Mitte Oktober präsentierte die CVP ihr aktualisiertes Positionspapier zur Bildungspolitik. Die Partei lobte das duale Bildungssystem – hochstehende schulisch-akademische Bildung auf der einen und leistungs- und arbeitsmarktorientierte Berufsbildung auf der anderen Seite – sah aber trotz hoher Qualität Handlungsbedarf. Herausforderungen wie der demographischen Entwicklung, der Migration, der Vereinbarkeit von Beruf und Familie oder dem Zwang zu lebenslanger Weiterbildung müsse man mit einer Stärkung des gesamten Bildungsraums auf allen Ebenen, von der Volksschule bis zur Hochschule, begegnen. Sparprogramme auf Kosten der Bildung oder die „Verpolitisierung” der Schule müssten verhindert werden, indem klare Zuständigkeiten von Schule und Politik definiert würden. Die CVP setze sich ausdrücklich für eine konsequente Umsetzung des Harmos-Konkordats und eine Aufwertung des Lehrerberufes ein. Für das Gymnasium würden kantonal einheitliche Qualitätsstandards gefordert und die Profile der drei Hochschultypen Fachhochschule, pädagogische Hochschule und universitäre Hochschule müssten beibehalten werden.

Die im Vorjahr durch einen Zeitungsbericht des Tages-Anzeigers ausgelöste „Affäre Mörgeli“ erhielt auch im Berichtjahr viel neuen Zündstoff. Nationalrat Christoph Mörgeli (ZH) war 2012 von seinem Posten als Konservator des Medizinhistorischen Instituts an der Universität Zürich aufgrund ungenügender fachlicher Leistungen freigestellt worden. Ende März strahlte die Fernsehsendung „Rundschau“ einen Bericht aus, in dem Mörgeli vorgeworfen wird, ungenügende Doktorarbeiten abgenommen zu haben. Mörgeli sah sich nicht nur in seinem Urteil bestätigt, dass er von der Universität gemobbt werde, da diese interne und vertrauliche Gutachten herausgebe, sondern er plante auch rechtliche Schritte gegen die Rundschau und die Sendung „10 vor 10“, die das Thema ebenfalls aufgenommen hatte. Wegen „versuchten Rufmords“ reichte Mörgeli bei der Ombudsstelle Beschwerde ein, die Anfang Dezember allerdings abgewiesen wurde. Anfang Oktober kam ein Bericht einer externen Expertenkommission zum Schluss, dass Mörgeli einen Teil seiner Doktoranden schlecht betreut habe. Mörgeli wehrte sich in einer Stellungnahme gegen den Bericht; er stritt insbesondere ab, dass es in den von ihm betreuten rund 60 Dissertationen unkommentierte Text-Transkripte gegeben habe. Mörgeli griff zudem seine Nationalratskollegin und Mitglied des Universitätsrates Kathy Riklin (cvp, ZH) an. Er reichte Strafanzeige wegen Amtsgeheimnisverletzung ein, weil Riklin Ende Herbstsession in der Wandelhalle angeblich Internas aus dem damals noch nicht veröffentlichten Expertenbericht ausgeplaudert habe. Im Herbst wurde die Kritik an der Universitätsführung lauter, die in der Zwischenzeit auch die stellvertretende Institutsdirektorin Iris Ritzmann entlassen hatte, was in Universitätskreisen geharnischte Proteste hervorgerufen hatte. Der Universitätsleitung wurde Führungsschwäche vorgeworfen. Sie habe zudem der ermittelnden Staatsanwaltschaft willfährig E-Mails zahlreicher Mitarbeiter ausgehändigt. Die Kritiken kulminierten im vorzeitigen und sofortigen Rücktritt des Rektors Andreas Fischer Anfang November, worauf sich eine kantonalparlamentarische Oberaufsicht einschaltete, die die Vorfälle überprüfen will. Um eine Episode reicher wurde die Affäre Ende Berichtjahr, als der Anwalt von Christoph Mörgeli Strafanzeige gegen den ehemaligen Chef des Bundesamtes für Justiz, Heinrich Koller, einreichte, der von der Universität Zürich eingesetzt worden war, um die Entlassung von Iris Ritzmann zu untersuchen. Mörgelis Anwalt machte herabsetzende Äusserungen und Verletzung des Amtsgeheimnisses geltend.

Viel medialen Wirbel verursachte ab Mitte September 2012 die Kritik an Christoph Mörgeli in seinem Amt als Medizinhistoriker an der Universität Zürich. Im akademischen Jahresbericht des Medizinhistorischen Instituts wurde Mörgelis Amtsführung massiv bemängelt. Vorlesungen fänden nicht statt, menschliche Präparate würden ethisch fragwürdig aufbewahrt und die Museumsausstellung sei veraltet und fehlerhaft. Mörgeli warf dem Tagesanzeiger, der den zuerst von der Universität unter Verschluss gehaltenen Bericht publik gemacht hatte, Rufmord vor. Die Universität berief sich auf ein seit November 2011 laufendes internes Beurteilungsverfahren und hielt sich vorerst mit Stellungnahmen zurück, stellte sich dann aber hinter den neuen Chef Mörgelis, Flurin Condrau. Die SVP hingegen stellte sich hinter ihren Nationalrat und griff ihrerseits die Medien und die Universität an, eine orchestrierte politische Abrechnung zu fahren; die Kampagne der Universität wurde als Mobbing bezeichnet. Am 21. September stellte die Universität Mörgeli wegen Verletzung der Loyalität als Museumskonservator per sofort frei. Das Vertrauensverhältnis sei unwiederbringlich zerstört und Mörgelis fachliche Leistung als ungenügend beurteilt worden. Die SVP wetterte gegen die „links unterwanderten“ Universitäten und die politische motivierte Entlassung. Mörgeli selber reichte Rekurs gegen die Kündigung ein.

In der Gesundheitspolitik setzte sich die CVP für die Abschaffung des Numerus clausus beim Medizinstudium ein. Es gehe nicht an, dass immer mehr ausländische Ärzte in der Schweiz tätig seien, der Ausbildung inländischen Ärztenachwuchses aber gleichzeitig ein Riegel geschoben werde. CVP-Nationalrätin Brigitte Häberli (TG) reichte im Juni eine entsprechende Motion ein.

In einem Bildungspapier fordert die CVP eine Rückbesinnung auf die Vermittlung von Grundkompetenzen (Lesen, Schreiben, Rechnen). Die Partei bekennt sich zum Harmos-Konkordat und wünscht eine landesweite Vereinheitlichung der Lernstandards auf Gymnasialstufe. Sie will sich überdies für Leistungslöhne bei Lehrerinnen und Lehrern sowie für obligatorische Elternabende einsetzen. Der „Verakademisierung der Kindergartenlehrerinnenausbildung“ steht die Partei skeptisch gegenüber. In Bezug auf die Hochschulpolitik verlangt sie höhere Semestergebühren für ausländische Studierende, die sich in immer grösserer Zahl an Schweizer Universitäten immatrikulieren, sowie die Abschaffung des Numerus Clausus für das Medizinstudium.

Im August stellte die CVP ein Positionspapier zur Bildungspolitik vor. Sie befürwortete darin eine frühere Einschulung mit dem 4. Altersjahr. Damit könnten Defizite von Kindern rascher erkannt werden und die Förderung von Hochbegabten früher beginnen. Die Sekundarschule solle in Zukunft bereits mit 14, eine Lehre mit 17 bis 18 und ein Studium mit 22 bis 23 Jahren abgeschlossen werden. Die CVP verlangte auch eine modernere Berufsbildung. Die Anzahl Berufsausbildungen solle reduziert und die Spezialisierung und Durchlässigkeit innerhalb der Berufsgruppen gefördert werden. Ausländische Studentinnen und Studenten, die einen Abschluss in einem für die schweizerische Wirtschaft wichtigen Bereich erlangen, sollen nach dem Willen der CVP automatisch eine Aufenthalts- und Arbeitsbewilligung erhalten.

Nach einer langwierigen Debatte mit über 60 Änderungsanträgen verabschiedeten die Sozialdemokraten in Rapperswil (SG) mit 115:25 Stimmen ein unter der Leitung von Anita Fetz (BS) ausgearbeitetes Positionspapier zur Hochschulpolitik. Die JungsozialistInnen und die Zürcher Kantonalpartei hatten vergeblich die Rückweisung des Papiers beantragt, da Effizienzsteigerung und Konzentration des Studienangebots, Bologna-Reform und Finanzierung staatlicher Hochschulangebote durch private Sponsoren ihrer Meinung nach traditionellen sozialdemokratischen Anliegen widersprachen. Bei der Parolenfassung zur Sonntagsarbeit in Geschäften in Bahnhöfen und Flughäfen setzte sich der ablehnende Gewerkschaftsflügel mit 130:13 Stimmen klar gegen die urban-liberaleren, jüngeren Parteimitglieder durch. Ohne Gegenstimme bei nur wenigen Enthaltungen unterstützten die Delegierten die Volksinitiative für ein fünfjähriges Gentech-Moratorium in der Landwirtschaft.

Im Hinblick auf die bundesrätliche Botschaft zur Forschungs- und Technologiepolitik 2004-2008 und die Ausarbeitung eines neuen Hochschulartikels forderte die FDP in einem Positionspapier mehr Autonomie für das Hochschulsystem und eine grosszügige Finanzierung der langfristigen Forschung.

Ausserdem bezog sie bildungspolitisch Position und plädierte für wieder auf mehr Effizienz und Leistung ausgerichtete Volksschulen, für kürzere Schul- und Studiengänge - so sollen sämtliche Studienrichtungen mit Ausnahme der Medizin nach acht Semestern, die Fachhochschulen nach sechs Semestern abgeschlossen werden - und für arbeitsmarktorientierte Ausbildungen. Schülerinnen und Schüler sollen ab dem zwölften Lebensjahr mit Internet-Anschlüssen versorgt werden. Alle Schulen seien dem Prinzip der wirkungsorientierten Verwaltungsführung zu unterstellen, während die Lehrerschaft privatwirtschaftlich anzustellen und der Leistungslohn einzuführen sei.
Im Rahmen des Investitionsprogrammes des Bundes forderte die FDP 100 Mio. CHF für Sofortmassnahmen im Bildungsbereich, drang damit aber nur teilweise durch.

Als erste Bundesratspartei griff die CVP die anstehende Revision der Bundesverfassung auf und stellte diese ins Zentrum eines Parteitages in Olten. Unter dem Motto «Wir schmieden die Zukunft» forderte sie einen Städteartikel in der Verfassung, der die Städte und Agglomerationen institutionell stärken soll. Weiter schlug sie einen Verfassungsartikel vor, der dem Bund mehr Koordinationskompetenzen im Hochschulbereich geben soll. Die Partei machte sich ausserdem für Reformen in der Berufslehre stark und möchte der sinkenden Bereitschaft der Wirtschaft, Lehrlinge auszubilden, mit einem steuerlichen Lastenausgleich entgegen wirken.