In weiteren fünf Sitzungen bereinigte das Parlament den Bundesbeschluss über eine besondere Besteuerung grosser Unternehmensgruppen. Nicht umstritten waren die Titeländerung sowie der Auftrag an den Bundesrat, innert sechs Jahren ein entsprechendes Bundesgesetz auszuarbeiten. Der Ständerat bereinigte beide Differenzen gleich in der ersten Runde des Differenzbereinigungsverfahrens.

Er hielt jedoch nach langen Diskussionen entgegen einem Minderheitsantrag Rechsteiner (sp, SG) am Verteilschlüssel der zusätzlichen Steuereinnahmen von 75 Prozent für die Kantone und 25 Prozent für den Bund fest. Mit dieser Lösung gelange «möglichst viel Geld in den nationalen Finanzausgleich», so dass die Beiträge für die meisten Kantone anstiegen, begründete Kommissionssprecher Kuprecht (svp, SZ) diesen Entscheid. Umstritten war zwischen den Befürwortenden einer hälftigen Teilung und dem Vorschlag der Kommissionsmehrheit auch die Frage, ob es sich um eine kantonale oder eine nationale Steuer handle. Bei einer kantonalen Steuer könne ein Bundesanteil von 25 Prozent als grosszügig erachtet werden, argumentiert etwa der Sprecher der WAK-NR, Martin Landolt. Umgekehrt würde bei nationalen Steuern eine hälftige Teilung etwa der Aufteilung der Gewinnsteuern von juristischen Personen entsprechen, betonte Jürg Grossen (glp, BE). Obwohl die nationalrätliche Kommission anfänglich eine hälftige Verteilung gutgeheissen hatte, übernahm nun Martin Landolt im Namen der Kommission das Bild einer «kantonalen Steuer» – auch wenn er später zuhanden des Protokolls betonte, dass es sich faktisch gemäss bundesrätlicher Botschaft um eine Bundessteuer handle – und willigte in die ständerätliche 75-zu-25-Prozent-Aufteilung ein. Mit 99 zu 87 Stimmen (bei 6 Enthaltungen) folgte ihm der Nationalrat und lehnte damit einen Minderheitsantrag Grossen auf Festhalten ab. Die Grünen, Mehrheiten der SP und der GLP sowie eine Minderheit der Mitte-Fraktion sprachen sich für den Mehrheitsantrag aus und trugen somit zur Beseitigung dieser Differenz bei.

Offen blieb jedoch nach wie vor, ob die Beteiligung von Gemeinden und Städten ausdrücklich geregelt werden soll. Auch hier folgte der Nationalrat seiner Kommissionsmehrheit und lehnte einen Minderheitsantrag Aeschi (svp, ZG) ab, welcher die Definition einer angemessenen Beteiligung der Gemeinden und Städte den Kantonen überlassen wollte. Nachdem sich der Ständerat in dieser Frage erneut unnachgiebig gezeigt hatte – es sei «eigentlich fast verfassungswidrig, wenn wir hier den Kantonen vorschreiben, wie sie das Geld zu verteilen haben» (Stark; svp, TG), war argumentiert worden –, lenkte der Nationalrat auch hier ein. Er bereinigte somit die letzte Differenz mit 104 zu 72 Stimmen (bei 1 Enthaltung) – gemäss Kommissionssprecher Landolt jedoch nicht aus Überzeugung, sondern weil «das Ziel einer Differenzbereinigung eben darin besteht, Differenzen zu bereinigen».

Zusammen mit der Behandlung des Bundesbeschlusses über eine besondere Besteuerung grosser Unternehmensgruppen endete schliesslich auch der letzte Auftritt des zurücktretenden Finanzministers Maurer, der vom Nationalrat mit «[s]tehenden Ovationen» – wie es im Amtlichen Bulletin festgehalten wird – verabschiedet wurde.

Mit 127 zu 59 Stimmen (bei 10 Enthaltungen; Nationalrat) respektive 38 zu 2 Stimmen (bei 4 Enthaltungen; Ständerat) nahmen beide Kammern den neuen Bundesbeschluss in den Schlussabstimmungen an. Die ablehnenden Stimmen und Enthaltungen im Nationalrat stammten von Mitgliedern der SP- und der Grünen-Fraktion. Somit wird die Schweizer Stimmbevölkerung im Juni 2023 über die Verfassungsänderung befinden.

Eine verbesserte Finanzplanung und -steuerung beim Bund verlangte Peter Hegglin (mitte, ZG) im Juni 2022. Konkret soll der Bundesrat zukünftig eine mehrjährige, dem Parlament vorzulegende Finanzstrategie als Teil der strategischen Ziele erarbeiten. Diese soll eine kohärente Zielsetzung, Massnahmen zur Zielerreichung, eine Beurteilung möglicher Risikofaktoren sowie entsprechende Lösungsvorschläge enthalten. Zwar bestünden bereits kurz-, mittel- und langfristige Planungsinstrumente, diese seien aber zu wenig verbindlich und zu wenig miteinander verknüpft. Entsprechend würden langfristige Risikoanalysen auch zu wenig in die Finanzplanung einfliessen und die Langfristperspektive allgemein zu wenig beachtet, wie etwa ein Bericht des EFD aufgezeigt habe. Eine verbesserte Planung sei aber aufgrund von «mittel- bis langfristig [...] enormen Herausforderungen» nötig, so der Motionär.
Der Bundesrat erachtete ein solches zusätzliches Instrument als nicht notwendig und beantragte die Motion zur Ablehnung. Stattdessen verwies er auf zwei neue Instrumente, mit denen er die mittel- und langfristige Planung stärken wolle: die Berichte zur Langfristperspektive für die öffentlichen Finanzen und die Mittelfristperspektive sowie die steuer- und finanzpolitischen Prioritäten im Legislaturfinanzplan. Darüber hinaus betonte er, dass auch neue Finanzplaninstrumente die grossen externen Entwicklungen der letzten drei Jahre nicht hätten zu erfassen vermögen.
In der Herbstsession 2022 wies der Ständerat die Motion einem Ordnungsantrag Stark (svp, TG) folgend stillschweigend seiner Kommission zur Vorberatung zu.

Zur Bereinigung der verbliebenen Differenz zu den Krediten für die Beschaffung von Medikamenten für immunsupprimierte Personen waren nochmals drei Beratungen nötig. Die Mehrheit der FK-NR beantragte in der ersten Runde des Differenzbereinigungsverfahrens die Ablehnung der zwei Kredite – zumal die Kommission diese nicht vorberaten hatte. Mehrere Mitglieder der Kommission bezweifelten deren Dringlichkeit und rügten den Ständerat für deren Annahme, ohne genügend Informationen vorzulegen. Man fordere dafür wie üblich eine Botschaft des Bundesrates, betonte etwa Alois Gmür (mitte, SZ). Eine Minderheit Wyss (sp, BS) sprach sich für Annahme der Kredite aus, zumal diese Ausgabe inhaltlich unbestritten sei und man dem Bundesrat damit eine möglichst schnelle Beschaffung ermögliche. Nach langen Diskussionen lehnte der Nationalrat die zwei Kredite mit 105 zu 82 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) ab.

Die Kritik des Schwesterrates – und insbesondere der Schwesterkommission – beeindruckte die FK-SR nicht. Sie hatte das EDI in der Zwischenzeit um einen Bericht zur Präzisierung der Dringlichkeit des Bedarfs gebeten. Dieser Bericht zeigte auf, dass die Produktionskapazitäten der entsprechenden Medikamente begrenzt sind und deutlich unter der Nachfrage liegen dürften. Zudem werde die Wirksamkeit der bestehenden Medikamente heute in Frage gestellt, man suche noch nach Alternativen. Sollten solche gefunden werden, müsse der Bundesrat sofort – nicht erst im Juni nach Behandlung des zweiten Nachtrags – in der Lage sein, diese zu erwerben. Nach dem präzisierenden Bericht des EDI beantragte auch Finanzminister Maurer die Kredite neu zur Annahme. Eine Minderheit Stark (svp, TG) verlangte jedoch weiterhin, «in der Finanzpolitik und in verwaltungstechnischen Abläufen wieder zu bewährten Grundsätzen zurück[zu]finden», insbesondere da sie die Dringlichkeit der Kredite noch immer bezweifelte. Mit 29 zu 9 Stimmen sprach sich der Ständerat aber erneut für Annahme der Kredite aus.

Dieser Bericht des EDI überzeugte nun auch die Mehrheit der FK-NR. Nachdem Lars Guggisberg (svp, BE) erneut Ablehnung der Kredite beantragt hatte, begründete Felix Wettstein (gp, SO) die ambivalente Position der Grünen-Fraktion: Einerseits habe die Finanzkommission zwar zusätzliche Informationen erhalten, diese hätten aber zu mehr Verwirrung geführt – man habe zu diesem Zeitpunkt einfach nicht genug Informationen für einen fundierten Entscheid. Andererseits habe der Bundesrat die Kredite nun gutgeheissen; man könne sie also auch jetzt sprechen und müsse dadurch nicht riskieren, dass die FinDel die Kredite später bevorschussen müsse. Der Nationalrat, nahm die zusätzlichen Kredite in der Folge mit 100 zu 62 Stimmen (bei 16 Enthaltungen) an. Die ablehnenden Stimmen stammten von der fast geschlossen stimmenden SVP-Fraktion – einzig Verena Herzog (svp, TG) hiess die auf ihre Motion zurückgehenden Kredite gut und Lorenzo Quadri (lega, TI) enthielt sich der Stimme – sowie von Minderheiten der Grünen-, Mitte- und der FDP.Liberalen-Fraktionen.