In der Wintersession 2019 gelangte das Geschäft zur Genehmigung des Wirtschaftspartnerschaftsabkommen zwischen den EFTA-Staaten und Indonesien in den Ständerat. Nachdem sich im Nationalrat noch eine sehr ausführliche inhaltliche Debatte entsponnen hatte, hielt sich der Ständerat relativ kurz. Christian Levrat (sp, FR) empfahl im Namen der APK-SR die Genehmigung des Abkommens. Er hob die vielversprechenden Wachstumsprognosen des SECO im Hinblick auf das Handelsvolumen der beiden Länder hervor und verwies auf die Umsetzung gewisser Nachhaltigkeits-Richtlinien. Dazu gehöre unter anderem die Gewährleistung der Rückverfolgbarkeit des Palmöls und die Absicht, die Zollpräferenzen nur für nachhaltiges Palmöl anzuwenden. Für Levrat war klar, dass die Schweiz bei der Entwicklung internationaler Standards und Zertifikaten mitwirken müsse, damit der Palmölhandel den Anforderungen von Unternehmen und Umweltorganisationen entspräche. Thomas Minder (parteilos, SH) kritisierte indes die gelebte Doppelmoral des Parlaments, welches einerseits den Klimaschutz proklamiere, andererseits aber den Freihandel fördere. Damian Müller (fdp, AG) hingegen versuchte dem Abkommen auch auf der Ebene der Nachhaltigkeit etwas Positives abzugewinnen. Er unterstütze den Vertrag auch deswegen, weil damit «verpflichtende Bedingungen» eingegangen würden, die mittel- und langfristig die Situation in Indonesien verbessern sollten. Der anwesende Bundesrat Guy Parmelin verdeutlichte zum Abschluss noch einmal, dass auch den Interessen der Schweizer Landwirtschaft Rechnung getragen werde. Der Ständerat folgte der Empfehlung seiner Kommission und nahm das Geschäft mit 34 zu 6 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) deutlich an. Auch in der Schlussabstimmung am darauffolgenden Tag sprachen sich beide Räte für das Geschäft aus.

Obwohl man den Standesinitiativen aus Bern (Kt. Iv. 18.317), Genf (Kt.Iv. 18.303), Freiburg (Kt. Iv. FR 18.320), Thurgau (Kt.Iv. 17.317) und dem Jura (Kt. Iv. 18.325) Rechnung getragen hatte, regte sich im Januar 2020 erneuter Widerstand gegen das Freihandelsabkommen. Ein Komitee «Stop Palmöl aus Indonesien» fasste den Beschluss, das erste Referendum überhaupt gegen ein Freihandelsabkommen zu ergreifen. Nachhaltiges Palmöl gebe es gemäss Komitee nicht, daher würde man mit dem Abkommen der Umwelt und aufgrund der Zollerleichterungen auch den Schweizer Bauern schaden. An die Spitze des Komitees stellte sich die Biobauerngewerkschaft Uniterre gemeinsam mit Umweltorganisationen wie der Klimastreikbewegung.

Der Bundesrat verabschiedete im Mai 2019 eine Botschaft zum Freihandelsabkommen zwischen den EFTA-Staaten und Indonesien. Aufgrund des starken Wirtschaftswachstums Indonesiens – derzeit 5 Prozent jährlich – und des grossen bilateralen Handelspotenzials ist das Abkommen für die Schweiz nicht uninteressant, denn damit würde die EFTA zur grössten Handelspartnerin von Indonesien werden. Verschiedene Studien unterstellen Indonesien das Potenzial, bis 2050 gar zur viertgrössten Volkswirtschaft der Welt aufzusteigen. Das Abkommen soll den Marktzugang und die Rechtssicherheit garantieren und – innerhalb der kommenden zwölf Jahre – für den Abbau von Zöllen auf 98 Prozent der aktuellen Schweizer Wahrenausfuhr nach Indonesien sorgen. Ähnliche Zugeständnisse sollen auch zugunsten Indonesiens gemacht werden, unter anderem würden zollbefreite Kontingente für Palmölprodukte eingeführt. Zudem enthält das Freihandelsabkommen, das am 16. Dezember 2018 in Jakarta unterzeichnet wurde, weitere Bestimmungen zum Schutz geistigen Eigentums, Investitionen, Wettbewerb und der nachhaltigen Entwicklung.

Das Geschäft wurde danach unter dem Titel Genehmigung des Wirtschaftspartnerschaftsabkommen zwischen den EFTA-Staaten und Indonesien an die Räte überwiesen und in der Wintersession 2019 im Nationalrat beraten. Die Standesinitiativen der Kantone Jura (Kt.Iv. 18.325) und Genf (Kt.Iv. 18.303) forderten den Ausschluss von Palmöl und dessen Derivaten vom Freihandelsabkommen, da man negative Konsequenzen für die inländische Rapsöl-Produktion sowie die indonesische Umwelt fürchtete. Weil aber die APK-SR ihrerseits eine ähnliche Motion (Mo. 18.3717) eingereicht hatte, blieben die Standesinitiativen weitgehend unberücksichtigt. Der Sprecher der APK-NR, Laurent Wehrli (fdp, VD), zeigte sich im Namen der Kommission zufrieden mit der Umsetzung der in der ständerätlichen Kommissionsmotion enthaltenen Forderungen. Eine Minderheit der Kommission bemängelte jedoch, dass bei den importierten Produkten aus Palmöl nicht überprüft werden könne, ob diese Sozial- und Umweltstandards einhielten. Im Rat wurde durch die Ratslinke erneut ein Minderheitsantrag für umfassendere Mechanismen zur Kontrolle der Nachhaltigkeitsbestimmungen sowie Massnahmen zur Förderung der Nachhaltigkeit in Indonesien eingebracht. Der Antrag fand jedoch über die linken Parteien hinaus wenig Unterstützung und wurde für seine redundanten Forderungen, die zu einem Grossteil bereits im Abkommen enthalten seien, kritisiert. Der anwesende Bundesrat Parmelin sprach sich für die Ablehnung des Antrags aus, da sich Indonesien anfänglich ganz gegen eine Nachhaltigkeitsklausel gestellt habe und man mit den jetzigen Zugeständnissen die Motion der APK-SR erfülle. 110 Nationalratsmitglieder stimmten gegen den Minderheitsantrag, 64 dafür (bei 11 Enthaltungen), womit die Minderheit chancenlos blieb. Schliesslich wurde das Abkommen mit 131 zu 46 Stimmen (bei 10 Enthaltungen) angenommen. Die Nein-Stimmen stammten hauptsächlich vonseiten der mit ihrem Minderheitsantrag unterlegenen Grünen- und SP-Fraktion.