In der Herbstsession 2021 nahm sich der Ständerat als Zweitrat der Änderung des DNA-Profil-Gesetzes an. Er trat ohne Gegenantrag auf das Geschäft ein. Wie bereits den Nationalrat beschäftigte auch den Ständerat die Frage, welche äusserlichen Merkmale für die Phänotypisierung aus einer DNA-Spur ermittelt werden dürfen bzw. ob die Liste im Gesetz abschliessend sein soll. Der Bundesrat hatte im Entwurf eine Delegationsnorm vorgesehen, die es ihm erlaubt, in Abhängigkeit vom technischen Fortschritt weitere äusserliche Merkmale – zusätzlich zu den im Gesetzestext explizit genannten Augen-, Haar- und Hautfarbe, biogeografische Herkunft und Alter – für die Phänotypisierung zuzulassen. Der Nationalrat hatte diese Bestimmung entgegen dem Antrag seiner Kommissionsmehrheit bestätigt. Der Ständerat tat es ihm nun gleich; die Minderheit Sommaruga (sp, GE), die die Streichung der Delegationsnorm forderte, unterlag mit 26 zu 17 Stimmen. Anders als die Volkskammer sprach sich der Ständerat indes gegen die generelle Möglichkeit aus, nach einem Suizid ein DNA-Profil der toten Person zu erstellen. Für die vorberatende RK-SR sei eine solche Stigmatisierung von Suiziden unverständlich, zumal sich die meisten Suizide ohne vorherige Straftat ereigneten, erläuterte Kommissionssprecher Beat Rieder (mitte, VS). Bestünden Anzeichen auf einen Zusammenhang mit einer Straftat, könne die Staatsanwaltschaft bereits nach geltendem Recht ein DNA-Profil erstellen lassen. Die kleine Kammer folgte ihrer Kommission diesbezüglich stillschweigend und kehrte damit zur bundesrätlichen Version zurück. Differenzen zur Fassung des Bundesrats schuf der Ständerat hingegen bei den Regeln über die Löschung von DNA-Profilen. Einerseits entschied die Kantonskammer, dass DNA-Profile von Beschuldigten im Falle eines Freispruchs, einer Nichtanhandnahme oder einer Einstellung des Verfahrens nur mit Genehmigung des Zwangsmassnahmengerichts weiter aufbewahrt werden dürfen. Der Bundesrat wollte diese Entscheidung der Staatsanwaltschaft überlassen. Justizministerin Karin Keller-Sutter brachte der ständerätlichen Lösung Skepsis entgegen, verzichtete angesichts des einstimmigen Kommissionsbeschlusses jedoch auf eine Abstimmung und kündigte an, die Frage im Nationalrat noch einmal zur Diskussion zu bringen. Andererseits setzte der Ständerat die Löschfrist für DNA-Profile von schuldunfähigen Täterinnen und Tätern auf zwanzig Jahre fest. Der Bundesrat hätte diese Frist, so die EJPD-Chefin, in der Verordnung regeln wollen, begrüsste aber die «grössere Klarheit und Transparenz» des Kommissionsantrages, worauf dieser stillschweigend gutgeheissen wurde. Als Letztes diskutierte die kleine Kammer die Frage, bei welchen Delikten Phänotypisierung und Verwandtenrecherche eingesetzt werden dürfen. Der Nationalrat hatte den bundesrätlichen Vorschlag gutgeheissen, der diese Methoden für alle Verbrechen, d.h. Delikte mit Strafandrohung von mehr als drei Jahren Freiheitsstrafe, vorgesehen hatte. Der ständerätlichen Kommission war dieser Anwendungsbereich zu breit; sowohl die Mehrheit als auch die Minderheit beantragten daher die Einführung eines – mehr oder weniger umfassenden – Deliktkatalogs. Mit 31 zu 12 Stimmen nahm der Ständerat den enger gefassten Katalog der Kommissionsmehrheit an, der nur die schwersten Delikte abdeckt, insbesondere Gewalt- und Sexualdelikte. Nicht anwendbar sein sollen die neuen Ermittlungsverfahren demnach bei Vermögensdelikten wie Diebstahl oder Hehlerei. Dem so angepassten Entwurf stimmte die Ständekammer in der Gesamtabstimmung einstimmig zu.

In der Herbstsession 2021 überwies der Nationalrat mit 120 zu 66 Stimmen ein 2019 eingereichtes Postulat Vitali (fdp, LU) – in der Zwischenzeit übernommen von Marcel Dobler (fdp, SG) – mit der Forderung nach einem verhältnismässigen BÜPF. Als unverhältnismässig sah der Postulant konkret die Pflichten an, die Anbieterinnen von Fernmeldedienstleistungen durch das BÜPF auferlegt werden, sowie die dadurch verursachten Kosten. Insbesondere für KMU seien diese Pflichten schwer stemmbar, weshalb eine Entlastung geprüft werden müsse. Der Bundesrat soll in einem Bericht Massnahmen aufzeigen, wie das BÜPF KMU-freundlicher umgesetzt werden könne. Der Bundesrat hatte in diesem Postulat keinen Mehrwert gesehen und aus diesem Grund dessen Ablehnung beantragt. Im Ratsplenum hatte Justizministerin Karin Keller-Sutter zuvor ausgeführt, dass gegenwärtig vier Kategorien von Mitwirkungspflichtigen im Gesetz verankert seien. Jedes KMU könne einen Herabstufungsantrag stellen und werde mit grosser Wahrscheinlichkeit eine Pflichtenreduktion erhalten.

Der Nationalrat widmete sich in seiner Sondersession im Mai 2021 als Erstrat der Änderung des DNA-Profil-Gesetzes, mit der eine gesetzliche Grundlage für die Phänotypisierung, d.h. das Auslesen bestimmter äusserer Merkmale der gesuchten Person aus einer DNA-Spur, geschaffen werden sollte. Eine Grüne Minderheit beantragte Nichteintreten, weil ihr der vorliegende Entwurf zu weit ging; sie hätte angesichts der Schwere des damit verbundenen Grundrechtseingriffs einen enger eingegrenzten Anwendungsbereich für die Methode als geboten erachtet. Es sei nicht Aufgabe der Politik, «in vorauseilendem Gehorsam den ganzen Wunschkatalog der Strafverfolgungsbehörden zu erfüllen», appellierte Minderheitssprecherin Marionna Schlatter (gp, ZH) an den Rat. Bundesrätin Karin Keller-Sutter relativierte, es handle sich nicht um einen schweren Grundrechtseingriff, weil es sich bei den ausgewerteten Daten nicht um jene einer bestimmten Einzelperson, sondern um eine anonyme Spur handle. Zudem seien die ausgewerteten äusserlichen Merkmale «für jedermann sichtbar, wie für einen Augenzeugen». Gegen den Widerstand der geschlossenen Grünen Fraktion sowie der hälftig gespaltenen SP-Fraktion trat der Nationalrat mit 137 zu 43 Stimmen bei 6 Enthaltungen auf die Vorlage ein.
Inhaltlich befasste sich der Nationalrat zunächst mit der gesetzlichen Verankerung der Verwandtenrecherche, d.h. die Durchsuchung der DNA-Datenbank nach Personen, deren DNA-Profil grosse Ähnlichkeit zur gefundenen Spur aufweist und die daher mit der Spurenlegerin oder dem Spurenleger verwandt sein könnten. Drei linke Minderheitsanträge, die auf strengere Voraussetzungen und einen engeren Anwendungsbereich für die Verwandtenrecherche zielten, wurden von der bürgerlichen Ratsmehrheit deutlich abgelehnt. Als Zweites diskutierte die grosse Kammer mit der Phänotypisierung den eigentlichen Kern des Geschäfts. Auch hier wurden mehrere Minderheitsanträge aus den Reihen der SP und der Grünen zur Eingrenzung des Anwendungsbereichs und für strengere Voraussetzungen für den Einsatz dieser Ermittlungsmethode von der bürgerlichen Ratsmehrheit verworfen. Erfolgreich war hingegen einzig eine Minderheit Riniker (fdp, AG), die befürwortete, dass der Bundesrat in Abhängigkeit vom technischen Fortschritt künftig weitere äusserlich sichtbare Merkmale – neben den explizit genannten Merkmalen Augen-, Haar- und Hautfarbe, biogeografische Herkunft und Alter – für die Phänotypisierung zulassen kann. Die Kommissionsmehrheit hätte diese Delegationsnorm gegenüber dem bundesrätlichen Entwurf streichen wollen, sodass neue Merkmale nur über eine Gesetzesänderung hätten hinzugefügt werden können, unterlag aber mit 97 zu 88 Stimmen bei 2 Enthaltungen ebenfalls der bürgerlichen Stimmkraft. Als einzige materielle Änderung gegenüber dem Entwurf des Bundesrats nahm der Nationalrat einen Artikel ins DNA-Profil-Gesetz auf, demzufolge nach Suizid ein DNA-Profil der verstorbenen Person erstellt werden kann, das nach einem Jahr wieder gelöscht wird, sofern der Abgleich mit der DNA-Datenbank keinen Treffer hervorbringt. Bundesrätin Keller-Sutter und eine Minderheit Riniker vertraten vergebens die Ansicht, diese Norm schiesse übers Ziel hinaus. Gemäss geltender Strafprozessordnung könne nach Suizid bereits ein DNA-Profil erstellt werden, wenn Anzeichen vorliegen, dass die tote Person in ein Delikt verwickelt sein könnte, erklärte die Justizministerin. Das Ansinnen, in jedem Fall von Suizid – also auch ohne jegliche Hinweise auf eine Straftat – ein DNA-Profil zu erstellen, bezeichnete sie als eine «fishing expedition». Mit 126 zu 59 Stimmen liess sich der Nationalrat gegen den Widerstand der FDP- und der Grünen Fraktion dennoch darauf ein. Bezüglich der Löschfristen für DNA-Profile lehnte die grosse Kammer sämtliche Minderheitsanträge für eine Verlängerung oder Verkürzung ab und übernahm die Vorschläge des Bundesrats unverändert. In der Gesamtabstimmung nahm der Nationalrat die Vorlage mit 125 zu 54 Stimmen bei 12 Enthaltungen an. Die Grüne Fraktion, die sich schon gegen Eintreten ausgesprochen hatte, lehnte das Geschäft auch in der Gesamtabstimmung geschlossen ab, ebenso jene zwei Drittel der SP-Fraktion, die sich nicht der Stimme enthielten.