Im Dezember 2015 befasste sich der Ständerat erstmals mit dem Bundesgesetz über die Unternehmenssteuerreform III (USR III), das der Bundesrat im Juni präsentiert hatte und mit dem er den Unternehmensstandort Schweiz zu stärken beabsichtigte. Der Vorschlag des Bundesrats verfolgte zwei Stossrichtungen: Zum einen sollten die international nicht mehr akzeptierten Steuerermässigungen von Holding-, Domizil- und gemischten Gesellschaften abgeschafft werden, zum andern plante der Bundesrat, die Kantone bei der Senkung der Gewinnsteuersätze, die formell kein Bestandteil der USR III waren, finanziell zu unterstützen. Die Stossrichtungen der Vorlage waren in ihren Grundzügen in der kleinen Kammer unbestritten. In den Detailfragen beschlossen die Ständerätinnen und Ständeräte indes einige Differenzen zum Bundesrat. Mit 26 zu 19 Stimmen folgten sie dem Antrag der vorberatenden Wirtschaftskommission (WAK-SR), die sich mit 7 zu 4 Stimmen für die Beibehaltung der Emissionsabgaben auf Eigenkapital ausgesprochen hatte. Dies sei kein zentraler Punkt der Reform. Zudem liessen sich so jährlich rund CHF 230 Mio. sparen, argumentierte Ständerat Zanetti (sp, SO) im Namen der Kommissionsmehrheit. Eine Minderheit Keller-Sutter (fdp, SG) hatte für den Vorschlag des Bundesrats Partei ergriffen – erfolglos. Auch bei der Frage, wie hoch Dividenden künftig besteuert werden sollten, schuf der Ständerat eine Differenz zur Regierung. Der Antrag der WAK-SR, dem Vorschlag des Bundesrates zu folgen und die Teilbesteuerung von Dividenden auf 70% zu vereinheitlichen, scheiterte mit 19 zu 26 Stimmen an einem Minderheitsantrag Schmid (fdp, GR), der den Kantonen in dieser Frage weiterhin die Federführung überlassen wollte. Die Erhöhung hätte dem Bund CHF 100 Mio. und den Kantonen rund CHF 330 Mio. Mehreinnahmen pro Jahr beschert. Eine Minderheit Fetz (sp, BS), die Dividenden zu 100% besteuern wollte, war in der kleinen Kammer indes chancenlos. Wenig überraschend stimmten die Standesvertreter mit 35 zu 6 Stimmen bei 4 Enthaltungen einem Kommissionsantrag, die Kantonsanteile an der direkten Bundessteuer statt nur auf 20,5 direkt auf 21,2% zu erhöhen, zu. Dadurch sollten die Kantone zusätzlichen Spielraum zur Senkung der kantonalen Gewinnsteuersätze erhalten. Dem Bund gingen dadurch rund CHF 150 Mio. jährlich verloren. Eine weitere Differenz schuf der Ständerat im Bereich des Steuerabzugs von Aufwendungen für Forschung und Entwicklung. Mit 25 zu 19 Stimmen hiess er einen Antrag seiner WAK-SR gut, die sogenannte Inputförderung auf 150% der F&E-Mittel zu begrenzen. Die Kommission wollte damit der Gefahr einer Nullbesteuerung und eines zu starken kantonalen Steuerwettbewerbs begegnen. Ohne Erfolg blieb indes der Antrag einer Minderheit Germann (svp, SH), die eine zinsbereinigte Gewinnsteuer in die Vorlage aufnehmen wollte. Die Bedenken der Kommissionsmehrheit zur internationalen Akzeptanz einer solchen Massnahme und zu den drohenden Mindereinnahmen bei Bund (CHF 270 Mio.) und Kantonen (CHF 350 Mio.) teilten in der ersten Beratungsrunde 30 der 44 abstimmenden Ständeräte. Dies passte zum Grundtenor der ersten ständerätlichen Beratungsrunde, das "Fuder nicht überladen" zu wollen.

Mitte Mai legte der Bundesrat den Bericht zur Erfüllung der beiden gleichlautenden Postulate Germann (svp, SH) und Fluri (fdp, SO) (Po. 13.3820) vor. Beide Vorstösse verlangten eine Evaluation der Wirkung des Städte- und Gemeindeartikels (Artikel 50 BV). Die beiden Parlamentarier vertraten dabei auch die Interessen des Schweizerischen Städteverbandes bzw. des Schweizerischen Gemeindeverbandes, die Kurt Fluri bzw. Hannes Germann präsidierten. Insgesamt beurteilte die Regierung den Artikel 50 BV, der die Gemeindeautonomie sichert und den Bund zu Rücksichtnahme auf die unterste föderale Ebene verpflichtet, als behutsame und erfolgreiche Neuerung. Gemeinden seien gestärkt und Städte vermehrt in den Fokus der Bundespolitik gerückt worden, ohne dass dies auf Kosten der ländlichen Gemeinden gegangen wäre. Der Bericht machte allerdings auch Mängel und Verbesserungspotenzial aus. Die spezifischen Anliegen aller Gemeinden, und insbesondere der Städte, der Agglomerationen und der Berggebiete müssten bei Rechtsetzung und Vollzug noch stärker berücksichtigt werden. Dies solle in Zukunft bei der Vorbereitung von Erlassen (via Vernehmlassungsverfahren), bei der Koordination in der Raumordnungspolitik aber auch bei den statistischen Grundlagen geschehen. Zu beschliessende Massnahmen sollen künftig auch auf ihre Miliztauglichkeit sowie auf für Gemeinden unterschiedliche raumrelevante Auswirkungen überprüft werden.
In einem Beitrag in der NZZ kommentierte Kurt Fluri den Bericht des Bundesrates. Er ging mit der Regierung zwar einig, dass der Artikel wichtige Neuerung gebracht habe. Allerdings seien die vorgeschlagenen Verbesserungen nur sehr bescheiden. Insbesondere in der Finanz- und Steuerpolitik, die sehr starke und unmittelbare Auswirkungen auf die Gemeinden entfalte, blieben die Anliegen der Gemeinden unberücksichtigt. Fluri verwies auf die Unternehmenssteuerreform III – ein Geschäft, das 2014 bereits die neu geschaffene Konferenz der städtischen Finanzdirektoren und den Schweizer Städteverband umgetrieben hatte. Wenige Wochen nach dem NZZ-Beitrag forderte der Städte- zusammen mit dem Gemeindeverband in einem an alle Parlamentarierinnen und Parlamentarier gerichteten Brief Entschädigungen für die drohenden Einnahmeeinbussen durch ebendiese Steuerreform. Entweder seien die Kantone zu verpflichten, die Ausgleichszahlungen, die sie vom Bund erhalten, zumindest teilweise an die Gemeinden weiterzuleiten, oder aber Kantonen und Gemeinden sei die Mehrwertsteuer zu erlassen. Es sei nicht länger zulässig, dass Bund und Kantone immer mehr Kosten auf die Gemeinden abwälzten, ohne entsprechende Entschädigungen bereitzustellen. Die Forderung nach mehr Einfluss der Gemeinden auf die nationale Politik wird also zunehmend lauter.

Die Anpassungen im Steueramtshilfegesetz wurden 2014 vom Ständerat (Zweitrat) behandelt. Die grosse Kammer hatte das Geschäft bereits 2013 diskutiert und mit wenigen Anpassungen gutgeheissen. Die Vorlage wollte, in Erfüllung einer Empfehlung des Global Forum, die Vorinformation von beschwerdeberechtigten Personen in Sachen Amtshilfe einschränken. Diese sollte nach nationalrätlicher Version in Ausnahmefällen nicht vorgenommen werden dürfen. Im Speziellen sollten die betroffenen Personen nicht vorinformiert werden, wenn der Zweck der Amtshilfe und deren Erfolg kumulativ gefährdet war. In dieser Präzisierung hatte der Nationalrat eine Differenz zum Bundesrat geschaffen, der eine „oder“-Regelung vorgeschlagen hatte. Im Ständerat war Eintreten unbestritten. Ebenso wurden vergleichsweise weniger weitreichende Änderungsvorschläge des Bundesrats (betreffend Kompetenz zur Festlegung des Inhalts einer Gruppenanfrage) und des Nationalrats (Präzisierung der Definition von Gruppenersuchen) ohne Gegenantrag bestätigt. Zu reden gab einzig die Bestimmung betreffend der nötigen Bedingungen zur Ausnahme von der Vorinformation. Nach bundesrätlichem Vorschlag sollte von der Vorinformation abgesehen werden, wenn entweder der Zweck oder der Erfolg der Amtshilfe durch die Vorinformation gefährdet waren. Wie der Nationalrat wollte die Kleine Kammer jedoch an der etwas restriktiveren Formulierung („und“) festhalten. Bundesrätin Widmer-Schlumpf plädierte auch im Ständerat für den „oder“-Wortlaut. Materiell mache es zwar keinen Unterschied, wie die Regelung formuliert sei. Der „oder“-Wortlaut sei aber zu bevorzugen, weil er dem internationalen Standard entspreche und deshalb sicherstellen würde, dass die schweizerischen Regelungen als OECD-konform beurteilt würden. Der Ständerat folgte dieser Argumentation nicht und bestätigte die nationalrätliche Version mit Stichentscheid des Präsidenten. Darauf nahmen die Kantonsvertreter die Vorlage in der Gesamtabstimmung mit 34 zu 1 Stimmen bei einer Enthaltung an. In der Schlussabstimmung passierte das Geschäft einzig gegen den Willen der SVP mit 137 zu 56 Stimmen bei 3 Enthaltungen im Nationalrat und mit 39 zu 3 Stimmen im Ständerat. Mit der Annahme der Gesetzesrevision schufen die eidgenössischen Räte die Voraussetzungen zum Übertritt in Phase 2 des Peer-Review des Global Forum (wenngleich mit Einschränkungen, weil der verabschiedete Text nicht exakt den internationalen Standards entsprach). Zum Übertritt in Phase 2 des Peer-Review musste mindestens eine der drei Empfehlungen des Global Forum von 2011 (Einschränkung der Vorinformation in Amtshilfesachen, Vergrösserung der Anzahl Doppelbesteuerungsabkommen nach OECD-Standard und Identifikation des Halters von Inhaberaktien) erfüllt sein. Für das Bestehen der Phase 2 mussten alle drei Empfehlungen umgesetzt werden.