Fünf Tage nach der Nationalratsdebatte war es im März 2021 bereits wieder am Ständerat, die beiden noch offenen Differenzen bezüglich des Gegenvorschlags zur Pflegeinitiative zu debattieren. Erich Ettlin (mitte, OW) verkündete, es hätten im Nachgang der Behandlungen in der Wintersession 2020 vielversprechende Gespräche zwischen Vertreterinnen und Vertretern der beiden Kammern, des Initiativkomitees und der Arbeitgeberorganisationen stattgefunden, mit dem Ziel, eine Kompromisslösung zu finden. Vor dem Hintergrund dieser Gespräche schlug Ettlin im Namen der SGK-SR vor, bezüglich der Differenz zu den Ausbildungsbeiträgen dem Vorschlag des Nationalrates zuzustimmen und somit die Kantone zur Finanzierung entsprechender Beiträge in die Pflicht zu nehmen. Für die zweite Differenz, bei welcher es um die selbständige Erbringung von Pflegeleistungen und um die Abrechnung über die OKP ging, sah die Kommission eine Kompromisslösung vor. Sie hielt zwar daran fest, dass Vereinbarungen zwischen Leistungserbringenden und Versicherungen getroffen werden sollten, um eine Mengenausweitung zu verhindern. Anders als ursprünglich vorgesehen sollten die entsprechenden Verträge allerdings nicht zwischen einzelnen Leistungserbringenden und der OKP abgeschlossen werden, sondern landesweit zwischen ihren Verbänden. Ettlin erachtete die Vorlage in dieser Form als «einen griffigen und auch für die Initiantinnen vorteilhaften Gegenvorschlag». Marina Carobbio Guscetti (sp, TI) sicherte als Mitglied des Initiativkomitees dem vorliegenden Kompromiss ihre Unterstützung zu. Stillschweigend folgte der Ständerat in beiden Punkten seiner Kommission. Da immer noch eine Differenz vorhanden war, gelangte das Geschäft in die Einigungskonferenz.

In der Wintersession 2020 beschäftigte sich der Ständerat erneut mit dem indirekten Gegenvorschlag zur Pflegeinitiative. Dabei hielt er an den beiden bestehenden Differenzen fest. Zum einen stimmte die kleine Kammer mit 29 zu 14 Stimmen dafür, dass die Kantone angehende Pflegefachpersonen mit Ausbildungsbeiträgen ausstatten können und dabei vom Bund während acht Jahren unterstützt werden, allerdings – anders als vom Nationalrat gefordert – nicht dazu verpflichtet werden sollen. Während Gesundheitsminister Berset die Kann-Formulierung befürwortete und argumentierte, auf diese Weise würden CHF 100 Mio. eingespart, fanden die Worte von Minderheitssprecherin und Mitglied des Initiativkomitees, Marina Carobbio Guscetti (sp, TI), welche von 65'000 fehlenden Pflegefachkräften im Jahr 2030 und der Abhängigkeit vom Ausland sprach, bei ihren Ratskolleginnen und -kollegen nicht genügend Gehör. Zum anderen beharrte das Stöckli mit 23 zu 18 Stimmen darauf, dass bezüglich der selbständigen Abrechnung von Leistungen durch die Pflegefachpersonen mit der OKP die Leistungserbringenden im Vorfeld eine Vereinbarung mit den Versicherern abschliessen müssten. Auch hier hielt Carobbio vergeblich entgegen, dass es sich dabei «faktisch [um] eine Aufhebung des Vertragszwangs durch die Hintertür» handle, wodurch ein Rückzug der Initiative unwahrscheinlich werde.

In der Sommersession 2020 befasste sich der Ständerat mit dem indirekten Gegenvorschlag zur Pflegeinitiative. Bevor das Stöckli ohne Gegenantrag auf die Vorlage eintrat, bedankten sich zahlreiche Rednerinnen und Redner beim Pflegepersonal und würdigten dieses für den geleisteten Einsatz während der Covid-19-Pandemie. Doch Applaus alleine reiche nicht; diesbezüglich waren sich viele Standesvertreterinnen und -vertreter einig. Es seien Massnahmen gefordert, um die Attraktivität des Pflegeberufes zu steigern und somit dem Pflegemangel entgegenzuwirken. Die Schweiz sei heute nicht in der Lage, auch nur die Hälfte der benötigen Pflegefachpersonen auszubilden, so Maya Graf (gp, BL). Marina Carobbio Guscetti (sp, TI) fügte an, es müsse mittels Bezahlung, Wertschätzung und zugestandenen Kompetenzen dafür gesorgt werden, dass die ausgebildeten Fachkräfte ihrem Beruf nicht vorzeitig den Rücken zukehren würden. Erreichen wolle dies der indirekte Gegenvorschlag einerseits mit einer Ausbildungsoffensive und andererseits mit mehr Verantwortung für das Pflegepersonal.
Für ersteres müssten die entsprechenden Mittel bereitgestellt werden, wolle man nicht vom Ausland abhängig werden, hob Pirmin Bischof (cvp, SO) hervor. Dazu gehörten die finanzielle Unterstützung der Kantone durch den Bund, wenn sie Pflegefachkräften in Ausbildung bezüglich Lebenshaltungskosten unter die Arme greifen. Dieser Entscheid konnte mit 23 zu 22 Stimmen knapp gegenüber einer Minderheit Dittli (fdp, UR) durchgesetzt werden, der die Finanzierung als Sache der Kantone betrachtete. Anders als der Nationalrat und linke Ratsmitglieder rund um eine Minderheit Carobbio Guscetti, welche die Kantone zu entsprechenden Beiträgen verpflichten wollten, setzte die Mehrheit des Ständerates diesbezüglich jedoch mit 32 zu 13 Stimmen auf Freiwilligkeit. Allgemein gutgeheissen wurde die Ausbildungsverpflichtung von Krankenhäusern, Pflegeheimen und Spitexorganisationen und die damit zusammenhängende Pflicht der Kantone mindestens einen Teil der ungedeckten Kosten der praktischen Ausbildungsleistungen, die bei den Leistungserbringern anfallen, zu übernehmen. Dabei soll ihnen während acht Jahren die Unterstützung des Bundes zukommen. Der Ständerat kalkulierte für die beiden Punkte der Ausbildungsoffensive CHF 369 Mio. seitens des Bundes ein, also gut CHF 100 Mio. weniger als der Nationalrat.
Bezüglich des zweiten Instruments zur Aufwertung der Pflege – die Ausweitung der Kompetenzen –, stimmte das Stöckli mit 32 zu 10 Stimmen dafür, dass Pflegefachpersonen gewisse vom Bundesrat festgelegte Leistungen selbständig ohne ärztliche Anordnung durchführen und zu Lasten der Krankenkassen abrechnen sollen dürfen, womit der Rat der Kommissionsmehrheit statt einer Minderheit Hegglin (cvp, ZG) folgte. Im Unterschied zum Nationalrat beabsichtigte der Ständerat mit 28 zu 16 Stimmen allerdings, dass dazu im Vorfeld Vereinbarungen zwischen Pflegenden, Spitexorganisationen und Pflegeheimen auf der einen Seite und den Versicherern auf der anderen Seite getroffen werden müssten. Während diese Kompetenzerweiterung einer Minderheit Carobbio Guscetti zu wenig weit ging und sie erklärte, dass damit die Initianten und Initiantinnen kaum überzeugt werden könnten, ihr Volksbegehren zurückzuziehen, zeigte sich neben gewissen Ratsmitgliedern auch Gesundheitsminister Berset grundsätzlich nicht einverstanden mit der Möglichkeit zur direkten Abrechnung. So befürchtete der Bundesrat Mehrkosten und warnte davor, die Liste der Leistungserbringenden zu verlängern.
In der Gesamtabstimmung stimmte der Ständerat dem indirekten Gegenvorschlag mit 36 zu 4 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) zu.

In der Wintersession 2019 beriet der Ständerat den indirekten Gegenvorschlag seiner SPK-SR für mehr Transparenz bei der Politikfinanzierung, der in Folge der erfolgreich zustande gekommenen Transparenz-Initiative als parlamentarische Initiative ausgearbeitet worden und sowohl in der Vernehmlassung wie auch im Bundesrat auf mehrheitliche Zustimmung gestossen war.
Andrea Caroni (fdp, AR) beantragte Nichteintreten. Er sei zwar ein «grosser Freund der Transparenz in der Politik», hier handle es sich aber um eine schlecht ausbalancierte Vorlage, die zudem eher zu «Scheintransparenz» führe. Die Forderungen seien erstens ein Eingriff in die Privatsphäre, weil sie politische Präferenzen und finanzielle Möglichkeiten von Spenderinnen und Spendern offenlegten. Zweitens würden die Regelungen mit viel Bürokratie einhergehen und könnten wohl, drittens, sehr einfach umgangen werden, da zwangsläufig grosse Lücken bestehen blieben. In Ländern, die scharfe Regeln kennen, sei das Vertrauen in die Politik nicht grösser als in der Schweiz, betonte er. Viel Geld und Demokratie stünden in einem heiklen Verhältnis, zitierte in der Folge Paul Rechsteiner (sp, SG) Gottfried Keller. Demokratische Entscheide dürfe man nicht kaufen können. Die Transparenz-Initiative verbiete zwar den Einsatz grosser Geldmittel nicht, sie verlange aber Transparenz. Wer viel investiere, der solle auch dazu stehen. Dass die Sensibilität in der Bevölkerung wachse, zeigten die Volksabstimmungen in den Kantonen Schwyz und Freiburg, wo die Forderung nach Transparenzregeln an der Urne Erfolg hatte. Das Argument, dass Regeln umgangen werden könnten, dürfe nicht gelten, weil man ansonsten überhaupt keine Regeln mehr aufstellen dürfe; man denke dabei etwa an den Strassenverkehr. Christian Levrat (sp, FR) schliesslich erörterte den in seinen Augen erfolgreichen Fall Freiburg und zitierte den aktuellen Sorgenbarometer, der einen Rückgang des politischen Vertrauens zeige. Dem könne vor allem mit vermehrter Transparenz begegnet werden. Beide SP-Vertreter forderten nicht nur Eintreten, sondern auch ein Ja zur Volksinitiative. Justizministerin Karin Keller-Sutter erörterte die Position der Regierung. Der Bundesrat habe in der ursprünglichen Botschaft für die zur Ablehnung empfohlene Initiative keinen Gegenentwurf vorgesehen, weil er Regelungen der Politikfinanzierung kritisch gegenüberstehe, da sie administrativ aufwändig und schwierig umsetzbar seien. Zudem sei der Bundesrat der Meinung, dass sich das Volk nicht kaufen lasse. Es gebe mehrere Beispiele von Abstimmungskampagnen, bei denen grosse Geldmittel eingesetzt worden seien, bei denen sich die Stimmbevölkerung aber auf die finanziell weniger gut bemittelte Seite geschlagen habe. Der jetzt durch die SPK-SR vorgelegte indirekte Gegenvorschlag habe gegenüber der Initiative Vorzüge und es sei sicherlich besser, Finanzierungsregeln auf Gesetzesstufe und nicht auf Verfassungsstufe einzuführen. Aus diesem Grund unterstütze der Bundesrat – nach wie vor mit einer gehörigen Portion Skepsis – den Gegenvorschlag, bei dem er allerdings einige Änderungswünsche anbringe.
Bevor über diese Änderungen debattiert wurde, wurde der Minderheitsantrag Caroni auf Nichteintreten mit 29 zu 14 Stimmen bei einer Enthaltung abgelehnt. Eine Minderheit Stöckli (sp, BE), die von Christian Levrat übernommen worden war, weil Hans Stöckli als Präsident amtete, wollte den Katalog der Offenlegungspflichten für politische Parteien erweitern. Neben den Einnahmen hätten auch Ausgaben und Vermögenslage ausgewiesen werden sollen. Dieser Antrag scheiterte aber genauso wie ein Antrag, die Obergrenze für Zuwendungen nicht bei CHF 25'000, sondern schon bei CHF 10'000 festzulegen. Angenommen wurde ein Antrag des Bundesrats, auf eine Offenlegungspflicht bei Unterschriftensammlungen zu verzichten. Die SPK-SR war hier auf die Linie des Bundesrats umgeschwenkt, weil das öffentliche Interesse an Transparenz in diesem frühen Stadium weniger gross sei, wie Daniel Fässler (cvp, AI) für die Kommission ausführte. Zu diskutieren gab die Frage nach einem Verbot von Zuwendungen aus dem Ausland. Der Bundesrat hatte beantragt, dieses Verbot zu streichen und lediglich den Passus für ein Verbot von anonymen Zuwendungen zu belassen. Die SPK-SR hatte nach längerer Diskussion mit 7 zu 5 Stimmen entschieden, dem Antrag des Bundesrats zu folgen. Eine Minderheit Bischof (svp, SZ) wollte allerdings – auch gestützt auf eine parlamentarische Initiative Fournier (cvp, VS;Pa.Iv. 18.423) – am ursprünglichen Verbot festhalten. Pirmin Bischof warnte davor, dass Wahlen und Abstimmungen in verschiedenen Ländern durch ausländische Geldgeberinnen und Geldgeber finanziert worden seien. Dies sei beim Geldspielgesetz nachweislich auch in der Schweiz der Fall gewesen. Es stehe wohl nächstens eine Abstimmung über den Kauf von Kampfflugzeugen an, wo es um Milliardenbeträge gehe, an denen auch ausländische Player ein Interesse hätten. Im Inland müsse man für Transparenz sorgen, aber die direkte Demokratie werde gegen ausländische Gelder nur durch ein Verbot geschützt. Karin Keller-Sutter entgegnete, dass nicht auszuschliessen sei, dass ausländisches Geld in Abstimmungskampagnen fliesse. Dies werde aber in der Regel bekannt und es werde darüber diskutiert. Ein Verbot sei hingegen mittels Geldkurieren sehr leicht zu umgehen. Das magistrale Votum verhallte jedoch ungehört; der Antrag der Minderheit wurde mit 25 zu 18 Stimmen gutgeheissen.
In der Gesamtabstimmung wurde der Entwurf mit 29 zu 13 Stimmen (2 Enthaltungen) angenommen.