L'initiative cantonale jurassienne, exhortant les autorités à sortir les produits agricoles de l'accord de libre-échange avec les pays du Mercosur, a été balayée par le Conseil des Etats. Seul.e.s 8 élu.e.s (contre 29 et 2 abstentions) ont suivi la minorité Vara (verts, NE). Cette dernière avait pourtant fait part de ses craintes quant à la mise en concurrence de la production agricole suisse avec l'arrivée sur le marché de viande, de vin et de fruits d'un coût bien moindre et produits dans de mauvaises conditions. Elle en a profité pour souligner que plus de 67'000 signatures avaient été récoltées en quelques jours contre cet accord de libre-échange dans le cadre d'une pétition circulant sur internet.
Représentant la majorité de la commission (CPE-CE), Damian Müller (plr, LU) a rappelé que les règles édictées par l'OMC interdisent d'exclure un secteur entier d'un accord de libre-échange (ici, l'agriculture). Et de manière plus concrète, les concessions faites dans le cadre de cet accord ne sont pas grandes, d'après la majorité qui est de l'avis que l'agriculture ne sera que peu touchée une fois l'accord ratifié. Des membres du Parti socialiste ont soutenu la majorité, à l'image de Christian Levrat (ps, FR) qui, bien qu'attentif à l'évolution de cet accord, a refusé de s'y opposer par principe alors que les détails de l'accord n'ont pas encore été dévoilés. Il a également estimé que la voie législative proposée par l'initiative cantonale n'était pas la bonne pour répondre aux questions soulevées par cet accord.
La chambre haute a, par la même occasion, refusé de donner suite à l'initiative cantonale genevoise qui souhaitait soumettre cet accord de libre-échange au référendum facultatif.

In der Wintersession 2019 gelangte das Geschäft zur Genehmigung des Wirtschaftspartnerschaftsabkommen zwischen den EFTA-Staaten und Indonesien in den Ständerat. Nachdem sich im Nationalrat noch eine sehr ausführliche inhaltliche Debatte entsponnen hatte, hielt sich der Ständerat relativ kurz. Christian Levrat (sp, FR) empfahl im Namen der APK-SR die Genehmigung des Abkommens. Er hob die vielversprechenden Wachstumsprognosen des SECO im Hinblick auf das Handelsvolumen der beiden Länder hervor und verwies auf die Umsetzung gewisser Nachhaltigkeits-Richtlinien. Dazu gehöre unter anderem die Gewährleistung der Rückverfolgbarkeit des Palmöls und die Absicht, die Zollpräferenzen nur für nachhaltiges Palmöl anzuwenden. Für Levrat war klar, dass die Schweiz bei der Entwicklung internationaler Standards und Zertifikaten mitwirken müsse, damit der Palmölhandel den Anforderungen von Unternehmen und Umweltorganisationen entspräche. Thomas Minder (parteilos, SH) kritisierte indes die gelebte Doppelmoral des Parlaments, welches einerseits den Klimaschutz proklamiere, andererseits aber den Freihandel fördere. Damian Müller (fdp, AG) hingegen versuchte dem Abkommen auch auf der Ebene der Nachhaltigkeit etwas Positives abzugewinnen. Er unterstütze den Vertrag auch deswegen, weil damit «verpflichtende Bedingungen» eingegangen würden, die mittel- und langfristig die Situation in Indonesien verbessern sollten. Der anwesende Bundesrat Guy Parmelin verdeutlichte zum Abschluss noch einmal, dass auch den Interessen der Schweizer Landwirtschaft Rechnung getragen werde. Der Ständerat folgte der Empfehlung seiner Kommission und nahm das Geschäft mit 34 zu 6 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) deutlich an. Auch in der Schlussabstimmung am darauffolgenden Tag sprachen sich beide Räte für das Geschäft aus.

Obwohl man den Standesinitiativen aus Bern (Kt. Iv. 18.317), Genf (Kt.Iv. 18.303), Freiburg (Kt. Iv. FR 18.320), Thurgau (Kt.Iv. 17.317) und dem Jura (Kt. Iv. 18.325) Rechnung getragen hatte, regte sich im Januar 2020 erneuter Widerstand gegen das Freihandelsabkommen. Ein Komitee «Stop Palmöl aus Indonesien» fasste den Beschluss, das erste Referendum überhaupt gegen ein Freihandelsabkommen zu ergreifen. Nachhaltiges Palmöl gebe es gemäss Komitee nicht, daher würde man mit dem Abkommen der Umwelt und aufgrund der Zollerleichterungen auch den Schweizer Bauern schaden. An die Spitze des Komitees stellte sich die Biobauerngewerkschaft Uniterre gemeinsam mit Umweltorganisationen wie der Klimastreikbewegung.