Es schien, als bewährte sich die Hartnäckigkeit des Nationalrats. Im Bundesgesetz über das elektronische Patientendossier machte die SGK-SR entscheidende Schritte auf die Volksvertreter zu. Ihr Vorschlag sah vor, dass nun ein Obligatorium unterstützt wird, jedoch mit recht engen Fristen. Für den stationären Bereich sollen E-Dossiers in Spitälern innert drei Jahren Usus werden, für andere Institutionen (Heime etc.) soll eine Umsetzung innert fünf Jahren gelten und für den ambulanten Bereich soll keine Frist gesetzt werden. Damit wurde der in der letzten Etappe im Nationalrat unterlegene Antrag Steierts (sp, FR) im Ständerat wieder ins Spiel gebracht.
Das Plenum folgte seiner einstimmigen Kommission. Sowohl Kommissionspräsidentin Maury Pasquier (sp, GE) als auch Bruderer Wyss (sp, AG) wollten mit diesem Vorschlag Türen öffnen für eine speditive Beschlussfassung, jedoch durchaus auch einigen Druck auf den Nationalrat ausüben: Wenn schon ein Obligatorium für stationäre Einrichtungen eingeführt werden soll, dann innert kurzer Fristen, damit ein wirklich griffiges Gesetz erlassen werden kann. Im Gegenzug wurde von der Volkskammer erwartet, dass sie das Obligatorium für den ambulanten Bereich fallen lasse. Im Ständerat war man der Ansicht, dass dieser Bereich ohnehin folgen werde und überdies eine Fristensetzung für die Ambulatorien die Umsetzung der neuen Norm gefährde.
Im Gegenzug lenkte der Ständerat in der Frage um die Kompetenzregelung zur Datenbearbeitung ein. Hier sollte die Gesetzgebung also den Kantonen überlassen werden.

In der weiteren Differenzbereinigung zum Bundesgesetz über das elektronische Patientendossier zeigte sich die SGK des Nationalrats geteilter Meinung. Betreffend Datenbearbeitung wollte sie eine Regelung fassen, die früher im Raum stand und im Ständerat nur knapp scheiterte. Das Plenum folgte dem Antrag mit 155 zu 27 Stimmen und hielt hierzu die Differenz zur Ständekammer aufrecht, den Datenzugriff im Bundesgesetz zu regulieren und nicht der kantonalen Gesetzgebung zu übertragen.
Betreffend einer obligatorischen Einführung der E-Dossiers ersuchte die SGK das Ratsplenum, einzulenken und auf ein Obligatorium zu verzichten (sprich dem Ständerat zu folgen). Gegen letztere Meinung regte sich aber Widerstand in Form zweier Minderheitsanträge. Ein Antrag de Courten (svp, BL) sah den Sinn und Zweck des Bundesgesetzes nur dann erfüllt, wenn die E-Dossiers mit einer Übergangsfrist von 10 Jahren flächendeckend eingeführt werden. Eine Minderheit II Steiert (sp, FR) wollte eine pragmatische Lösung eines Zwischenwegs vorschlagen. Demnach soll zwar ein Obligatorium statuiert werden, jedoch ohne Frist für Ärztinnen und Ärzte. Dieser Kompromiss fand jedoch keinen Zuspruch. In der zweiten Abstimmung, nun stand der Minderheitsantrag de Courten dem Mehrheitsantrag der SGK gegenüber, siegte das Obligatorium (de Courten) mit 115 zu 67 Stimmen recht deutlich. „Ganz oder gar nicht”, schien also die Devise im Nationalrat zu sein.