Nachdem der Nationalrat bezüglich des Bundesgesetzes über die steuerliche Behandlung finanzieller Sanktionen entgegen dem ersten Entscheid des Ständerats einer steuerlichen Abzugsfähigkeit von ausländischen Bussen unter gewissen Bedingungen zugestimmt hatte, präsentierte die WAK-SR Anfang 2019 diesbezüglich einen neuen Vorschlag: Ausländische Bussen sollen nur dann abzugsfähig sein, wenn die Sanktionen gegen den schweizerischen Ordre public verstossen oder die der Sanktion zugrunde liegenden Handlungen auf gutem Glauben beruhten. Martin Schmid (fdp, GR) erklärte für die Kommission, dass man die Meinung des Nationalrats teile, dass für Zahlungen aufgrund von willkürlichen und unfairen ausländischen Gerichts- oder Verwaltungsentscheiden – zum Beispiel wenn elementare Verfahrensgrundsätze der EMRK oder des Uno-Paktes verletzt wurden – die Möglichkeit eines Abzugs von den Steuern geschaffen werden solle. Man habe daher eine «Zwischenvariante» zwischen den Versionen des Bundesrates und des Nationalrates vorgeschlagen, bei der es jedoch an den juristischen oder natürlichen Personen liege, solche Verfahrensmängel oder ein Verhalten nach gutem Glauben gemäss Artikel 3 ZGB nachzuweisen. Anita Fetz (sp, BS) reichte einen Rückweisungsantrag an die Kommission ein. Sie erklärte, dass sich Juristinnen und Juristen ausserhalb der Bundesverwaltung – im Unterschied zu ihren Kolleginnen und Kollegen innerhalb der Verwaltung – nicht einig gewesen seien, wie die Klausel bezüglich des «guten Glaubens» genau zu interpretieren sei, da sie viel Ermessensspielraum lasse. Deshalb solle die Kommission diesen Aspekt nochmals besprechen und falls nötig präzisieren. Zusätzlich wies sie darauf hin, dass diese Regelung für die Kantone einen grossen Mehraufwand mit sich bringen würde und dass diese entsprechend vorgängig angehört werden sollten. Letzteres Argument fand auch bei Finanzminister Maurer Anklang. Trotz zahlreicher Wortmeldungen, in denen sich Kommissionsmitglieder über den Rückweisungsantrag erstaunt zeigten und argumentierten, dass die offene Frage problemlos im Zweitrat diskutiert werden könnte, hiess der Ständerat den Antrag Fetz mit 21 zu 18 Stimmen (bei 1 Enthaltung) gut.

In der Frühjahrssession 2019 diskutierte der Ständerat als Zweitrat die Motion Grin (svp, VD) «Erhöhung der Pauschalabzüge bei der direkten Bundessteuer zum Ausgleich der Explosion der Krankenkassenprämien» sowie eine weitere Motion Lehmann (cvp, BS; Mo. 15.4027) zum Abzug der Krankenkassenprämien von den Steuern. Die Mehrheit der WAK-SR hatte zuvor Annahme der Motion Grin beantragt, da die Krankenkassenprämien als «Teil der unvermeidlichen Lebenshaltungskosten» stark angewachsen, die entsprechenden Abzüge aber bisher nicht angepasst worden seien. Eine Minderheit Zanetti (sp, SO) beantragte die Ablehnung der Motion, da sie zu grossen Steuerausfällen führen würde; Letztere bezifferten Zanetti und Kommissionssprecher Baumann (cvp, UR) auf CHF 465 Mio. Zudem würden Personen mit höheren Einkommen überproportional von den Abzügen profitieren, was – wie Zanetti in der Plenardebatte erläuterte – dem Prinzip der Besteuerung nach wirtschaftlicher Leistungsfähigkeit zuwider laufe. Dies löste eine hitzige Debatte im Rat aus. Erich Ettlin (cvp, OW) zum Beispiel konterte, dass eine Besteuerung nach wirtschaftlicher Leistungsfähigkeit aus Fairnesgründen eben nicht nur eine progressive Besteuerung der Einkommen, sondern auch progressive Abzüge beinhalten müsse. Anita Fetz (sp, BS) betonte jedoch, dass das Grundproblem bei den Krankenkassenprämien die Finanzierung durch Kopfsteuern sei – dass man dort eben eine Flat Rate Tax und keine Progression habe. Dadurch sei vor allem der Mittelstand benachteiligt, der keine Prämienverbilligungen erhalte. Finanzminister Maurer verwies indes auf die Ineffizienz der in der Motion vorgeschlagenen Massnahme: Personen mit hohen Einkommen würden dadurch nur minimal entlastet, hingegen kosteten die Abzüge den Staat fast eine halbe Million Franken. Dennoch sprach sich der Rat mit 30 zu 13 Stimmen für die Motion Grin aus und lehnte die Motion Lehmann, wie auch von der Kommission beantragt, ab (vgl. hier).

Zusammen mit der Motion Grin (svp, VD; Mo. 17.3171) behandelte der Ständerat in der Frühjahrssession 2019 die Motion Lehmann (cvp, BS), mit der er Krankenkassenprämien gemäss KVG steuerlich abzugsfähig machen wollte. Mit 8 zu 4 Stimmen hatte die SGK-SR die Motion Lehmann im Januar 2019 zur Ablehnung empfohlen. Zwar befürwortete die Kommission eine Erhöhung der Pauschalabzüge, da die Krankenkassenprämien zu den unvermeidlichen Lebenshaltungskosten gehörten. Die Abstufung der Abzüge, wie sie die Motion Lehmann vorsah, würde jedoch das Steuersystem verkomplizieren. Stattdessen sprach sich die Kommission mit 9 zu 3 Stimmen für die Motion Grin aus. Nach ausführlicher Plenumsdebatte zur Frage, ob eine Abstufung der Abzüge nach Einkommen gerecht sei, lehnte der Ständerat die Motion Lehmann in der Frühjahrssession 2019 stillschweigend ab und sprach sich mit 30 zu 13 Stimmen für die Motion Grin aus.

Obwohl der Bundesrat im März 2018 einen Vorschlag für eine «ausgewogene Paar- und Familienbesteuerung», also für eine Abschaffung der Heiratsstrafe, vorgelegt hatte, empfahl die WAK-NR der grossen Kammer im Februar 2019 mit 12 zu 12 Stimmen bei Stichentscheid des Kommissionspräsidenten Jean-François Rime (svp, FR), der Standesinitiative des Kantons Aargau mit ebendiesem Ziel Folge zu geben. Dadurch solle der Druck auf den Bundesrat aufrechterhalten werden, argumentierte die Kommissionsmehrheit.

Im Dezember 2017 wollte Marco Chiesa (svp, TI) mittels einer parlamentarischen Initiative erreichen, dass der Maximalabzug für Krankenkassenprämien bei der direkten Bundessteuer von CHF 3'500 (Ehepaare), CHF 1'700 (übrige Steuerpflichtige) und CHF 700 (Kinder) auf CHF 7'000 (Ehepaare), CHF 3'500 (übrige Steuerpflichtige) und CHF 1'000 (Kinder) annähernd verdoppelt wird. Da die Krankenkassenprämien in den letzten Jahren stark angestiegen seien – im Tessin zum Beispiel gemäss einer Studie der Fachhochschule der italienischen Schweiz (Supsi) um 64 Prozent, wodurch sie für eine Person bei CHF 3'700 lägen –, würden sie den in der direkten Bundessteuer gewährten Maximalabzug in vielen Fällen übersteigen. Im Februar 2019 gab die SGK-NR der Initiative mit 15 zu 7 Stimmen Folge. Die zunehmende Belastung des Mittelstandes müsse abgefedert werden, argumentierte die Kommission in ihrer Medienmitteilung. Eine Kommissionsminderheit kritisierte, dass von einer solchen Regelung Personen mit höherem Einkommen überproportional profitieren würden.

Im Februar 2019 entschied der Bundesrat, die neue Finanzordnung 2021 auf den 1. Januar 2021 in Kraft zu setzen.

Anfang 2019 stimmte auch die WAK-NR der durch den Ständerat erfolgten Änderung der Motion Jauslin (fdp, AG) für eine Harmonisierung der Zinsen bei Bundessteuererlassen mit 17 zu 8 Stimmen zu. Eine Minderheit beantragte dem Nationalrat hingegen, die geänderte Motion abzulehnen: Sie befürchtete, dass der Bundesrat die Verzugs- und Vergütungszinsen durch den Verzicht auf deren Anbindung an die Marktentwicklung auf 5 Prozent und nicht auf die gewünschten 3 Prozent festsetzen werde. Stattdessen sollten die Ratsmitglieder der parlamentarischen Initiative Regazzi (cvp, TI; Pa.Iv. 16.470) vertrauen, mit der die Verzugszinsen an die Marktzinsen angepasst werden sollen, erklärte Thomas Aeschi (svp, ZG) für die Minderheit im Nationalrat, der die geänderte Motion in der Frühjahrssession 2019 beriet. Matthias Jauslin zeigte sich in der Folge besorgt um die Harmonisierung der Verzugszinsen der verschiedenen Steuern, die in der Initiative nicht enthalten ist. Finanzminister Maurer betonte, die geänderte Motion Jauslin bei Annahme zusammen mit der parlamentarischen Initiative Regazzi behandeln zu wollen. Der Nationalrat folgte der Mehrheit mit 118 zu 65 Stimmen und nahm die geänderte Motion Jauslin an.

Die Vermögenssteuer anpassen und die Besteuerung des Arbeitsinstruments aufheben wollte Fathi Derder (fdp, VD) mithilfe einer parlamentarischen Initiative. Ziel der Initiative war eine Entlastung für Startups und KMUs durch eine Verbesserung der steuerlichen Rahmenbedingungen. Dazu sollten Personen, die eine leitende Funktion in einem Unternehmen innehaben oder dem Verwaltungsrat angehören und die am Grund- oder Stammkapital der Gesellschaft beteiligt sind, diese Beteiligungen zu einem speziellen Steuertarif oder gar nicht versteuern müssen. Seine Forderung begründete Derder mit dem Bericht des Bundesrates zu einem Postulat Derder (Po. 13.4237), in dem der Bundesrat eine Entlastung der Unternehmen von den Kapital- und Vermögenssteuern als erwägenswert erachtet hatte.
Mit 16 zu 8 Stimmen bei 1 Enthaltung gab die WAK-NR der Initiative Anfang 2019 Folge. Zwar prüfe der Bundesrat verschiedene Massnahmen zur Förderung innovativer Unternehmen, dennoch bestehe gemäss Kommission Handlungsbedarf. Vorgeschlagen werden solle eine Kann-Formulierung, die neben Startups auch KMU betreffe.

Im Dezember 2018 veröffentlichte der Bundesrat seinen Bericht über die Auswirkungen der Robotisierung in der Wirtschaft auf das Steuerwesen und auf die Finanzierung der Sozialversicherungen in Erfüllung des Postulats Schwaab (sp, VD). Der Bundesrat verwies darin eingangs auf den Bericht zu den Auswirkungen der Digitalisierung auf die Beschäftigung und das Arbeitseinkommen, gemäss dem keine Anzeichen für einen sinkenden Anteil der Arbeit am Volkseinkommen oder für einen markanten Anstieg der Einkommensungleichheit festgestellt werden konnten. Zudem seien die Einkommen in jüngster Zeit tendenziell angestiegen. Eine Veränderung des Verhältnisses zwischen Kapital- und Arbeitseinkommen sei jedoch nicht auszuschliessen. Dies hätte zwar keinen signifikanten Einfluss auf die Steuereinnahmen, da Kapitaleinkommen und Arbeitseinkommen ähnlich besteuert würden, die Sozialversicherungseinnahmen würde es jedoch reduzieren. Unklar sei, ob und wie stark dies durch eine Zunahme der Produktivität und des Gesamteinkommens abgeschwächt oder gar kompensiert würde. Gerade solche Produktivitätsgewinne könnten jedoch durch eine Robotersteuer oder durch eine Ausweitung der Bemessungsgrundlage für die Arbeitgeberbeiträge gebremst werden, da diese die Investitionen in die produktivsten Technologien bremsen würden. Daher seien Mehrwertsteuererhöhung oder eine Besteuerung des Konsums oder des Arbeits- und Kapitaleinkommens zu bevorzugen, erklärte der Bundesrat im Bericht.

Le Conseil fédéral a présenté, dans un rapport, les mesures pour atténuer les effets négatifs de la libre circulation dans les cantons limitrophes. S'agissant de l'imposition des travailleurs frontaliers, les solutions trouvées avec les pays voisins tiennent compte des particularités régionales. L'échange de renseignements s'est amélioré, les autorités fiscales peuvent plus facilement examiner la situation fiscale des personnes confrontées à des affaires transfrontalières. Ainsi, depuis le dépôt du postulat, il y a eu davantage de transparence en matière fiscale et plusieurs mesures ont été prises en matière d'imposition pour une meilleure égalité de traitement entre les résidents et non-résidents. D'après le rapport, les mesures d'accompagnement permettent de répondre aux défis engendrés par la libre circulation des personnes. Le Conseil fédéral surveille l'évolution de la situation et interviendra à nouveau dans le futur, si nécessaire.

Le 6 décembre 2018, le Conseil national s'est à son tour exprimé en faveur de la convention contre les doubles impositions signée entre la Suisse et la Zambie (87 voix pour, 43 contre et 43 abstentions). Céline Amaudruz (udc, GE) avait au préalable fait savoir que les représentantes et représentants du groupe parlementaire de l'Union démocratique du centre avaient l'intention de s'abstenir ou de refuser l'accord soumis au vote, craignant notamment que ce dernier n'ouvre la porte à des demandes groupées ou «fishing expeditions». Dans les faits, le groupe UDC a finalement voté en majorité contre le projet du Conseil fédéral (43 voix contre, 8 pour et 1 abstention à l'occasion du vote sur l'ensemble, 67 voix contre lors du vote final).
La convention a en définitive été adoptée par chacune des deux chambres fédérales à l'occasion du vote final du 14 décembre 2018.

Le 6 décembre 2018, le Conseil national s'est à son tour exprimé en faveur du protocole modifiant la convention contre les doubles impositions entre la Suisse et l’Équateur (130 voix pour, 48 contre et 8 abstentions). Céline Amaudruz (udc, GE) avait au préalable fait savoir que les représentants du groupe parlementaire de l'Union démocratique du centre avaient l'intention de s'abstenir ou de refuser l'accord soumis au vote, craignant notamment que ce dernier n'ouvre la porte à des demandes groupées d'informations («fishing expeditions» ou «pêche aux données»).
La convention a en définitive été adoptée par chacune des deux chambres fédérales à l'occasion du vote final du 14 décembre 2018.

Au début du mois de décembre 2018, le Conseil national s'est exprimé en faveur (133 voix pour, 40 contre et 15 abstentions) de la convention contre les doubles impositions conclue avec le Brésil à la suite de nombreuses années de négociations. La convention en question s'inscrit en conformité avec les standards internationaux établis par le Modèle OCDE.

Au mois de décembre 2018, le Conseil national s'est exprimé en faveur du projet d'arrêté fédéral portant approbation d'un protocole modifiant la convention contre les doubles impositions entre la Suisse et le Royaume-Uni (149 voix pour, 30 contre et 7 abstentions). Le protocole de modification bilatéral adjoint à la CDI-GB certaines mesures relatives aux conventions fiscales développées dans le cadre du projet BEPS.

Im August 2018 legte der Bundesrat dem Parlament das am 7. Juni 2017 unterzeichnete multilaterale Übereinkommen zur Umsetzung steuerabkommensbezogener Massnahmen zur Verhinderung der Gewinnverkürzung und Gewinnverlagerung zur Genehmigung vor. Hintergrund des Übereinkommens ist der Wunsch nach Bekämpfung der ungerechtfertigten Steuervermeidungen multinationaler Unternehmen. Im Rahmen dieser Arbeiten durch die OECD – dem sogenannten BEPS-Projekt («Base Erosion and Profit Shifting») – wurden Vorschläge für Anpassungen der Doppelbesteuerungsabkommen (DBA) ausgearbeitet, was wiederum Arbeiten an einem multilateralen Instrument zur effizienteren Änderung bilateraler Doppelbesteuerungsabkommen nach sich zog. Im November 2016 legte eine Ad-Hoc-Gruppe bestehend aus über 100 Staaten, darunter auch die Schweiz, das entsprechende multilaterale Abkommen vor. Damit sollen insbesondere Mindeststandards gegen Abkommensmissbrauch und für die Streitbeilegung eingeführt werden. Diese entsprächen gemäss der Botschaft des Bundesrates bereits der Praxis der Schweiz. Zukünftig würde deren Einhaltung zusätzlich durch vom «Forum on Harmful Tax Practices» (FHTP) durchgeführte Peer-Reviews überprüft. Bezüglich der übrigen Bestimmungen des Übereinkommens können Vorbehalte vorgebracht werden, wovon die Schweiz auch Gebrauch machte.

Im Ständerat, der die Genehmigung des Übereinkommens in der Wintersession 2018 behandelte, stiess die Vorlage auf deutlich weniger Widerstand als die erste multilaterale Vereinbarung im Rahmen des BEPS. Kommissionssprecher Bischof (cvp, SO) verwies nochmals auf die Vorbehalte, welche die Schweiz angebracht hatte. Als Kern der Vorlage machte er die zukünftige Berechtigung des Bundesrates aus, genehmigte Abkommen auf zusätzliche Staaten auszudehnen. Eine Änderung der Vorbehalte bedürfte jedoch eines ordentlichen Staatsvertragsverfahrens, betonte er. Auch Finanzminister Maurer lobte den Nutzen der Vorlage: Das Übereinkommen betreffe 14 Doppelbesteuerungsabkommen der Schweiz, die dadurch auf den neusten Stand gebracht würden – ohne dass jedoch neue Standards geschaffen würden. Mit 33 zu 1 Stimmen bei 3 Enthaltungen genehmigte der Ständerat das Übereinkommen.

Im November 2018 veröffentlichte der Bundesrat einen Bericht in Erfüllung des Postulats Merlini zur «aggressiven Steuerpolitik einzelner EU- und OECD-Länder» gegenüber der Schweiz. Der Bericht dient als Bestandesaufnahme der internationalen Entwicklung in Bezug auf die Besteuerung juristischer Personen in der EU und der OECD. Gemäss dem Postulat lag der Fokus des Berichts auf den Definitionskriterien für aggressive Steuerinstrumente der genannten Institutionen. Die Besteuerung natürlicher Personen wurde nur peripher behandelt, weil dahingehend keine verbindlichen Standards existieren. Die OECD basiere ihre Kriterien zur Einschätzung aggressiver Steuerinstrumente auf den Ergebnissen des BEPS-Projekts sowie der damit einhergehenden Empfehlungen der OECD-Arbeitsgruppe 11, erklärte der Bundesrat im Bericht. Vonseiten der EU prüfe die Gruppe «Verhaltenskodex» des EU-Rates, ob Steuerregelungen von EU-Mitgliedsstaaten mit dem Verhaltenskodex für die Unternehmensbesteuerung kompatibel seien. Des Weiteren sei auf Erlass des EU-Rats eine Liste mit nicht kooperativen Drittländern und Gebieten erstellt worden. Diese habe im Oktober 2018 sechs Einträge erfasst, sowie eine Gruppe von Ländern inklusive der Schweiz, die unter Auflagen als kooperativ eingestuft worden seien. Die dabei angewandten Kriterien seien jedoch nicht deckungsgleich mit jenen der OECD, an denen sich die Schweiz orientiere. Der Bundesrat sei laut Bericht der Ansicht, dass die Schädlichkeit von Steuerregelungen gemäss der OECD-Kriterien beurteilt werden solle. Als Mitglied der OECD sei die Schweiz aktiv in Arbeitsgruppen im Steuerbereich beteiligt und setze sich dadurch für die Entwicklung internationaler Standards ein. Diese würden von allen Ländern und Gebieten eingehalten und gewährleisteten somit einen ausgeglichenen Steuerwettbewerb.
Mit der Veröffentlichung des Berichts sah der Bundesrat das Postulat als erfüllt an und beantragte im Rahmen des Berichts zu den Motionen und Postulaten der gesetzgebenden Räte im Jahr 2019 dessen Abschreibung. Der Nationalrat kam dieser Aufforderung in der Herbstsession 2020 nach.

Im September 2017 beantragte der Bundesrat dem Parlament, die angenommene Motion der WAK-SR zur «Berücksichtigung von allgemeinen Abzügen und Sozialabzügen bei im Ausland beschränkt steuerpflichtigen Personen» abzuschreiben. Die Motion kritisierte, dass bei Personen mit Wohnsitz in der Schweiz und Arbeitsort in einem anderen Staat – die entsprechend im anderen Staat beschränkt besteuert werden – die Steuerabzüge in der Schweiz nur proportional zu den in der Schweiz steuerbaren Einkünften gewährt würden; auch dann, wenn die Betroffenen diese in dem anderen Staat nicht vornehmen könnten.
In seinem Bericht hielt der Bundesrat drei Umsetzungsvarianten der Motion fest. Erstens könnten die Abzüge bedingungslos gewährt werden, also unabhängig davon, ob sie im Ausland ebenfalls gewährt werden oder nicht. Dadurch käme es aber zu einer Überprivilegierung von Personen, die im Ausland Abzüge geltend machen können sowie zu zusätzlichen Kosten von mehr als CHF 117 Mio. Zweitens könnten die Abzüge dann gewährt werden, wenn sie im Ausland nicht vorgenommen werden können. Eine Überprüfung der Gewährung sei aber sehr schwierig oder gar unmöglich, erklärten die FDK und die Kantone im Rahmen der dazu durchgeführten Vernehmlassung. Sie lehnten daher beide Lösungen ab und befürworteten stattdessen eine dritte Regelung im Rahmen der Doppelbesteuerungsabkommen (DBA): Die Schweiz würde den Betroffenen die im Ausland nicht vorgesehenen Abzüge gewähren, im Gegenzug müssten andere Vertragsstaaten ihrerseits Abzüge gewähren, die in der Schweiz nicht vorgesehen sind. Eine solche Umsetzung zulasten des Auslandes erachtete der Bundesrat jedoch als nicht umsetzbar, weshalb er die Abschreibung der Motion beantragte.
Diese Meinung teilte die WAK-NR nicht. Mit 22 zu 0 Stimmen beantragte sie ihrem Rat, den Abschreibungsantrag des Bundesrates abzulehnen. Stattdessen soll sich der Bundesrat im Rahmen von Verhandlungen über Doppelbesteuerungsabkommen dafür einsetzen, dass die entsprechenden Abzüge vollständig berücksichtigt würden. Mit 174 zu 6 Stimmen sprach sich in der Herbstsession 2018 auch der Nationalrat gegen die Abschreibung aus.

Le 24 septembre 2018, le Conseil des États s'est prononcé à l'unanimité (43 voix pour, 1 abstention) en faveur du projet d'arrêté fédéral portant approbation du protocole modifiant la convention contre les doubles impositions entre la Suisse et l’Équateur. Le protocole en question prévoit une mise à jour de la convention originelle du 28 novembre 1994, afin que celle-ci réponde au standard international de l'échange de renseignements sur demande, tel que défini par le Modèle OCDE. Le projet passe au Conseil national.

Le 24 septembre 2018, le Conseil des Etats a accepté à l'unanimité (42 voix pour et 1 abstention) le projet d'arrêté fédéral portant approbation de la convention contre les doubles impositions entre la Suisse et la Zambie. En conformité avec les standards internationaux établis par le Modèle OCDE, la nouvelle convention remplace l'accord contre les doubles impositions conclu en 1954 entre la Suisse, le Royaume-Uni et l'Irlande du Nord, dont l'application avait été étendue à la Fédération de Rhodésie et Nyassaland (regroupement, sous tutelle britannique, d'anciennes colonies d'Afrique australe dont découle notamment la Zambie) en 1961. Le projet passe au Conseil national.

In der Herbstsession 2018 setzte sich der Nationalrat mit dem Bundesgesetz über die steuerliche Behandlung finanzieller Sanktionen auseinander. Die Mehrheit der WAK-NR hatte zuvor einige Änderungen zur ständerätlichen Version beantragt. Besonders umstritten war in der Eintretensdebatte die Frage der Nichtabzugsfähigkeit von Aufwendungen zur Ermöglichung von Straftaten, zum Beispiel Terrorismusfinanzierung oder die Miete von für strafbare Tätigkeiten verwendeten Räumen. Hierbei befürwortete die Kommission eine Beibehaltung des Status Quo, da derartige Aufwendungen in der Praxis kaum identifiziert werden könnten. Deshalb solle die Klärung dieser Frage dem Bundesgericht überlassen werden, erklärte Kommissionssprecher Feller (fdp, VD). Eine Minderheit Müller Leo (cvp, LU) beantragte eine Zustimmung zur ständerätlichen Version und damit die ausdrückliche Regelung der Frage innerhalb des Gesetzes. Minderheitssprecher Müller betonte, dass es nicht sein könne, dass Terrorismusfinanzierung womöglich von den Steuern abgezogen werden könne. Dies schien den gesamten Nationalrat zu überzeugen, mit 182 Stimmen folgte er einstimmig der Minderheit und bereinigte die Differenz.
Des Weiteren beabsichtigte die Kommission, Schadenersatzzahlungen und vergleichbare Leistungen generell abzugsfähig zu machen, es sei denn, es liegt ein gerichtlich festgestelltes vorsätzliches Verhalten vor. Fahrlässige oder grobfahrlässige Zahlungen sollen folglich von den Steuern abgezogen werden können. Damit würden gemäss Minderheitssprecher Müller jedoch mehr Abzüge zugelassen als in der aktuellen Rechtspraxis. Der Rat stimmte dem Kommissionsantrag mit 94 zu 88 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) zu.
Auch eine Unterscheidung zwischen inländischen und ausländischen Strafen, welche neben Müller auch Finanzminister Maurer deutlich kritisierte, nahm der Rat mit 94 zu 88 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) an. Demnach sollen nach dem Willen des Nationalrats ausländische Bussen weiterhin abgezogen werden können, wenn sie gegen den schweizerischen Ordre public verstossen, wenn eine entsprechende in der Schweiz begangene Handlung nicht strafbar wäre oder wenn die Busse das Höchstmass der Sanktion nach schweizerischem Recht übersteigt – in letzterem Fall wäre die Differenz zwischen Schweizer Höchstmass und tatsächlicher Busse abziehbar.
Mit 129 zu 47 Stimmen (bei 9 Enthaltungen) nahm der Nationalrat die Vorlage in der Gesamtabstimmung an.

Im November 2016 legte der Bundesrat in Erfüllung der Motion Luginbühl (bdp, BE) die Botschaft zum Bundesgesetz über die steuerliche Behandlung finanzieller Sanktionen vor. Das Bundesratsgesetz sei «im Sinne der Motion» verfasst, weshalb er den Vorstoss zur Abschreibung empfehle, betonte der Bundesrat. Stillschweigend folgten Stände- und Nationalrat in der Frühjahrs- und Herbstsession 2018 dem Antrag.

Noch in der Herbstsession 2018 bereinigten die Räte den AHV-Steuer-Deal. Die WAK-SR beantragte der kleinen Kammer, alle Änderungen des Nationalrats anzunehmen. Bezüglich des Kapitaleinlageprinzips (KEP) hatte die WAK-NR über den Sommer zahlreiche Abklärungen getroffen, um die der Ständerat gebeten hatte, und nun entsprechende formelle Verbesserungen vorgenommen. Auch die beiden inhaltlichen Änderungen zum KEP hiess die ständerätliche Kommission gut und der Ständerat akzeptierte sie stillschweigend. Umstrittener war hingegen die Änderung des Nationalrats bezüglich der Gemeinden. Auch hier sehe die WAK-SR keine Schwierigkeiten, zumal den einzelnen Gemeinden daraus kein Rechtsanspruch entstehe, erklärte Pirmin Bischof (cvp, SO). Gemäss Bundesrat Maurer habe die entsprechende Formulierung bei den Kantonsvertreterinnen und -vertretern zudem «nicht viel mehr als ein Achselzucken» ausgelöst. Der Finanzminister erwartete daher diesbezüglich keinen Widerstand von den Kantonen. Einige Ständeräte erachteten die Formulierung jedoch als problematisch. Sie kritisierten insbesondere den Eingriff in die Organisationsfreiheit der Kantone heftig. Einen Antrag Eberle (svp, TG) auf Streichung beider Versionen – die Auswirkungen des Gesetzes auf die Gemeinden sollten also weder berücksichtigt, noch abgegolten werden – lehnte der Ständerat jedoch mit 30 zu 12 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) ab und nahm die Vorlage stillschweigend an.
Bevor das Bundesgesetz über die Steuerreform und die AHV-Finanzierung (STAF) jedoch reif war für die Schlussabstimmungen, mussten noch einige Änderungswünsche der Redaktionskommission behandelt werden. Die beiden Räte akzeptierten diese stillschweigend und brachten die Vorlage anschliessend mit 112 zu 67 Stimmen (bei 11 Enthaltungen) respektive 39 zu 4 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) unter Dach und Fach.

Bereits zu diesem Zeitpunkt waren sich die Kommentatoren in den Medien einig, dass das Volk 2019 sehr wahrscheinlich über das STAF abstimmen wird. Die Jungparteien der Grünen und der Grünliberalen hatten zu diesem Zeitpunkt bereits angekündigt, das Referendum ergreifen zu wollen. Widerstand gegen die Vorlage hatten unter anderem auch Westschweizer Gewerkschaften, Grüne und Jungsozialisten angekündigt. Unklar waren noch die Haltungen der SP und der Gewerkschaften, die in ausserordentlichen Delegiertenversammlungen gefasst werden sollten. Hingegen betonten Vertreter der SVP mehrfach, dass die Partei das Referendum nicht ergreifen, jedoch vermutlich die Nein-Parole zum Gesetz ausgeben werde.

In der Herbstsession 2018 behandelte der Nationalrat den AHV-Steuer-Deal. Die Eintretensdebatte drehte sich vor allem um die Frage, welche Gruppen von der Vorlage respektive ihrer Ablehnung profitieren würden: Sind es die Reichen, der Mittelstand, die «Büezer», Alte oder Junge? Eingangs wurden ein Minderheitsantrag Bertschy (glp, BE) auf Nichteintreten sowie ein Antrag Matter (svp, ZH) auf Rückweisung an die Kommission behandelt. Kathrin Bertschy begründete ihren Antrag damit, dass die Grünliberale Fraktion zwar für die Beratung der Steuervorlage 17 sei – diese sei ausgewogener als frühere Vorlagen und müsse der Bevölkerung entsprechend erklärt werden –, aber die Finanzspritze an die AHV ablehne. Damit werde die Steuervorlage schlechtgemacht und eine Reform der AHV aufgeschoben. Thomas Matter erklärte, dass die SVP-Fraktion die Vorlage mit dem Auftrag, eine schlankere Version ohne AHV-Zustupf auszuarbeiten, an die Kommission zurückweisen wolle. Die Verknüpfung sei ein «Affront gegenüber dem Souverän», da dieser durch die Verknüpfung der Vorlagen seinen Willen nicht klar äussern könne. Nicht begeistert zeigte sich Finanzminister Maurer vom Antrag Matter. Die Idee einer «schlanken» Vorlage sei bereits mehrfach eingebracht und abgelehnt worden, unter anderem 2014 von den Kantonen sowie im Rahmen der USR III von den Kommissionen. Da die nächste Vorlage nicht besser werde, solle man dem Kompromiss, der einen sozialen Ausgleich als Lehre aus der Ablehnung der USR III beinhalte, zustimmen. Eintreten wurde klar mit 188 zu 8 Stimmen (bei 1 Enthaltung) gutgeheissen; der Antrag Matter stiess mit 119 Stimmen zu 63 Stimmen (bei 15 Enthaltungen) ausserhalb der SVP kaum auf Zustimmung.
Der Nationalrat beriet den AHV-Steuer-Deal aufgeteilt in vier Blöcke, schuf dabei aber bei 37 Minderheitsanträgen nur gerade zwei Differenzen zum Ständerat. Einerseits entschied er sich mit 110 zu 83 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) für den Minderheitsantrag Leutenegger Oberholzer (sp, BL). Demnach sollen die Kantone neu die Auswirkungen der Vorlage auf die Gemeinden nicht nur berücksichtigen müssen, wie es der Ständerat beschlossen hatte, sondern «angemessen abgelten». Gemäss der Minderheitensprecherin sei dies keine «semantische Variation der Formulierung, sondern [...] ein verbindlicher Auftrag», der nötig sei, da die Gemeinden die Revision mittragen müssten. Andererseits beschloss die grosse Kammer bezüglich des Kapitaleinlageprinzips (KEP), die Ausnahme für Zuzüge zeitlich zu verlängern. Der Ständerat hatte entschieden, dass die neuen Regelungen für Zuzüge seit dem Inkrafttreten der USTR II keine Geltung haben sollten, der Nationalrat nahm nun auch die Zuzüge ab dem Abstimmungsdatum zur USTR II von den Regelungen aus. Zudem beschloss er, dass sich die Ausnahme für Zuzüge nicht auf Teilliquidationen erstrecken soll.
Ansonsten stimmte der Nationalrat dem Erstrat in allen Belangen zu, wobei die meisten Minderheitsanträge deutlich scheiterten. Bezüglich der Zusatzfinanzierung der AHV wurden etwa Anträge zur Höhe des Bundesbeitrags an die AHV sowie zur Erhöhung des Frauenrentenalters auf 65 gestellt. Im Rahmen der Gegenfinanzierung der Unternehmenssteuerreform wurden alternative Mindestwerte für die Dividendenbesteuerung beim Bund (zwischen 50 und 90 Prozent) sowie in den Kantonen (zwischen 0 und 90 Prozent) diskutiert, die jedoch im Rat keine Mehrheit fanden. Zu den eigentlichen Massnahmen der Unternehmenssteuerreform lehnte der Rat verschiedene Minderheitsanträge für eine Verschärfung der Abzugsmöglichkeiten respektive für eine Verlängerung der Übergangsfristen ab.
Knapp wurde es einzig bei der Forderung einer Minderheit Rytz (gp, BE) nach einer formellen Trennung des AHV- und Unternehmenssteuerteils der Vorlage unter Beibehaltung der inhaltlichen Verknüpfung. Dadurch sollten zu beiden Teilen getrennte Referenden stattfinden können, die Inkraftsetzung der beiden Vorlagen sollte jedoch weiterhin verknüpft bleiben – sie sollten also weiterhin gemeinsam oder gar nicht in Kraft treten können. Dies lehnte der Nationalrat mit 101 zu 93 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) ab. Für eine formelle Trennung sprachen sich die SVP, GLP und BDP einstimmig, sowie die Grünen teilweise aus. Dadurch wurden auch zwei Anträge Grossen (glp, BE) und Moser (glp, ZH) auf Nichteintreten auf die AHV-Vorlage sowie auf vollständige rechtliche Trennung der beiden Vorlagen obsolet.
Mit 114 zu 68 Stimmen (bei 13 Enthaltungen) sprach sich der Nationalrat schliesslich deutlich für den AHV-Steuer-Deal aus. Dagegen stimmten die GLP-Fraktion, Mehrheiten der SVP- und der Grünen-Fraktion sowie einzelne Mitglieder der FDP-Fraktion.

Im Juni 2018 hatte die WAK-SR die Motion Jauslin (fdp, AG) zur Harmonisierung der Zinsen bei Bundessteuererlassen beraten und dabei mit 10 zu 0 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) einen Änderungsantrag gestellt. In der Ständeratsdebatte führte Pirmin Bischof (cvp, SO) die Position der Kommission aus. Er verwies dabei auf die Kritik des Bundesrates, wonach eine Koppelung der Zinsen an marktkonforme Referenzzinssätze dazu führen würde, dass Steuerschulden zukünftig letzte Priorität erhielten. Entsprechend schlug die Kommission vor, den Bezug zum Referenzzinssatz aus dem Motionstext zu streichen. Der Bundesrat sollte bei Annahme der Motion folglich einzig dazu aufgefordert werden, allgemeingültige Verzugs- und Vergütungszinsen festzulegen. Diese müssten nicht unbedingt gleich hoch sein, da Verzugszinsen weiterhin Anreize zum rechtzeitigen Begleichen der Steuern beinhalten, Vergütungszinsen umgekehrt keine gewinnbringenden Anlagen darstellen sollten. Finanzminister Maurer verwies auf die in der Zwischenzeit angenommene parlamentarische Initiatitve Regazzi (cvp, TI), die in eine ähnliche Richtung gehe und in deren Zusammenhang man auch die Motion Jauslin angehen könne. Ohne Gegenantrag aus der Kommission nahm der Ständerat die abgeänderte Motion Jauslin stillschweigend an.

In der Herbstsession 2018 folgte der Ständerat seiner WAK-SR und lehnte die Motion Schneeberger (fdp, BL) zur Verwirkung der Rückerstattung bei der Verrechnungssteuer stillschweigend ab. Im Rahmen der Revision des Verrechnungssteuergesetzes sei die Motion bereits umgesetzt worden, hatte Kommissionssprecher Bischof (cvp, SO) dem Rat zuvor erklärt.