Im September 2017 reichten die WAK-NR (Mo. 17.3706) sowie die WAK-SR (Mo. 17.3665) zwei gleich lautende Motionen zum Verzicht auf die Revision des Steuerstrafrechts ein, welche der Bundesrat zur Annahme empfahl. Ursprung der nun unliebsam gewordenen Revision war eine vom Parlament 2010 angenommene Motion Schweiger (fdp, ZG), welche zum Beispiel Rechtsunsicherheiten eliminieren, verschiedene Steuerarten vereinheitlichen oder eine Überbestrafung vermeiden wollte. Die als Antwort auf diese Motion ausgearbeitete Gesetzesrevision war jedoch in der Vernehmlassung grandios gescheitert, wie es Bundesrat Maurer ausdrückte. Die Revision hätte gemäss dem Finanzminister die Grenzen bezüglich Schutz der Privatsphäre und Schutz des Bankkundengeheimnisses so stark verschoben, dass die Vorlage nicht mehr mehrheitsfähig war. Daher hatte der Bundesrat die Revision im November 2015 zurückgestellt. Als Reaktion unter anderem auf diese Vorlage wurde jedoch die Volksinitiative „Ja zum Schutz der Privatsphäre“ eingereicht, welche das inländische Bankkundengeheimnis in der Verfassung verankern wollte. Während sich der Nationalrat für einen Gegenvorschlag zur Initiative aussprach, lehnte der Ständerat einen solchen aber ab. Stattdessen reichte die WAK-SR obige Kommissionsmotion zum Verzicht auf die Revision ein. Der Nationalrat zog nach und beschloss zudem, die Behandlung der Volksinitiative und des Gegenvorschlags bis nach der Wintersession 2017 – also bis nach der Behandlung der zwei Kommissionsmotionen – zu sistieren.

In Anbetracht dieser Vorgeschichte stand die Diskussion der Kommissionsmotionen im Nationalrat im Zeichen der Signalwirkung auf die Initianten der sogenannten „Matter-Initiative”. Etwas kryptisch erklärte zum Beispiel Leo Müller (cvp, LU), dass eine Annahme der zwei Motionen und die Signale des Bundesrates, das Steuerstrafrecht nicht mehr zu traktandieren, dafür sorgen könnten, dass „die Initianten über das weitere Vorgehen und über das Schicksal dieser Initiative entscheiden“ und die Initiative mit anderen Worten zurückziehen würden. Dieses „vorauseilende Geschenk“ an die Initianten kritisierte aber nicht nur Susanne Leutenegger Oberholzer (sp, BL) und mit ihr die linke Ratshälfte. Deutliche Kritik äusserte auch Martin Landolt (bdp, GL), der die Motionen als „aktive Sterbehilfe“ für die Volksinitiative bezeichnete. Es sei nicht Aufgabe von Parlament und Bundesrat, den Initianten den Rückzug zu erleichtern. Die Annahme der Motion stelle einen Verzicht auf die Chancen, welche eine Revision durchaus haben könnte, dar, was Landolt unter anderem als Arbeitsverweigerung bezeichnete. Auf Nachfrage betonte Bundesrat Maurer zudem, dass es keine Absprachen zwischen ihm, den Initianten und den Urhebern des Gegenvorschlags gäbe. Vielmehr brachte er einen anderen, formelleren Aspekt für den Verzicht auf die Revision ins Spiel. So könne man im schweizerischen demokratischen Prozess nicht einfach eine Vorlage aus dem Jahr 2013 nach fünf Jahren wieder hervornehmen, da sich das Umfeld stark verändert habe. Dazu bedürfe es mindestens einer neuen Vernehmlassung, zudem müsse die Verrechnungssteuerreform in Betracht gezogen werden. Im Sinne einer Frontbereinigung oder „einer Beruhigung der Wogen, die mit einer Volksinitiative hochgegangen sind“ sollen die Motionen angenommen werden, empfahl Maurer weiter. Mit 120 zu 64 Stimmen (bei einer Enthaltung) nahm eine aus den SVP-, FDP- und CVP-Fraktionen bestehende Mehrheit des Nationalrats die beiden Motionen an.

Die Neue Finanzordnung 2021 soll es dem Bundesrat ermöglichen, die direkten Bundessteuern (DBST) und die Mehrwertsteuer (MWST) befristet bis zum 31. Dezember 2035 auch weiterhin erheben zu können. Die geltende Finanzordnung erlaubt ihm dies lediglich bis 2020. In der Wintersession beriet der Nationalrat als Erstrat den entsprechenden Bundesbeschluss. Aufgrund der Wichtigkeit dieser Steuern – sie machen gemeinsam mit CHF 42 Mrd. pro Jahr mehr als 60 Prozent des Bundeshaushaltes aus – war die Verlängerung an sich unbestritten. Diskutiert wurde stattdessen über die Frage, ob die Regelung wie bis anhin befristet werden soll oder nicht – und allenfalls auf wie viele Jahre. Im Vernehmlassungsentwurf hatte der Bundesrat wie bereits im Bundesbeschluss zur Neuen Finanzordnung im Jahr 2002 eine Aufhebung der Befristung vorgeschlagen. Die Kantone hatten eine solche Änderung grösstenteils befürwortet, die Verbände waren ungefähr zur Hälfte dafür, die Parteien lehnten sie jedoch mehrheitlich ab. Der Bundesrat strich entsprechend den Vorschlag aus dem Bundesbeschluss, was die Nationalräte jedoch nicht von dessen Diskussion abhielt. Die sozialdemokratische und die grüne Fraktion beantragten durch einen Antrag Birrer-Heimo (sp, LU) eine Aufhebung der Befristung mit der Begründung, dass die Erhebung dieser Steuer aufgrund ihrer Relevanz sowie mangels Alternativen nicht in Frage gestellt werden könne und daher die regelmässig wiederkehrenden Abstimmungen darüber keinen Demokratiegewinn, sondern lediglich unnötige Kosten mit sich bringen würden. Eine erneute Befristung sei zudem nicht zentral für die kritische Diskussion des Steuersystems des Bundes sowie dessen Ausgaben und Einnahmen, da eine solche kaum im Rahmen der Neuen Finanzordnung, sondern im Rahmen von Sachabstimmungen stattfinde. Auf der anderen Seite bevorzugte die SVP-Fraktion, in Form eines Antrags Amaudruz (svp, GE), eine Befristung der Steuern auf 10 anstelle von 15 Jahren, was dem Volk eine häufigere Überprüfung der Angemessenheit dieser Steuern erlauben würde. Für den bundesrätlichen Vorschlag argumentierte Leo Müller (cvp, LU), dass eine erneute Befristung auf 15 Jahre einerseits der Tatsache Rechnung trage, dass die Aufhebung der Befristung der Bundessteuern bereits 1977, 1979 sowie 1991 an der Urne abgelehnt worden war, dass sie andererseits aber das Volk nicht bereits in kürzester Zeit wieder an die Urne rufe – wie es bei einer Befristung auf 10 Jahre der Fall wäre. Diese Meinung teilte die Mehrheit des Nationalrats und nahm den Entwurf des Bundesrates mit 178 zu 9 Stimmen an. Bestätigt wurde damit auch die Streichung einer mit dem Inkrafttreten des Biersteuergesetzes vom 6. Oktober 2006 hinfällig gewordenen Übergangsbestimmung zur Erhebung der Biersteuer (Art. 196 Ziff. 15 BV). Die Vorlage geht nun an den Ständerat, abschliessend werden Volk und Stände über die Verlängerung der Erhebung der Bundessteuern entscheiden.

Der Nationalrat sah sich bezüglich der Motion Bischof zur Beseitigung der sogenannten Heiratsstrafe vor einer komplizierten Situation. Noch im März 2016 hatte er sich im Rahmen der Motion „Individualbesteuerung auch in der Schweiz. Endlich vorwärtsmachen“ für die Individualbesteuerung ausgesprochen, jetzt empfahl ihm seine WAK-NR knapp mit 12 zu 11 Stimmen bei 1 Enthaltung die Annahme einer Motion zur Abschaffung der Heiratsstrafe durch gemeinschaftliche Besteuerung. In der Zwischenzeit hatte der Bundesrat zudem entschieden, bis Ende März 2017 eine Botschaft zur Beseitigung der Heiratsstrafe nach dem Modell „Mehrfachtarif mit alternativer Steuerberechnung“ zu erarbeiten und erachtete die Annahme der Motion Bischof daher als weiteres Hindernis auf dem Weg zur Lösung dieses seit 32 Jahren bestehenden Problems. Im Namen der Minderheit der Kommission beanstandete Kathrin Bertschy (glp, BE) zudem, dass die Motion lediglich eine der beiden im Begriff der Heiratsstrafe enthaltenen Problematiken löse. So verhindere sie zwar, dass Verheiratete unter bestimmten Konstellationen mehr Steuern zahlen als Nichtverheiratete, sie schaffe aber keine positiven Arbeitsanreize für Zweitverdienende und bevorzuge daher ein Ehemodell gegenüber anderen. Der einzige Weg, beide Problematiken anzugehen, stelle die Individualbesteuerung dar. Leo Müller (cvp, LU) sah hingegen in der Annahme der Motion eine Möglichkeit, deren Anliegen in die Überlegungen des Bundesrates einfliessen zu lassen, zumal sich in der WAK-NR eine Mehrheit für eine gemeinschaftliche Besteuerung von Ehepaaren und eingetragenen Partnerschaften finden liess. Der Entscheid des Nationalrats fiel in der Folge ähnlich knapp aus wie derjenige der Kommission: Mit 96 zu 89 Stimmen nahm die grosse Kammer die Motion an.

Während die Beratungen über den bundesrätlichen Vorschlag zum Bundesgesetz über die Unternehmenssteuerreform III (USR III) im Ständerat kurz vor Jahreswechsel relativ zügig vorangekommen waren, erstreckte sich die erste Lesung im Nationalrat anlässlich der Frühjahrssession 2016 über zwei Tage. Zwar stellte sich auch die grosse Kammer hinter die Stossrichtung des vorgeschlagenen Reformpakets, das steuer- und finanzpolitische Massnahmen vereinte und zum Ziel hatte, den Unternehmensstandort Schweiz attraktiv zu halten, gleichzeitig schuf sie etliche Differenzen zur Regierung und zum Ständerat. Ein erstes Mal bezogen die Parteien jedoch Position, ohne dass sich eine Differenz ergab. Die SP wollte die Vorlage an die zuständige Wirtschaftskommission (WAK-NR) zurückweisen lassen und erst wieder behandeln, wenn die Mehrbelastungen für den Bund noch maximal CHF 500 Mio. betragen. Der Rückweisungsantrag war mit 43 zu 135 Stimmen bei 7 Enthaltungen, die allesamt auf Grüne entfielen, chancenlos. Eine erste Differenz schuf die grosse Kammer, indem sie mit 138 zu 52 Stimmen dem Antrag ihrer Wirtschaftskommission folgte und eine Art Pauschalbesteuerung für Frachtschiffe, die Tonnage-Tax, in die Vorlage aufnahm. Finanzminister Maurer versuchte vergebens darauf hinzuweisen, dass die Verfassungsmässigkeit dieser Art der Besteuerung umstritten sei und es sich dabei eigentlich um einen neuen Tatbestand handle, der weder genauer geprüft noch Teil der Vernehmlassungsvorlage gewesen sei. Unterstützung erhielt Maurer nur von der SP und den Grünen. Gleiches traf bei der Frage über die von der WAK-NR vorgeschlagene Einführung einer zinsbereinigten Gewinnsteuer zu, die von den Kantonen in der Vernehmlassung kritisiert und im Ständerat deutlich abgelehnt worden war. Die Befürworter argumentierten, dass die vom Bundesrat vorgeschlagene Version der USR III, die im Kern die Abschaffung der international nicht mehr akzeptierten Steuerermässigungen von Holding-, Domizil- und gemischten Gesellschaften beinhaltete, für ebendiese Unternehmen zu wenig attraktiv sei und es deshalb eine zinsbereinigte Gewinnsteuer brauche. Der Nationalrat nahm den Antrag der Kommission mit 127 zu 59 Stimmen bei 7 Enthaltungen an. Hingegen verweigerte die grosse Kammer der Wirtschaftskommission die Gefolgschaft beim Thema der Emissionsabgaben auf Eigenkapital. Die WAK-NR hatte die Bestimmungen über die Stempelsteuer aus der Vorlage gestrichen und in einen separaten Entwurf überführt. Der Nationalrat nahm daraufhin mit 137 zu 52 Stimmen bei 2 Enthaltungen einen Antrag Müller (cvp, LU) an und wies die neue Vorlage an die Kommission zurück. Die vom Bundesrat geforderte Abschaffung der Emissionsabgaben war damit vorerst vom Tisch. Hingegen folgte der Nationalrat dem Vorschlag der Regierung, den Kantonsanteil an der direkten Bundessteuer von 17 auf 20,5% zu erhöhen. Der Ständerat hatte diesen auf 21,2% erhöhen wollen. Eine "kleine" Differenz bestand zwischen den Räten zudem bei der Ausgestaltung der neu eingeführten Steuerermässigungen. Während der Ständerat für die reduzierte Besteuerung der Erträge aus Patenten (Patentbox) und die Möglichkeit, Kosten für Forschung und Entwicklung zu mehr als 100% abziehen zu können (Inputförderung), separate Obergrenzen festlegen wollte, fasste der Nationalrat die Patentbox und die Inputförderung mit den Instrumenten des Zinsabzugs auf Eigenkapital und der steuerfreien Aufdeckung stiller Reserven zusammen und sah für das gesamte Bündel eine maximale steuerliche Ermässigung von 80% vor. Damit ging die Vorlage, die auf diese Weise zu CHF 1,2 Mrd. Mindereinnahmen pro Jahr geführt hätte, zurück an den Ständerat. Dessen Version hätte den Bund nach der ersten Lesung rund CHF 100 Mio. weniger gekostet.