Anfang Juli 2017 legte der Bundesrat die Botschaft zur Volksinitiative «Schweizer Recht statt fremde Richter (Selbstbestimmungsinitiative)» vor. Die Regierung empfahl das Begehren ohne Gegenvorschlag zur Ablehnung. Als Hauptargumente führte sie die Gefahr negativer aussenpolitischer sowie aussenwirtschaftlicher Auswirkungen an. Sich über bestehende internationale Verträge hinwegzusetzen, entspreche nicht der Rechtskultur der Schweiz und untergrabe die Rechts- und Planungssicherheit. Zudem weise die Volksinitiative innere Widersprüche auf. Es sei bereits heute klar, dass die Bundesverfassung oberste Rechtsquelle ist. Der Gegensatz zwischen Landesrecht und Völkerrecht sei konstruiert: «Völkerrechtliche Verpflichtungen einzugehen, bedeutet keine Einschränkung, sondern Ausübung der nationalen Souveränität». Zwar gäbe es gemäss dem Bundesrat durchaus Spannungen zwischen Völker- und Landesrecht, insbesondere bei der Umsetzung von völkerrechtswidrigen Volksinitiativen, diese seien aber eher als Chance anzusehen, weil pragmatische und breit abgestützte Lösungsfindungen möglich seien, was mit der von der Initiative vorgeschlagenen starren Hierarchie hingegen verbaut würde. Die «in der Selbstbestimmungsinitiative enthaltene Ermächtigung zum Vertragsbruch» hätte nachteilige Auswirkungen für Wirtschaft und Aussenpolitik. Gerade der Kleinstaat Schweiz sei angewiesen auf völkerrechtliche Verträge, um nicht dem Recht des Stärkeren ausgeliefert zu sein. Nur wenn man sich selber an Verträge halte, könne man auch Zuverlässigkeit von anderen Vertragspartnern erwarten. Anstelle der versprochenen Klärung des Verhältnisses von Landesrecht und Völkerrecht würde man sich bei einer Annahme eher eine Erschwerung aufhalsen. Zudem würde die direkte Demokratie bei wichtigen Fragen damit nicht gestärkt, sondern geschwächt, weil man letztlich den Gerichten die Deutungshoheit überlassen müsste.
Vor der Presse wandte sich Justizministerin Simonetta Sommaruga mit deutlichen Worten gegen die Initiative. Sie warf den Initianten laut der Tribune de Genève vor, im Text vor allem hinsichtlich der Anwendung – wann genau herrscht ein Konflikt zwischen Landes- und Völkerrecht und wer entscheidet, ob ein Vertrag allenfalls gekündigt werden müsste – willentlich unpräzise geblieben zu sein, um die Verantwortung nicht übernehmen zu müssen («Les initiants sont restés volontairement flous pour ne pas assumer leurs responsabilités»). Während die SVP sich ob dem Entscheid des Bundesrates erbost zeigte, – Hans-Ueli Vogt (svp, ZH) gab seine Enttäuschung zu Protokoll, dass der Bundesrat nicht einsehen wolle, dass das Verhältnis zwischen Völkerrecht und Landesrecht problematisch sei und deshalb eine Lösung gefunden werden müsse – begrüssten Parteien, Wirtschaftsverbände und verschiedene Interessenorganisationen den Entscheid.

Die Wiedergutmachungsinitiative und der indirekte Gegenentwurf des Bundesrates in Form des Bundesgesetzes über die Aufarbeitung der fürsorgerischen Zwangsmassnahmen und Fremdplatzierungen vor 1981 waren in der Aprilsession 2016 Gegenstand der Beratung im Nationalrat. Der Bundesrat hatte dem Nationalrat drei Entwürfe vorgelegt: den Bundesbeschluss über die Volksinitiative, das Bundesgesetz als indirekten Gegenvorschlag und einen Bundesbeschluss über die Finanzierung der Solidaritätsbeiträge. Da im Fall der Volksinitiative Eintreten obligatorisch ist, drehte sich die Eintretensdebatte um die beiden letztgenannten Vorlagen. Die Mehrheit der RK-NR beantragte ihrem Rat Eintreten. Sie unterstütze die Ziele der Initiative, bevorzuge aber den indirekten Gegenvorschlag, da dieser rascher umgesetzt werden könne und schnelle Hilfe in Anbetracht des fortgeschrittenen Alters und des Gesundheitszustands vieler Opfer sinnvoll sei. Eine Kommissionsminderheit stellte einen Nichteintretensantrag. Sie war der Meinung, der Staat dürfe nicht einfach so ohne rechtliche Grundlage Geld verteilen, da Grundlage und Schranke staatlichen Handelns eben das Recht sei. Die rechtlichen Ansprüche der Opfer seien bereits verjährt und auch die Verjährung sei eine „Errungenschaft des Rechtsstaates“, führte Claudio Zanetti (svp, ZH) aus. Im Rat sprach sich nur aus der SVP-Fraktion eine Mehrheit für Nichteintreten aus. Fraktionssprecher Hans-Ueli Vogt (svp, ZH) erklärte, er gehe davon aus, dass alle Vorfahren nach bestem Wissen und Gewissen das für sie Richtige getan hätten und man sie dafür nicht verurteilen dürfe, nur weil die heutige Gesellschaft andere Anschauungen entwickelt habe. Mit einer deutlichen Mehrheit von 142 zu 28 Stimmen bei 10 Enthaltungen trat die grosse Kammer schliesslich auf die beiden Vorlagen ein.

In der Detailberatung ergänzte der Nationalrat das Bundesgesetz um zwei Bestimmungen. Erstens beschränkte er die Solidaritätszahlungen auf höchstens 25'000 Franken pro Opfer. Zweitens sollen Forderungen, die ihren Rechtsgrund unmittelbar in einer fürsorgerischen Zwangsmassnahme oder einer Fremdplatzierung haben und sich gegen die Opfer oder deren Angehörige richten, beispielsweise Heimkosten, mit Inkrafttreten des Gesetzes automatisch erlöschen. Die so abgeänderte Vorlage wurde mit 143 zu 26 Stimmen bei 13 Enthaltungen gutgeheissen. Matthias Aebischer (sp, BE) versprach, sich im Initiativkomitee für den Rückzug der Initiative stark zu machen, sollte der indirekte Gegenvorschlag im Parlament angenommen werden. Die beiden anderen Entwürfe wurden von der grossen Kammer diskussionslos angenommen. Damit schloss sich der Nationalrat dem Bundesrat an und empfahl die Initiative zur Ablehnung.