Am 1. November 2017 verabschiedete der Bundesrat die Gesamtschau zur mittelfristigen Weiterentwicklung der Agrarpolitik, deren Ziel es war, dass die Schweiz innerhalb der nächsten vier Jahre neue Handelsabkommen abschliessen sollte, was mit einem partiellen Abbau der Zölle für ausländische Agrarprodukte einhergehen würde. Der Schweizer Bauernverband (SBV) wehrte sich vehement gegen den angestrebten Zollabbau des Bundesrats. Ein Dorn im Auge war dem SBV insbesondere ein Satz auf Seite 59 der Gesamtschau: «Vor diesem Hintergrund wird der Bundesrat in der mittelfristigen Weiterentwicklung der Agrarpolitik einen Grenzschutzabbau im Agrarbereich anstreben, der die Preisdifferenz zwischen dem In- und Ausland um 30 bis 50 Prozent reduziert.» In einer gleichentags veröffentlichten Stellungnahme mit dem Titel «Bundesrat missachtet Volkswillen und will Landwirtschaft opfern» machte der SBV geltend, dass es für die Schweizer Bauern ohne Grenzschutz keine «auch nur annähernd kostendeckende Produzentenpreise» mehr geben würde, was auch die Direktzahlungen des Bundes nicht kompensieren könnten. Auch stehe der im September 2017 von der Stimmbevölkerung klar angenommene Verfassungsartikel über die Ernährungssicherheit im Widerspruch zu den agrarpolitischen Absichten des Bundesrates. Mehr Freihandel würde eine nachhaltige und tierfreundliche einheimische Produktion nicht stärken, im Gegenteil, dadurch würde sich der Strukturwandel verschärfen und der Rückgang von landwirtschaftlichen Betrieben weiter vorangetrieben, monierte der SBV. Der Bauernverband riet dem Bundesrat, die Gesamtschau zu «schreddern» – neue Ideen, nicht alte Ideologien seien gefragt. In einem Interview mit der Berner Zeitung verteidigte der zuständige Bundesrat Schneider-Ammann den Kurs des Bundesrates. Die EU stehe kurz vor einem Freihandelsabkommen mit den vier Staaten des Mercosur-Wirtschaftsraums (Brasilien, Argentinien, Paraguay und Uruguay), was es in Zukunft etwa der deutschen Industrie aufgrund von Zollreduktionen erlauben werde, viel billiger in diese Staaten zu exportieren. Wolle die Schweizer Wirtschaft im Exportmarkt gegenüber der europäischen Industrie konkurrenzfähig bleiben und keine Arbeitsplätze an die Nachbarstaaten verlieren, dann müsse man beim Mercosur-Abkommen nachziehen. Er versuchte die Bauern damit zu besänftigen, dass «kein Mensch von komplett zollfrei [redet]» und im äussersten Fall die Hälfte des heutigen Schutzes aufgegeben werden müsste. Niemand wolle die Landwirtschaft abschaffen, das sei eine masslose Übertreibung, so Schneider-Ammann. Zu beruhigen vermochte das den Bauernverband jedoch nicht; an der Jahresmedienkonferenz im Januar 2018 im solothurnischen Derendingen bekräftigte der SBV seine Haltung. «Fairer Handel statt Freihandel» war das Credo des Bauernverbandes, denn eine nachhaltige, umweltschonende und tierfreundliche Landwirtschaft sei nicht möglich zu Weltmarktpreisen.

Kurz darauf spitzte sich die Lage zwischen Bauernverbandspräsident Markus Ritter und Wirtschaftsminister Schneider-Ammann zu. Der SBV wollte bei Schneider-Ammann persönlich vorsprechen und bat in einem Brief um ein Gespräch, um die «Zusammenarbeit und die Kommunikation zu besprechen», so Ritter im St. Galler Tagblatt. Die Verbandsspitze hatte sich bei der Erarbeitung der Gesamtschau des Bundesrates übergangen gefühlt, da sie vorgängig nicht angehört worden sei. Schneider-Ammann schlug das Angebot jedoch aus: «Ein separates Treffen mit Vertretern des Bauernverbandes ist nicht geplant», liess sich das WBF in einigen Medien zitieren. Stattdessen wolle man im Februar 2018 alle Beteiligten an einen runden Tisch zum Mercosur-Agrar-Gipfel einladen, um ein Freihandelsabkommen mit dem südamerikanischen Wirtschaftsraum zu diskutieren. Diese Einladung schlug am 24. Januar 2018 wiederum der Bauernverband aus. Die Gesamtschau des Bundesrates stelle keine Grundlage für eine zukunftsfähige Landwirtschaft dar, hiess es in einer Medienmitteilung des SBV. Einige vom Bundesrat gemachte Annahmen seien «komplett unrealistisch», so etwa die Kostenentwicklung bei den meisten Vorleistungen oder was die Löhne für die landwirtschaftlichen Angestellten angehe. Hinzu komme, dass ein Plan fehle, wie die «massiven Verluste der Bauernfamilien» aufgefangen würden.

Nachdem der Mercosur-Agrar-Gipfel in Bern tatsächlich ohne Bauernverband abgehalten worden war – andere agrarwirtschaftliche Verbände wie die Schweizer Milchproduzenten, IP-Suisse, Bio-Suisse, die Agrarallianz oder Proviande hatten daran teilgenommen – äusserten die Medien Skepsis gegenüber der Strategie des SBV. «Trotzende Bauern befremden» übertitelte die «Nordwestschweiz» ihren Kommentar, in welchem der Bauernverband aufgefordert wurde, die Marktöffnung aktiv mitzugestalten, anstatt sich «trotzig im Reduit zu verschanzen». Die NZZ sprach von einem «Eigentor des Bauernverbands», weil die Bauern mit der Gesprächsverweigerung die Sympathien der breiten Bevölkerung und der Wirtschaft aufs Spiel setzen würden.

Im April 2018 reiste eine 50-köpfige Delegation unter der Leitung Schneider-Ammanns nach Südamerika in die Mercosur-Staaten, um Informationen aus erster Hand zu erhalten; auch dieser Reise blieb der SBV fern. Es war der negative Höhepunkt in der Beziehung zwischen dem Bauernverband und dem WBF; danach trat etwas Entspannung ein. Glaubt man den Mutmassungen in den Medien, so dürften insbesondere erste Zahlen in den Verhandlungen zwischen den Mercosur-Staaten und der EU dazu beigetragen haben. Nach aktuellstem Angebot wollte die EU jährlich einen Import von rund 100'000 Tonnen Rindfleisch zulassen; auf die Bevölkerung der Schweiz umgerechnet wären das rund 2'000 Tonnen Rindfleisch, dessen Import die Schweiz zu tieferen Zolltarifen zulassen müsste, würde das Schweizer Abkommen inhaltlich jenem der EU gleichen. Bei einem jährlichen Schweizer Konsum von 100'000 Tonnen Rindfleisch, wovon bereits heute 45'000 Tonnen importiert würden, scheine das verkraftbar, kommentierte die «Nordwestschweiz».

Ende April nahmen Schneider-Ammann und Ritter den Gesprächsfaden wieder auf und vereinbarten ein Treffen, bei dem es jedoch zu keiner sachlichen Einigung kam – Schneider-Ammann hielt nach wie vor an jenem Satz auf Seite 59 fest, aufgrund dessen der Bauernverband auf die Barrikaden gegangen war. Immerhin gestand Ritter anfangs Mai in der NZZ ein, dass er nicht grundsätzlich gegen Freihandel sei, dass es aber rote Linien gebe, beispielsweise solle auch in Zukunft zugunsten der Ernährungssicherheit der heutige Anteil der importierten Lebensmittel von rund 40 Prozent beibehalten werden und nicht weiter steigen. Zeit für eine «Versachlichung der Diskussion» bleibe, so Ritter, weil acht betroffene EU-Länder zum EU-Mercosur-Abkommen Vorbehalte geäussert hätten und damit jene Verhandlungen noch andauern dürften. Einig seien sich Schneider-Ammann und Ritter jedoch gewesen, dass es in der Kommunikation zwischen dem Bundesamt für Landwirtschaft (BLW) und dem Bauernverband Verbesserungspotenzial gebe; seither tausche man sich wieder aus.

Am 4. Juni 2018 wurde die Gesamtschau des Bundesrates im Nationalrat behandelt und mit 108 zu 74 Stimmen (7 Enthaltungen) zur Überarbeitung an den Bundesrat zurückgewiesen, womit sich die Aggrarlobby im Parlament vorerst gegen den Bundesrat durchsetzen konnte.

In seiner Botschaft zum Bundesbeschluss über die finanziellen Mittel für die Landwirtschaft in den Jahren 2018-2021 beantragte der Bundesrat im Herbst 2016, auch in der Landwirtschaft den Gürtel enger zu schnallen. Konkret beabsichtigte er, für die Jahre 2018-2021 für die Massnahmen zur Grundlagenverbesserung und für die Sozialmassnahmen CHF 563 Mio. als Höchstbeitrag festzulegen, für Massnahmen zur Förderung von Produktion und Absatz die Grenze bei CHF 1'730 Mio. zu setzen sowie für Direktzahlungen CHF 10'985 Mio. zu budgetieren. Insgesamt lag somit der vorgeschlagene Finanzrahmen bei CHF 13.278 Mrd. und damit um CHF 514 Mio. oder 3.7 Prozent tiefer als die effektiven Ausgaben in der vorangegangenen Periode (CHF 13.792 Mrd.). Da weniger Betriebe als erwartet an den Programmen des Bundesamts für Landwirtschaft teilgenommen hatten, war der maximale Zahlungsrahmen für die Periode von 2014-2017 von CHF 13.830 Mrd. nicht vollständig ausgeschüttet worden, was dazu führte, dass die effektiven Ausgaben bei CHF 13.792 Mrd. zu liegen kamen.
Grund für die Kürzungen waren gemäss Bundesrat Schneider-Ammann der Voranschlag 2015 sowie das Stabilisierungsprogramm 2017-2019, zwei Sparpakete, welche die Bundesfinanzen entlasten sollten. In der nationalrätlichen Diskussion traf der Vorschlag aber auf Widerstand. Die Kommissionsmehrheit beantragte, die finanziellen Mittel für die Landwirtschaft auf demselben Niveau zu belassen wie in den Jahren zuvor und auf Sparmassnahmen in der Landwirtschaft zu verzichten. Dieser Antrag wurde mit 14 zu 8 Stimmen bei 2 Enthaltungen auch von der Mehrheit der Finanzkommission unterstützt. Da die Bauern und Bäuerinnen dabei seien, die Agrarpolitik 2014-2017 umzusetzen, wäre der Zeitpunkt für Sparmassnahmen denkbar schlecht. Weiter würden mit den Einsparungen Betriebe bestraft, die sich an die neuen Gegebenheiten angepasst und Investitionen getätigt haben. Zudem sei die finanzielle Lage von vielen Betrieben wegen der sinkenden Preise ohnehin schon sehr schwierig, so die Argumentation der Kürzungskritiker.
Eine Minderheit der WAK-NR beantragte analog zum Bundesrat den Zahlungsrahmen gesamthaft bei CHF 13.278 Mrd. festzulegen. In der Schlussabstimmung entschied sich der Nationalrat mit 119 zu 59 Stimmen (10 Enthaltungen) dafür, auf Sparmassnahmen in der Landwirtschaft zu verzichten und die finanziellen Mittel auf dem Niveau der Vorjahre zu belassen. Die Mehrheit setzte sich aus den geschlossen stimmenden SVP-, BDP- und CVP-Fraktionen sowie Stimmen aus allen anderen Lagern zusammen.