Als Indiz für eine sich aufweichende innerparteiliche Kohärenz und die stärker werdende Kritik können auch die abweichenden Parolen der Kantonalsektionen bei den zwölf im Berichtjahr abgestimmten nationalen Vorlagen gelten. Fünf Mal wich mindestens eine kantonale Partei mit ihrer Empfehlung von der Parole der Mutterpartei ab. Beim Tierseuchengesetz waren es sogar sieben Kantonalsektionen (ZH, BE, BL, TG, VD, VS, GE) welche ein Ja statt des von der Delegiertenversammlung Ende Oktober mit 250 zu 89 Stimmen gefassten Neins empfahlen. Zuletzt hatte es 2003 so starke parteiinterne Opposition gegeben: beim Bundesgesetz über den Bevölkerungsschutz und den Zivilschutz sowie beim Bundesgesetz zur Armee XXI stimmten gar zwölf Kantonalsektionen gegen die vom damaligen VBS-Chef Samuel Schmid durchgeführten Armeereformen. Bei der Revision des Tierseuchengesetzes hatte sich die SVP-Fraktion im Parlament eigentlich noch für eine Annahme stark gemacht. Der angebliche Zentralismus, der die Bauern entmündige und die Skepsis gegen die von der EU angeführten internationalen Pharmafirmen führte an der Delegiertenversammlung in Seedorf (UR) Ende Oktober aber dann zu einem relativ wuchtigen Nein, das auch die aufgeheizte Stimmung an der Basis widerspiegelte. Ebenfalls vor allem an der Basis umstritten und von drei Kantonalsektionen (UR, GL, VS) mit einer Ja- statt einer Nein-Parole versehen war die Managed Care-Vorlage. Auch hier hatte die SVP-Fraktion zu den Befürworterinnen im Parlament gehört, aber auch hier gab es Anfang Mai an der Delegiertenversammlung in Klingnau eine mit 368 zu 52 Stimmen relativ deutliche Abfuhr. Erschwerend kam hinzu, dass der SVP-Gesundheitsexperte Toni Bortoluzzi (ZH) gegen Gregor Rutz (ZH) antreten musste, welcher seinerseits das Gegnerkomitee organisierte. Bortoluzzi führte das Nein in Klingnau auf das wachsende Misstrauen in seiner Partei gegenüber dem Gesundheitswesen zurück. Folge der internen Auseinandersetzung war, dass Bortoluzzi seine ursprünglich angekündigte Absicht, vor Legislaturende zurückzutreten und dem ersten Ersatzmann – Gregor Rutz – Platz zu machen, widerrief. Die SVP war allerdings nicht die einzige Partei, die während der Kampagne zu Managed Care kippte. Von immerhin noch zwei Kantonalsektionen (ZG, TG) bekämpft wurde der Bundesbeschluss zur Regelung der Geldspiele, der Ende Januar vom Zentralvorstand zur Annahme empfohlen worden war. Je eine Kantonalsektion wich ab beim Bundesbeschluss zur Jugendmusikförderung (VS) bzw. bei der Initiative für ein steuerlich begünstigtes Bausparen (ZG). Erstere war von der Mutterpartei an der Delegiertenversammlung Ende August in Basel zur Ablehnung, zweitere im Januar vom Zentralvorstand zur Annahme empfohlen worden. Die restlichen Vorlagen waren – auch was die fehlenden Abweichungen in der Parolenfassung durch die Kantonalsektionen betraf – unbestritten. In Berg (TG) wurde die Buchpreisbindung mit 342 zu 88 Stimmen und die Ferieninitiative mit einer Gegenstimme abgelehnt. In Klingnau wurde – neben Managed Care – mit 486 zu 0 einstimmige Unterstützung für die Auns-Initiative („Staatsverträge vors Volk“) und mit 415 zu 15 Stimmen die Annahme der Initiative „Eigene vier Wände dank Bausparen“ empfohlen. In Basel wurde Ende August die Nein-Parole zur Initiative „Schutz vor Passivrauchen“ (284 zu 25 Stimmen) und die Ja-Parole zur Initiative „Wohnen im Alter“ (289 zu 6 Stimmen) gefasst.

Nach Bundesrat Schmids Rücktritt im November bestätigte die SP grundsätzlich den Anspruch der SVP auf den frei gewordenen Sitz. Sie wolle nicht mit der Konkordanz brechen, aber auch nicht irgendeinen von der SVP favorisierten Hardliner wählen. Die SP-Parlamentarier gaben ihre Stimme aller Wahrscheinlichkeit nach grösstenteils dem Thurgauer Hansjörg Walter (svp).

Ende 2007 hatte die SVP nach der Abwahl von Christoph Blocher aus dem Bundesrat den Gang in die Opposition beschlossen und die beiden SVP-Bundesräte Eveline Widmer-Schlumpf und Samuel Schmid aus ihrer Bundeshausfraktion ausgeschlossen. Die thematische Grundlage ihrer Oppositionspolitik sah die SVP in ihrem „Vertrag mit dem Volk“, den sie vor den Wahlen 2007 symbolisch geschlossen hatte. Mitte Januar empfahl der SVP-Zentralvorstand Toni Brunner (NR SG) als Nachfolger des abtretenden Parteipräsidenten Ueli Maurer und schlug eine neue Struktur der Parteileitung mit fünf Vizepräsidenten, die je für ein thematisches Ressort zuständig sein sollen, vor. Einer der Vizepräsidenten solle alt Bundesrat Christoph Blocher sein – als Verantwortlicher für das Ressort Strategie und Kampagnen.

Nach ihrem Sieg bei den Nationalratswahlen (+2,2 Prozentpunkte Wähleranteil, 7 Sitze mehr im Nationalrat) zeigte sich die SVP eher zurückhaltend. Parteipräsident Maurer sagte, die Partei stehe hinter der Konkordanz. Die SVP signalisierte Interesse am frei werdenden Bundeskanzlerposten und forderte, ihre Bundesräte müssten wichtigere Departemente erhalten.

An ihrer Delegiertenversammlung in Payerne (VD) beschloss die SVP, bei einer Abwahl eines ihrer Bundesräte in die Opposition zu gehen. Zudem solle aus der SVP-Fraktion ausgeschlossen werden, wer anstelle von Schmid oder Blocher eine Wahl in den Bundesrat annehme. Die Delegierten sprachen sich ohne Gegenstimme gegen die Initiative für eine Einheitskrankenkasse aus. Bundesrat Schmid äusserte sich in der Presse, er werde bei einer Nichtwiederwahl von Bundesrat Blocher frei entscheiden, ob er in der Regierung verbleibe.

Die SVP-Bundeshausfraktion forderte ihre Mitglieder dazu auf, künftig auf gegenseitige Verunglimpfungen zu verzichten. Sie reagierte damit auf eine Kolumne des Zürcher Nationalrats Christoph Mörgeli, in der dieser Bundesrat Schmid Charakterschwäche vorgeworfen hatte. Um dem Dissens innerhalb der Partei bezüglich Personenfreizügigkeitsabkommen Rechnung zu tragen (mehr als ein Drittel der Fraktion befürwortete die Vorlage), beschloss sie, dass ihre Mitglieder an Podien nicht gegeneinander antreten und keine eigenen Abstimmungskomitees gründen sollten. Stattdessen sollten sie sich in überparteilichen Komitees engagieren.

Mitte Juni verabschiedeten die Christlichdemokraten Alt-Bundesrätin Ruth Metzler mit einer stehenden Ovation. Nur wenige Tage vor der Delegiertenversammlung war Metzlers Buch erschienen, in dem sie sich kritisch zum Verhalten der Parteispitze im Vorfeld der Bundesratswahlen 2003 äusserte und das in der Partei einige Irritationen ausgelöst hatte. Interimspräsidentin Doris Leuthard attestierte der ersten CVP-Frau im Bundesrat, während viereinhalb Jahren in so schwierigen Bereichen wie der Migrationspolitik mit Herzblut und Sachverstand gewirkt zu haben. Das Scheitern der Bestätigungswahl stellte sie als Konsequenz der von der CVP verlorenen Parlamentswahlen hin. Nachdem in den vergangenen Tagen viel von Entfremdung zwischen der früheren Bundesrätin und ihrer Partei die Rede gewesen war, versicherte Ruth Metzler den Delegierten, sie fühle sich in der CVP zuhause, denn diese trete für Werte ein, die ihr persönlich und für das Vorankommen des Landes wichtig seien. Die Delegierten beschlossen mit 163:2 resp. 163:3 Stimmen und je einer Enthaltung die Ja-Parole zur Neuregelung des Bürgerrechts und folgten damit dem Plädoyer der ehemaligen EJPD-Chefin, welche diese Revision vorangetrieben hatte.

In den eidgenössischen Wahlen gelang es der SVP, 11 zusätzliche Nationalratsmandate und einen zusätzlichen Ständeratssitz zu erobern. Am Abend des Wahlsonntags überraschte SVP-Parteipräsident Ueli Maurer die Präsidenten der anderen Parteien vor laufender Fernsehkamera mit der ultimativ vorgetragenen Forderung, dass bei der Gesamterneuerungswahl des Bundesrates vom Dezember Christoph Blocher (ZH) zu wählen sei, ansonsten die SVP aus der Regierung austreten werde. Gegen dieses Ultimatum regte sich parteiinterner Widerstand. So forderte die Berner SVP eine allfällige Urabstimmung, sollte sich die SVP Schweiz aus der Regierungsverantwortung zurückziehen. An einer ausserordentlichen Delegiertenversammlung in Sempach (LU) bekräftigten die Mitglieder der SVP das Partei-Ultimatum für die Bundesratswahl mit 449:7 Stimmen bei 57 Enthaltungen. Kritische Voten gegen das Vorgehen wurden mit für die SVP ungewohnt viel Respekt aufgenommen, der Vorbehalt von Bundesrat Samuel Schmid, er wolle über sein Verbleiben in der Regierung frei entscheiden, respektiert. In einem Zusatzbeschluss stützten die Delegierten auf Antrag welscher SVP-Mitglieder auch die Variante, dass Blocher in der sechsten Wahlrunde den Sitz von SP-Bundesrätin Micheline Calmy-Rey angreifen solle, falls die SVP zuvor keinen Sitz der CVP erobern könne; auf den frei werdenden Sitz der Freisinnigen erhob die SVP hingegen keinen Anspruch. Am 10. Dezember wählte die Vereinigte Bundesversammlung Christoph Blocher in den Bundesrat; erstmals seit 131 Jahren wurde mit Ruth Metzler (cvp) ein Regierungsmitglied nicht bestätigt. Tags darauf kündigte die SVP in Inseraten mit dem Titel „SVP: Wählerauftrag verpflichtet – auch im Bundesrat“ an, auch als gestärkte Regierungspartei ihrem Programm treu zu bleiben und ihre Doppelrolle als Regierungs- und Oppositionspartei nicht aufgeben zu wollen. Bei der Departementsverteilung wurde Christoph Blocher mit der Leitung des EJPD betraut; damit ist er mit der Asyl- und der Ausländerpolitik für jene Bereiche zuständig, in denen seine Partei bis anhin besonders deutlich in Opposition zum Bundesrat stand. – Bei den kantonalen Parlamentswahlen eroberte die SVP 14 zusätzliche Sitze, bei den Regierungsratswahlen errang sie in Appenzell Ausserrhoden ein zweites Mandat.

Zwei Wochen vor den eidgenössischen Wahlen rief die SVP ihre Delegierten mit einem Mobilmachungszettel zum Wahlappell in die Diskothek Alpen-Rock-House beim Flughafen Zürich. Die Schweiz habe zweimal in Zeiten grösster Not, 1914 und 1939, als die beiden Weltkriege ausbrachen, die allgemeine Kriegsmobilmachung ausgerufen. Nach Parteipräsident Ueli Maurer sei die Lage heute ernst. Schuld daran seien SP, FDP und CVP, welche die Schweiz in die Mittelmässigkeit geführt hätten. Maurer appellierte an die Delegierten, in ihrem Umfeld Wähler zu mobilisieren, und Mitglieder der Jungen SVP riefen den Anwesenden lautstark die Themen ihrer Wahlkampagne in Erinnerung, indem sie ihre politischen Forderungen und ihren Unmut über die gegenwärtige Politik vortrugen. In seiner Rede bemühte sich Bundesrat Samuel Schmid, auch die positiven Seiten der Schweiz in Erinnerung zu rufen.

Zwei Wochen später eröffnete die SVP an ihrer Delegiertenversammlung in Biel die Unterschriftensammlung. Zur SP-Gesundheitsinitiative, welche einkommens- und vermögensabhängige Krankenkassenprämien verlangt, beschlossen die Delegierten einstimmig die Nein-Parole. In seiner Rede zur Situation der Sozialwerke forderte Bundesrat Samuel Schmid, die demographische Entwicklung zu berücksichtigen. Nicht Anreize zur Frühpensionierung seien gefragt, sondern Arbeitsmodelle für ältere Personen, ohne aber einfach das Rentenalter zu erhöhen. Nach einem kurzen Disput zwischen Parteipräsident Ueli Maurer und dem Berner Kantonalpräsidenten Hermann Weyeneth stimmten die SVP-Delegierten dem Antrag der Waadtländer SVP zu, ein Strategiepapier zur Agrarpolitik auszuarbeiten. Weyeneth hatte eingewandt, die SVP sei kein Ersatz-Bauernverband.

Im Nachgang zum Anlass in Lupfig kam es zu einer heftigen Debatte in der Presse, einerseits, weil Exponenten des Zürcher Flügels Bundesrat Samuel Schmid am Parteitag als halben SVP-Bundesrat verunglimpft hatten, nachdem er sich in einem Zeitungsinterview von der Asylinitiative der SVP distanziert hatte, andererseits, weil die Parteispitze dem Unterwalliser SVP-Parteipräsidenten Oskar Freysinger nicht Einhalt geboten hatte, als dieser sexistische und die Regierung diffamierende Verse vorgetragen hatte. Der Berner Altständerat und Rechtsprofessor Ulrich Zimmerli erklärte seinen Austritt aus der Partei, weil er sich für die destruktive Politik der SVP schäme. In der Presse ging das Gerücht um, Bundesrat Schmid erwäge einen Parteiaustritt. Nach einer dreistündigen Aussprache mit der SVP-Fraktion erklärten die Parlamentarier, sie stünden hinter Bundesrat Schmid. Freysinger, der von der nationalen Parteileitung nicht gemassregelt worden war, trat Ende November als Präsident der SVP Unterwallis zurück, nachdem auf sein Haus ein Brandanschlag verübt worden war.

An ihrem Sonderparteitag in Pratteln (BL) eröffnete die SVP den Wahlkampf: Einstimmig beschlossen die Delegierten die Ja-Parole zu ihrer Volksinitiative "gegen Asylrechtsmissbrauch". Nach einer Ansprache von Bundesrat Samuel Schmid zur Verzahnung zwischen innerer und äusserer Sicherheit und anschliessenden Referaten zum Spannungsfeld Migration und Sicherheit verabschiedeten die Delegierten einen Forderungskatalog "Sicherheit Schweiz", der von der Grenzsicherung, dem Misstrauen gegenüber dem Schengen-System der EU, der abschreckenden Behandlung von Asylsuchenden, der Verbrechensbekämpfung in den Städten bis zu Sanktionen gegen Eltern gewalttätiger Schüler reichte.

Mitte Oktober gab Bundesrat Ogi seinen Rücktritt per Ende Jahr bekannt. Die Bundesversammlung wählte im Dezember den SVP-Berner Ständerat Samuel Schmid zu dessen Nachfolger und verwies die offiziellen SVP-Kandidierenden Eberle (TG) und Fuhrer (ZH) auf die Ränge.