Mit einer im September 2015 eingereichten Motion verlangte Nationalrat Regazzi (cvp, TI) die Implementierung des Abfertigungsverfahrens Transito auch am Grenzübergang Chiasso-Brogeda. Transito sei in Basel-Weil am Rhein sehr erfolgreich, es habe die Staustunden am Grenzübergang deutlich reduziert. In Chiasso-Brodega sei das Abfertigungsverfahren deshalb ebenfalls einzuführen. Der Bundesrat beantragte im November 2015 die Ablehnung der Motion und begründete dies mit der fehlenden Unterstützung Italiens. Die Einführung von Transito sei mit Italien abgesprochen worden, doch sei seit 2006 von Italien nie eine Genehmigung des Projekts eingegangen, noch hätte Italien seinen Anteil von CHF 35 Mio. an den Gesamtkosten von rund CHF 45 Mio. zugesagt, um die baulich notwendigen Massnahmen am Grenzübergang zu finanzieren. Der Bund beobachte die Situation in Chiasso-Brodega seit Jahren, sei aber zum Schluss gekommen, dass wegen der rückläufigen Zahl der Lastwagen momentan kein Handlungsbedarf gegeben sei. Bundesrat Maurer erklärte im Mai 2017 im Nationalrat erneut, dass der Ball bei Italien liege. Der Nationalrat nahm die Motion dennoch mit 137 gegen 52 Stimmen (1 Enthaltung) an. Der Ständerat behandelte das Geschäft im Dezember 2017 und nahm die Motion ebenfalls an: Mit 29 gegen 12 Stimmen (keine Enthaltungen).

Eine Motion Gschwind (cvp, JU) mit dem Titel ”Telekommunikationsnetz. Breitbandversorgung und Hochbreitbandversorgung aller Randregionen der Schweiz“ verlangte eine steuerliche Befreiung von Investitionen öffentlicher und privater Telekommunikationsnetzbetreiber, so dass auch in den Randregionen der Schweiz eine Hochbreitbandversorgung aufgebaut und gewährleistet werden könne. Obschon Bundesrat Maurer im Mai 2017 im Plenum des erstberatenden Nationalrat mahnte, derartige Fördermassnahmen würden oft zu Lösungen führen, die vom technologischen Fortschritt schnell obsolet gemacht würden, nahm der Nationalrat die Motion mit 101 zu 73 Stimmen (bei 16 Enthaltungen) an.

Im Februar 2017 behandelte der Nationalrat die Motion Ettlin (cvp, OW). Der Motionär hatte in der im Rahmen von FABI in Kraft getretenen Beschränkung des Fahrkostenabzugs eine übermässige administrative Belastung bei Geschäftsfahrzeuginhabern ausgemacht, die er mittels Motion aufheben wollte. Der Ständerat hatte die Motion im September 2016 angenommen. Die nationalrätliche Kommission für Wirtschaft und Abgaben (WAK-NR) beantragte ihrem Rat, eine abgeänderte Fassung der Motion anzunehmen. Diese Fassung sah vor, dass der Bundesrat gesetzliche Änderungen vorschlagen würde, damit auf Verwaltungsstufe ein Einkommensteil für die Nutzung des Geschäftsfahrzeugs für den Arbeitsweg mit den 9,6 Prozent des Fahrzeugkaufpreises für die private Nutzung des Geschäftsfahrzeugs mitabgegolten werden kann. Die vorgeschlagene Lösung soll erreichen, dass der administrative Aufwand für KMU und die steuerliche Belastung für Inhaber eines Geschäftsfahrzeugs entscheidend kleiner würde. Eine Kommissionsminderheit Birrer-Heimo (sp, LU) beantragte dem Rat die Ablehnung der Motion und berief sich dabei auf den Volkswillen, der in der Abstimmung über FABI eine Begrenzung des Pendlerabzugs für alle Steuerpflichtigen gleichermassen zum Ausdruck gebracht habe. Wie schon in der Debatte im Ständerat versuchte auch Finanzminister Maurer, den Rat zur Ablehnung der Motion zu bewegen. Mit 121 Stimmen aus den bürgerlichen Fraktionen gegen 57 Stimmen von SP, Grünen und GLP (bei 6 Enthaltungen) nahm der Rat jedoch die Fassung seiner WAK an.

Seit 1959 übernimmt der Bund Bürgschaften für Hochseeschiffe, die unter Schweizer Flagge verkehren. Diese erlauben es den Reedereien, günstige Kredite zum Kauf von Schiffen aufzunehmen, so dass diese die wirtschaftliche Landesversorgung der Schweiz mit wichtigen Gütern und Rohstoffen im Krisenfall sicherstellen können. Über die Jahre wurde diese Schweizer Handelsflotte aufgebaut und durch immer weitere Bürgschaften auf 49 Schiffe vergrössert – was die Schweiz zum Binnenland mit der grössten Hochseeflotte macht. 1997 wurde der Bürgschaftskredit von anfänglich CHF 350 Mio. auf 600 Mio., 2007 dann auf CHF 1.1 Mrd. erhöht, womit Bürgschaften in der Höhe von etwa CHF 800 Mio. vergeben wurden.
Noch 2007 sah der Bundesrat in seiner Botschaft ans Parlament eine eigene Handelsflotte als reales versorgungspolitisches Bedürfnis, wobei es nicht nur um die Sicherung des Nachschubs an Rohstoffen, sondern auch um die Sicherung des eigenen Wirtschaftsstandortes gehe. Da der Bund durch die Schifffahrtsförderung bis dahin nie Verluste erlitten hatte und gegenüber dem Eigner im Schadensfall unter anderem erstrangiges Schiffspfandrecht und Anrecht auf sämtliche Leistungen aus den Schiffsversicherungen habe, sei das Risiko des Bundes „als ausserordentlich gering einzustufen", erklärte der Bundesrat im Rahmen der Erneuerung des Bürgschafts-Rahmenkredits 2007. Durch die Verteuerung des Schiffsraums um 50 Prozent sei die Erneuerung der Flotte, wie sie 2002 beschlossen worden war, ohne die Aufstockung des Kredits und der Verlängerung von dessen Laufzeit nicht möglich. Das Parlament stimmte dieser Einschätzung damals grossmehrheitlich zu und erhöhte den Bürgschaftskredit (Ständerat: 28 zu 0 Stimmen, Nationalrat: 153 zu 2 Stimmen).
Im Jahr 2010 stellte die EFK gemäss einem Bericht in der NZZ keinerlei Probleme oder Mängel bei der Vergabe der Bürgschaften für Schweizer Hochseeschiffe fest. Sie attestierte dem zuständigen Bundesamt für wirtschaftliche Landesversorgung (BWL) eine professionelle und sachdienliche Betreuung des Dossiers. Anschliessend verschlechterte sich aber die Situation der Reedereien rasch. Seit 2008 führte die Finanzkrise durch das rückläufige Handelsvolumen zu Überkapazitäten bei der maritimen Transportbranche, wodurch die Preise dramatisch sanken: Gemäss Anita Fetz (sp, BS) als Sprecherin der FK-SR kollabierte der Frachtpreis von einst 200'000 US-Dollar pro Tag auf 10'000 US-Dollar.
Im Sommer 2015 meldete das BWL, dass eine der durch den Bund abgesicherten Reedereien, die SCL-Gruppe, in einer „ernsten Liquiditäts- und Solvenzkrise" sei. Zu diesem Zeitpunkt begannen sich Bundesrat und Verwaltung aktiv zu engagieren, unter anderem änderte der Bundesrat die Verordnung über die Verbürgung von Darlehen zur Finanzierung schweizerischer Hochseeschiffe (SR 531.44), indem er grosszügigere Bestimmungen zur ausserordentlichen Verlängerung der Laufzeit sowie zur Wiederbeanspruchung der Bürgschaftsmittel für das gleiche Schiff erliess, gleichzeitig aber auch die Einflussmöglichkeiten des Bundes auf den Darlehensnehmer verstärkte. Zudem beauftragte der Bund mehrere Wirtschaftsberatungsunternehmen damit, Strategien für die Schweizer Schifffahrtsunternehmen zu entwickeln. Dadurch konnte die Situation mehrerer Reedereien stabilisiert werden. Ab Mitte 2015 informierte das WBF überdies die Finanzdelegation regelmässig über die Entwicklungen der finanziellen Risiken sowie der getroffenen Massnahmen. Im Sommer 2016 eruierte die EFK schliesslich ein „erhebliches Risiko", dass ein grosser Teil der Bürgschaften geleistet werden müsse. Dabei kam auch der Verdacht auf, dass es bei den Bürgschaften zu Betrug gekommen sei. So reichte Michel Huissaud, der Direktor der EFK, Strafanzeige gegen verschiedene Personen, auch gegen einen Mitarbeiter des BWL, ein. Die Bundesanwaltschaft konnte aber gemäss einem Bericht der Nordwestschweiz keinen hinreichenden Tatverdacht feststellen.
Ans Licht kamen die Probleme des Bundes mit der Hochseeflotte im Januar 2017 durch einen Zeitungsartikel der Nordwestschweiz. Diese berichtete, dass der Bund versuche, den unrentablen Teil seiner Hochseeflotte zu verkaufen. In einem an die Zeitung durchgesickerten geheimen Bericht erklärte Wirtschaftsminister Schneider-Ammann dem Gesamtbundesrat, dass acht Frachter und vier Tanker der Reedereien SCL und SCT, für welche der Bund mit CHF 236 Mio. bürgt, dringend verkauft werden müssen, um den Konkurs der Unternehmen zu verhindern. Der Verkauf solle so schnell wie möglich geschehen, da der Bund für den Betrieb der Frachter Überbrückungskredite in der Höhe von bis zu CHF 33'000 pro Tag leisten müsse. Da dieser Notverkauf zu einem ungünstigen Zeitpunkt stattfinde, rechnete Bundesrat Schneider-Ammann mit einem Verlust von CHF 110 bis 125 Mio. Damit die Preise aufgrund des Verkaufsdrucks nicht noch weiter fallen würden, hatte der Bundesrat bis dahin bewusst auf eine Information der Öffentlichkeit verzichtet. Entsprechend erstattete Bundesrat Schneider-Ammann Anzeige wegen Amtsgeheimnisverletzung.
In der Sommersession 2017 beantragte der Bundesrat einen Nachtragskredit in der Höhe von CHF 215 Mio., worin der effektive Verlust von CHF 190 Mio. sowie CHF 25 Mio. als Reserve enthalten waren. In der Zwischenzeit hatten alle zwölf sowie ein weiteres unrentables Schiff verkauft werden können. Sowohl die Bundesräte Maurer und Schneider-Ammann, als auch Ständerätin Anita Fetz (sp, BS) betonten dabei die grossen Anstrengungen, welche das WBF und das EFD unternommen hätten, um einen noch grösseren Schaden durch den Konkurs der beiden Reedereien abzuwenden. Das Parlament interessierte in der Folge vor allem die Schuldfrage, betont wurde entsprechend die Wichtigkeit der bereits abgeschlossenen Administrativuntersuchung. Diese sollte klären, warum auf Seiten der Verwaltung erst so spät auf die Krise reagiert worden ist und wo allenfalls Fehler begangen worden sind. Bisher konnte der Bericht wegen Einsprachen betroffener Personen jedoch noch nicht veröffentlicht werden. Anita Fetz erklärte aber als Mitglied der Finanzdelegation, dass gemäss dem Bericht Aufsicht, Governance und Professionalität sehr schwach gewesen seien. Unter anderem sei die Bürgschaftsvergabe lange intransparent gewesen und nur durch eine Person beaufsichtigt worden. Zudem seien Reaktionen auf kritische Ereignisse lange ausgeblieben, obwohl spätestens 2011 klar gewesen sei, dass der Hochseeschiffhandel einbreche. Mehrere Parlamentarierinnen und Parlamentarier befürchteten nun, dass eine Annahme des Nachtragskredits vor Veröffentlichung des Berichts die gründliche Aufarbeitung des Falls verschleppen würde. Entsprechend hatte sich auch fast die Hälfte der Mitglieder der FK-NR bei der Vorbesprechung der Stimme enthalten. Die FK-NR empfahl die Annahme des Nachtragskredits entsprechend lediglich mit 13 zu 0 Stimmen bei 11 Enthaltungen. Jedoch gaben sich National- und Ständerat In ihren Beratungen auch selbstkritisch: Mehrere Voten betonten, dass auch das Parlament durch seine unkritische Haltung im Jahr 2008 in der Verantwortung stehe und entsprechend jetzt die billigste Lösung – eine weitere Verzögerung würde pro Monat CHF 1 bis 2 Mio. kosten – akzeptieren solle. Entsprechend nahmen beide Räte den Nachtragskredit an. Der Ständerat sprach sich stillschweigend dafür aus, der Nationalrat hiess ihn mit 104 zu 69 Stimmen bei 14 Enthaltungen gut. Der Widerstand gegen den Nachtrag Ia stammte dabei vor allem von der SVP (Gegenstimmen) und der SP (Enthaltungen).
Allgemein gab der Bundesrat bekannt, dass der Bund sein Engagement in der Hochseeschifffahrt mittelfristig reduzieren wird. So habe der im Dezember 2016 erschienene Bericht zur versorgungspolitischen Bedeutung der Hochseeschifffahrt ergeben, dass eine „eigene Flotte kaum einen entscheidenden Mehrwert zur Versorgung der Schweiz mit lebenswichtigen Gütern leistet". Entsprechend beantragte der Bundesrat die Verlängerung des Rahmenkredites nicht mehr, die letzten Bürgschaften laufen somit spätestens 2031 aus. Vorerst seien jedoch gemäss Bundesrat Maurer noch immer Bürgschaften für Hochseeschiffe in der Höhe von CHF 550 Mio. bei fünf Schweizer Reedereien offen und „die Krise in der Hochseeschifffahrt [ist] noch nicht vorbei".

Eine im Dezember 2015 von Ständerat Erich Ettlin (cvp, OW) eingereichte Motion richtete sich gegen eine übermässige administrative Belastung bei Geschäftsfahrzeuginhabern. Im Rahmen der FABI war 2014 der steuerliche Fahrkostenabzug auf CHF 3000 plafoniert worden. Um den Fahrkostenabzug war in der FABI-Debatte heftig gekämpft worden, doch mit der Annahme der FABI-Vorlage durch das Stimmvolk im Februar 2014 galt ein maximaler Fahrkostenabzug von CHF 3000. Im Sinne einer Gleichbehandlung aller Steuerpflichtigen plante die Eidgenössische Steuerverwaltung eine Praxisänderung, die den maximalen Fahrkostenabzug auch für Inhaber von Geschäftsfahrzeugen berücksichtigt. Weil zwischen Arbeitsweg und Aussendienst unterschieden wird, steigt gemäss Ettlin der administrative Aufwand für Arbeitgeber und -nehmer übermässig an. Weil die Fahrkosten, die CHF 3000 übersteigen, den Arbeitnehmern mit Geschäftsfahrzeug neu als Einkommen angerechnet werden, droht diesen zudem eine höhere Steuerrechnung. Motion Ettlin fordert den Bundesrat auf, die Steuerverwaltung anzuweisen, diese Praxis nicht umzusetzen. Am 3. März 2016 nahm sich der Ständerat der Motion an. Ein Ordnungsantrag von Claude Hêche (sp, JU) wollte die Motion an die Kommission für Wirtschaft und Abgaben zurückweisen. Der Ordnungsantrag Hêche wurde bei 21 zu 21 Stimmen mit dem Stichentscheid des Präsidenten Comte (fdp, NE) angenommen.
Am 27. September 2016 kam die kleine Kammer auf das Geschäft zurück. Die Kommission empfahl dem Rat mit 6 zu 5 Stimmen die Ablehnung der Motion mit der Begründung, die Gleichbehandlung der Steuerpflichtigen sei mit der neuen Praxis gewährleistet und der Aufwand zu bewältigen. Bundesrat Maurer stiess ins selbe Horn und betonte, es sei ausgiebig nach der einfachsten Lösung gesucht worden und die Annahme der Motion führe kaum zu einer weniger aufwändigen Praxis. Trotzdem folgte der Rat der Minderheit Wicki (fdp, NW) und nahm die Motion bei 3 Enthaltungen mit 19 zu 18 Stimmen an.