutig nahm sie diese mit 10 zu 0 Stimmen bei 2 Enthaltungen an. Ganz so einhellig wie es zu Beginn der Debatte den Anschein machte, war die Stimmung im Rat dann aber doch nicht. Raphaël Comte (fdp, NE) kritisierte die allgemeine Haltung, den Antrag der KdK als heiligen Text und somit als unabänderlich darzustellen. Der Bundesrat hatte dem Parlament nämlich eine im Vergleich zum Vernehmlassungsentwurf unveränderte Version vorgelegt, obwohl eine Minderheit der Kantone Vorbehalte angemeldet hatte – darunter auch Neuenburg – oder den Entwurf als Ganzes gar ablehnte. Beat Rieder (cvp, VS) ergänzte diese Kritik durch die Sicht eines Vertreters eines der beiden Kantone, die sich in der Vernehmlassung gegen die Vorlage ausgesprochen hatten: Die Reduktion der Finanzierung des Fonds um CHF 400 Mio. komme einer Schwächung des Finanzausgleichs gleich, zudem seien die Auswirkungen der Revision einseitig zulasten der Nehmerkantone verteilt, bemängelte er. Denn während die Geberkantone dadurch jährlich zwischen CHF 6 Mio. und CHF 43 Mio. einsparen könnten, müssten die Nehmerkantone jährlich Verluste zwischen CHF 6 Mio. und CHF 146 Mio. tragen. «Die Vorlage taugt nur, wenn die fiskalpolitischen Disparitäten zwischen den reichen und den armen Kantonen kleiner und nicht grösser werden», rief er den Zweck der NFA in Erinnerung. Er bat den Rat deshalb um die Unterstützung zweier Minderheitsanträge, welche den Verwendungszweck der frei werdenden Mittel des Bundes ändern und so die Verluste der ressourcenschwächsten Kantone stärker abfedern sollten.
Der erste Minderheitsantrag Fournier (cvp, VS) verlangte, den über die Jahre abnehmenden Betrag für die Abfederungsmassnahmen durch einen gleich bleibenden Durchschnittswert zu ersetzen. Die Beteuerungen von Hannes Germann, verschiedenen anderen Ständerätinnen und Ständeräten sowie von Finanzminister Maurer, wonach die Bestimmung bezüglich des über die Jahre abnehmenden Betrags den Kompromiss erst ermöglicht hätte und dieser durch diesen Minderheitsantrag gefährdet sei, bestritt Christian Levrat (sp, FR) vehement. Mit 34 zu 8 Stimmen entschied sich der Ständerat dennoch für den bundesrätlichen Vorschlag. Auch der zweite Minderheitsantrag Fournier mit der Forderung, die Abfederungsmassnahmen nicht pro Kopf, sondern entsprechend den Verlusten durch die Neuregelung zu verteilen, wurde mit 33 zu 10 Stimmen bei 1 Enthaltung abgelehnt. Alle übrigen Punkte passierten die grosse Kammer diskussionslos und auch in der Gesamtabstimmung stellte sich der Ständerat deutlich hinter die Vorlage: Mit 37 zu 3 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) nahm er die Vorlage an. Die ablehnenden Voten stammten – wie bereits in der Vernehmlassung – von der Vertreterin und dem Vertreter des Kantons Jura und des Kantons Wallis, wobei der zweite Walliser Vertreter Jean-René Fournier (cvp, VS) als Ratspräsident keine Stimme abgab.

Im Vergleich zum Nationalrat bereinigte der Ständerat den Voranschlag 2019 in deutlich kürzerer Zeit und deutlich einhelliger: In den meisten Kommissionsanträgen folgte der Ständerat stillschweigend ohne Gegenantrag dem Entwurf des Bundesrates und schuf so einige Differenzen zum Erstrat. Diskussionslos und stillschweigend sprach sich der Ständerat auch für die vom Bundesrat beantragte und vom Nationalrat abgelehnte Aufstockung des Funktionsaufwands der EFK aus.
Länger diskutiert wurde hingegen über die Berufungskammer des Bundesstrafgerichts. Hier hatte die FK-SR keine Änderung zum bundesrätlichen Vorschlag vorgesehen. Beat Rieder (cvp, VS) erklärte jedoch dem Rat im Rahmen seines Antrags die Problematik des Bundesstrafgerichts ausführlich: Mitte 2017 hatte man eine neue Berufungskammer für das Bundesstrafgericht geschaffen, die sowohl den Sachverhalt als auch die Rechtsanwendung mit voller Kognition von Urteilen überprüfen soll. Aus der geringen Anzahl Fälle, mit denen gerechnet worden war, wurden alleine im Jahr 2017 über 70 Urteile, wofür die auf 300 Stellenprozente erhöhte Personalausstattung nicht ausreichte. Deshalb entschied der Nationalrat stillschweigend, für die Berufungskammer eine eigene Budgetposition zu schaffen und diese um CHF 1 Mio. auf CHF 2.9 Mio. aufzustocken. Mit seinem Einzelantrag beabsichtigte Rieder, diesbezüglich dem Nationalrat zu folgen. Ulrich Meyer, Präsident des Bundesgerichtes, begrüsste im Namen des Bundesgerichts die Änderung des Nationalrats. In der Folge beantragte Hannes Germann (svp, SH) als Präsident der FK-SR den Rückzug des Mehrheitsantrags, wogegen die übrigen Kommissionsmitglieder keine Einwände äusserten und wodurch der Antrag Rieder angenommen wurde.
Die andere grössere Debatte drehte sich um die Frage, welche Beträge zu den verschiedenen WBF-Positionen genau «Dittli-konform» (Anita Fetz, sp, BS) sind, also mit der Motion von Josef Dittli (fdp, UR; Mo. 16.3705) übereinstimmen, gemäss der die Teuerung nur ausgeglichen werden soll, wenn sie anfällt. Finanzminister Maurer bat den Rat diesbezüglich, auf die vorgeschlagenen Erhöhungen der Beträge – die FK-SR schlug in zwei Fällen einen Mittelweg zwischen Bundesrat und Nationalrat vor und sprach sich ansonsten für die von der grossen Kammer vorgenommenen Korrekturen aus – zu verzichten. Man habe die Teuerung bei der ganzen Verwaltung entsprechend der Motion Dittli herausgerechnet; es sei daher nicht fair, hier die Beträge wieder um die Teuerung zu erhöhen. Dem widersprach jedoch Anita Fetz: Ein rückwirkender Teuerungsausgleich, wie ihn der Bundesrat vorgenommen habe, sei nicht Teil der Motion Dittli. Jedoch habe man im Vergleich zum Nationalrat die aktuelle Teuerung herausgerechnet, wodurch die teilweise unterschiedlichen Anträge zur grossen Kammer zu erklären seien. Trotz der Beteuerungen des Finanzministers, dass die Teuerung bei allen Budgetpositionen gleichermassen berücksichtigt worden sei, nahm der Ständerat sämtliche Mehrheitsanträge der Finanzkommission zum WBF an und schuf dadurch auch einige Differenzen zum Nationalrat.
Kurios mutete schliesslich ein Antrag Hösli (svp, GL) an: Ebenso wie ein im Nationalrat unterlegener Minderheitsantrag Gmür (cvp, SZ) forderte dieser den Verzicht auf die Aufstockung des Grenzwachtkorps, obwohl die SVP-Fraktion im Nationalrat die von der FK-NR vorgeschlagene Aufstockung klar befürwortet hatte. Werner Hösli begründete den Antrag damit, dass die Standesinitiativen mit Forderung einer Aufstockung des Grenzwachtkorps aus dem Jahr 2015 stammten, «als sich unsere Grenzbevölkerung zu Recht in ihrer Sicherheit gefährdet sah». Dies sei jetzt aber nicht mehr der Fall und da durch die Zusammenlegung der operativen Einheiten von Grenzwachtkorps und Zoll und der Einführung von DAZIT im administrativen Bereich Personal gespart werden könne, brauche es diese Aufstockung nicht. Dem stimmte auch Finanzminister Maurer zu und staunte über die «verkehrte Welt»: «Normalerweise wollen Sie uns Stellen, die wir Ihnen beantragen, streichen. Hier wollen Sie uns Stellen geben, die wir eigentlich nicht brauchen.» Der Ständerat sprach sich jedoch in Übereinstimmung mit dem Nationalrat ebenfalls für die Finanzierung der 44 neuen Stellen aus, tat dies mit 21 zu 20 Stimmen bei 1 Enthaltung jedoch deutlich knapper als die grosse Kammer.
Ansonsten stimmte der Ständerat dem Erstrat bei zahlreichen Budgetpositionen zu. Unter anderem stimmte er für die Aufstockung der Budgets des Alpinen Museums Schweiz, der internationalen Sportanlässe zur Durchführung der Rad-WM in Aigle sowie der Sicherheitsuntersuchungsstelle, deren Erhöhung der Bundesrat in einer Nachmeldung aufgrund des Unfalls der Ju-Air beantragt hatte. Differenzen schuf er unter anderem bezüglich des BAG, der Sozialhilfe für Asylsuchende, vorläufig Aufgenommene und Flüchtlinge, des Zivildienstes und des Sach- und Betriebsaufwands, bei denen der Ständerat entsprechend dem bundesrätlichen Vorschlag mehr Geld sprechen wollte als der Nationalrat. Bei der Landwirtschaft und diversen Bildungspositionen hatte sich der Nationalrat grosszügiger gezeigt als die Ständekammer.
Einstimmig mit 42 zu 0 respektive 43 zu 0 Stimmen nahm der Ständerat sämtliche zum Budget gehörigen Bundesbeschlüsse an.

Der Kanton Freiburg reichte im Sommer 2016 eine Standesinitiative für eine allgemeine Steueramnestie ein. Mittels der angeregten Gesetzesänderung sollen hinterzogene Vermögenswerte auf einfache Weise nachträglich deklariert werden können. Die Vorteile einer Steueramnestie seien vielfältig: Allen voran profitiere die öffentliche Hand von nicht unerheblichen Mehreinnahmen – bei der letzten Steueramnestie im Kanton Freiburg 1969 waren rund CHF 334 Mio. nachträglich besteuert worden. Zudem würden zahlreiche Bürger mit nicht deklarierten Vermögenswerten aufgrund der Entwicklungen auf internationaler Ebene sowie dem „bröckelnden Bankgeheimnis“ gerne ihre Vermögenswerte regularisieren. Folglich befürworteten der Staatsrat und der Grosse Rat des Kantons Freiburg eine Ausweitung solcher Möglichkeiten, seien in ihren Bestrebungen aber durch ein Urteil des Bundesgerichts gegen eine Steueramnestieregelung des Kantons Tessin zurückgebunden worden. Ein Rechtsgutachten habe zudem gezeigt, dass die Pläne des Kantons Freiburg mit der Bundesverfassung und dem StHG unvereinbar seien. Dies erhoffte sich der Kanton Freiburg mithilfe der Standesinitiative zu ändern.

Sowohl in der WAK-SR als auch anschliessend in der kleinen Kammer fand die Initiative keinen Anklang, da es bereits die Möglichkeit zur einmaligen straflosen Selbstanzeige von Steuersündern gebe. Martin Schmid (fdp, GR) erklärte in der Ständeratsdebatte zudem für die WAK-SR, dass eine Steueramnestie eines grundlegenden Systemwechsels beim Verrechnungssteuerrecht bedürfe. Zudem schade es der Steuermoral, wenn die geschuldeten Steuern nicht vollständig nachgezahlt werden müssten. Als Vertreter des Kantons Freiburg plädierte Beat Vonlanthen (cvp, FR) dennoch für eine Annahme der Initiative. Er wagte sich an heikle ethische Fragen, wie "Ist eine generelle Steueramnestie ethisch vertretbar?". Um solche Fragen diskutieren zu können und folglich eine generelle Steueramnestie nicht grundsätzlich auszuschliessen, bat er den Ständerat, der Initiative Folge zu geben. Vom zweiten Freiburger Vertreter im Ständerat, Christian Levrat (sp, FR), erfuhr Vonlanthen keine Unterstützung: Dieser störte sich daran, dass der Ständerat zwei Stunden zuvor auf eine Revision des Steuerstrafrechts verzichtet hatte, weil in der Schweiz so eine ausserordentlich grosse Fiskalmoral herrsche, jetzt aber dennoch eine Steueramnestie nötig sei. Stattdessen schloss sich Beat Rieder (cvp, VS) dem Freiburger Anliegen mit einem Plädoyer für die Steuerhoheit der Kantone an. Diese sei mit der Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden beschnitten worden, nun müsse man den Mut haben, sie den Kantonen in dieser spezifischen Frage zurückzugeben. Der Ständerat entschied sich jedoch mit 34 zu 7 Stimmen (1 Enthaltung) gegen eine solche Änderung und gab der Initiative keine Folge.