Im Juni 2021 publizierte der Bundesrat in Erfüllung des Postulats Regazzi (cvp, TI) einen Bericht zur Marktordnung im Personenverkehr. Die Regierung kam im Bericht zum Schluss, dass sich die derzeitige Marktordnung bewährt habe und daher beibehalten werden solle. Dies bedeutet, dass im Fernverkehr auch bei der Erneuerung der Konzessionen 2029 eine Direktvergabe des gesamten Streckennetzes an die SBB angestrebt wird. Im Gegenzug sollen die SBB den Betrieb einzelner Linien anderen interessierten Transportunternehmen übergeben. Beim grenzüberschreitenden Schienenfernverkehr sollen die SBB wie bis anhin mit ausländischen Partnerbahnen zusammenarbeiten. Im Bereich des regionalen Personenverkehrs sollen die Konzessionen für den Betrieb der Linien weiterhin direkt den jeweiligen Transportunternehmen zugeteilt werden.

Am 12. August 2017 hatte sich bei Rastatt DE bei Bauarbeiten an einer Untertunnelung ein Gleis abgesenkt. Der destabilisierte Untergrund führte zu einer Streckenblockierung bei der Rheintalbahn, welche Auswirkungen auf den ganzen europäischen Gütertransport hatte. Während Bahnpassagiere auf der betroffenen Strecke mit Bussen um die gesperrte Stelle befördert wurden, fiel der Gütertransport auf der Schiene komplett aus. Von den rund 200 Güterzügen, die jeweils pro Tag auf der betroffenen Strecke unterwegs waren, konnten Anfang September rund 50 über Ausweichstrecken (via Stuttgart oder durch Frankreich) verkehren. Strassentransportfirmen und die Rheinschifffahrt konnten Güter im Volumen von rund 60 Zügen pro Tag aufnehmen, fast die Hälfte des üblichen Gütertransportvolumens konnte jedoch nicht transportiert werden. Der Unterbruch im Güterbahnkorridor zwischen Rotterdam und Genua machte sich vielseitig bemerkbar, so mussten etwa viele Schweizer Firmen auf Rohstoffe warten und Produktionseinbussen verkraften. Die Rheinschifffahrt freute sich über das Wachstum im Auftragsvolumen und führte kurzzeitig gar den 24-Stunden-Betrieb ein, die Anbieter im kombinierten Güterverkehr sorgten sich jedoch um ihren Kundenstamm. Um die Dringlichkeit des Problems für die Schweizer Wirtschaft zu unterstreichen und um ausreichende Ersatzstrecken zu fordern, schrieb Bundesrätin Leuthard an den deutschen Verkehrsminister Dobrindt. Betroffene aus der Wirtschaft äusserten ebenso wie Mitglieder des Bundesparlaments Kritik an Deutschland, in ihren Augen dauerte die Behebung der Panne viel zu lange. Am 1. Oktober konnte der Verkehr auf der Strecke wieder aufgenommen werden – die Deutsche Bahn hatte die im destabilisierten Streckenteil steckende Tunnelbohrmaschine aufgegeben und einbetoniert und so den Untergrund wieder stabilisiert.
In der Antwort auf die Interpellation 17.3765 des Urner Ständerats Dittli (fdp, UR) hielt der Bundesrat im November 2017 fest, es gelte «die internationale Zusammenarbeit auf den europäischen Güterverkehrskorridoren und zwischen den einzelnen Korridoren zu verbessern». Im Nationalrat wollte Fabio Regazzi (cvp, TI) mit seiner Interpellation 17.3746 ebenfalls Auskunft darüber erhalten, wie «ein Rastatt» zukünftig vermieden werden könne und ob der Bundesrat beabsichtige, die Haftungsbestimmungen zu verändern. Der Bundesrat antwortete Mitte November 2017, die «Ausbauten auf den Korridoren müssen priorisiert und vorangetrieben [...] und das grenzüberschreitende Krisenmanagement der Infrastrukturbetreiber und Eisenbahnverkehrsunternehmen verbessert werden». Die Anpassung der Haftungsbestimmungen werde international zu überprüfen sein, der Bundesrat plane, dies auf internationaler Ebene anzusprechen. Zu den gesamtwirtschaftlichen Folgen der Panne in Rastatt für die Schweiz wollte sich der Bundesrat nicht äussern.

Ein im März 2014 eingereichtes Postulat Regazzi (cvp, TI) verlangte vom Bundesrat einen Bericht über die Gestaltung der Marktordnung im nationalen Personenverkehr nach Ablauf der SBB-Konzession im Jahr 2017. Der Bericht soll Vor- und Nachteile einer Marktöffnung erörtern und aufzeigen, wie der Markt des Personenfernverkehrs nach Ablauf der SBB-Konzession gestaltet werden kann. Der Bundesrat erklärte sich in seiner Stellungnahme zum Postulat bereit, dem Parlament einen entsprechenden Bericht vorzulegen. Das Postulat wurde vom Nationalrat in der Sommersession angenommen.

Im ersten Quartal 2013 sorgten die SBB mit einer beispiellosen Unfallserie für Verunsicherung bei der Kundschaft, in Medien und Politik. Bis Anfang März gab es bereits zehn Zwischenfälle, darunter aussergewöhnlich viele Entgleisungen, aber auch Zusammenstösse mit vielen Verletzten, so etwa in Neuhausen (SH), wo der Zusammenstoss von zwei Regionalzügen im Januar 26 Verletzte gefordert hatte. Die Sicherheit des Zugfahrens war im März ein wiederkehrendes Thema in den Medien. SBB-Verwaltungsratspräsident Ulrich Gygi verteidigte die SBB gegen den Vorwurf, die Sicherheit habe ihre Priorität zugunsten der Pünktlichkeit verloren und hielt fest, dass die Zwischenfälle kein Muster aufwiesen und also kein systematisches Problem vorliege. Ein Postulat Regazzi (cvp, TI) (13.3102) forderte im März ein externes Audit zur Erhöhung der Sicherheit des Eisenbahnnetzes, dies wurde im Nationalrat jedoch abgelehnt. Nach einem weiteren schweren Unfall mit einem Todesfall und mehreren Verletzten bei Granges-près-Marnand (VD) im Juli flammte die Diskussion erneut auf, bis Ende Jahr glich sich die Zahl der Zwischenfälle aber wieder dem mehrjährigen Durchschnitt an.

Nachdem der Ständerat den Bundesbeschluss über Finanzierung und Ausbau der Eisenbahninfrastruktur FABI im Dezember 2012 um mehrere Ausbauprojekte ergänzt und mittels eines zusätzlichen Mehrwertsteuerpromilles auf CHF 6,4 Mrd. aufgestockt hatte, kam das Geschäft im Juni des Berichtjahres in den Nationalrat. Umstritten war vor allem der plafonierte Fahrkostenabzug. Der Mehrheitsantrag wollte dem ständerätlichen Vorschlag von einem Pauschalabzug von CHF 3'000 zustimmen. Eine Minderheit Candinas (cvp, GR) wollte den Fahrkostenabzug dem Preis eines 2.-Klass-Generalabonnements gleichsetzen. Eine Minderheit Quadri (lega, TI) lehnte eine Plafonierung des Fahrkostenabzugs generell ab, da sie jene benachteilige, die auf das Auto angewiesen seien. Eine Minderheit Grossen (glp, BE) forderte dagegen eine komplette Abschaffung des Fahrkostenabzugs, da dies ein falscher Anreiz des Staates sei. Ein Antrag Daniel Fässler (cvp, AI) verlangte einen Maximalbetrag von zehntausend Franken, während die ersten zweitausend nicht abzugsberechtigt wären. Alle Minderheits- und Einzelanträge konnten in der Abstimmung nicht gegen den Mehrheitsantrag bestehen. Eine Minderheit Huber (fdp, UR) versuchte erfolglos, die vom Ständerat aufgenommene Mehrwertsteuer-Erhöhung zu verhindern. Der Nationalrat folgte dem Mehrheitsantrag für Bestätigung der Änderung der kleinen Kammer mit 125 zu 65 Stimmen. Bei der Vorlage zum Bundesgesetz über die Finanzierung und den Ausbau der Eisenbahninfrastruktur nahm der Nationalrat mit 124 zu 65 Stimmen den Antrag Fluri (fdp, SO) an, welcher forderte, dass ab 2019 die Hälfte der gesprochenen Mitteln aus Schwerverkehrsabgabe und zweckgebundener Verbrauchssteuer bis zur vollständigen Rückzahlung der Bevorschussung zur Verzinsung und Rückzahlung verwendet werden. Zum Ausbauschritt 2025 gab es im Nationalrat drei Anträge: Eine Minderheit Quadri (lega, TI) forderte die Aufnahme von Planungsarbeiten zur Umfahrung von Bellinzona. Eine Minderheit Huber (fdp, UR) wollte den ursprünglichen, deutlich kleineren Ausbauschritt des Bundesrates jenem des Ständerates vorziehen. Eine Minderheit Hurter (svp, SH) bat darum, die Elektrifizierung und den Ausbau der Hochrheinbahn in den ersten Ausbauschritt aufzunehmen. Der Nationalrat folgte allerdings in allen Abstimmungen deutlich der Kommissionsmehrheit, welche die Vorlage des Ständerates übernehmen wollte. Ein Antrag Fluri (fdp, SO), welcher eine Verknüpfung aller Teile des FABI-Geschäfts verlangte, damit keine Unsicherheiten bezüglich der Referendumsfrist auftreten können, wurde vom Rat mit 142 zu 36 Stimmen angenommen. Beim Bundesbeschluss über den Verpflichtungskredit für den Ausbauschritt 2025 zog der Rat den Mehrheitsantrag (Zustimmung zum Beschluss des Ständerates) dem Minderheitsantrag Huber (fdp, UR; Zustimmung zum Entwurf des Bundesrates) mit 142 zu 41 Stimmen vor. Einer Minderheit Thomas Hurter (svp, SH) gelang es, den Ausbau der Hochrheinbahn durch die Hintertüre einzubringen: Der Nationalrat stimmte der von der Minderheit Hurter beantragten Änderung des Bundesbeschlusses vom 8. März 2005 über den Verpflichtungskredit für die erste Phase des HGV-Anschlusses mit 102 zu 82 Stimmen zu, erhöhte dort nachträglich den Kredit um CHF 100 Mio. auf CHF 1'190 Mio. und führte die Verbindung Schaffhausen-Basel im Bundesbeschluss auf. Mehrere Minderheitsanträge fanden keine Zustimmung, darunter etwa der Antrag Regazzi (cvp, TI), welcher auch die Seilbahnen und den Schienengüterverkehr in die langfristige Angebots- und Infrastrukturentwicklung einbeziehen wollte, der Antrag Huber (fdp, UR), welcher eine Befristung des Bahninfrastrukturfonds bis 2030 beabsichtigte oder der Antrag Quadri (lega, TI), welcher ein Mitspracherecht der Gemeinden in Artikel 48b und 48d des Eisenbahngesetzes festschreiben wollte. Keine Zustimmung fand auch die Minderheit II Candinas (cvp, GR), welche wie der Ständerat die finanzielle Beteiligung der Kantone über die Zuständigkeit für die Publikumsanlagen regeln wollte. Die Finanzdirektorenkonferenz der Kantone hatte sich explizit für diese Lösung ausgesprochen und Bundes- und Ständerat unterstützten diese Regelung. Der Antrag Candinas wurde mit 142 zu 41 Stimmen verworfen. Der Nationalrat nahm alle Entwürfe in den Gesamtabstimmungen deutlich an, worauf die Vorlage zur Differenzbereinigung zurück an den Ständerat ging. In der kleinen Kammer sorgten nur zwei Differenzen für Diskussionen: Zum Einen die Kantonsbeteiligung an der Finanzierung, welche gemäss Nationalrat pauschal über die Bestellungen an den Regionalverkehr aufgeschlüsselt werden sollte, zum Anderen die Änderung des HGV-Anschluss-Gesetzes zwecks Aufnahme und Finanzierung der Elektrifizierung der Hochrheinstrecke. Die Verkehrskommission des Ständerates beantragte bei der Kantonsbeteiligung die Zustimmung zum Entwurf des Nationalrates. Ein Einzelantrag Engler (cvp, GR) forderte Festhalten am bundesrätlichen Vorschlag der Finanzierungsbeteiligung der Kantone via die Publikumsanlagen. Diese Lösung wurde nun entgegen der ersten Debatte als kompliziert und unzweckmässig bezeichnet, zudem wurde das Risiko betont, dass kleine und finanzschwache Kantone mit der Sanierung von grossen Bahnhöfen überfordert wären. Der Ständerat schwenkte mit 32 zu 8 Stimmen auf die Linie des Nationalrates ein. Während die Standesvertreter von Basel-Stadt, Basel-Landschaft und Schaffhausen für die vom Nationalrat aufgenommene Änderung des HGV-Anschluss-Gesetzes zur Elektrifizierung der Hochrheinstrecke argumentierten, mahnten kritische Stimmen, dass das Projekt der Hochrheinbahn ein Ad-hoc-Projekt sei und keine grundsätzliche Prüfung durchlaufen habe wie die anderen Projekte, welche als Ausbauprojekte in FABI aufgenommen worden seien. Auch solle eine Investition auf deutschem Boden mittels Staatsvertrag geregelt werden. Der Ständerat entschied mit 32 zu 5 Stimmen gegen die Minderheit Janiak (sp, BL), welche Zustimmung zum Nationalrat beantragt hatte. Diese letzte Differenz wurde im Nationalrat am 17.Juni verhandelt. Eine Mehrheit der Kommission forderte die Zustimmung zum Ständerat. Eine Minderheit Thomas Hurter (svp, SH) forderte Festhalten an der Änderung des HGV-Anschluss-Gesetzes. Hurter zog seinen Minderheitenantrag allerdings zurück, da sein Postulat bezüglich der Hochrheinbahn in der Kommission auf grossmehrheitliche Zustimmung gestossen war. Der Nationalrat schwenkte damit gemäss Mehrheitsantrag auf die Linie des Ständerates ein und räumte die letzte Differenz zu diesem aus. In den Schlussabstimmungen im Juni nahm der Ständerat die Vorlagen einstimmig an. Fast zeitgleich folgte der Nationalrat der kleinen Kammer und führte damit die Vorlage gegen die Nein-Stimmen einer Mehrheit der SVP-Fraktion zum Abschluss. Die Volksinitiative „Für den öffentlichen Verkehr“ wurde in der Folge zurückgezogen. Über die FABI Vorlage wird im Februar 2014 an den Urnen befunden.