Die verbliebenen sechs Differenzen zum Voranschlag 2023 konnte das Parlament in der ersten Runde des Differenzbereinigungsverfahrens klären. So pflichtete der Nationalrat seinem Schwesterrat bei, dass der Betrag für die internationalen Sportanlässe nicht zugunsten der Staffel-WM 2024 in Lausanne erhöht werden soll, nachdem die entsprechenden Weltmeisterschaften in der Zwischenzeit bereits an die Bahamas vergeben worden waren. Zudem bereinigte er die Differenz bezüglich den Direktzahlungen für die Landwirtschaft: In der ersten Beratung hatte der Nationalrat eine Mindesthöhe für die Versorgungssicherheitsbeiträge festlegen und den Bundesrat so daran hindern wollen, diese zugunsten anderer Kreditposten zu kürzen. Nun pflichtete die grosse Kammer dem Ständerat entgegen einem Minderheitsantrag Nicolet (svp, VD) bei und strich die entsprechende Rahmenbedingung der Kreditvergabe wieder. Offen blieben jedoch die vier übrigen Differenzen, bei denen der Nationalrat an seiner Position festhielt.

Diese bereinigte in der Folge der Ständerat. Er hiess die Krediterhöhung beim BASPO für Swiss Sport Integrity sowie die neue Rahmenbedingung zur Kreditvergabe beim BSV für Schutz und Rechte der Kinder stillschweigend gut. Bezüglich der Reservierung eines Betrags der Entwicklungszusammenarbeit mit den Ländern des Ostens für den Wiederaufbau der zivilen Infrastruktur in der Ukraine habe sich die Kommission gemäss Sprecherin Johanna Gapany (fdp, FR) überzeugen lassen, dass diese Mittel einerseits für andere Länder reserviert seien und dass die Verwendung für die Ukraine aufgrund des Hilfskredits im Nachtrag II zum Voranschlag 2022 nicht nötig sei. Stillschweigend bereinigte der Ständerat diese Differenz. Bei den Investitionsbeiträgen für Entwicklungsländer, die ebenfalls für die Ukraine hätten eingesetzt werden sollen, wollte die FK-SR zwar an ihrer Position festhalten, der Ständerat folgte jedoch einer Minderheit Zanetti (sp, SO) auf Streichung der Planungsgrösse. Der Minderheitensprecher hatte die «psychologisch unmögliche Situation», in der man die entsprechenden Gelder entweder wie vorgesehen verschiedenen Ländern Afrikas oder neu der Ukraine zukommen lassen könne, damit aufgelöst, dass er um Bereinigung der Differenz bat, um eine Ablehnung der gesamten Planungsgrössen und damit sämtlicher bisher getroffener Einigungen zu verhindern. Aus formellen Gründen solle man dem Nationalrat zustimmen und den Kredit nicht zusätzlich der Ukraine zusprechen, was der Ständerat in der Folge mit 30 zu 12 Stimmen tat und somit diese letzte Differenz bereinigte.

Damit sich eine solche Situation, in welcher der Bundesbeschluss der Planungsgrössen nur vollständig angenommen oder abgelehnt werden kann, zukünftig nicht mehr ergibt, erarbeitete die FK-NR einen Entwurf zur Umsetzung ihrer parlamentarischen Initiative 21.503.

Der Ständerat befasste sich in der Sommersession 2021 zum zweiten Mal mit einer Motion Zanetti (sp, SO) zum Schutz von Trinkwasserfassungen. Die kleine Kammer hatte einer abgeänderten Version der Motion bereits im Herbst 2020 zugestimmt. Unterdessen hatte der Nationalrat dem Vorstoss ebenfalls zugestimmt, jedoch nicht ohne vorher selber noch eine Änderung daran vorzunehmen. So hatte die grosse Kammer beschlossen, dass nur jene Arbeiten zur Ausscheidung der Zuströmbereiche vom Bund finanziell unterstützt werden sollen, welche die Kantone bis 2030 finalisiert haben. Die kleine Kammer stimmte der Motion in dieser Form stillschweigend zu.

Mit seiner Motion «Wirksamer Trinkwasserschutz durch Bestimmung des Zuströmbereichs» strebte Roberto Zanetti (sp, SO) die Stärkung des Grund- und Trinkwasserschutzes an. Nachdem der Ständerat in der Herbstsession 2020 einer modifizierten Version des Vorstosses zugestimmt hatte (Zanetti hatte den letzten Punkt seiner Motion zurückgezogen), beugte sich die grosse Kammer in der Frühjahressession 2021 über die Motion.
Wie die Kommissionssprecherinnen Munz (sp, SH) und Bulliard-Marbach (mitte, FR) berichteten, hatte sich die Mehrheit der UREK-NR dafür ausgesprochen, die Motion anzunehmen. Mit 13 zu 3 Stimmen bei 7 Enthaltungen hatte sie zudem eine Änderung von Ziffer 2 der Motion beantragt. Damit soll der Bund nur jene Arbeiten zur Ausscheidung der Zuströmbereiche finanziell unterstützen, welche die Kantone bis 2030 abgeschlossen haben. Mit dieser Änderung solle der Druck auf die Kantone erhöht werden. Die SVP-Minderheit um Pierre-André Page (svp, FR), welche die Ablehnung der Motion beantragte, verzichtete auf ihr Votum.
Umweltministerin Simonetta Sommaruga erläuterte, dass der Bundesrat das Anliegen der abgeänderten Motion unterstütze. Der Bundesrat sei der Ansicht, dass die Ausscheidung der Zuströmbereiche äusserst wichtig sei und rasch vonstatten gehen solle. Sommaruga wies zudem auf die enge Verflechtung dieser Motion mit der parlamentarischen Initiative «Das Risiko beim Einsatz von Pestiziden reduzieren» (19.475) hin. Die Mehrheit des Ständerats hatte es (im Gegensatz zum Nationalrat) stets abgelehnt, die Forderung dieser vorliegenden Motion in die parlamentarische Initiative aufzunehmen. Die kleine Kammer habe vielmehr den Weg über die Motion befürwortet, da damit eine reguläre Vernehmlassung ermöglicht werde, was im Falle einer parlamentarischen Initiative nicht üblich sei. Sommaruga zeigte Verständnis für diese Haltung, da die Kantone bei der Ausscheidung der Zuströmbereiche stark betroffen und gefordert seien und entsprechend konsultiert werden sollten. Sie verstehe aber auch die Haltung des Nationalrates und der Minderheit des Ständerats, welche den rascheren Weg über die parlamentarische Initiative vorgezogen hätten.
Nach einigen Rückfragen aus dem Plenum, die vor allem die Verflechtung mit der parlamentarischen Initiative 19.475 betrafen, nahm die grosse Kammer die erneut abgeänderte Motion mit 130 zu 50 Stimmen bei 6 Enthaltungen an. Die ablehnenden Stimmen stammten allesamt von Mitgliedern der SVP. Als nächstes wird sich wiederum der Ständerat mit der Motion befassen.

In der Frühjahressession 2021 befasste sich die kleine Kammer erneut mit der Motion Hösli (svp, GL), übernommen von Jakob Stark (svp, TG), zum Thema Gewässerraum. Im Rahmen der UREK-SR-Sitzung vom Januar 2021 hatte Stark die zweite Ziffer der Motion bezüglich der Verwendung von Dünger zurückgezogen. In der vorliegenden Form verlangte die Motion deshalb nur noch, dass das GSchG so abgeändert wird, dass in nicht geschützten Gebieten ausserhalb der Bauzone der Gewässerraum verkleinert werden kann, wenn den Landwirtschaftsbetrieben sonst ein übermässiger Anteil der ertragreichen Futtergrundlage entzogen wird.
Dem Ständerat lag bei der Beratung des Geschäfts ein Mehrheitsantrag seiner Kommission auf Annahme und ein links-grüner Minderheitsantrag auf Ablehnung der abgeänderten Motion vor. Martin Schmid (fdp, GR) legte für die Kommissionsmehrheit dar, dass diese in den Forderungen der Motion keinen Widerspruch zur Trinkwasser-Inititiative, zu den Zielen des GSchG oder zum Hochwasserschutz sehe. Die Umsetzung der Motion würde es den Kantonen lediglich ermöglichen, die noch bestehenden Probleme bei der Festlegung der Gewässerräume anzugehen. Daniel Fässler (mitte, AI) ergänzte, dass mit den 2017 vorgenommenen Änderungen sowie mit früheren Anpassungen der Gewässerschutzverordnung für die Landwirtschaftsbetriebe nur sehr wenig zusätzliche Flexibilität geschaffen worden sei. Jakob Stark fügte an, dass die Ausscheidung des Gewässerraumes viel rascher vorangehen würde, wenn die in der Motion geforderte Ergänzung der Bestimmungen vorgenommen würde. Dies würde auch der Natur mehr nützen als langwierige politische Auseinandersetzungen.
Roberto Zanetti (sp, SO) wies als Sprecher der Minderheit darauf hin, dass sich sowohl die BPUK als auch die LDK vehement gegen die Motion ausgesprochen hätten. In rund der Hälfte der Kantone und Gemeinden seien die Gewässerräume bereits ausgeschieden worden. Es sei unfair, wenn man die Spielregeln während der Umsetzung ändere. Man setze mit der Motion den Kompromiss aufs Spiel, der seinerzeit zum Rückzug der Volksinitiative «Lebendiges Wasser» geführt habe. Zudem riskiere man etliche Verfahren von Landwirtschaftsbetrieben, die mit der bereits vollzogenen Ausscheidung des Gewässerraums auf ihren Grundstücken nicht zufrieden seien. Schliesslich sei die vorgesehene Schwächung des Gewässerschutzes ein Steilpass für die Trinkwasser-Initiative. Umweltministerin Sommaruga führte dieselben Argumente ins Feld wie Roberto Zanetti und schloss, dass es im Hinblick auf die Abstimmung zur Trinkwasser-Initiative darum gehe, klare Signale an die Bevölkerung zu senden, dass der Bundesrat und das Parlament den Gewässerschutz und in einem weiteren Sinne auch die Biodiversität schützen und nicht etwa schwächen wollen. Dennoch nahm der Ständerat die abgeänderte Motion mit 26 zu 18 Stimmen an.

Im September 2019 reichte Werner Hösli (svp, GL) eine Motion zum Thema Gewässerräume ein. Bei den Gewässerräumen handelt es sich um geschützte Zonen rund um oberirdische Gewässer, die sicherstellen sollen, dass nicht zu dicht an die Gewässer gebaut wird und dass diese ihre natürlichen Funktionen erfüllen können. Hösli forderte, dass in den nicht geschützten Zonen ausserhalb der Bauzone die Grösse des Gewässerraumes verkleinert werden kann, wenn dem betroffenen Landwirtschaftsbetrieb aufgrund der geographischen oder topographischen Verhältnisse ein übermässig grosser Anteil der ertragreichen Futtergrundlage genommen wird oder wenn im reduzierten Gewässerraum nur mit natürlichem Dünger gearbeitet wird.
Mit seinem Vorstoss nahm Hösli Bezug auf die seit 2011 geltende Pflicht der Kantone, die Gewässerräume auszuscheiden, sprich für all ihre Gewässer den entsprechenden Gewässerraum festzulegen. Diese Pflicht war als indirekter Gegenvorschlag zur zurückgezogenen Initiative «Lebendiges Wasser» mittels einer Änderung der GSchV eingeführt worden. Wenige Jahre nach Inkrafttreten dieser Regelgung war diese Vorschrift mit der Überweisung einer Motion der UREK-SR bereits wieder etwas aufgeweicht worden. Als Folge der Annahme der Motion der UREK-SR wurde die GSchV derart angepasst, dass die Handlungsspielräume für die Kantone bei der Festlegung des Gewässerraumes vergrössert wurden.
Auf diese rechtliche Entwicklung wies der Bundesrat in seiner Stellungnahme zu Höslis Vorstoss hin. Da mit der letzten Änderung der GSchV die unterschiedlichen geografischen und topografischen Verhältnisse in den Kantonen bereits berücksichtigt würden und weil auch die BPUK nach dieser Verordnungsänderung keinen Bedarf nach einer rechtlichen Anpassung sehe, lehne er den Vorstoss ab.
In der Wintersession 2019 beugte sich der Ständerat ein erstes Mal über die Motion, welche in der Zwischenzeit von Jakob Stark (svp, TG) übernommen worden war, und wies sie auf Antrag von Roberto Zanetti (sp, SR) der Kommission zur Vorberatung zu.

Die Qualität des Grund- und Trinkwassers stand im Zentrum der Motion Zanetti (sp, SO) mit dem Titel «Wirksamer Trinkwasserschutz durch Bestimmung der Zuströmbereiche», die er im Juni 2020 einreichte. Der Motionär forderte darin, dass bis zum Jahr 2035 die Zuströmbereiche von allen Grundwasserfassungen, die im öffentlichen Interesse liegen, von den Kantonen bestimmt werden sollen, wobei der Bund 40 Prozent des dadurch für die Kantone entstehenden Aufwandes subventionieren würde. Die Kantone sollen dem Bund zwei Jahre nach Inkrafttreten der entsprechenden Gesetzesänderung die Planung zur Bestimmung der Zuströmbereiche vorlegen und danach regelmässig zum Stand der Umsetzung der Planung Bericht erstatten. Zudem verlangte Zanetti, dass im Zuströmbereich von Trinkwasserfassungen nur noch Pflanzenschutzmittel eingesetzt werden dürfen, deren Abbauprodukte den Grenzwert von 0.1 Mikrogramm pro Liter im Grundwasser nicht überschreiten. Dieser Schutz der Grundwasserfassungen ergänze die Ziele der Agrarpolitik 22+ sowie einer parlamentarischen Initiative der WAK-SR «Das Risiko beim Einsatz von Pestiziden reduzieren» (Pa.Iv. 19.475). Auslöser für die Motion Zanetti war die Problematik des grossflächig mit Abbauprodukten des Wirkstoffs Chlorothalonil verunreinigten Grundwassers, worüber auch die Presse berichtet hatte.
Der Bundesrat war mit der Stossrichtung der Motion einverstanden, er lehnte diese jedoch aus formellen Gründen ab, da der letzte Punkt der Motion (Verbot des Einsatzes von bestimmten Pflanzenschutzmitteln im Zuströmbereich von Trinkwasserfassungen) durch die in der parlamentarischen Initiative der WAK-SR vorgesehenen Gesetzesänderungen bereits erfüllt werde.
In der Herbstsession 2020 zog Roberto Zanetti den letzten Punkt seiner Motion zurück, woraufhin sich Bundesrätin Simonetta Sommaruga bereit erklärte, die anderen Punkte der Motion zur Annahme zu empfehlen. Der Ständerat stimmte dieser Version der Motion schliesslich stillschweigend zu.