Le Conseil des États s'est accordé sur la suite à donner à la politique agricole 22+ (PA 22+). Alors que cette vision à moyen terme a été stoppée nette par deux fois, les sénatrices et sénateurs se sont globalement montrés satisfaits des précisions apportées par le Conseil fédéral dans son rapport complémentaire. Peter Hegglin (centre, ZG), rapporteur de commission, a rappelé les grandes lignes de ce projet remanié. Tout d'abord, le Conseil fédéral a pris en considération la proposition du Parlement de considérer le système alimentaire dans sa globalité et non de traiter le seul secteur agricole ; une manière également de penser au maintien de la sécurité alimentaire à long terme. La durabilité et une alimentation saine seront au centre de cette nouvelle conception, avec une fermeture exhaustive des cycles (de la consommation, des éléments fertilisants, etc.), comprenant également un volet pour réduire le gaspillage alimentaire. Enfin, la charge administrative devra être réduite et la concurrence face à la production étrangère renforcée. Tout comme le Conseil fédéral, la CER-CE souhaite avancer par étape, la première ayant déjà été amorcée par le biais de l'initiative parlementaire 19.475 sur la réduction des pertes d'éléments fertilisants et des risques liés aux pesticides. Une seconde étape, au cœur des discussions du jour, consiste en l'amélioration de la couverture sociale des membres de la famille travaillant sur l'exploitation ainsi qu'à la mise en place d'une aide à l'acquisition d'assurances contre les pertes de récoltes. Une troisième s'attellera à repenser, à l'horizon 2030, l'ensemble du système alimentaire.

En outre, la commission propose à sa chambre d'approuver les modifications faites par le Conseil fédéral concernant la loi sur les épizooties (LFE). De plus, elle considère, tout comme l'exécutif, que le droit foncier rural doit être traité séparément, raison pour laquelle elle a déposé une motion (Mo. 22.4253) allant en ce sens. Finalement, elle propose aux membres de la chambre haute d'accepter une motion (Mo. 22.4251) chargeant le Conseil fédéral de soumettre un message d'ici à 2027 sur les prochaines étapes de la politique agricole et un postulat (Po. 22.4252) pour plus de transparence sur la formation des prix des denrées alimentaires.

En chambre, les critiques au projet retouché par la commission sont majoritairement venues de la gauche, Adèle Thorens Goumaz (verts, VD) y voyant un effort minimaliste alors même que les propositions émises par le Conseil fédéral dans son rapport complémentaire permettraient de mettre en place une politique alimentaire réellement tournée vers le futur. Elle s'est toutefois félicitée d'une vision qui prenne enfin en compte le rôle des consommatrices et consommateurs dans les questions alimentaires, mais également tous les acteurs impliqués entre la fourche et la fourchette. Pour l'élue verte, les agricultrices et agriculteurs ne sont pas seuls responsables des changements à amorcer. À quoi cela sert-il de promouvoir une réduction du bétail en Suisse si la population ne réduit pas sa consommation de viande (aboutissant à une augmentation des importations), fait-elle par exemple remarquer, sans oublier le rôle de la grande distribution qui n'hésite pas à brader les prix des produits carnés importés. Pourtant, toutes ces solutions visant tant la consommation, la transformation que la distribution sont repoussées à plus tard, tout comme un certain nombre de mesures – initialement prévues dans la PA 22+ – visant une meilleure protection de la biodiversité. Enfin, elle a vertement critiqué l'absence de mesures climatiques immédiates, alors même que le domaine alimentaire est l'un des plus touchés par le réchauffement global. À ces critiques, Guy Parmelin, le ministre en charge de l'agriculture, a répondu que la politique des petits pas a été privilégiée au passage en force, ceci afin de pouvoir avancer dans la bonne direction. Le risque aurait été de se retrouver dans une impasse politique n'offrant pas de perspective.

Des critiques ont également émané de la droite, notamment de l'agrarien Werner Salzmann (udc, BE) qui, bien que saluant le rapport, estime que le Conseil fédéral a oublié de mettre le paysan au centre. Il a donc développé son argumentaire en réduisant à trois aspects les bases nécessaires à la production agricole : la terre (trop peu de mesures pour protéger les terres agricoles), le travail (les domaines agricoles et les familles paysannes deviennent de moins en moins nombreuses) et le capital (les barrières douanières doivent être maintenues). Il a donc appelé le Conseil fédéral à s'emparer de ces aspects dans le cadre des prochaines étapes prévues. Guy Parmelin s'est montré rassurant, rappelant que cette réforme agricole s'écrirait avec les paysans – « nous ne pourrons pas la faire contre eux » – mais également avec les consommateurs et consommatrices et les citoyennes et citoyens.

Lors de la discussion par article, toutes les propositions minoritaires pour un renforcement des dispositions climatiques ou du bien-être animal ont été balayées par la majorité bourgeoise, cette dernière se calquant sur le projet remanié par la majorité de la commission. Sur l'inscription d'objectifs climatiques dans la loi sur l'agriculture, tant Peter Hegglin que le conseiller fédéral ont argué qu'une stratégie climat était actuellement élaborée spécifiquement pour l'agriculture, avec une série de mesures pouvant être appliquées en se reposant sur la base légale existante. En outre, il a été décidé à l'unanimité de ne pas entrer en matière concernant le droit foncier rural, qui sera donc traité séparément, et d'accepter l'entier des modifications entreprises dans la loi sur les épizooties. À la chambre basse de se prononcer désormais.

Dans le cadre légal actuel, les non-professionnels peuvent utiliser certains produits phytosanitaires particulièrement dangereux pour les humains, l'environnement ou encore les abeilles. Il existe quelques 380 de ces pesticides accessibles à toutes et tous sur le marché. Bien que les autorités souhaitent renforcer les critères d'homologation dans le cadre du Plan d'action produits phytosanitaires et que des restrictions ont été édictées dans ce domaine en 2020, Maya Graf (verts, BL) estime qu'une interdiction complète pour les amateurs d'accès aux produits particulièrement dangereux se justifie, au vue des quantités répandues. 10 pour cent de l'ensemble des produits phytosanitaires utilisés en Suisse le seraient par des non-professionnel.le.s. Selon l'élue bâloise, la manipulation de tels produits ne devrait être possible que pour les personnes ayant fait une formation professionnelle, le niveau d'information nécessaire à une utilisation correcte étant sinon lacunaire. Elle a donc lancé une motion à cet effet. Le texte prévoit également l'établissement d'une liste positive, répertoriant les produits pouvant être utilisés par les non-professionnel.le.s, et de faire en sorte que ces produits soient vendus dans des petits contenants prêts à l'emploi.
En chambre, le Conseil des Etats a, dans un premier temps, décidé de renvoyer ce texte en commission, suivant ainsi une motion d'ordre de Werner Salzmann (udc, BE) qui estimait que certains points méritaient d'être clarifiés.
C'est à une courte majorité (5 voix contre 4 et 3 abstentions) que la CER-CE a décidé d'apporter son soutien aux propositions de Maya Graf, arguant de la nécessité de poursuivre les efforts en matière de réduction des risques liés aux produits phytosanitaires. Une minorité s'y est opposée, voyant dans les efforts déjà entrepris et les mesures prévues par les autorités une action suffisante dans ce domaine. Lors du deuxième passage en chambre Adèle Thorens Goumaz (verts, VD) a défendu le texte de sa collègue de parti en soulignant que cela permettrait d'accompagner et d'encourager le Conseil fédéral dans les mesures qu'il prévoit de mettre en œuvre. Hannes Germann (udc, SH) a, lui, estimé que les problèmes posés par les produits phytosanitaires étaient d'ores et déjà bien considérés par les autorités, défendant ainsi la minorité. Cette position est également partagée par le collège gouvernemental, comme rappelé par Alain Berset. Au vote, la motion a été soutenue par une majorité de 20 parlementaires contre 15 (2 abstentions), alors que 8 membres de la chambre haute, majoritairement de droite, n'y ont pas pris part. Bien que le texte ait été accepté par une coalition hétéroclite de politicien.ne.s, ces absences ont certainement pesé dans la balance.

Le Conseil des Etats a débattu, lors de la session printemps, de l'initiative sur l'élevage intensif et du contre-projet direct du Conseil fédéral. Les arguments mobilisés par les deux camps n'ont pas fondamentalement été différents de ceux déjà invoqués jusqu'à présent dans le débat sur cette initiative qui veut améliorer le bien-être des animaux de rente. D'un côté, une alliance de membres des partis bourgeois (Centre, UDC et PLR) s'est opposée tant à l'initiative qu'au contre-projet, arguant que le bien-être animal est, en Suisse, bien plus élevé qu'à l'étranger. Le rapporteur de la CER-CE, Peter Hegglin (centre, ZG), a également dit redouter une augmentation des prix des produits provenant d'animaux dû, entre autres, à l'adaptation des infrastructures ne répondant pas aux normes que fixeraient l'initiative ou le contre-projet du Conseil fédéral. Il s'est, de plus, montré critique quant aux répercussions sur l'environnement que ces deux projets pourraient avoir avec, d'une part, le risque de voir une accélération du bétonnage des surfaces agricoles afin de garantir plus de places pour les animaux de rente et, d'autre part, une augmentation des émissions d'ammoniac induite par d'autres manières d'élever les animaux. A côté de cela, le conseiller aux Etats zougois a rappelé que l'initiative était contraire à certaines règles édictées par l'OMC et qu'il serait particulièrement difficile de contrôler les modes de production à l'étranger, comme demandé par les initiant.e.s.
De l'autre côté de l'échiquier politique, plusieurs voix ont défendu l'initiative et le contre-projet du Conseil fédéral. Soutenant l'initiative, la verte Adèle Thorens Goumaz (VD) a rappelé certains faits concernant les pratiques d'élevage en Suisse, relevant notamment que 50 pour cent des porcs «ne voient jamais le soleil dans notre pays, ni ne sentiront jamais la terre ou l'herbe sous leurs pattes». Enchainant les exemples, elle a présenté une situation dissonante avec l'image que se font les consommatrices et consommateurs de l'élevage en Suisse, façonnée à grand renfort de marketing publicitaire. Selon elle, le délai de 25 ans laissé aux agricultrices et agriculteurs pour s'adapter est suffisant, alors même qu'il faudra à l'avenir consommer moins de viande pour espérer respecter l'Accord de Paris sur le climat. Dépeignant une initiative qui n'est pas extrême, car se fondant sur des pratiques existantes et laissant un long temps d'adaptation, la sénatrice vaudoise a proposé à ses collègues de donner un avis favorable à l'initiative ou, à défaut, au contre-projet direct du Conseil fédéral.
Roberto Zanetti (ps, SO) s'est donné la tâche de défendre ce dernier, avant la prise de parole du conseiller fédéral Alain Berset. Rappelant que ce contre-projet direct du Conseil fédéral laisserait une grande marge de liberté à l'organe législatif, il estime que rehausser le bien-être animal est également un moyen d'améliorer les standards de qualité des produits agricoles suisses ; un critère important pour la production helvétique qui lui permettrait de se distinguer de la concurrence au niveau international. Il a également mentionné certains cas problématiques d'entrave au bien-être animal, citant une étude récemment publiée par l'Université de Berne concluant que 97 pour cent des poules pondeuses ont des fractures multiples au niveau de la poitrine ; des fractures douloureuses probablement dues à la surproduction d'œufs. Quant à la mise en application de ce texte, le sénateur socialiste s'appuie sur les dires du Conseil fédéral qui estime que les changements structurels dans l'agriculture mèneront forcément à des coûts pour de nouveaux aménagements ; les montants supplémentaires dus à la mise en œuvre de cet article constitutionnel ne seraient donc pas très élevés. Roberto Zanetti a fait remarquer que, lors de la procédure de consultation, ce projet a obtenu le soutien de 15 cantons, ainsi que des vétérinaires cantonaux et des associations de protection des consommateurs. De son côté, Alain Berset a défendu un contre-projet direct qui permettrait d'inscrire le bien-être animal au niveau constitutionnel, alors qu'il n'est présent que dans la législation. Le ministre chargé des questions vétérinaires a souhaité clairement distinguer l'initiative du contre-projet, qui diffèrent en de nombreux points, le texte des autorités étant bien plus modéré et plus facilement adaptable. Ce projet permettrait également d'aller devant le corps électoral avec une alternative à l'initiative, de quoi réduire le risque d'une acceptation, redoutée par le Conseil fédéral, de cette dernière.
Son argumentaire n'aura pas suffi à convaincre les sénatrices et sénateurs qui ont balayé tant le contre-projet direct du Conseil fédéral que l'initiative ; le premier l'étant par 30 voix contre 14 et la seconde par 32 voix contre 8 et 4 abstentions. La population ne sera donc amenée à voter que sur le texte de l'initiative.

Lors du vote final, les deux chambres ont confirmé leur recommandation à la population de rejet de l'initiative contre l'élevage intensif, le Conseil national par 106 voix contre 77 et 8 abstentions et le Conseil des Etats par 32 voix contre 8 et une abstention.

Les médias se sont faits l'écho de cette initiative, notamment sur sa temporalité et les projections à moyen terme de l'évolution de l'agriculture suisse. A quoi ressemblera-t-elle dans 25 ans, le temps accordé par les initiant.e.s pour s'adapter ? Mangera-t-on moins de viande, avec l'émergence de produits alternatifs, dont la viande de laboratoire ? Le bien-être animal sera-t-il renforcé, au fur et à mesure que notre conscience de la sentience, de la sensibilité, des animaux augmentera ? L'Aargauer Zeitung rappelle, à cet égard, que le bien-être animal n'était, 25 ans en arrière, de loin pas au même niveau qu'il l'est aujourd'hui, avec de nombreuses évolutions positives à plein d'égards, faisant ainsi dire à l'Union Suisse des Paysans (USP) que la réglementation actuelle est suffisante.

L'agriculture contractuelle de proximité (ACP) ne recevra pas d'aides ciblées comme proposé par la motion Sommaruga (ps, GE). Contrairement à sa chambre sœur, le Conseil des Etats a décidé par 25 voix contre 14 (1 abstention) de ne pas soutenir ce texte, suivant ainsi l'avis de la majorité de la CER-CE qui estime que suffisamment d'instruments existent aujourd'hui déjà. De plus, d'après la commission, il serait néfaste de favoriser un système plutôt que d'autres, tout autant bénéfiques pour la durabilité et la mise en valeur des produits. La minorité, défendue tant par Adèle Thorens Goumaz (verts, VD) que par le motionnaire lui-même (un texte qu'il avait déposé lorsqu'il siégeait au Conseil national), n'a eu aucune chance, malgré une argumentation axée sur les bienfaits de l'ACP, que ce soit au niveau de la santé des consommateurs, du soutien de la production locale ou de l'impact bénéfique sur le climat et l'environnement.

C'est par 34 voix contre 2 et une abstention que le Conseil des Etats s'est prononcé en faveur d'une meilleure indemnisation du ou de la partenaire d'exploitation en cas de divorce, alors que le Conseil fédéral s'y opposait. Guy Parmelin a justifié cette position en décrivant une proposition qui va trop loin et ne laisserait plus la liberté aux familles agricoles de choisir. Celles-ci seraient contraintes, soit de verser un salaire aux deux partenaires, soit de reverser une partie du revenu agricole ou, finalement, d'accorder au ou à la partenaire «le droit de recevoir une indemnité équitable en cas de divorce», comme expliqué par la rapporteuse de la CER-CE, Adèle Thorens Goumaz (verts, VD). Bien que la commission se soit interrogée sur l'applicabilité de ce texte, elle a estimé qu'il s'intégrait bien avec les autres propositions discutées simultanément, et particulièrement avec la motion 21.3374. Les motions 20.4574 et 19.3446 ayant trait à la situation des femmes dans l'agriculture ont également été débattues.