In der Herbstsession 2019 gelangte das Geschäft zur Genehmigung der Beteiligung an der Europäischen Agentur für das Betriebsmanagement von IT-Grosssystemen in den Nationalrat. Die EU-Lisa ist für den Betrieb und die Weiterentwicklung zahlreicher zentraler Systeme des Schengenraums verantwortlich. Dazu gehören unter anderem das SIS, das Visa-Informationssysstem, die Fingerabdruck-Datenbank Eurodac und das Ein- und Ausreisesystem (EES). Hans-Peter Portmann (fdp, ZH), der Sprecher der APK-NR, wies darauf hin, dass die Schweiz seit 2012 als Beobachterin der Agentur an sämtlichen Projekten der EU-Lisa beteiligt sei und das Parlament der EU-Verordnung zur Errichtung der Agentur bereits zugestimmt habe. Gemäss der vorliegenden Vereinbarung solle die Schweiz sich zukünftig vollständig daran beteiligen und sich mit begrenztem Stimmrecht gleichberechtigt mit den EU-Mitgliedsstaaten engagieren können. Die Beteiligungskosten würden für die Schweiz wie bis anhin CHF 7-8 Mio. betragen, so Portmann weiter. Eine Kommissionsminderheit Estermann (svp, LU) hatte einen Nichteintretensantrag gestellt, obwohl man sich, so Estermann, der Vorteile des Abkommens bewusst sei. Jedoch sei die SVP-Delegation der Meinung, dass man keine weiteren Zahlungen an die EU leisten solle, solange man von dieser in verschiedener Hinsicht diskriminiert werde. Dieses Verhalten wurde von den anderen Ratsmitgliedern nicht goutiert. Walter Müller (fdp, SG) etwa befand das Ablehnen eines nach langer Verhandlung erarbeiteten Resultats für nicht konstruktiv. Der Rat beschloss mit 132 zu 51 Stimmen (bei 2 Enthaltungen), auf das Geschäft einzutreten, wobei nur Mitglieder der SVP-Fraktion dagegen stimmten, und nahm es kurz darauf mit 133 zu 49 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) an. Auch in der Schlussabstimmung drei Tage später fiel das Ergebnis im Nationalrat mit 138 zu 52 Stimmen (bei 7 Enthaltungen) eindeutig und im Ständerat gar einstimmig aus.

Wie schon die Eintretensdebatte im Frühjahr 2018 begann auch die Differenzbereinigung zur Umsetzung der EU-Waffenrichtlinie im Herbst desselben Jahres im Nationalrat mit einem Versuch, das Geschäft bis auf Weiteres zu sistieren. Mittels Ordnungsantrag wollte SVP-Nationalrat und ProTell-Interimspräsident Jean-Luc Addor (svp, VS) das Geschäft vom Sessionsprogramm streichen. Damit wolle er verhindern, dass die Schweiz ihr Waffenrecht aufgrund juristischer Verpflichtungen anpasse, die sich womöglich mit einem Entscheid des EuGH über die nach wie vor hängige Klage der Tschechischen Republik gegen die Rechtmässigkeit der Richtlinie in Luft auflösen könnten. Ausserhalb der SVP-Fraktion fand sein Antrag jedoch nur marginale Unterstützung, weshalb er mit 59 zu 118 Stimmen Schiffbruch erlitt.
Die drei grossen, inhaltlichen Differenzen räumte der Nationalrat allesamt aus, indem er sich hinter den Kompromissvorschlag des Ständerates stellte. Dabei handelte es sich erstens um die vom Ständerat eingefügte Regelung von Erwerb und Besitz grosser Magazine, die von der Volkskammer mit 101 zu 84 Stimmen bestätigt wurde. Eine Minderheit Salzmann (svp, BE) hatte am eigenen Beschluss festhalten und auf eine solche Regelung verzichten wollen. Zweitens hiess der Nationalrat mit 99 zu 85 Stimmen die Pflicht zur Markierung aller wesentlichen Waffenbestandteile gut. Auch hier konnte sich die Kommissionsmehrheit gegen dieselbe Minderheit Salzmann durchsetzen, die am nationalrätlichen Beschluss festhalten wollte, wonach bei zusammengesetzten Waffen eine Markierung genügte. Drittens bewahrte der Nationalrat mit 100 zu 84 Stimmen den Ermessensspielraum der Kantone bei Ausnahmebewilligungen für verbotene Waffen. Als Erstrat war er hier noch mehrheitlich der Ansicht gewesen, dass die Kantone Ausnahmebewilligungen erteilen müssten, wenn die Voraussetzungen erfüllt sind, und nicht nur erteilen können sollten. An der Muss-Formulierung festhalten wollte jetzt noch die Minderheit Salzmann, während sich die Mehrheit dem Ständerat anschloss und die ursprüngliche Kann-Formulierung beibehielt. Ein Minderheitsantrag Müller (fdp, SG), der bei beschlagnahmten, nicht fristgemäss gemeldeten, verbotenen Waffen eine kurze Nachmeldefrist gewähren wollte, wurde mit 104 zu 85 Stimmen ebenso abgelehnt. Die Kommissionsmehrheit und auch Bundesrätin Simonetta Sommaruga vertraten die Ansicht, eine zusätzliche Nachmeldefrist sei nicht nötig, da man in einem solchen Fall ohnehin drei Monate Zeit habe, nachträglich eine Ausnahmebewilligung zu beantragen. Mit zwei kleinen, neu geschaffenen Differenzen formeller Natur ging die Vorlage zurück an den Ständerat, der beide stillschweigend bereinigte. In der Schlussabstimmung nahm der Ständerat das geänderte Waffengesetz mit 34 zu 6 Stimmen bei 5 Enthaltungen an; der Nationalrat stimmte dem Gesetz mit 120 zu 69 Stimmen bei 4 Enthaltungen zu. Bis zuletzt leistete die SVP-Fraktion geschlossen Widerstand, konnte aber insgesamt nur drei Stimmen aus dem bürgerlichen Lager dazugewinnen; einige Vertreterinnen und Vertreter der CVP und der FDP enthielten sich der Stimme.

Le 17 mai 2017, le Conseil fédéral soumettait au Parlement le projet d'arrêté fédéral concernant la reprise du règlement (UE) 2016/1624, relatif au corps européen de garde-frontières et de garde-côtes. Le règlement en question s'inscrit dans la lignée de l'acquis de Schengen, dont la Suisse s'est engagée, lors de son association en 2004, à reprendre les développements successifs. Adopté en septembre 2016 par le Parlement européen et le Conseil de l'Union européenne dans le contexte d'une pression accrue aux frontières extérieures de l'Europe et de l'augmentation du flux migratoire, le règlement en question dote l'Agence européenne de garde-frontières et de garde-côtes ("Frontex") de nouvelles compétences. Tel que spécifié dans le message du Conseil fédéral du 17 mai 2017, l'objectif consiste alors, à faire coïncider au mieux sécurité et libre circulation des personnes sur le territoire de l'UE.
A l'échelon helvétique, le Conseil fédéral se prononce, dès le mois d'octobre 2016, en faveur de la reprise du règlement européen 2016/1624, dont découle une nécessaire adaptation de la Loi fédérale sur les étrangers, de la Loi fédérale sur les offices centraux de police criminelle de la Confédération et les centres communs de coopération policière et douanière avec d'autres États, ainsi que de la Loi sur les douanes.

Le Conseil national était le premier à se prononcer sur cet objet, lors de la session d'automne 2017, le mot d'ordre d'une majorité de la CPS-CN plaidant en faveur de l'entrée en matière. Opposée à l'entrée en matière, la minorité Glättli (verts, ZH) rassemblait les voix contestataires des élus UDC et Verts. Dénonçant les faiblesses démocratiques de Schengen, les élus du parti nationaliste conservateur ont tenu à rappeler que la Suisse, en tant qu’État associé, participe certes aux discussions entourant le développement de l'acquis de Schengen, mais ne dispose pas de véritable droit de co-décision. Rapportant la parole du groupe des Verts, Lisa Mazzone (verts, GE) s'est pour sa part exprimée en faveur d'une politique d'asile plus humaine: "Frontex Plus, c'est plus de compétences, plus de moyens, plus de personnel pour bafouer un droit humain, le droit qui prévoit que chacun a la possibilité de quitter le pays dans lequel il se trouve."
La minorité Arnold (udc, UR), composée d'une majorité de conseillers nationaux UDC et du libéral-radical Walter Müller (plr, SG), était quant à elle favorable à un renvoi du projet au Conseil fédéral, afin que soit inscrite noir sur blanc la priorité de "prévenir le franchissement illégal de la frontière déjà aux frontières extérieures de l'espace Schengen".
Précisons également que le groupe socialiste, invoquant une nécessaire coopération à l'échelle européenne, s'est prononcé pour l'entrée en matière et contre le renvoi de l'objet au Conseil fédéral, une position finalement acceptée par une majeure partie du Conseil national lors du vote sur l'entrée en matière.

Lors de la discussion par article, la chambre basse a une nouvelle fois suivi la majorité de sa Commission et procédé à une double modification du projet du Conseil fédéral: d’abord par la proposition d'un plafonnement de 12 millions à la participation annuelle de la Suisse au projet Frontex, ensuite par l'ajout d'un article 1a, spécifiant que: "l’association de la Suisse [au nouveau règlement] ne doit pas entraîner une dégradation de la surveillance des frontières suisses".
Lors du vote sur l'ensemble, la majorité du Conseil national s'est prononcé, en définitive, en faveur de l'adoption du projet modifiant la version du Conseil fédéral (102 voix pour, 75 contre et 10 abstentions).

Les chambres ont examiné l’accord sur la participation de la Suisse au programme MEDIA de l’UE pour les années 2007-2013 (projet 1) et son arrêté de financement (projet 2). Au Conseil des Etats, la Commission de politique extérieure (CPE-CE) a proposé le renvoi du projet 1 au Conseil fédéral, en le chargeant de deux choses : 1) rechercher avec l’UE des solutions qui répondraient mieux aux intérêts de la Suisse eu égard à ses restrictions publicitaires concernant l’alcool, la politique et la religion ; 2) veiller à ce que l’application provisoire de Media soit poursuivie ; 3) soumettre à nouveau cet objet au parlement à la session d’automne 2009 au plus tard. Précisant que cet accord permettait aux cinéastes suisses de profiter comme les autres des programmes de soutien de l’UE, la commission a toutefois souligné que l’obligation d’appliquer, à partir de 2009, la directive de l’UE « Télévision sans frontières » posait problème, car elle entrerait en conflit avec la nouvelle loi sur la radio et la télévision (LRTV) adoptée par les chambres en 2006. Elle estimait également que malgré l’importance capitale de l’accord en question en matière de politique européenne et culturelle, une éventuelle nouvelle révision de la LRTV serait malvenue. Si le conseiller fédéral Pascal Couchepin a bien tenté de convaincre les parlementaires de la portée limitée de la directive de l’UE, cela a cependant été en vain. Le plénum a en effet adopté tacitement la proposition de renvoi de la commission. L’arrêté fédéral concernant le financement de la participation de la Suisse au programme communautaire Media pour les années 2007-2009 a quant à lui été adopté sans opposition.

Au Conseil national, la majorité de la commission a proposé d’adhérer à la décision du Conseil des Etats et de renvoyer le projet au Conseil fédéral. Une minorité emmenée par Walter Müller (prd, SG) s’est toutefois opposée à ce renvoi. Les rapporteurs de la majorité ont souligné l’intelligence et le pragmatisme de la décision du Conseil des Etats, et ont déclaré être d’avis que le Conseil fédéral devrait entreprendre, avec l’appui du parlement, de nouvelles négociations avec l’UE sur cette question. Quant à la minorité de la commission, elle estimait que s’adapter au droit de l’UE était le prix des relations bilatérales qu’il fallait parfois être prêt à payer. Démocrates-chrétiens, Verts, Verts libéraux et socialistes ont soutenu la proposition de renvoi. L’UDC a fait de même, en proposant cependant de rejeter l’ensemble du projet. Le plénum a finalement décidé, par 136 voix contre 45, de renvoyer le projet 1 au Conseil fédéral. Au vote sur l’ensemble, le Conseil national a toutefois adopté, par 118 voix contre 54, le projet de financement de la participation de la Suisse au programme communautaire Media.

Suite à l’acceptation en votation populaire le 26 novembre 2006 de la loi fédérale sur la coopération avec les Etats d’Europe de l’Est, qui prévoyait le versement d’un milliard de francs destiné à financer l’effort de cohésion de l’UE élargie, les chambres ont examiné conjointement deux objets au cours de l’année sous revue : la contribution de la Suisse à l’atténuation des disparités économiques et sociales dans l’UE (06.100) et la poursuite de la coopération avec les Etats d’Europe de l’Est et de la CEI (06.099).

Au Conseil des Etats, l’entrée en matière sur les deux projets n’a pas été contestée. Le rapporteur de la commission, le radical Peter Briner (SH), a déclaré que personne au sein de celle-ci ne s’était opposé aux deux projets et que la discussion avait porté uniquement sur la question du financement. Estimant qu’il devrait être possible, sur dix ans, d’économiser au total 245 millions de francs dans les sept départements fédéraux, la commission a proposé que ce financement ne se fasse pas au détriment de l’aide publique au développement, mais soit compensé dans le budget général de la Confédération. Plusieurs intervenants ont en outre tenu à rappeler qu’il serait difficile de justifier qu’une aide financière soit accordée à des membres de l’UE plutôt qu’à des pays en voie de développement. La proposition de la commission a finalement été adoptée tacitement et l’arrêté fédéral concernant la contribution de la Suisse à l’atténuation des disparités économiques et sociales dans l’UE élargie a été adopté par 36 voix contre 2. Dans le cadre du second arrêté concernant le crédit-cadre pour la poursuite de la coopération avec les Etats d’Europe de l’Est et de la CEI, une minorité de la commission, emmenée par la socialiste Simonetta Sommaruga (BE), a proposé d’augmenter le montant de ce crédit de 650 à 730 millions de francs, et de revenir par conséquent sur la proposition du Conseil fédéral de réduire le montant accordé jusqu’à présent. La minorité de la commission estimait en effet qu’il ne fallait pas financer la contribution à l’élargissement en réduisant l’aide aux pays les plus pauvres d’Europe de l’Est. Les députés ne l’ont toutefois pas suivie et se sont prononcés, par 23 voix contre 14, en faveur de la solution proposée par le Conseil fédéral. Le crédit-cadre en question a finalement été adopté par 35 voix contre 0 lors du vote sur l’ensemble.

Les deux mêmes objets ont également été examinés de manière conjointe au Conseil national. Si l’entrée en matière n’a pas suscité d’opposition, trois députés UDC ont toutefois déposé des propositions de renvoi au Conseil fédéral. Walter Wobmann (SO) a proposé de geler la contribution à la réduction des disparités sociales et économiques dans l’UE jusqu’à ce que cette dernière reconnaisse officiellement le système fiscal suisse. Walter Schmied (BE) a proposé de renvoyer l’objet 06.100 au Conseil fédéral, avec mandat d'éclaircir au préalable l'étendue et la forme des exigences de l'UE envers la Suisse en ce qui concerne les paiements de cohésion à la Bulgarie et à la Roumanie. Pirmin Schwander (SZ) a enfin demandé au Conseil fédéral de démontrer de façon transparente et complète que le financement sera neutre pour le budget. La majorité des députés n’a cependant pas voulu reporter à nouveau sa décision concernant ces deux objets. Différents intervenants n’ont de plus pas manqué de rappeler que la Suisse n’allait pas seulement payer, mais également profiter de la stabilité, de la sécurité et de l’essor économique des pays bénéficiaires de la contribution suisse. Soutenues par aucun autre parti, les trois propositions de renvoi ont été écartées. La question qui s’est dès lors posée dans le cadre des débats a été de savoir s’il convenait de se rallier à la décision du Conseil des Etats de réduire le crédit-cadre relatif à la coopération avec les pays de l’Est et de la CEI de 730 à 650 millions de francs (conformément au projet du Conseil fédéral). Plusieurs intervenants n’ont alors pas manqué de rappeler que le Conseil national avait adopté la motion Leuthard « Contribution à la réduction des disparités », qui demandait que cette contribution ne soit pas prélevée sur les fonds affectés à l'aide au développement. Une majorité de la commission a proposé de maintenir ledit crédit à une hauteur de 730 millions de francs, alors qu’une minorité emmenée par Walter Müller (prd, SG) – soutenu par plusieurs députés UDC – a proposé de se rallier à la décision du Conseil des Etats. Le plénum a finalement suivi la majorité de la commission, créant de fait une divergence avec le Conseil des Etats. Au vote sur l’ensemble, les deux projets ont été adoptés par 116 voix contre 42.

Par 29 voix contre 3, le Conseil des Etats s’est finalement rallié à la version du Conseil national et a décidé de relever le crédit d’aide au développement pour l’Europe de l’Est de 650 à 730 millions de francs.

Das Parlament genehmigte einen Verpflichtungskredit von 2,545 Mia Fr. für die integrale Beteiligung der Schweiz am 7. Forschungsrahmenprogramm der EU für die Jahre 2007-2013. Es ermöglicht der Schweiz die Fortsetzung der heutigen Zusammenarbeit mit der Europäischen Union in den Bereichen Forschung, technologische Entwicklung und Demonstration. In der Eintretensdebatte bedauerten die Räte, dass die Botschaftzum BFI-Kredit 2008-2011 noch nicht vorliege. Bundesrat Couchepin wies darauf hin, dass sich dieser Kredit nicht über denselben Zeitraum erstrecke wie das EU-Programm; die Regierung werde die Botschaft deshalb erst im kommenden Jahr verabschieden. Im Nationalrat beantragte die SVP vergeblich Rückweisung des Geschäfts an den Bundesrat, um die Beratung bis zum Vorliegen der BFI-Botschaft auszusetzen. Das Anliegen der Grünen, den Kredit um den Betrag für die Euratom zu kürzen, blieb chancenlos, ebenso wie ein Antrag Müller (fdp, SG), der die Bedürfnisse der KMU bei den nationalen Begleitmassnahmen besonders berücksichtigen wollte. Bezüglich des Controlling beschloss das Parlament, ein System mit Indikatoren einzuführen, um die Kostenwirksamkeit und die konkreten positiven Auswirkungen der Schweizer Beteiligung an den verschiedenen Programmen und Projekten zu ermitteln.