Wie im Ständerat einige Wochen zuvor, wurde in der Herbstsession 2021 auch im Nationalrat ein Ordnungsantrag zur Anpassung der Bundesbeschlüsse über den zweiten Schweizer Beitrag an ausgewählte EU-Mitgliedstaaten eingereicht. Der Antragsteller Christian Wasserfallen (fdp, BE) verlangte, die Behandlung des Geschäfts vorzuziehen und dieses – wie der Ständerat – bereits in der Herbstsession zu behandeln. Er argumentierte, dass die APK-NR das Geschäft bereits vorberaten und eindringlich studiert habe, weshalb es reif für die Beratung während der Herbstsession sei. Das Parlament müsse endlich aktiv werden, um Chancen für den Schweizer Bildungs- und Wirtschaftsstandort zu öffnen. Kommissionsmitglied Schneider-Schneiter (mitte, BL) war hingegen der Ansicht, die bevorstehende Annahme des Beschlusses durch den Ständerat sei bereits «ein deutliches Zeichen in Richtung Brüssel». Für sie würde die vorgezogene Behandlung keinen Mehrwert schaffen, «sondern lediglich Frustration und kontraproduktive Effekte» nach sich ziehen. Sie kritisierte zudem den Bundesrat für die lange Wartezeit zwischen dem Abbruch der Verhandlungen über das InstA und der Publikation der Botschaft zur Freigabe der Kohäsionsmilliarde. Nationalratspräsident Aebi (svp, BE) kündigte vor der Abstimmung an, im Falle einer Annahme würde der Nationalrat die Vorlage am Abend des vorletzten Sessionstags nach dem Ständerat beraten. Eine knappe Mehrheit des Nationalrats nahm den Ordnungsantrag mit 93 zu 88 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) an. Gegen den Antrag stimmte die SVP-Fraktion sowie Mitglieder der Mitte- und der FDP.Liberalen-Fraktionen.

Le 28 mai, le Conseil fédéral a transmis au Parlement le message portant sur l'approbation d'un crédit-cadre de 45 millions de francs en faveur de la Croatie. Ainsi, la Croatie qui est membre de l'Union Européenne depuis 2013, bénéficierait du même soutien que les autres pays de l'Europe de l'Est qui ont adhéré à l'UE depuis 2004. Cette aide financière a pour but d'aider les pays de l'Est à se développer et à réduire les disparités économiques et sociales au sein de l'UE élargie. Il s'agit, par ce moyen, également de renforcer les relations que ces pays entretiennent avec la Suisse. Le sujet avait été mis de côté après le vote du 9 février, mais le Conseil fédéral a débloqué la situation fin avril en expliquant qu'il respecterait la libre circulation même sans accord et en confirmant qu'il verserait les 45 millions prévus.
La CPE-CE a proposé à son conseil d'adhérer au projet, ce qu'a fait le Conseil des Etats en donnant son feu vert au versement de 45 millions de francs à titre d'aide à la Croatie lors de la session d'automne 2014 par 39 voix contre 2. Il y a eu opposition de Thomas Minder (indépendant, SH) qui s'est montré sceptique envers l'approbation du peuple suisse sur ce versement, surtout après l'acceptation de l'initiative contre l'immigration de masse.
Le Conseil national a également approuvé le crédit lors de la session d'hiver par 132 voix contre 53 et 6 abstentions. L'UDC s'est opposée au versement en proclamant que cette aide financière était uniquement dans l'intérêt de l'UE et n'apportait aucun avantage à la Suisse. La demande de l'opposition formée par Büchel (udc, SG), Aebi (udc, BE), Estermann (udc,LU), Mörgeli (udc, ZH), Reimann (udc, SG) et Stamm (udc, AG) concernant la suspension de débat, jusqu'à ce que les négociations concernant la mise en œuvre de l'initiative contre l'immigration de masse aient abouti, a été rejetée par 128 voix contre 54.
L'aide financière devrait être utilisée à partir de mai 2017 pour financer des projets concrets visant à améliorer les conditions de vie sur place et à instaurer davantage de sécurité.