Mit einer im September 2015 eingereichten Motion verlangte Nationalrat Regazzi (cvp, TI) die Implementierung des Abfertigungsverfahrens Transito auch am Grenzübergang Chiasso-Brogeda. Transito sei in Basel-Weil am Rhein sehr erfolgreich, es habe die Staustunden am Grenzübergang deutlich reduziert. In Chiasso-Brodega sei das Abfertigungsverfahren deshalb ebenfalls einzuführen. Der Bundesrat beantragte im November 2015 die Ablehnung der Motion und begründete dies mit der fehlenden Unterstützung Italiens. Die Einführung von Transito sei mit Italien abgesprochen worden, doch sei seit 2006 von Italien nie eine Genehmigung des Projekts eingegangen, noch hätte Italien seinen Anteil von CHF 35 Mio. an den Gesamtkosten von rund CHF 45 Mio. zugesagt, um die baulich notwendigen Massnahmen am Grenzübergang zu finanzieren. Der Bund beobachte die Situation in Chiasso-Brodega seit Jahren, sei aber zum Schluss gekommen, dass wegen der rückläufigen Zahl der Lastwagen momentan kein Handlungsbedarf gegeben sei. Bundesrat Maurer erklärte im Mai 2017 im Nationalrat erneut, dass der Ball bei Italien liege. Der Nationalrat nahm die Motion dennoch mit 137 gegen 52 Stimmen (1 Enthaltung) an. Der Ständerat behandelte das Geschäft im Dezember 2017 und nahm die Motion ebenfalls an: Mit 29 gegen 12 Stimmen (keine Enthaltungen).

Im Rahmen des Verlagerungsberichts 2017 erfüllte der Bundesrat das Postulat der FDP-Fraktion bezüglich eines realistischen Verlagerungsziels. Der Bundesrat prüfte verschiedene Modifikationen des Verlagerungszieles, spielte den Ball aber an das Parlament zurück: Die bisherige Nichterreichung mache das bestehende Verlagerungsziel nicht ungültig. Eine Veränderung des Zieles sei eine rein politische Frage und könne vorgenommen werden, wenn das Parlament den konkreten Auftrag dazu gebe.

Am 12. August 2017 hatte sich bei Rastatt DE bei Bauarbeiten an einer Untertunnelung ein Gleis abgesenkt. Der destabilisierte Untergrund führte zu einer Streckenblockierung bei der Rheintalbahn, welche Auswirkungen auf den ganzen europäischen Gütertransport hatte. Während Bahnpassagiere auf der betroffenen Strecke mit Bussen um die gesperrte Stelle befördert wurden, fiel der Gütertransport auf der Schiene komplett aus. Von den rund 200 Güterzügen, die jeweils pro Tag auf der betroffenen Strecke unterwegs waren, konnten Anfang September rund 50 über Ausweichstrecken (via Stuttgart oder durch Frankreich) verkehren. Strassentransportfirmen und die Rheinschifffahrt konnten Güter im Volumen von rund 60 Zügen pro Tag aufnehmen, fast die Hälfte des üblichen Gütertransportvolumens konnte jedoch nicht transportiert werden. Der Unterbruch im Güterbahnkorridor zwischen Rotterdam und Genua machte sich vielseitig bemerkbar, so mussten etwa viele Schweizer Firmen auf Rohstoffe warten und Produktionseinbussen verkraften. Die Rheinschifffahrt freute sich über das Wachstum im Auftragsvolumen und führte kurzzeitig gar den 24-Stunden-Betrieb ein, die Anbieter im kombinierten Güterverkehr sorgten sich jedoch um ihren Kundenstamm. Um die Dringlichkeit des Problems für die Schweizer Wirtschaft zu unterstreichen und um ausreichende Ersatzstrecken zu fordern, schrieb Bundesrätin Leuthard an den deutschen Verkehrsminister Dobrindt. Betroffene aus der Wirtschaft äusserten ebenso wie Mitglieder des Bundesparlaments Kritik an Deutschland, in ihren Augen dauerte die Behebung der Panne viel zu lange. Am 1. Oktober konnte der Verkehr auf der Strecke wieder aufgenommen werden – die Deutsche Bahn hatte die im destabilisierten Streckenteil steckende Tunnelbohrmaschine aufgegeben und einbetoniert und so den Untergrund wieder stabilisiert.
In der Antwort auf die Interpellation 17.3765 des Urner Ständerats Dittli (fdp, UR) hielt der Bundesrat im November 2017 fest, es gelte «die internationale Zusammenarbeit auf den europäischen Güterverkehrskorridoren und zwischen den einzelnen Korridoren zu verbessern». Im Nationalrat wollte Fabio Regazzi (cvp, TI) mit seiner Interpellation 17.3746 ebenfalls Auskunft darüber erhalten, wie «ein Rastatt» zukünftig vermieden werden könne und ob der Bundesrat beabsichtige, die Haftungsbestimmungen zu verändern. Der Bundesrat antwortete Mitte November 2017, die «Ausbauten auf den Korridoren müssen priorisiert und vorangetrieben [...] und das grenzüberschreitende Krisenmanagement der Infrastrukturbetreiber und Eisenbahnverkehrsunternehmen verbessert werden». Die Anpassung der Haftungsbestimmungen werde international zu überprüfen sein, der Bundesrat plane, dies auf internationaler Ebene anzusprechen. Zu den gesamtwirtschaftlichen Folgen der Panne in Rastatt für die Schweiz wollte sich der Bundesrat nicht äussern.

Im November 2017 legte der Bundesrat seinen Bericht zur Evaluation der Weiterentwicklungsmöglichkeiten der SBB Cargo vor, mit dem er seinen Verpflichtungen aus dem im Rahmen der Debatte zur Totalrevision des Gütertransportgesetzes angenommenen Postulat KVF-SR (15.3496) nachkam. Der Bundesrat stellte darin verschiedene Zukunftsszenarien für die SBB Cargo vor und zeigte auf, dass eine vollständige Privatisierung zur Zeit nicht angezeigt sei. Der Verwaltungsrat der SBB Cargo AG solle aber innerhalb des SBB-Konzerns gestärkt werden. Damit der Verwaltungsrat der SBB Cargo eine höhere Unabhängigkeit erhalte, sei er durch fachkundige Dritte ausserhalb der SBB zu ergänzen. Das Präsidium des Verwaltungsrats sei ebenfalls durch eine Drittperson zu besetzen. Darüber hinaus soll der Verwaltungsrat über die üblichen strategischen und geschäftsentscheidenden Kompetenzen verfügen – das Organisationsreglement der SBB sei in diesem Sinne anzupassen.

Nachdem der Bundesrat in einem Bericht vom Juni 2016 die Übernahme von Betrieb und Unterhalt des italienischen Streckenteils der Lötschberg-Simplon-Achse zwischen dem Simplon-Südportal in Iselle und Domodossola abgelehnt hatte, wurde das dem Bericht zugrunde liegende Postulat der KVF-NR im Juni 2017 als erfüllt abgeschrieben.

Mit einer Petition forderte die Eidgenössische Jugendsession im September 2015 "Mehr Güter auf die Schiene". Mit der Verlängerung der Flachbahn vor 2030 und zusätzlichen Anreizsystemen sollen die Verkehrsverlagerung verstärkt und die Ziele des Alpenschutzartikels erreicht werden. In den Verkehrskommissionen und beiden Räten fand das Anliegen jedoch keine Unterstützung. Der Nationalrat gab im März 2016 keine Folge, der Ständerat tat es der grossen Kammer im Juni 2016 gleich.

Im Juni 2016 erschien der Bericht zum Postulat der KVF-NR betreffend der Prüfung der Übernahme von Betrieb und Unterhalt des italienischen Streckenteils der Lötschberg-Simplon-Achse zwischen dem Simplon-Südportal in Iselle und Domodossola. Der Bundesrat kommt im Bericht zum Schluss, dass die Übernahme von Betrieb und Unterhalt der Strecke durch die Schweiz mit hohen Kosten und vergleichsweise geringem Nutzen verbunden wäre. Die dazu aufzuwendenden Mittel würden beim Unterhalt der Schweizer Strecken fehlen. Die Zuständigkeit für Betrieb und Unterhalt von Eisenbahninfrastrukturen liege zudem – das hatte Bundesrätin Leuthard bereits in der Debatte zum Postulat deutlich gemacht – bei den entsprechenden Staaten. Der Bundesrat könne und wolle nicht gegen das Territorialprinzip verstossen und lehnte deshalb die Weiterverfolgung der Übernahme von Betrieb und Unterhalt des italienischen Streckenteils der Simplon-Linie ab.

Am 1. Juni 2016 war es soweit: Die offizielle Schweiz beging einen Festakt zur Eröffnung des Gotthard-Basistunnels. Bundespräsident Johann Schneider Ammann und Verkehrsministerin Doris Leuthard empfingen neben viel Schweizer Prominenz auch die politischen Spitzen der Nachbarländer: Die deutsche Bundeskanzlerin Angela Merkel, der italienische Ministerpräsident Matteo Renzi, der französische Staatspräsident François Hollande, der österreichische Bundeskanzler Christian Kern und der Liechtensteiner Regierungschef Adrian Hasler nahmen teil und fanden grosse und lobende Worte für die Schweiz.
Sowohl am Nord- als auch am Südportal fanden Teile des Festaktes statt: Feuerwerk, eine Choreografie mit über 600 Profi- und Laiendarstellerinnen, Ansprachen und Grussworte und eine Flugshow der Patrouille Suisse. Neben dem Kleid im Löcherlook von Doris Leuthard, welches medial kommentiert wurde, führten weitere Teile des Programmes auch zu Gesprächsbedarf im Bundeshaus: So wurde etwa der Auftritt tanzender Derwische in der Choreografie beklagt (Frage von Sylvia Flückiger-Bäni (svp, AG) in der Fragestunde), bei welchen es sich jedoch laut Bundesrat um tanzende Heuhaufen handelte. Diskutiert wurde auch über die Segnung des Tunnels: Geplant war eigentlich, die Segnung durch Vertreter der drei grossen monotheistischen Weltreligionen vornehmen zu lassen. Weil sich die Reformierten nicht vom katholischen Pater Martin Werlen vertreten lassen wollten, wurde mit Pfarrerin Simona Rauch noch eine reformierte Geistliche eingeladen. Während die Einladung von Rabbi Marcel Yair Ebel nicht in Frage gestellt wurde, fragte Erich von Siebenthal (svp, BE) in der nationalrätlichen Fragestunde bezüglich der Einladung von Imam Bekim Alimi, ob der Bundesrat bereit sei, solche Eröffnungen zukünftig «sorgfältiger» zu planen, da gemäss von Siebenthal «der Glaube an die Botschaft des Korans in der Konsequenz immer mehr provoziert und Probleme macht». Der Bundesrat wies in seiner Antwort darauf hin, dass auch Arbeiter muslimischen Glaubens am Gotthardbasistunnel mitgearbeitet hätten und es bei der gemeinsamen Segnung darum gehe, zu zeigen, dass die Religionsgemeinschaften in der Schweiz friedlich zusammenleben und -arbeiten. Damit auch die wachsende Gruppe der Konfessionslosen vertreten sind, war im Vorfeld des Festaktes auch der Abteilungschef Sicherheit im Bundesamt für Verkehr, Pieter Zeilstra, für die Segnungszeremonie eingeladen worden.

Als Reaktion auf den Verlagerungsbericht 2013 reichte die FDP-Fraktion im März 2014 ein Postulat ein, mit welchem der Bundesrat mit der Prüfung eines neuen, realistischen Verlagerungsziels gemäss Artikel 3 des Güterverkehrsverlagerungsgesetzes (GVVG) beauftragt wird. Im Juni 2014 wurde das Postulat bekämpft, im März 2016 stimmte der Nationalrat schliesslich zu. Die Debatte wurde nur drei Tage nach dem Urnengang zur Sanierung des Gotthardstrassentunnels geführt, was die ohnehin emotionale Debatte zusätzlich erhitzte. So wurde den Verfechtern eines neuen Verlagerungsziels vorgeworfen, sie hätten im gerade zu Ende gegangenen Abstimmungskampf für die zweite Röhre stets betont, dass die Verlagerungspolitik nicht in Frage gestellt werde. Mit dem so kurz nach der Abstimmung erfolgenden Infragestellen des Verlagerungsziels entstehe der Eindruck, die FDP hätte im Abstimmungskampf mit falschen Karten gespielt. Diese Vorwürfe, vorgebracht von Nationalrätin Rytz (gp, BE) und Nationalrat Bäumle (glp, ZH), konterte der Sprecher der FDP-Fraktion Fluri (fdp, SO) damit, dass es seit Jahren unbestritten sei, dass das Verlagerungsziel von 650'000 alpenquerenden Lastwagen pro Jahr bis 2018 nicht zu erreichen sei. Ein Rechtsstaat werde unglaubwürdig, wenn er in Gesetzen an unrealisierbaren Forderungen festhalte, so Fluri. Während es den Befürwortern des Postulats darum ging, die Verlagerungspolitik mit einem erreichbaren Ziel zu versehen, forderten die ablehnenden Stimmen, das geltende Gesetz müsse halt konsequenter umgesetzt werden. Das Postulat wurde schliesslich denkbar knapp angenommen: Mit 91 (Fraktionen von SVP und FDP) zu 90 Stimmen bei 7 Enthaltungen.

In Erfüllung der Motion 10.3881 legte der Bundesrat dem Parlament im April 2014 eine Botschaft zur Totalrevision des Gütertransportgesetzes vor. Die Vorlage zielte auf eine Institutionalisierung des Planungsprozesses für den Schienengüterverkehr, in den auch die Kantone und die betroffenen Akteure einbezogen werden sollen. Mit Netznutzungskonzept und -plänen soll der Verdrängung des Güterverkehrs durch den Personenverkehr aus dem Netz vorgebeugt werden. Der Bundesrat wollte die SBB von der Verpflichtung, Güterverkehr als Kerngeschäft anzubieten, befreien. Investitionsbeiträge für Anschlussgleise und Umschlagsanlagen des kombinierten Verkehrs soll der Bund als A-fonds-perdu-Beiträge leisten, Darlehen soll der Bund für Umschlagsanlagen im Ausland gewähren können. Der Bund kann Förderbeiträge für neue Angebote auszahlen oder sich an Bestellungen von Transportangeboten der Kantone beteiligen. Die Fördermöglichkeiten sind jedoch bis 2027 befristet. Der Bundesrat forderte zudem, dass Güterverkehrsangebote grundsätzlich eigenwirtschaftlich sein müssen. Von einem Verlagerungsziel in der Fläche analog zum Verlagerungsziel im alpenquerenden Güterverkehr sah der Bundesrat ab. Der Nationalrat hatte in der Frühlingssession 2015 dem Vorschlag des Bundesrates zugestimmt, den Güterverkehr nicht mehr als Kernaufgabe der SBB festzuschreiben. Mit der Annahme einer Motion der KVF-NR (14.3998) ging die grosse Kammer sogar noch weiter: Die SBB-Cargo solle aus der SBB herausgelöst und als eigenständiges Unternehmen weitergeführt werden. Der Ständerat, der im Juni 2015 die Behandlung der Totalrevision des Gütertransportgesetzes aufnahm, war mit dieser Stossrichtung nicht einverstanden und lehnte die Motion der KVF-NR ab. Mit der Annahme eines Postulat der KVF-SR (15.3496) beauftragte die kleine Kammer den Bundesrat aber, eine „Evaluation der Weiterentwicklungsmöglichkeiten von SBB Cargo“ vorzunehmen. Die KVF-SR empfahl, über die wichtige Frage der Zukunft der SBB-Cargo erst zu beschliessen, wenn dieser Bericht vorliege.
Im September 2015 diskutierte der Nationalrat die Differenzen zum Ständerat. Während er bei einigen Differenzen auf die Formulierungen der kleinen Kammer einschwenkte, so blieb er doch in der Frage hart, ob der Bund nicht nur Bau und Erweiterung, sondern auch die Erneuerung von Anschlussgleisen und Umschlaganlagen unterstützen können soll. Erneuerungen würden zum betrieblichen Aufwand gehören, welcher in der Regel gerade nicht mehr unterstützt werden solle, warnte Bundesrätin Leuthard vergebens vor den Kosten dieses „neuen Subventionstatbestands“. Der Ständerat gab in der Debatte vom 21. September nach und akzeptierte die Position des Nationalrates in der letzten Differenz stillschweigend. In den Schlussabstimmungen vom 25. September nahm der Nationalrat die Totalrevision des Gütertransportgesetzes mit 142 zu 53 Stimmen (1 Enthaltung) an, der Ständerat stimmte mit 43 Stimmen einstimmig zu.

Im April 2015 erstattete die Neat-Aufsichtsdelegation (NAD) dem Parlament Bericht über die Oberaufsicht über den Bau der Neat im Jahr 2014. Im Juni 2015 nahm der Ständerat vom Bericht Kenntnis. Für die GPK-SR, welche ihrem Rat die Kenntnisnahme beantragte, führte Isidor Baumann (cvp, UR) den Bericht aus: Während sich die Problemfelder beim Gotthardbasistunnel erledigt hätten und die Eröffnung nach Plan 2016 zu erwarten sei, hätte sich der Ceneritunnel «eher zum Sorgenkind» entwickelt – beim Vortrieb bestanden per Ende 2014 bei beiden Röhren 80 beziehungsweise 120 Tage Rückstand auf den vertraglichen Terminplan. Die Einsprachen zur Vergabe von zwei Bahntechnik-Losen durch die Alptransit Gotthard AG von 2013 gingen über das Bundesverwaltungsgericht bis hin zum Bundesgericht, welches 2014 entschied, dass die Vergabe der Alptransit Gotthard AG rechtens war. Dieser juristische Prozess führte zu einer Verzögerung von zehn Monaten bei der Unterzeichnung des Werkvertrages für die Tunneltechnik. Die für 2019 geplante Eröffnung des Ceneritunnels verschiebe sich deshalb auf 2020.
Im September 2015 nahm auch der Nationalrat Kenntnis vom Bericht.

Im Rahmen der Debatte zum Bundesgesetz über den Bau und die Finanzierung eines 4-Meter-Korridors war 2013 festgehalten worden, dass neben dem Korridor durch den Gotthard auch die Lötschberglinie ausgebaut werden soll. Da es auf der Lötschberglinie auf der italienischen Seite zwischen Iselle und Domodossola immer wieder zu Betriebsproblemen kommt, beauftragte die Kommission für Verkehr und Fernmeldewesen des Nationalrats mit einem Postulat den Bundesrat, zu prüfen, ob die Effizienz der Lötschberg-Simplon-Achse durch die Übernahme von Betrieb und Unterhalt der besagten Strecke durch SBB oder BLS erhöht werden könnte. Der Nationalrat behandelte dieses Postulat in der Sondersession am 6. Mai 2014. Eine Minderheit Binder (svp, ZH) beantragte die Ablehnung des Postulats und auch der Bundesrat sprach sich in seiner Stellungnahme deutlich gegen das Postulat aus. Während die Kommissionsminderheit mit den Kostenfolgen und der Verletzung des Territorialprinzips argumentierte, betonte Bundesrätin Leuthard, dass ein solches Übernahmeersuchen in Italien als arroganter und unfreundlicher Akt verstanden werden würde. Die Vertreter der Kommissionsmehrheit machten dagegen geltend, dass die Anschlussstrecke für die ganze Achse von grösster Wichtigkeit sei. Der Nationalrat nahm das Postulat äusserst knapp an: Mit Stichentscheid des Ratspräsidenten Lustenberger (cvp, LU) bei 87 zu 87 Stimmen und einer Enthaltung.

Im Plenum des Nationalrates wurde der Verlagerungsbericht 2013 für die Periode von Juli 2011 bis Juni 2013 zusammen mit der Änderung des Bundesbeschlusses zum Zahlungsrahmen für die Förderung des alpenquerenden Schienengüterverkehrs im März 2014 diskutiert. Besonders die im Verlagerungsbericht angedeutete Möglichkeit, das Verlagerungsziel neu zu definieren, stiess auf grossen Widerstand. Der Bericht hielt fest, dass die technische Entwicklung und die Anreize über die LSVA den Ersatz von alten Lastwagen durch abgasarme Euro-VI-Fahrzeuge fördern würde, und dass dadurch die Belastung durch Luftschadstoffe entlang der Transitachsen bis 2020 stark abnehmen werde. Da es im Alpenschutzartikel vornehmlich um den Schutz des Alpenraums vor den negativen Begleiterscheinungen des Verkehrs gehe, werfe diese Entwicklung die Frage auf, ob das Verlagerungsziel noch angemessen sei. Vertreter von GPS, SP und GLP wollten nichts wissen von einer Neudefinition des Verlagerungsziels: Dieses sei bereits klar definiert (650'000 alpenquerende Lastwagenfahrten pro Jahr) und zum einen ein bestehender Verfassungsauftrag, zum anderen seien mit diesem Ziel stets die hohen Kosten der NEAT gegenüber dem Stimmvolk gerechtfertigt worden. Eine Herabsetzung dieses Zieles wäre deshalb eine inakzeptable Kehrtwende und eine Missachtung des Volkswillens, so Regula Rytz (gp, BE). Max Binder (svp, ZH) hingegen bezeichnete das Verlagerungsziel als „Fata Morgana“: Es sei willkürlich gesetzt worden und lasse sich nicht erreichen. Der Nationalrat nahm den Bericht schliesslich zur Kenntnis. Der Ständerat nahm den Verlagerungsbericht im Juni 2014 zur Kenntnis, nicht ohne vorher wie die grosse Kammer ausgiebig über das Verlagerungsziel debattiert zu haben.

Die Kommission für Verkehr und Fernmeldewesen des Nationalrates (KVF-NR) begrüsste den Entscheid des Bundesrates, den Zahlungsrahmen für die Förderung des alpenquerenden Schienengüterverkehrs um CHF 180 Mio. auf CHF 1'675 Mio. zu erhöhen und um fünf Jahre zu verlängern. Die KVF-NR beantragte dem Nationalrat, die Änderung des Bundesbeschlusses im Sinne des Bundesrates gutzuheissen. Mit der Verlängerung des Zahlungsrahmens soll die Verkehrsverlagerung abgesichert und den Unternehmen ermöglicht werden, erste Erfahrungen mit der NEAT und dem 4-Meter-Korridor zu machen. Eine Minderheit Binder (svp, ZH) verlangte, auf eine Erhöhung der Mittel zu verzichten und den Zahlungsrahmen nur um drei Jahre zu verlängern. Da die Unternehmen bisher mit einem Ende der Förderbeiträge im Jahr 2018 rechnen mussten, sei eine Verlängerung des Zahlungsrahmens ebenso unnötig wie die Erhöhung der Mittel. Die Minderheit Binder sei aber bereit, als Kompromiss den Zahlungsrahmen um drei Jahre zu verlängern, damit per 2018 übrige Restmittel auch noch eingesetzt werden könnten. Gegen den Minderheitsantrag wurde vorgebracht, dass die Erhöhung und Verlängerung des Zahlungsrahmens schon nur notwendig sei, um eine Rückverlagerung von der Schiene auf die Strasse zu verhindern. Der Minderheitsantrag würde deshalb dazu führen, dass das Verlagerungsziel noch deutlicher verpasst würde. Der Nationalrat entsprach schliesslich in der Schlussabstimmung im März 2014 dem Antrag seiner Kommission und nahm die Änderung des Bundesbeschlusses zum Zahlungsrahmen für die Förderung des alpenquerenden Schienengüterverkehrs mit 134 zu 54 Stimmen im Sinne des Bundesrates an. Bis auf drei Stimmen aus der FDP-Liberalen-Fraktion entfielen alle Nein-Stimmen auf die SVP-Fraktion. Der Ständerat befand im Juni 2014 über die Änderung des Bundesbeschlusses. Die KVF-SR empfahl der kleinen Kammer einstimmig, der grossen Kammer zu folgen und dem Geschäft ohne Änderung zuzustimmen. Mit 37 Stimmen bei einer Enthaltung nahm der Ständerat den Entwurf einstimmig an.

Im November 2013 hatte die KVF-NR ein Postulat zur "Vereinfachung der Zollverfahren und Erleichterung der grenzüberschreitenden Verkehrsabwicklung" eingereicht. Das Postulat beauftragt den Bundesrat mit der Abklärung, ob im Hinblick auf die Realisierung des 4-Meter-Korridors Verhandlungen mit Italien zur Sicherstellung der effizienten grenzüberschreitenden Verkehrsabwicklung aufgenommen werden sollen. Der Bundesrat zeigte sich mit dem Anliegen einverstanden und empfahl das Postulat zur Annahme. Der Nationalrat folgte seiner Kommission und dem Bundesrat in der Frühjahrssession 2014 diskussionslos.

In Erfüllung der Motionen Büttiker (fdp, SO) (10.3921) und Hochreutener (cvp, BE) (10.3914) sowie zweier Motionen der Kommissionen für Verkehr und Fernmeldewesen (KVF) beider Räte (12.3330 / 12.3401), welche 2012 überwiesen worden waren, legte der Bundesrat im Mai seine Botschaft zu Bau und Finanzierung eines 4-Meter-Korridors auf den Zulaufstrecken zur NEAT am Gotthard vor. Das Geschäft enthielt das Bundesgesetz über den Bau und die Finanzierung eines 4-Meter-Korridors sowie den Bundesbeschluss über den Gesamtkredit. Um die Gotthardachse bis 2020 in einen durchgehenden 4-Meter-Korridor umzubauen, sind zwischen Basel und der Alpensüdseite 170 Ausbaumassnahmen umzusetzen. Dazu zählen Tunnelanpassungen und Änderungen an Perrondächern, Fahrleitungen, Signalanlagen und Überführungen, sowie der Neubau des Bözbergtunnels. Die Massnahmen in der Schweiz wurden auf rund CHF 710 Mio. veranschlagt, die Massnahmen für Anschlüsse in Italien auf CHF 230 Mio. Die Finanzierung könne zunächst über den FinöV-Fonds und später über den Bahninfrastrukturfonds BIF vorgenommen werden. Der Bundesrat hielt fest, dass die Mittel ausreichten, um neben allen beschlossenen Projekten im Rahmen von FABI auch den 4-Meter-Korridor zu realisieren. Am 25. September trat der Ständerat ohne Gegenantrag auf die Vorlage ein. Die KVF-SR stellte den Mehrheitsantrag, den Artikel 1 des Bundesgesetzes so zu ändern, dass nicht nur die Gotthardstrecke erwähnt wird, sondern allgemein die Nord-Süd-Verbindung. Damit könnten auch Massnahmen auf der Lötschberg-Linie ergriffen werden, ohne dass eine Gesetzesänderung notwendig würde. Eine Minderheit Theiler (fdp, LU) beantragte die Annahme des bundesrätlichen Vorschlages. Der Ständerat stimmte mit 23 zu 20 Stimmen für den Mehrheitsantrag. Die von der KVF-SR in Artikel 2 beantragte Streichung der Massnahmen in Giubiasco–Lugano Vedeggio (mit Kosten von CHF 10 Mio.) fand im Rat dagegen keine Mehrheit, er folgte dem Antrag des Bundesrates mit 26 zu 9 Stimmen. Hinsichtlich der Massnahmen für die Anschlüsse in Italien wollte die KVF-SR mit ihrem Mehrheitsantrag aufnehmen, dass für A-fonds-perdu-Beiträge an Italien ein überwiegendes Interesse der Schweiz gegeben sein muss. Ein Minderheitsantrag wollte verhindern, dass der Bundesrat eine Carte blanche für finanzielle Vereinbarungen mit Italien erhält. Der Rat folgte allerdings dem Mehrheitsantrag mit 31 zu 11 Stimmen und löste mit qualifiziertem Mehr von 36 zu 6 Stimmen die Ausgabenbremse. Bei der Finanzierung forderte die Mehrheit der KVF, dass diese zu einem Drittel aus Mineralölsteuererträgen und zu zwei Dritteln aus FinöV bzw. FABI erfolgen solle. Der Minderheitenantrag Imoberdorf (cvp, VS) beantragte dagegen die Annahme des bundesrätlichen Vorschlages, welcher eine Finanzierung rein aus FinöV und später aus dem BIF vorsah. Gegen die Teilfinanzierung mit Mitteln aus dem Strassenverkehr wurde vorgebracht, dass von diesen Mitteln bereits sehr viel für den Schienenverkehr eingesetzt werde und dass eine weitere Beanspruchung dieser Mittel die Zustimmung zur Vignettenpreiserhöhung und zu FABI in den jeweiligen Volksabstimmungen gefährden könnte. Der Rat entschied deshalb gegen weitere Mittel aus dem Strassenverkehr und nahm den Minderheitsantrag mit 28 zu 15 Stimmen an. Eine Minderheit Stadler (glp, UR) wollte schliesslich die zulässigen Höchstmasse für Fahrzeuge und Fahrzeugkombinationen aufnehmen und zwar so, dass sogenannte Gigaliner (mit einer Länge von 25 Metern und einem Gewicht von bis zu 60 Tonnen) nicht zugelassen würden. Gegen diesen Vorschlag wurde vorgebracht, dass die Gesetzesebene der falsche Ort sei, um die Dimensionen von Fahrzeugen zu regeln und er wurde entsprechend mit 23 zu 15 Stimmen abgelehnt. In der Gesamtabstimmung nahm der Ständerat das Bundesgesetz einstimmig (bei 7 Enthaltungen) an. In der Debatte des Bundesbeschlusses zum Gesamtkredit forderte der Mehrheitsantrag der KVF-SR eine Erhöhung der Beiträge an Massnahmen in Italien (Lötschberg-Simplon-Linie) um zusätzliche CHF 50 Mio. Dagegen wurde von Bundesrätin Leuthard eingewendet, dass die Schweiz mit Italien in Verhandlungen stehe und es taktisch falsch sei, den gesprochenen Betrag noch vor Abschluss der Verhandlungen aufzustocken. Zudem sei es unschön gegenüber jenen Kantonen, deren Anliegen zu FABI aus finanziellen Gründen zurückgestellt worden seien. Bei je 21 Stimmen für und gegen den Mehrheitsantrag entschied der Stichentscheid des Präsidenten für den Mehrheitsantrag. Die Ausgabenbremse wurde mit 24 zu 18 Stimmen gelöst und in der Gesamtabstimmung nahm der Ständerat den Bundesbeschluss zum Gesamtkredit mit 26 zu 15 Stimmen an. Am 5. Dezember trat der Nationalrat ebenfalls ohne Gegenantrag auf die Vorlage ein. Im Nationalrat wurden die gleichen Punkte diskutiert wie im Ständerat. Die grosse Kammer folgte ihrer Schwester in der allgemeinen Formulierung des Geltungsbereichs entgegen einem Minderheitenantrag Binder (svp, ZH), welcher die Zustimmung zur bundesrätlichen Fassung forderte, mit 111 zu 73 Stimmen. Wie im Ständerat waren auch im Nationalrat die Beiträge an Italien umstritten: Während der Mehrheitsantrag der KVF-NR die Zustimmung zur ständerätlichen Fassung beantragte, forderte eine Minderheit 1 Binder (svp, ZH), dass der Bundesrat zwar selbständig Darlehen an Italien vergeben dürfe, für A-fonds-perdu-Beiträge aber die Zustimmung der Bundesversammlung vorzusehen sei. Eine Minderheit 2 Binder (svp, ZH) forderte die integrale Streichung des Artikels zu Beiträgen an Italien. Begründet wurde dies mit dem Territorialprinzip: Die Schweiz solle nur auf Schweizer Boden investieren. Dem wurde von grünliberaler, sozialdemokratischer und grüner Seite entgegengehalten, dass die NEAT ohne Anschluss im Süden nicht den vollen Nutzen zur Verkehrsverlagerung entfalten könne. Der Mehrheitsantrag wurde den beiden Minderheitsanträgen deutlich vorgezogen, Gegenstimmen kamen fast ausschliesslich aus der SVP-Fraktion. Die Ausgabe wurde mit 138 zu 48 Stimmen angenommen, nur die SVP-Fraktion trat auf die Ausgabenbremse. Eine Minderheit Hardegger (sp, ZH) verlangte die Aufnahme von Höchstmassen von Fahrzeugen und Fahrzeugkombinationen in Artikel 9 des Strassenverkehrsgesetzes sowie einen entsprechenden Verweis im Bundesgesetz zum 4-Meter-Korridor. Wie schon im Ständerat wurde dagegengehalten, dass dafür die Verordnungs- und nicht die Gesetzesebene vorgesehen sei. Der Nationalrat nahm den Minderheitenantrag Hardegger trotzdem mit 119 zu 60 Stimmen an. In der Gesamtabstimmung wurde das Bundesgesetz einstimmig mit 178 Stimmen bei 2 Enthaltungen angenommen. In der Debatte zum Bundesbeschluss über den Gesamtkredit verlangte eine Minderheit Huber (fdp, UR), der bundesrätlichen Vorlage nachzukommen und die vom Ständerat eingebrachten CHF 50 Mio. für Massnahmen in Italien auf der Lötschberg-Simplon-Linie zu streichen. Der Nationalrat folgte aber seiner Kommission und nahm den Bundesbeschluss im Sinne des Ständerates mit 104 gegen 72 Stimmen an, wobei die Gegenstimmen aus den Fraktionen von FDP und SVP stammten. Die Ausgabenbremse wurde gelöst und mit 115 zu 67 Stimmen wurde das Geschäft angenommen. Am 10. Dezember verhandelte der Ständerat die Differenz und folgte dem Nationalrat darin, die Höchstmasse von Fahrzeugen nicht ins Bundesgesetz zum 4-Meter-Korridor sondern ins Strassenverkehrsgesetz zu schreiben. In der Schlussabstimmung vom 13. Dezember nahm der Ständerat die Vorlage mit 37 zu 1 Stimme an, der Nationalrat mit 143 zu 36 Stimmen. Die Gegenstimmen kamen ausschliesslich aus der SVP-Fraktion.

Im November des Berichtjahres legte der Bundesrat den Verlagerungsbericht 2013 für die Periode von Juli 2011 bis Juni 2013 vor. Für 2013 waren erst Prognosen enthalten: Es sei per Ende 2013 mit ca. 1.1 Mio. alpenquerender Fahrten von schweren Güterfahrzeugen zu rechnen und damit mit einem deutlichen Rückgang von ca. 7.5% gegenüber 2012 (1.21 Mio. Fahrten). Die Transportmenge im Schienengüterverkehr werde bis Ende 2013 hingegen leicht zugenommen haben. Der Bundesrat hielt fest, dass sowohl das für 2011 festgelegte Zwischenziel von höchstens 1 Mio. Lastwagenfahrten nicht erreicht worden sei und auch das auf zwei Jahre nach Eröffnung des Gotthard-Basistunnels (2018) festgelegte Verlagerungsziel von 650'000 Fahrten mit den beschlossenen und umgesetzten Massnahmen nicht erreicht werden könne. In Beantwortung der identischen Motionen der Kommissionen für Verkehr und Fernmeldewesen (KVF) beider Räte zur Stärkung der Anreize für die Verlagerung des alpenquerenden Schwerverkehrs (12.3330 / 12.3401) zeigte der Bundesrat Massnahmen zur Stärkung der Verlagerung auf. Mit dem durchgehenden 4-Meter-Korridor und der Verlängerung des Zahlungsrahmens für den unbegleiteten kombinierten Verkehr um fünf Jahre werde die Verlagerung des Güterverkehrs auf die Bahn weiter zunehmen. Massnahmen wie die Alpentransitbörse würden zwar im Rahmen des Suivi de Zurich-Prozesses (bzw. Follow up Zurich) weiterverfolgt, allerdings signalisierten Vertreter der EU, dass ein limitierendes Schwerverkehrsmanagement wie die Alpentransitbörse mit dem Landverkehrsabkommen nicht kompatibel sei. Sie würde die Aufnahme von Verhandlungen ablehnen und auf die laufenden Arbeiten des Suivi de Zurich verweisen. Die Schweiz lege am Suivi de Zurich-Treffen der Verkehrsminister der Alpenländer Wert darauf, dass auch das Konzept des Toll+-Systems (Einführung von nachfrageabhängigen Strassengebühren) weiterverfolgt und vertieft werde. Der Verlagerungsbericht hält zudem fest, dass durch die technische Entwicklung sowie durch die Anreize mittels tieferen LSVA-Abgaben zum Ersatz von alten Lastwagen durch abgasarme Euro VI-Fahrzeuge die Belastung durch Luftschadstoffe auf den Transitachsen bis 2020 stark abnehmen werde. Die wesentlich geringere Luftbelastung werfe grundsätzliche Fragen zur Zielsetzung der Verlagerungspolitik auf, welche der Bundesrat in die politische Debatte aufnehmen möchte. Der Verlagerungsbericht wird erst 2014 im Parlament behandelt.

In seiner Botschaft zur Änderung des Bundesbeschlusses über den Zahlungsrahmen für die Förderung des alpenquerenden Schienengüterverkehrs vom 29. November zeigte der Bundesrat auf, wie er die Verkehrsverlagerung stützen und die Planungssicherheit im Schienengüterverkehr sichern will. Der Zahlungsrahmen für den unbegleiteten kombinierten Verkehr soll um fünf Jahre bis 2023 verlängert und gleichzeitig auf CHF 1'675 Mio. erhöht werden. Die Änderung des Bundesbeschlusses wird im März 2014 im Nationalrat behandelt.

Die Neat-Aufsichtsdelegation richtete im April 2013 ihren Bericht über die Oberaufsicht über den Bau der Neat im Jahr 2012 an das Parlament. Die Bauarbeiten seien auf Kurs, der Gotthardbasistunnel könne voraussichtlich planmässig 2016 eröffnet werden. Mit dem Abschluss der Bohrarbeiten am Gotthard hätten die Unsicherheiten weiter abgenommen. Etwas unsicher seien jedoch die Fortschritte auf den Zulaufstrecken, insbesondere beim Ausbau der Rheintalbahn in Deutschland. Beide Parlamentskammern würdigten sowohl die Arbeit der beteiligten Betriebe, als auch die Aufsichtstätigkeit des Bundesrates und die Arbeit der parlamentarischen Aufsichtsdelegation. Beide Kammern nahmen vom Bericht Kenntnis, der Ständerat am 5. Juni, der Nationalrat am 19. Juni 2013.

Die Zahl schwerer Güterfahrzeuge im alpenquerenden Güterverkehr nahm 2012 um 4.0% ab: Nach 1.25 Mio. Lastwagenfahrten im Jahr 2011 wurden 2012 noch 1.209 Mio. Fahrten registriert. Gegenüber dem Referenzjahr 2000 liegt die Zahl der schweren Güterfahrzeuge damit zwar um 13.9% tiefer, aber noch 559'000 Fahrten über dem Zielwert des Güterverlagerungsgesetzes. Ohne die mehrwöchige Totalsperrung der Gotthardschienenachse infolge eines Felssturzes bei Gurtnellen im Juni 2012 und ohne die Totalsperre der Simplonschienenachse aufgrund Sanierungsarbeiten im August 2012 wäre die Zahl der Fahrten um ca. 13'000 tiefer ausgefallen, was ein Minus von 5.0% (statt 4.0%) gegenüber dem Vorjahr ausgemacht hätte. Im alpenquerenden Schienengüterverkehr resultierte gemessen am Vorjahr ein Rückgang um 7.5%. Die oben erwähnte Streckensperrung am Gotthard dürfte allein für einen Viertel des Rückganges verantwortlich sein. Neben der Sperrung der Simplonstrecke im August war der Schienengüterverkehr auch von Streiks in Italien und im Hafen von Rotterdam betroffen.

Im Juni des Berichtjahres verhandelten die eidgenössischen Räte den Bericht zur Verkehrsverlagerung 2011 des Bundesrates. Mit zwei gleichlautenden Motionen reagierten die Kommissionen für Verkehr und Fernmeldewesen (KVF) beider Räte und beauftragten den Bundesrat mit der Konkretisierung der Umsetzung der Verlagerung des Güterverkehrs auf die Schiene in der kommenden Berichtsperiode (12.3330 / 12.3401). Neben der Umsetzung der im Verlagerungsbericht 2011 aufgeführten Massnahmen sollen der Ausbau der Gotthardachse zwischen Basel und Chiasso zu einem durchgängigen 4-Meter-Korridor beschleunigt sowie zusätzliche Umschlagkapazitäten für den kombinierten Verkehr (vor allem auf der Alpensüdseite) geschaffen werden. Im September gab der Bundesrat ein Massnahmenpaket in die Vernehmlassung, in welchem er die Profil-Erweiterung der Gotthardachse für den durchgängigen 4-Meter-Korridor präzisiert. Für rund CHF 710 Mio. sollen die Strecken in der Schweiz und für CHF 230 Mio. Anschlüsse in Italien aufgerüstet werden. Grösster Brocken im Paket ist der Neubau des Bözbergtunnels – ein Ausbau des bestehenden würde die Eröffnung des durchgängigen 4-Meter-Korridors um bis zu fünf Jahre verzögern. Finanziert werden könnte das Paket aus Finöv und FABI. Die Reaktionen auf die im Dezember beendete Vernehmlassung fielen grösstenteils positiv aus. Vorbehalte äusserte die SVP. Sie störte sich hauptsächlich an der Finanzierung aus dem Bahninfrastrukturfonds, welcher unter anderem mit Einnahmen aus dem Strassenverkehr alimentiert wird. Die KVF-Motionen verlangen weiter einen Bundesbeschluss über die Verlängerung und Erhöhung des Zahlungsrahmens zur Förderung des alpenquerenden Schienengüterverkehrs, damit die Planungssicherheit im Schienengüterverkehr zunehme. Zudem sollen Massnahmen ergriffen werden, welche die Ausschöpfung der gemäss Landverkehrsabkommen zulässigen Höchstbeträge der Gebühren für den Schwerverkehr erlauben. Der Bundesrat beantragte die Annahme dieser Forderungen, empfahl aber weitere Punkte der Motionen zur Ablehnung: Diese verlangen eine Vereinheitlichung der Emissionsgrenzwerte, die Statuierung eines gemeinsamen Verlagerungszieles, die Entwicklung eines gemeinsamen Reduktionzieles sowie Verhandlungen über die Einführung einer Alpentransitbörse oder eines anderen marktwirtschaftlichen Instruments zur Verkehrsverlagerung mit den anderen Alpenländern und der EU. Der Bundesrat hielt diese Forderungen für unrealistisch. Mehrheiten in beiden Räten nahmen die Motionen vollumfänglich an, wobei die Punkte betreffend Verhandlungen und Vereinheitlichungen mit der EU umstritten waren. Abgelehnt wurde die Motion im Nationalrat von der FDP/Liberalen- und der SVP-Fraktion. Im Zuge der Diskussion des Verlagerungsberichts wurde von Vertretern der SVP das Verlagerungsziel an sich angegriffen: Dieses sei unsinnig, da nicht zu erreichen. Diesen Voten wurde von verschiedener Seite entgegengehalten, dass die Verkehrsverlagerung dem Volkswillen entspräche und deshalb zu respektieren sei. Der Verlagerungsbericht selber wurde von den Räten zur Kenntnis genommen. Das von der KVF-NR eingereichte Postulat zur Stärkung der Verlagerungsanreize für den alpenquerenden Schwerverkehr durch Innovation im Schienengüterverkehr (12.3331) wurde in derselben Debatte überwiesen. Das Postulat der KVF-SR zur Gleichbehandlung aller Güterverkehrsarten bei Betriebsabgeltungen zur Güterverkehrsverlagerung (12.3402) wurde vom Ständerat ebenfalls in der Debatte um den Verlagerungsbericht 2011 verhandelt und überwiesen. Beide Kammern schrieben zudem zwei Standesinitiativen der Kantone Tessin (08.304) und Uri (08.305) ab, da alle mehrheitsfähigen Anliegen in die Motionen aufgenommen worden seien und die darin verlangten Fristen (Umsetzung der Verlagerung auf die Schiene bis 2012) zum Zeitpunkt der Abschreibung hinfällig geworden waren.

Die Alptransit AG meldete im September des Berichtjahres, dass der Vortrieb im Ceneri-Basistunnel wegen Störzonen im Gestein langsamer vorankomme als geplant. Der Rückstand auf den Bauplan betrage 7 Monate. Die Inbetriebnahme soll trotzdem 2019 möglich sein. Auch das Gesamtbudget der Gotthardachse soll eingehalten werden können.

Das im Mai des Berichtjahres im Ständerat eingereichte Postulat Abate (fdp, TI) fordert vom Bundesrat einen Bericht zur strategischen Vision der Entwicklung der Nord-Süd-Verbindung der Bahn, speziell der Gotthardachse. Von mehreren Sprechern wurde in der Debatte auf die Notwendigkeit einer Gesamtschau über die strategische Entwicklung hingewiesen. Bundesrätin Leuthard betonte in ihrer Antwort, dass sich strategisch seit der Neat-Strategie nichts geändert habe und man nun in der Umsetzungsphase stehe, in welcher neben der Schweiz auch Deutschland und Italien halten müssten, was abgemacht worden sei. Der Ständerat überwies das Postulat entgegen dem Antrag des Bundesrates mit 29 zu 3 Stimmen.

Als Reaktion auf die Konferenz der Verkehrsminister der Alpenländer in Leipzig und insbesondere auf deren Ankündigung, frühestens per 2025 ein Verkehrsmanagement-Instrument einzuführen, verabschiedete der Verein Alpen-Initiative eine Resolution. Darin wird der Bundesrat aufgefordert, eine neue Verhandlungsstrategie zu entwickeln, um die Verkehrsverlagerung gemäss Verlagerungsgesetz bis 2018 zu erfüllen. Die betroffenen Regionen seien direkt an den Verhandlungen zu beteiligen. Eine zweite Forderung betrifft die Sanierung des Gotthard-Strassentunnels: Diese sei ohne den Bau einer zweiten Röhre vorzunehmen. Die Begrenzung der Strassenkapazität sei das bislang einzige wirksame Instrument, um die Lastwagenflut aus der EU abzuhalten.

Die informelle Gesprächsplattform Suivi de Zurich bzw. Follow up Zurich führte zu einem Ergebnis: Die Verkehrsminister der beteiligten Alpenländer Schweiz, Frankreich, Deutschland, Italien, Österreich und Slowenien (sowie der EU im Beobachterstatus) einigten sich am 2. Mai des Berichtjahres in Leipzig unter der Leitung von Bundesrätin Leuthard auf ein verkehrspolitisches Dokument. Die „Schlussfolgerungen von Leipzig“ enthalten eine Würdigung der bisherigen Arbeit, die Absichtserklärung zur Schaffung einer Informationswebsite zum Ereignismanagement bei Unfällen, Staus und anderen Störungen der Transitachsen, sowie den Beschluss, das Konzept des Toll+-Systems (Einführung von nachfrageabhängigen Strassengebühren) zu vertiefen. Ein limitierendes Schwerverkehrsmanagement-Instrument soll erst 2025/2030 für den gesamten Alpenraum eingeführt werden. Mit dem Ende der Konferenz übergab Bundesrätin Leuthard den Vorsitz turnusgemäss an den deutschen Verkehrsminister Ramsauer.