Die Organspende-Initiative und ihr indirekter Gegenvorschlag waren Gegenstand der ständerätlichen Debatte in der Herbstsession 2021. Im Vorfeld hatte sich die SGK-SR mit 9 zu 3 Stimmen (bei 1 Enthaltung) für den indirekten Gegenvorschlag des Bundesrates und mit 10 zu 1 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) gegen das Volksbegehren ausgesprochen. Gemäss Kommissionssprecher Paul Rechsteiner (sp, SG) sei die Widerspruchsregelung als «konkrete Antwort auf den Organmangel» zu werten. Ausgehend von den Erfahrungen südeuropäischer Staaten könne angenommen werden, dass die Zahl der Spenderinnen und Spender durch einen Systemwechsel zunehme. Allerdings gehe der Kommissionsmehrheit wie bereits dem Bundesrat die von der Initiative geforderte enge Widerspruchslösung zu weit – daher auch die diesbezüglich ablehnende Haltung. Weitere Ansätze, mit denen dem Organmangel begegnet werden könnte, namentlich die Einführung eines Erklärungsmodells und der Vorschlag Nantermod (fdp, VS), den Spendewillen auf der Krankenversicherungskarte einzutragen, hätten in der Kommission ebenfalls keine Unterstützung gefunden, so Rechsteiner weiter. Beim indirekten Gegenvorschlag des Bundesrates, welcher eine erweiterte Widerspruchlösung vorsehe, handle es sich hingegen um eine griffige Lösung, bei der auch die nächsten Angehörigen entlastet würden. Eine Kommissionsminderheit rund um Josef Dittli (fdp, UR) teilte diese Ansicht indes nicht. Dem Urner Standesvertreter zufolge würde auch durch den indirekten Gegenvorschlag «eine Erwartungshaltung generiert, die einer Pflicht zur Organspende gefährlich nahe komm[e]». Einen entsprechenden Nichteintretensantrag lehnte der Ständerat jedoch mit 31 zu 13 Stimmen ab. In der Detailberatung folgte die kleine Kammer abgesehen von redaktionellen und formellen Änderungen der grossen Kammer und nahm den Entwurf des indirekten Gegenvorschlags mit 31 zu 12 Stimmen (bei 1 Enthaltung) an. Die Volksinitiative indes blieb im Ständerat chancenlos. Einstimmig sprachen sich die Kantonsvertreterinnen und -vertreter gegen das Volksbegehren aus.

In der Sommersession 2021 war es erneut am Ständerat, die Vorlage zum Tabakproduktegesetz zu beraten. Dabei galt es, über gut 20 Differenzen zum Nationalrat zu befinden. Dieser hatte in seiner Behandlung insgesamt weniger weitreichende Regelungen beschlossen als das Stöckli in seiner ersten Beratung. Kommissionssprecher Josef Dittli (fdp, UR) erklärte, dass der Mehrheit der SGK-SR der Jugendschutz und die Ratifizierung des WHO-Übereinkommens ein Anliegen sei. Um dieses nicht zu gefährden, möchte die Kommission an einigen Artikeln festhalten oder unterbreite gangbare Kompromisse. Wie sich jedoch im Verlaufe der Behandlung zeigen sollte, folgte die kleine Kammer mehrfach Minderheits- und Einzelanträgen, welche weniger weit gehen wollten als die Kommissionsmehrheit.
Bezüglich Zusammensetzung der Tabakprodukte und ihrer Emissionen sprach sich der Ständerat mit 26 zu 18 Stimmen für einen Minderheitsantrag Müller (fdp, LU) aus, der das vom Nationalrat vorgesehene Mentholverbot streichen wollte. Gemäss Müller bestehen «keine gefestigten wissenschaftlichen Erkenntnisse» zum Abhängigkeitspotenzial solcher Stoffe. Die Kommissionsmehrheit hätte eine Lösung vorgesehen, die das Verbot auf Zigaretten und Tabak zum Selbstdrehen beschränkt, elektronische Zigaretten, erhitzte Tabakprodukte und Snus hingegen von der Regelung ausgeklammert hätte. Weiter hielt das Stöckli an seinem Beschluss fest, dass nicht der Bundesrat über die verbotenen Zutaten bestimmen können soll, sondern dass diese im Gesetzesanhang aufzuführen seien.
Bei der Verpackung wollte die Kommission an der bundesrätlichen und ständerätlichen Fassung zur Produktinformation, welche auf resp. in der Verpackung enthalten sein soll, festhalten. Jedoch setzte sich im Rat ein Einzelantrag Français (fdp, VD), welcher wie die Nationalrätinnen und -räte wollte, dass nur die wichtigsten Informationen auf der Packung enthalten seien und für den Rest beispielsweise auf eine Internetseite verwiesen werde, mit 23 zu 21 Stimmen durch. Damit sollte die Notwendigkeit von grösseren Verpackungen und einer unnötigen Erhöhung des CO2-Fussabdrucks der Produkte verhindert werden.
Im Kapitel zur Werbung, Verkaufsförderung und Sponsoring kam der Ständerat dem Nationalrat weitgehend entgegen. Mit 25 zu 17 Stimmen stimmte er für einen Einzelantrag Z'graggen (mitte, UR), die gleich wie die grosse Kammer forderte, dass Werbung in Zeitungen, Zeitschriften und auf Internetseiten, die sich direkt an Minderjährige richten, untersagt werden solle. Vom Zusatz «die von Minderjährigen eingesehen werden», wie es die erste ständerätliche Fassung beinhaltet hatte, wurde abgesehen, da daraus gemäss Z'graggen ein totales Werbeverbot resultieren würde. Weiter kippte die kleine Kammer das generelle Werbeverbot in Zeitungen, Zeitschriften, anderen Publikationen und im Internet aus dem Entwurf, indem sie im entsprechenden Punkt mit 20 zu 20 Stimmen und dem Stichentscheid des Ratspräsidenten Kuprecht (svp, SZ) dem Nationalrat folgte. Hans Stöcklis (sp, BE) Warnung, dass dadurch ein Rückzug der Volksinitiative «Ja zum Schutz der Kinder und Jugendlichen vor Tabakwerbung» unwahrscheinlich werden dürfte, und Gesundheitsminister Bersets Bedenken, dass sich eine Ratifizierung des WHO-Übereinkommens unter diesen Umständen schwierig gestalte, blieben wirkungslos.
Untersagt werden soll hingegen, wie vom Nationalrat vorgeschlagen, die Werbung auf von öffentlichem Grund aus einsehbaren Plakaten, in Kinos, in und an öffentlichen Verkehrsmitteln, in und an Gebäuden mit öffentlichem Zweck und deren Arealen sowie auf Sportplätzen und bei Sportveranstaltungen. Stillschweigend folgte die kleine Kammer dem Nationalrat zudem bezüglich Sponsoring durch Tabakfirmen, das nicht nur bei Veranstaltungen internationaler Natur verboten werden soll, sondern auch, falls die Veranstaltungen auf Minderjährige abzielten. Die bestehende Differenz zwischen den zwei Räten bei der Verkaufsförderung konnte indes nicht beseitigt werden. Mit 22 zu 16 Stimmen (bei 1 Enthaltung) hielt das Stöckli an seinem Beschluss fest, dass das Verkaufsförderungsverbot nicht nur Tabakprodukte zum Rauchen, sondern auch E-Zigaretten und «Gegenstände, die eine funktionale Einheit mit einem Tabakprodukt bilden», einschliessen soll. Dass Zigarren und Zigarillos davon ausgenommen werden sollen, hiess die kleine Kammer hingegen gut. Ferner beharrte der Ständerat auf seiner Meinung, dass die Kantone über die Kompetenz verfügen sollen, strengere Werbevorschriften zu erlassen.
Eine weitere Differenz zwischen den beiden Räten bestand im Zusammenhang mit der Meldepflicht von Ausgaben für Werbung, Verkaufsförderung und Sponsoring. Die Kommissionsmehrheit schlug einen Mittelweg zwischen der nationalrätlichen Position, auf eine Meldepflicht gänzlich zu verzichten, und der ursprünglichen ständerätlichen Fassung, welche nach den einzelnen Bereichen aufgetrennte Meldungen vorsah, vor. Konkret sollten Unternehmen lediglich zur Nennung eines einzigen Betrages für Marketingaktivitäten verpflichtet werden. Auch sollte es möglich sein, den Betrag in aggregierter Form, beispielsweise als Summe einer ganzen Branche, zu melden. Die Mehrheit des Ständerats liess sich jedoch nicht davon überzeugen und folgte stattdessen mit 24 zu 20 Stimmen einer Minderheit Gapany (fdp, FR), welche sich für die Version des Nationalrates einsetzte.
Schliesslich kam der Ständerat der Forderung des Nationalrates auf eine Änderung im Bundesgesetz zum Schutz vor Passivrauchen, welche das Verwenden von E-Zigaretten und Tabakprodukten zum Erhitzen in Restaurations- und Hotelbetrieben sowie in spezialisierten Verkaufsgeschäften in gewissen Zonen erlauben wollte, mit 39 zu 2 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) nicht nach. Zudem beschloss das Stöckli auf Antrag seiner Kommission neu, das Tabakproduktegesetz als indirekten Gegenvorschlag zur Volksinitiative «Kinder und Jugendliche ohne Tabakwerbung» zu klassifizieren.

In der Herbstsession 2020 beschäftigte sich erneut der Ständerat mit der Standesinitiative des Kantons Aargau für die «Abschaffung der Heiratsstrafe». Vor seiner ersten Behandlung im Februar 2018 hatte die WAK-SR noch argumentiert, dass die Botschaft des Bundesrates für eine ausgewogenen Paar- und Familienbesteuerung abgewartet werden solle. Erneut sprach sich die Kommissionsmehrheit im August 2020 dafür aus, der Standesinitiative keine Folge zu geben. Der bundesrätliche Vorschlag sei in der Zwischenzeit an die Regierung zurückgewiesen worden, damit sie Alternativen erarbeite. Offen sei auch eine Motion Markwalder (fdp, BE: Mo. 19.3630). Es solle daher nicht parallel auch noch an der Initiative gearbeitet werden, betonte die Mehrheit. Eine Minderheit Bischof (cvp, SO) wollte hingegen das langjährige Problem unverzüglich angehen. Ansonsten bleibe man noch länger als die bisherigen 36 Jahre – seit dem entsprechenden Bundesgerichtsurteil – bei einem verfassungswidrigen System, erläuterte der Minderheitensprecher in der Ratsdebatte. Das System, welches die Standesinitiative vorschlage, sei dasselbe, welches bereits alle Kantone anwendeten und das auch die Volksinitiative vorgeschlagen habe. Mit 22 zu 18 Stimmen (bei 1 Enthaltung) blieb der Ständerat bei seiner Meinung und gab der Standesinitiative erneut keine Folge. Damit ist sie vom Tisch.

In der Sommersession 2020 befasste sich der Ständerat mit dem indirekten Gegenvorschlag zur Pflegeinitiative. Bevor das Stöckli ohne Gegenantrag auf die Vorlage eintrat, bedankten sich zahlreiche Rednerinnen und Redner beim Pflegepersonal und würdigten dieses für den geleisteten Einsatz während der Covid-19-Pandemie. Doch Applaus alleine reiche nicht; diesbezüglich waren sich viele Standesvertreterinnen und -vertreter einig. Es seien Massnahmen gefordert, um die Attraktivität des Pflegeberufes zu steigern und somit dem Pflegemangel entgegenzuwirken. Die Schweiz sei heute nicht in der Lage, auch nur die Hälfte der benötigen Pflegefachpersonen auszubilden, so Maya Graf (gp, BL). Marina Carobbio Guscetti (sp, TI) fügte an, es müsse mittels Bezahlung, Wertschätzung und zugestandenen Kompetenzen dafür gesorgt werden, dass die ausgebildeten Fachkräfte ihrem Beruf nicht vorzeitig den Rücken zukehren würden. Erreichen wolle dies der indirekte Gegenvorschlag einerseits mit einer Ausbildungsoffensive und andererseits mit mehr Verantwortung für das Pflegepersonal.
Für ersteres müssten die entsprechenden Mittel bereitgestellt werden, wolle man nicht vom Ausland abhängig werden, hob Pirmin Bischof (cvp, SO) hervor. Dazu gehörten die finanzielle Unterstützung der Kantone durch den Bund, wenn sie Pflegefachkräften in Ausbildung bezüglich Lebenshaltungskosten unter die Arme greifen. Dieser Entscheid konnte mit 23 zu 22 Stimmen knapp gegenüber einer Minderheit Dittli (fdp, UR) durchgesetzt werden, der die Finanzierung als Sache der Kantone betrachtete. Anders als der Nationalrat und linke Ratsmitglieder rund um eine Minderheit Carobbio Guscetti, welche die Kantone zu entsprechenden Beiträgen verpflichten wollten, setzte die Mehrheit des Ständerates diesbezüglich jedoch mit 32 zu 13 Stimmen auf Freiwilligkeit. Allgemein gutgeheissen wurde die Ausbildungsverpflichtung von Krankenhäusern, Pflegeheimen und Spitexorganisationen und die damit zusammenhängende Pflicht der Kantone mindestens einen Teil der ungedeckten Kosten der praktischen Ausbildungsleistungen, die bei den Leistungserbringern anfallen, zu übernehmen. Dabei soll ihnen während acht Jahren die Unterstützung des Bundes zukommen. Der Ständerat kalkulierte für die beiden Punkte der Ausbildungsoffensive CHF 369 Mio. seitens des Bundes ein, also gut CHF 100 Mio. weniger als der Nationalrat.
Bezüglich des zweiten Instruments zur Aufwertung der Pflege – die Ausweitung der Kompetenzen –, stimmte das Stöckli mit 32 zu 10 Stimmen dafür, dass Pflegefachpersonen gewisse vom Bundesrat festgelegte Leistungen selbständig ohne ärztliche Anordnung durchführen und zu Lasten der Krankenkassen abrechnen sollen dürfen, womit der Rat der Kommissionsmehrheit statt einer Minderheit Hegglin (cvp, ZG) folgte. Im Unterschied zum Nationalrat beabsichtigte der Ständerat mit 28 zu 16 Stimmen allerdings, dass dazu im Vorfeld Vereinbarungen zwischen Pflegenden, Spitexorganisationen und Pflegeheimen auf der einen Seite und den Versicherern auf der anderen Seite getroffen werden müssten. Während diese Kompetenzerweiterung einer Minderheit Carobbio Guscetti zu wenig weit ging und sie erklärte, dass damit die Initianten und Initiantinnen kaum überzeugt werden könnten, ihr Volksbegehren zurückzuziehen, zeigte sich neben gewissen Ratsmitgliedern auch Gesundheitsminister Berset grundsätzlich nicht einverstanden mit der Möglichkeit zur direkten Abrechnung. So befürchtete der Bundesrat Mehrkosten und warnte davor, die Liste der Leistungserbringenden zu verlängern.
In der Gesamtabstimmung stimmte der Ständerat dem indirekten Gegenvorschlag mit 36 zu 4 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) zu.

Noch in derselben Session behandelte auch der Ständerat die Vorlage zur Zulassung von Leistungserbringenden ein drittes Mal. Das Geschäft sei «auf gutem Weg», betonte Kommissionssprecher Bischof (cvp, SO), zumal der Nationalrat mit dem Verzicht auf die Verknüpfung mit EFAS «einen wesentlichen Stolperstein mit den Kantonen aus dem Weg geräumt» habe. Dennoch zeigte sich die SGK-SR nicht bereit, alle Differenzen auszuräumen, und nahm damit eine Einigungskonferenz in Kauf. Zwar lenkte sie bezüglich der Kompetenzverschiebungen zu den Versicherungen im Bereich der Qualitätsprüfung ein – zukünftig sollen somit die Kantone für die Erstzulassung der Leistungserbringenden zuständig sein, während die Krankenversicherungen anschliessend die laufenden Kontrollen über die Qualität der Leistungserbringung übernehmen. Stillschweigend stimmte der Ständerat diesem Entgegenkommen zu. Beim Beschwerderecht für Krankenversicherungen zu kantonalen Erlassen über die Festlegung und Berechnung der Höchstzahlen beharrte die Kommission, und mit ihr die kleine Kammer, jedoch auf ihrer Position. Obwohl die Differenzen in der Frage der Sprachvoraussetzungen für Ärztinnen und Ärzte bereits bereinigt waren, kam die Kommission zudem nach Rücksprache mit den Parlamentsdiensten zur Interpretationsklärung noch einmal auf diesen Punkt zurück. Diesbezüglich seien in den beiden Räten unterschiedliche Äusserungen getätigt worden, erklärte Bischof diesen Schritt. Dieser Artikel sei so zu verstehen, dass zum Beispiel ein Zürcher mit schweizerischer Maturität mit Französisch als Grundlagenfach, wie es in der Schweiz üblich sei, und einem Ärztediplom auch in der Romandie als Arzt arbeiten dürfe. Eine deutsche Ärztin mit Abitur ohne Französisch als Grundlagenfach müsse jedoch in Genf zuerst eine Sprachprüfung ablegen. Stillschweigend stimmte der Ständerat dieser Klärung zu. Somit wurde bezüglich des Beschwerderechts für Krankenversicherungen sowie der Klärung der Sprachvoraussetzungen eine Einigungskonferenz nötig – anders als erwartet konnte diese aber aufgrund des Sessionsabbruchs nicht mehr in der Frühjahrssession 2020 stattfinden.

In der Wintersession 2019 beriet der Ständerat den indirekten Gegenvorschlag seiner SPK-SR für mehr Transparenz bei der Politikfinanzierung, der in Folge der erfolgreich zustande gekommenen Transparenz-Initiative als parlamentarische Initiative ausgearbeitet worden und sowohl in der Vernehmlassung wie auch im Bundesrat auf mehrheitliche Zustimmung gestossen war.
Andrea Caroni (fdp, AR) beantragte Nichteintreten. Er sei zwar ein «grosser Freund der Transparenz in der Politik», hier handle es sich aber um eine schlecht ausbalancierte Vorlage, die zudem eher zu «Scheintransparenz» führe. Die Forderungen seien erstens ein Eingriff in die Privatsphäre, weil sie politische Präferenzen und finanzielle Möglichkeiten von Spenderinnen und Spendern offenlegten. Zweitens würden die Regelungen mit viel Bürokratie einhergehen und könnten wohl, drittens, sehr einfach umgangen werden, da zwangsläufig grosse Lücken bestehen blieben. In Ländern, die scharfe Regeln kennen, sei das Vertrauen in die Politik nicht grösser als in der Schweiz, betonte er. Viel Geld und Demokratie stünden in einem heiklen Verhältnis, zitierte in der Folge Paul Rechsteiner (sp, SG) Gottfried Keller. Demokratische Entscheide dürfe man nicht kaufen können. Die Transparenz-Initiative verbiete zwar den Einsatz grosser Geldmittel nicht, sie verlange aber Transparenz. Wer viel investiere, der solle auch dazu stehen. Dass die Sensibilität in der Bevölkerung wachse, zeigten die Volksabstimmungen in den Kantonen Schwyz und Freiburg, wo die Forderung nach Transparenzregeln an der Urne Erfolg hatte. Das Argument, dass Regeln umgangen werden könnten, dürfe nicht gelten, weil man ansonsten überhaupt keine Regeln mehr aufstellen dürfe; man denke dabei etwa an den Strassenverkehr. Christian Levrat (sp, FR) schliesslich erörterte den in seinen Augen erfolgreichen Fall Freiburg und zitierte den aktuellen Sorgenbarometer, der einen Rückgang des politischen Vertrauens zeige. Dem könne vor allem mit vermehrter Transparenz begegnet werden. Beide SP-Vertreter forderten nicht nur Eintreten, sondern auch ein Ja zur Volksinitiative. Justizministerin Karin Keller-Sutter erörterte die Position der Regierung. Der Bundesrat habe in der ursprünglichen Botschaft für die zur Ablehnung empfohlene Initiative keinen Gegenentwurf vorgesehen, weil er Regelungen der Politikfinanzierung kritisch gegenüberstehe, da sie administrativ aufwändig und schwierig umsetzbar seien. Zudem sei der Bundesrat der Meinung, dass sich das Volk nicht kaufen lasse. Es gebe mehrere Beispiele von Abstimmungskampagnen, bei denen grosse Geldmittel eingesetzt worden seien, bei denen sich die Stimmbevölkerung aber auf die finanziell weniger gut bemittelte Seite geschlagen habe. Der jetzt durch die SPK-SR vorgelegte indirekte Gegenvorschlag habe gegenüber der Initiative Vorzüge und es sei sicherlich besser, Finanzierungsregeln auf Gesetzesstufe und nicht auf Verfassungsstufe einzuführen. Aus diesem Grund unterstütze der Bundesrat – nach wie vor mit einer gehörigen Portion Skepsis – den Gegenvorschlag, bei dem er allerdings einige Änderungswünsche anbringe.
Bevor über diese Änderungen debattiert wurde, wurde der Minderheitsantrag Caroni auf Nichteintreten mit 29 zu 14 Stimmen bei einer Enthaltung abgelehnt. Eine Minderheit Stöckli (sp, BE), die von Christian Levrat übernommen worden war, weil Hans Stöckli als Präsident amtete, wollte den Katalog der Offenlegungspflichten für politische Parteien erweitern. Neben den Einnahmen hätten auch Ausgaben und Vermögenslage ausgewiesen werden sollen. Dieser Antrag scheiterte aber genauso wie ein Antrag, die Obergrenze für Zuwendungen nicht bei CHF 25'000, sondern schon bei CHF 10'000 festzulegen. Angenommen wurde ein Antrag des Bundesrats, auf eine Offenlegungspflicht bei Unterschriftensammlungen zu verzichten. Die SPK-SR war hier auf die Linie des Bundesrats umgeschwenkt, weil das öffentliche Interesse an Transparenz in diesem frühen Stadium weniger gross sei, wie Daniel Fässler (cvp, AI) für die Kommission ausführte. Zu diskutieren gab die Frage nach einem Verbot von Zuwendungen aus dem Ausland. Der Bundesrat hatte beantragt, dieses Verbot zu streichen und lediglich den Passus für ein Verbot von anonymen Zuwendungen zu belassen. Die SPK-SR hatte nach längerer Diskussion mit 7 zu 5 Stimmen entschieden, dem Antrag des Bundesrats zu folgen. Eine Minderheit Bischof (svp, SZ) wollte allerdings – auch gestützt auf eine parlamentarische Initiative Fournier (cvp, VS;Pa.Iv. 18.423) – am ursprünglichen Verbot festhalten. Pirmin Bischof warnte davor, dass Wahlen und Abstimmungen in verschiedenen Ländern durch ausländische Geldgeberinnen und Geldgeber finanziert worden seien. Dies sei beim Geldspielgesetz nachweislich auch in der Schweiz der Fall gewesen. Es stehe wohl nächstens eine Abstimmung über den Kauf von Kampfflugzeugen an, wo es um Milliardenbeträge gehe, an denen auch ausländische Player ein Interesse hätten. Im Inland müsse man für Transparenz sorgen, aber die direkte Demokratie werde gegen ausländische Gelder nur durch ein Verbot geschützt. Karin Keller-Sutter entgegnete, dass nicht auszuschliessen sei, dass ausländisches Geld in Abstimmungskampagnen fliesse. Dies werde aber in der Regel bekannt und es werde darüber diskutiert. Ein Verbot sei hingegen mittels Geldkurieren sehr leicht zu umgehen. Das magistrale Votum verhallte jedoch ungehört; der Antrag der Minderheit wurde mit 25 zu 18 Stimmen gutgeheissen.
In der Gesamtabstimmung wurde der Entwurf mit 29 zu 13 Stimmen (2 Enthaltungen) angenommen.

Zu Beginn einer weiteren Behandlungsrunde zur Zulassung von Leistungserbringenden fasste Pirmin Bischof (cvp, SO) in der Wintersession 2019 im Ständerat die Situation aus Sicht der Kommission zusammen: Zwar gebe es in der Kommission keine Minderheiten und beinahe alle Beschlüsse seien einstimmig gefasst worden, jedoch bestünden noch immer grosse Differenzen zum Nationalrat sowie teilweise zum Bundesrat.
Wie Bischof gehofft hatte, bereinigte der Ständerat in der Wintersession dann einige Differenzen zum Erstrat: So lenkte er bezüglich der sprachlichen Voraussetzungen zur Zulassung von Ärztinnen und Ärzten auf das Konzept des Nationalrates ein, das eine grosszügigere Anerkennung von Vorkenntnissen vorsah und entsprechend zu weniger Sprachprüfungen führen würde. Zudem stimmte er dem Nationalrat zu, der eine Gabelung der Rechtswege verhindern wollte: Wie bis anhin sollen folglich gesundheitspolitische Verfügungen vor Bundesgericht und sozialversicherungsrechtliche Verfügungen vor dem Bundesverfassungsgericht angefochten werden können. Über seinen Schatten sprang der Ständerat bezüglich der Frage, ob Kantone zur Einschränkung der Anzahl Ärztinnen und Ärzte verpflichtet werden sollen oder nicht, ob also die vom Bundesrat vorgeschlagene Kann-Formulierung in eine Muss-Formulierung geändert werden soll. Hatte der Ständerat dies zuvor deutlich abgelehnt, willigte er nun in eine Muss-Formulierung ein, zumal 22 von 26 Kantonen bereits solche Einschränkungen kennen würden.
Die grossen Differenzen der Vorlage blieben jedoch auch nach der ständerätlichen Behandlung bestehen. So konnte die SGK-SR in Rücksprache mit den Kantonen dem neuen nationalrätlichen Vorschlag zur Rollenverteilung zwischen Krankenversicherungen und Kantonen nichts abgewinnen. Die grössere Rolle, die der Nationalrat den Krankenversicherungen bei der Frage zur Aufsicht über die Qualität und Wirtschaftlichkeit habe zukommen lassen wollen, beanspruchten die Kantone sowie die GDK für sich, betonte Bischof. Sie erachteten diesen Vorschlag als «Casus Belli». Die Kommission habe daher einstimmig beschlossen, an ihrer Position festzuhalten und die Sanktionsmöglichkeiten bei Verstössen gegen die Qualitätsauflagen auch bei den kantonalen Behörden zu belassen. Stillschweigend stimmte der Ständerat dem Antrag auf Festhalten seiner Kommission zu.
Auch einen zwingenden Zulassungsstopp bei einem überdurchschnittlichen Kostenanstieg in einem medizinischen Fachgebiet lehnte der Ständerat ab. Ein solcher würde die Zahl der Spezialisten in den Städten reduzieren, tatsächlich könne er aber auch zu Versorgungsproblemen bei Kinderärzten führen, kritisierte Bischof. So dürfte ein Kanton, der über zu wenige Kinderärzte verfügt, keine solchen mehr einstellen, wenn dies zu Kostensteigerungen gegenüber dem Vorjahr führen würde.
Des Weiteren lehnte der Ständerat die Ausweitung des Beschwerderechts für die Krankenversicherungen gegenüber Beschlüssen der Kantonsregierungen bezüglich der Bandbreiten und Höchstzahlen zugelassener Ärztinnen und Ärzte ab. Damit riskiere man eine Blockade des Systems, befürchtete Bundesrat Berset. Auch diesen Punkt erachte die GDK zudem als Kampfansage an die Kantone, welche die Regeln grösstenteils bereits umsetzten.
«Wahrscheinlich die wichtigste Differenz in der ganzen Vorlage», wie es der Kommissionssprecher formulierte, behandelte der Ständerat zum Schluss – die Verknüpfung der Vorlage mit der Einführung eines monistischen Finanzierungssystems für die Gesundheitsleistungen (EFAS). Die Kantone liessen sich ungern mit einer Verknüpfung unter Druck setzen, betonte Bischof. EFAS sei «eigentlich noch nirgends» und es brauche noch einige Zeit, damit ein Kompromiss zustande kommen könne. Die Inkraftsetzung der Zulassungsvorlage dulde jedoch keine Verzögerung mehr. Folglich hielt der Ständerat auch bei diesem Aspekt an seiner Position fest und lehnte eine Verknüpfung mit EFAS weiterhin ab.

Rund zwei Monate nachdem das Bundesgericht die Abstimmung über die Initiative der CVP gegen die Heiratsstrafe annulliert hatte, reichten CVP-Präsident Gerhard Pfister (cvp, ZG) im Nationalrat und Pirmin Bischof (cvp, SO) im Ständerat zwei gleichlautende Motionen für eine Neubehandlung der Volksinitiative «für Ehe und Familie – gegen die Heiratsstrafe» im Parlament ein. Darin forderten sie den Bundesrat auf, dem Parlament die Möglichkeit zu geben, sich noch einmal unter Vorlage der korrekten Zahlen eine Meinung zur Initiative bilden zu können, und entsprechend den Bundesbeschluss über die Entscheidung des Parlaments vom Juni 2015 per sofort aufzuheben. Denn nicht nur das Schweizer Volk, auch das Schweizer Parlament habe auf der Basis von falschen Zahlen entschieden. Der Bundesrat solle dem Parlament nun eine neue Botschaft zur Volksinitiative oder eine Zusatzbotschaft zu einem relevanten, im Parlament hängigen Geschäft unterbreiten.
Der Bundesrat erklärte, dass der entsprechende Bundesbeschluss nicht Teil des Bundesgerichtsurteils gewesen und somit weiterhin gültig sei und er – oder auch das Bundesgericht – nicht die Kompetenz hätten, diesen Beschluss zu ändern oder aufzuheben. Durch eine Zusatzbotschaft zum im Parlament hängigen «Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer für eine (ausgewogene Paar- und Familienbesteuerung)» erhalte das Parlament aber die Möglichkeit, das Anliegen der Volksinitiative nochmals inhaltlich zu beraten.
Da er sein Anliegen durch die Zusatzbotschaft erfüllt sah, zog Pirmin Bischof seine Motion Anfang September 2019 zurück. Diskussionslos lehnte der Nationalrat in der Herbstsession 2019 auch die Motion Pfister ab.

In jeweils vier Sitzungen bereinigten National- und Ständerat das Bundesratsgeschäft über die steuerliche Berücksichtigung der Kinderdrittbetreuungskosten. Die beiden Räte konnten sich in der Frage, ob der Kinderabzug bei den direkten Bundessteuern pro minderjährigem oder in schulischer Ausbildung stehendem Kind von CHF 6'500 auf CHF 10'000 erhöht werden soll, bis zum Ende des Differenzbereinigungsverfahrens nicht einigen: Der Nationalrat befürwortete die entsprechende Erhöhung, wobei die Zustimmung zwischen den Behandlungen von 98 zu 90 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) auf 126 zu 67 Stimmen (bei 1 Enthaltung) stieg. Die FDP-Liberale-Fraktion hatte dazwischen vom gegnerischen ins Befürworterlager des erhöhten Abzugs gewechselt. Beat Walti (fdp, ZH) erklärte, man könne zu diesem Punkt stehen, da er als Konter gegen einen Abzug von CHF 25'000 für alle Familien ohne Erwerbserfordernis ins Gesetz aufgenommen worden sei. Im Grundsatz sei es auch nicht falsch, die Familien steuerlich zu entlasten. Die SP-, die Grüne und die GLP-Fraktion lehnten die Änderungen bis zum Schluss ab. Sie komme vor allem Familien mit hohen Einkommen zugute, kritisierte zum Beispiel Prisca Birrer-Heimo (sp, LU). Zudem schränke sie den Handlungsspielraum für Massnahmen ein, die wirkungsvoller und effizienter wären, legte Kathrin Bertschy (glp, BE) das Hauptargument für die grünliberale Ablehnung dar.
Diese Argumente dominierten auch das Differenzbereinigungsverfahren im Ständerat. Kurz vor dessen erster Behandlung des Geschäfts hatte die WAK-SR gemäss ihrem Sprecher Pirmin Bischof (cvp, SO) ihre Position geändert: Da das Bundesratsgeschäft zur Abschaffung der Heiratsstrafe kurz zuvor an die Kommission zurückgewiesen worden sei, wodurch man zwar einerseits Geld spare, aber andererseits die Ehepaare vorerst nicht unterstützen könne, wolle man wenigstens die Kinderzulagen erhöhen. Der Ständerat sprach sich jedoch mit 22 zu 21 Stimmen und mit 23 zu 20 Stimmen zweimal für Minderheitsanträge auf Festhalten aus. Die folglich notwendig gewordene Einigungskonferenz empfahl die Position des Nationalrats mit 19 zu 7 Stimmen zur Annahme, eine Minderheit Birrer-Heimo sprach sich für die Abschreibung der gesamten Vorlage in dieser Form aus. Ihr Antrag war jedoch im Nationalrat wie erwartet chancenlos: Mit 124 zu 55 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) stimmte die grosse Kammer der Vorlage erneut zu. Im Ständerat stellte Paul Rechsteiner (sp, SG) einen Ordnungsantrag auf Rückweisung an die Kommission als Alternative zum Abschreibungsantrag. Die Kommission solle die «finanziellen und verteilungspolitischen Folgen auch im Quervergleich der Steuervorlagen unter Einbezug der Kantone» abklären; Finanzminister Maurer versprach eine Auslegeordnung bis zur Wintersession. Der Ständerat lehnte jedoch den Ordnungsantrag mit 23 zu 15 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) ab und stimmte schliesslich dem Antrag der Einigungskonferenz mit 21 zu 20 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) äusserst knapp zu. Somit setzte sich der Nationalrat mit seiner Version durch. Die Schlussabstimmungen waren nur noch Formsache, mit denselben Allianzen wie zuvor nahmen der Nationalrat die Vorlage mit 132 zu 62 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) und der Ständerat mit 25 zu 17 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) an. Damit war das Geschäft jedoch noch nicht vom Tisch: SP-Fraktionschef Nordmann (sp, VD) kündigte noch vor der Schlussabstimmung an, dass seine Partei ein weiteres Mal das Referendum «gegen eine verfehlte steuerpolitische Vorlage» ergreifen werde.

Im August 2019 setzte sich die WAK-SR mit dem Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer bezüglich einer ausgewogenen Paar- und Familienbesteuerung auseinander und zeigte sich mit der bundesrätlichen Botschaft mehrheitlich einverstanden: Eintreten war unbestritten und die Kommission nahm die Vorlage mit nur einer Änderung – die Kommission will den Elterntarif nicht abschaffen – mit 8 zu 4 Stimmen (bei 1 Enthaltung) an. Dennoch war die Behandlung der Vorlage keinesfalls so einhellig, wie diese Resultate vermuten lassen: Die Kommission lehnte äusserst knapp, mit 6:6 Stimmen und Stichentscheid des Präsidenten, zwei Rückweisungsanträge an den Bundesrat zur Schaffung von alternativen Besteuerungsmodellen respektive einer zivilstandsneutralen Ausgestaltung des Gesetzes ab. Ähnlich knapp sprach sie sich auch gegen Minderheitsanträge auf die Streichung des Zweiverdienerabzugs, des Einverdienerabzugs sowie des Verheiratetenabzugs aus.

Die entsprechenden Minderheitsanträge versprachen Spannung in die Behandlung durch den Ständerat in der Herbstsession 2019 zu bringen. Eine Minderheit Hefti (fdp, GL) wollte den Bundesrat beauftragen, auf die Individualbesteuerung oder andere alternative Steuermodelle zu setzen, während eine Minderheit Caroni (fdp, AR) auch Paaren im qualifizierten Konkubinat die Möglichkeit geben wollte, die Steuern alternativ berechnen zu lassen. Kommissionssprecher Bischof (cvp, SO) fasste die neuere Vorgeschichte dieses Geschäfts zusammen und verwies darauf, dass diese Vorlage allenfalls als faktischer Gegenvorschlag zur Volksinitiative der CVP, nicht aber als tatsächlicher, indirekter Gegenvorschlag verstanden werden könne. Die Frist für eine allfällige erneute Abstimmung, die der Bundesrat auf den 27. September 2020 gesetzt habe, könne bei einer Verbindung der Initiative mit dieser aktuellen Vorlage und im Falle der Rückweisung Letzterer an den Bundesrat nicht eingehalten werden.
In der Folge legte Thomas Hefti seinen Minderheitsantrag dar. Er erklärte, dass der administrative Mehraufwand durch den sogenannten «Mehrfachtarif mit alternativer Steuerberechnung» vermutlich deutlich grösser sei, als der Bundesrat jetzt anerkenne, und dass die Zuordnung der Einkommen, zum Beispiel bei Ehepartnern mit einem gemeinsamen Geschäft, vermutlich nicht immer so einfach sei. Zudem habe dieser Vorschlag zahlreiche Probleme zur Folge, die ihrerseits neue Lösungen und Probleme nach sich zögen. Dies alles könne umgangen werden, wenn man stattdessen auf die im Kanton Waadt bereits bewährte Individualbesteuerung setze. Andrea Caroni verwies in der Folge und in Bezug zu seinem Minderheitsantrag darauf, dass es eben nicht nur die Heiratsstrafe gebe, sondern diese auf Kantonsebene durch verschiedene Boni aufgehoben würde und es auch einen Heiratsbonus sowie eine Konkubinatsstrafe gebe. Die aktuelle Vorlage wolle nun wieder eine Bevorzugung eines Zivilstandes schaffen – Ehepaare würden neu im schlimmsten Fall gleich behandelt wie Konkubinatspaare, aber allenfalls besser gestellt. Zudem würden diejenigen Instrumente, die zur Milderung der Heiratsstrafe geschaffen worden seien, konkret also der Verheiratetentarif, der Zweiverdienerabzug, und neu auch der Einverdienerabzug, beibehalten und die Verheirateten so sogar noch stärker bevorzugt. «Das wären dann also ein Fünfer, ein Weggli und ungefähr drei Bäckersfrauen dazu», kritisierte er. Man solle es daher den Konkubinatspaaren ermöglichen, dieselben Vorteile zu geniessen wie die Verheirateten.
Die folgenden Wortmeldungen verdeutlichten den Graben im Rat: Unterstützung erhielt der Antrag Hefti von linker Seite; Anita Fetz (sp, BS), Christian Levrat (sp, FR) und Paul Rechsteiner (sp, SG) meldeten sich unterstützend zu Wort. Konrad Graber (cvp, LU) hingegen nannte den Minderheitsantrag Hefti aufgrund seiner Wirkung «ein Spielen auf Zeit», da es im Rat zwei ungefähr gleich starke Lager für die Individualbesteuerung und für ein Splitting gebe, wie es Hans-Rudolf Merz in seiner Zeit als Finanzminister einmal formuliert habe. Eine Rückweisung an den Bundesrat habe folglich eine Verzögerung um zwei bis drei Jahre zur Folge, anschliessend sei man aber noch immer nicht klüger. Deshalb solle man diese mit der Verfassung konforme Vorlage, wie sie heute auf dem Tisch liege, beraten und ihr zustimmen. Mit diesem Fazit zeigten sich Mitglieder der CVP, der SVP und teilweise der FDP sowie Finanzminister Maurer einverstanden.
Nach zahlreichen Hinweisen verschiedener Sprecher darauf, dass dieses Problem seit 35 Jahren auf eine Lösung warte, sprach sich der Rat ohne Gegenantrag für Eintreten aus. Mit 25 zu 18 Stimmen stimmte der Ständerat in der Folge jedoch für den Minderheitsantrag Hefti und somit für eine Rückweisung an den Bundesrat sowie für eine umfassende Neubehandlung durch Letzteren, worauf Andrea Caroni seinen Minderheitsantrag zurückzog.

Im Juni 2018 erklärte das EFD in einer Medienmitteilung, dass die bisherigen Angaben zur Höhe der von der Heiratsstrafe betroffenen Zweiverdienerehepaaren falsch gewesen seien: Bisher sei man von 80'000 betroffenen Zweiverdienerehepaaren ausgegangen, habe dabei aber die entsprechenden Ehepaare mit Kindern vergessen mitzuzählen. Durch Einschluss dieser Gruppe erhöht sich die Zahl auf 454'000 Ehepaare; kombiniert mit den zuvor korrekt berechneten 250‘000 betroffenen Rentnerehepaaren zahlen folglich insgesamt 704'000 Ehepaare mehr Steuern als Konkubinatspaare.
Die ursprünglich kommunizierte Zahl von 80'000 hatte unter anderem auch als Informationsgrundlage zur Volksinitiative «Für Ehe und Familie – gegen die Heiratsstrafe» gedient, die 2016 mit 49.2 Prozent Ja-Stimmen nur knapp gescheitert war. Entsprechend reichte die CVP als Initiantin des Anliegens nur wenige Tage nach Bekanntwerden der korrekten Zahlen in acht Kantonen Abstimmungsbeschwerden ein und zog diese nach Nichteintretensentscheiden in den Kantonen ans Bundesgericht weiter.
In den Medien wurde in der Folge spekuliert, ob das Bundesgericht den Beschwerden stattgeben werde und ob die Abstimmung allenfalls gar wiederholt werden könnte, was in der Schweizer Geschichte der direkten Demokratie einmalig wäre. Die Medien zogen Parallelen zur Abstimmung über die Unternehmenssteuerreform II aus dem Jahr 2008, die mit 49.5 Prozent Ja-Stimmen knapp angenommen worden war und zu deutlich grösseren Steuerausfällen geführt hatte, als angekündigt worden war. Obwohl das Bundesgericht den Klägern damals recht gab und den Bundesrat rügte, lehnte es eine Wiederholung der Abstimmung ab, da sich die Unternehmen bereits auf die neue Rechtslage eingestellt hätten und die Rechtssicherheit vorgehe. Da es aber bei der Initiative gegen die Heiratsstrafe nicht zu einer Änderung gekommen sei, liege die Situation hier anders, spekulierten die Medien: Die Abstimmung könne wiederholt werden, ohne zum Beispiel das laufende Projekt des Bundesrates zur Abschaffung der Heiratsstrafe zu gefährden, erklärte zum Beispiel der Tagesanzeiger. Anders sehe es hingegen für die von den Grünliberalen eingereichte parlamentarische Initiative Ehe für alle aus, betonte dieselbe Zeitung weiter. Bei einer allfälligen Annahme der Initiative gegen die Heiratsstrafe würde deren Definition der Ehe als Verbindung zwischen Mann und Frau mit der vom Geschlecht unabhängigen, «gesetzlich geregelten Lebensgemeinschaft», wie sie die parlamentarische Initiative auf Verfassungsstufe festschreiben möchte, kollidieren.
Darüber hinaus wurde die Frage diskutiert, wieso es einer neuerlichen Abstimmung bedürfe, wenn doch der Bundesrat bereits eine Vorlage zur Abschaffung der Heiratsstrafe präsentiert habe. Pirmin Bischof (cvp, SO) entgegnete diesbezüglich, dass eine Annahme des Vorstosses im Parlament nicht gesichert sei und zudem nicht klar sei, ob die Abschaffung der Heiratsstrafe ihm Sinne der CVP – also durch ein Splitting – erfolge.
In der Folge sistierte die WAK-SR die Beratung des bundesrätlichen Vorschlags zur Abschaffung der Heiratsstrafe, bis der Bundesrat Rechenschaft über die Fehler abgelegt und korrekte Zahlen vorgelegt habe. Bis dahin sollte auch das Urteil des Bundesgerichts vorliegen, erklärte die Kommission.

Als Antwort auf die Motionen der FDP.die Liberalen-Fraktion (Mo. 04.3276, Mo. 05.3299) und von Pirmin Bischof (cvp, SO) (Mo. 10.4127, Mo. 16.3044) sowie der Postulate der BDP-Fraktion (Po. 11.3545) und der FK-NR (Po. 14.3005) unterbreitete der Bundesrat im März 2018 dem Parlament die Botschaft zur Änderung des Bundesgesetzes über die direkte Bundessteuer bezüglich einer ausgewogenen Paar- und Familienbesteuerung. Die entsprechenden Vorstösse beantragte er zur Abschreibung.
In den Motionen war bemängelt worden, dass Zweiverdienerehepaare mit höheren Einkommen sowie Rentnerehepaare mit mittleren und höheren Einkommen bisher steuerlich stärker belastet worden waren als Konkubinatspaare in gleichen wirtschaftlichen Verhältnissen. Auch die Belastungsrelation zwischen Einverdiener- und Zweiverdienerehepaaren wurde als unausgewogen kritisiert. Die neue Regelung sollte daher gegenüber verschiedenen Partnerschafts- und Familienmodellen möglichst neutral sein und zu ausgewogenen Belastungsrelationen führen. Dazu wird das Modell «Mehrfachtarif mit alternativer Steuerberechnung» eingeführt, bei dem die Steuerbehörden sowohl die Steuerbelastung der Ehepaare bei ordentlicher gemeinsamer Veranlagung – also bei Addition der Einkommen –, als auch eine alternative Steuerbelastung unter Berücksichtigung der tatsächlichen Abzüge der Ehepartner, wie sie auch bei Konkubinatspaaren zur Anwendung kommt, berechnen. Der tiefere der beiden Steuerbeträge wird dem Ehepaar in Rechnung gestellt. Somit stelle diese Lösung gemäss der bundesrätlichen Botschaft einen Kompromiss zwischen Individual- und gemeinsamer Ehepaarbesteuerung dar, wobei sich die Belastung der Zweiverdienerehepaare derjenigen bei einer Individualbesteuerung annähere. Da durch diese Änderung aber die Belastungsunterschiede zwischen Einverdiener- und Zweiverdienerehepaaren anstiegen, werde ein Einverdienerabzug in der Höhe von CHF 8100 geschaffen.
Bisher waren Ehepaare bei der direkten Bundessteuer gemäss Botschaft auch benachteiligt, weil alleinerziehende Personen sowie im Konkubinat lebende Personen mit Kindern den sogenannten Elterntarif, den Verheiratetentarif mit einem Abzug vom Steuerbetrag, geltend machen konnten, jedoch ohne dass ihre Einkommen addiert wurden. Um diese „verfassungswidrige Privilegierung von Konkubinatspaaren mit Kindern“, wie sie die Botschaft nennt, zu beseitigen, kommt neu für sämtliche unverheirateten Personen mit Kindern der Grundtarif zur Anwendung. Folglich steigt aufgrund der Gesetzesänderung die Steuerbelastung von Konkubinatspaaren mit Kindern in Abhängigkeit des Einkommens. Auch für Ehepaare mit Kindern wird bei der alternativen Steuerberechnung somit der Grundtarif verwendet; ansonsten wären die Mindereinnahmen bei der direkten Bundessteuer deutlich höher ausgefallen. Diese Mehrbelastung gegenüber geltendem Recht wird jedoch für alleinerziehende Eltern, die mitunter am stärksten durch Armut und andere soziale Benachteiligungen bedroht sind, durch einen Abzug in der Höhe von CHF 11‘500 verhindert. Nicht betroffen von diesen Regelungen ist der mit dem Bundesgesetz über die steuerliche Entlastung von Familien mit Kindern eingeführte Abzug vom Steuerbetrag von CHF 251 pro Kind, der weiterhin allen Eltern zur Verfügung steht.
Insgesamt wird die Gesetzesänderung Minderheinnahmen bei der direkten Bundessteuer von CHF 1.15 Mrd. mit sich bringen, wovon CHF 950 Mio. auf den Bund und CHF 200 Mio. auf die Kantone entfallen. Der Bundesrat betonte jedoch, dass sie verglichen mit anderen Modellen zur Abschaffung der sogenannten «Heiratsstrafe» weniger Mindereinnahmen verursache. Er gehe zudem davon aus, dass die tiefere Grenzsteuerbelastung die Arbeitsanreize erhöhe und somit ein mittelfristiger Beschäftigungseffekt von rund 15'000 Vollzeitstellen festzustellen sein werde.

Die Medien beschrieben die Vorlage tags darauf mehrheitlich als Übergang von der Ehestrafe zur Konkubinatsstrafe. So würden 90 Prozent der Ersparnisse 11 Prozent aller Ehepaare – denjenigen mit einem steuerbaren Einkommen über CHF 100'000 – zugute kommen, während die Steuerabzüge von Konkubinatspaaren mit Kindern aufgrund des wegfallenden Elterntarifs anstiegen.

Im Februar 2018 hatte die FK-SR die Motion der FK-NR über die Individualbesteuerung zusammen mit weiteren Vorstössen zum Thema Heiratsstrafe (St. Iv. 06.302, St. Iv. 07.305, St. Iv. 08.318, St. Iv. 16.318) vorberaten und mit 8 zu 2 Stimmen beantragt, ihr keine Folge zu geben. Dem Bundesrat sei der in der Motion enthaltene Auftrag bereits mit der Annahme der Motion Bischof (cvp, SO) erteilt worden, folglich solle man die entsprechende Botschaft des Bundesrates abwarten. In der Ständeratsdebatte in der Frühjahrssession 2018 standen die übrigen Vorstösse zum Thema im Mittelpunkt der Aufmerksamkeit, wobei sich der Rat gegen alle aktuellen Vorschläge zur Abschaffung der Heiratsstrafe aussprach und die Motion der FK-NR ohne Gegenantrag ablehnte.

Der Nationalrat sah sich bezüglich der Motion Bischof zur Beseitigung der sogenannten Heiratsstrafe vor einer komplizierten Situation. Noch im März 2016 hatte er sich im Rahmen der Motion „Individualbesteuerung auch in der Schweiz. Endlich vorwärtsmachen“ für die Individualbesteuerung ausgesprochen, jetzt empfahl ihm seine WAK-NR knapp mit 12 zu 11 Stimmen bei 1 Enthaltung die Annahme einer Motion zur Abschaffung der Heiratsstrafe durch gemeinschaftliche Besteuerung. In der Zwischenzeit hatte der Bundesrat zudem entschieden, bis Ende März 2017 eine Botschaft zur Beseitigung der Heiratsstrafe nach dem Modell „Mehrfachtarif mit alternativer Steuerberechnung“ zu erarbeiten und erachtete die Annahme der Motion Bischof daher als weiteres Hindernis auf dem Weg zur Lösung dieses seit 32 Jahren bestehenden Problems. Im Namen der Minderheit der Kommission beanstandete Kathrin Bertschy (glp, BE) zudem, dass die Motion lediglich eine der beiden im Begriff der Heiratsstrafe enthaltenen Problematiken löse. So verhindere sie zwar, dass Verheiratete unter bestimmten Konstellationen mehr Steuern zahlen als Nichtverheiratete, sie schaffe aber keine positiven Arbeitsanreize für Zweitverdienende und bevorzuge daher ein Ehemodell gegenüber anderen. Der einzige Weg, beide Problematiken anzugehen, stelle die Individualbesteuerung dar. Leo Müller (cvp, LU) sah hingegen in der Annahme der Motion eine Möglichkeit, deren Anliegen in die Überlegungen des Bundesrates einfliessen zu lassen, zumal sich in der WAK-NR eine Mehrheit für eine gemeinschaftliche Besteuerung von Ehepaaren und eingetragenen Partnerschaften finden liess. Der Entscheid des Nationalrats fiel in der Folge ähnlich knapp aus wie derjenige der Kommission: Mit 96 zu 89 Stimmen nahm die grosse Kammer die Motion an.

Nachdem sich der Nationalrat im März 2016, kurz nach der Ablehnung der Volksinitiative "Für Ehe und Familie - gegen die Heiratsstrafe", im Rahmen einer Motion FK-NR für die Individualbesteuerung ausgesprochen hatte, nahm der Ständerat im Juni 2016 eine Motion Bischof (cvp, SO) mit 25 zu 18 Stimmen an, die vom Bundesrat explizit verlangte, die Heiratsstrafe auf dem "Wege der gemeinschaftlichen Besteuerung" abzuschaffen, und schuf damit eine indirekte Differenz zur grossen Kammer. Der Bundesrat hatte sich, wie bereits zuvor im Nationalrat, gegen die Annahme des Lösungsvorschlages ausgesprochen, da er einen Kompromiss als einzigen Weg zur Problemlösung erachtete.

Im Bereich der Familienbesteuerung nahm der Nationalrat in der Sommersession als Erstrat eine Motion Bischof (cvp, SO) zur Beseitigung der sogenannten Heiratsstrafe an. Dieser Vorstoss forderte den Bundesrat auf, eine Gesetzesrevision vorzulegen, welche der steuerlichen Benachteiligung von Verheirateten gegenüber Konkubinatspaaren und Alleinstehenden sowie von Einverdiener- gegenüber Doppelverdienerehepaaren auf Ebene des Bundes und der Kantone ein Ende setzt.