Die beiden Räte konnten in der Wintersession 2021 die letzte Differenz bei der Änderung des FIFG ausräumen. Einmal mehr vermochte sich der Ständerat durchzusetzen, womit sich die Umsetzungspartner künftig mit einer Bandbreite von 40 bis 60 Prozent am von Innosuisse unterstützten Projekt beteiligen müssen.
In den Schlussabstimmungen nahmen die Räte den Entwurf jeweils einstimmig an.

Nachdem der Ständerat zu Beginn der Herbstsession 2021 die Änderung des FIFG beraten und einige Differenzen zum Nationalrat geschaffen hatte, beugte sich die grosse Kammer knapp zwei Wochen später und damit noch in derselben Session bereits wieder über die Vorlage. Die Differenz betreffend die Besteuerung von Stipendien an Nachwuchsforschende konnte rasch behoben werden. Hier folgte der Nationalrat dem Beschluss des Ständerates. Dadurch unterliegen diese Stipendien nun der ordentlichen Besteuerung. Der vom Ständerat aufgrund der Nicht-Assoziierung an Horizon Europe eingefügte Passus betreffend die Förderung von Projekten mit grossem Innovationspotenzial von Jungunternehmen wurde vom Nationalrat ebenso gutgeheissen. Die letzte Differenz betraf die Bandbreite der finanziellen Beteiligung der Umsetzungspartner. Minderheitssprecher Keller (svp, NW), der sich wie der Bundesrat und der Ständerat für eine Beteiligung der Umsetzungspartner in der Höhe von 40 bis 60 Prozent aussprach, erläuterte, dass er eine tiefere finanzielle Beteiligung der Umsetzungspartner für nicht ausgewogen halte; Innosuisse respektive der Bundeshaushalt werde dazu zu stark belastet. Zudem stelle sich die Frage, wie innovativ und zukunftsfähig ein Projekt überhaupt sei, das nur zu 30 Prozent selber finanziert werden könne. Christian Wasserfallen (fdp, BE), der die Position der Mehrheit der WBK-NR vertrat, sprach sich hingegen für eine Bandbreite von 30 bis 50 Prozent aus und begründete dies mit der Tatsache, dass eine tiefere Beteiligung der Industriepartner dafür sorgen könne, dass auch Projekte aus Disziplinen, die nicht sehr wertschöpfungsintensiv seien, umgesetzt werden könnten.
Der Nationalrat folgte dem Antrag der Mehrheit und blieb damit bei einer niedrigeren Beteiligung als dies der Ständerat zuvor gefordert hatte. Diese letzte Differenz konnte folglich nicht bereinigt werden.

Der Ständerat beugte sich als Zweitrat im September 2021 über die Änderung des FIFG. Benedikt Würth (mitte, SG) stellte die Vorlage vor und erläuterte die Beschlüsse der vorberatenden WBK-SR. Die Kommission war zum Schluss gekommen, dass sie dem Nationalrat in der Frage der Obergrenze der Reserven von Innosuisse folgen will. Sie hatte aber drei Differenzen zum Nationalrat geschaffen. Zum einen hatte sie sich dafür ausgesprochen, dass Stipendien an Nachwuchsforschende der Besteuerung unterliegen sollen. Dies entspreche dem Grundsatz der Rechtsgleichheit, argumentierte die Kommission, die damit dem Vorschlag des Bundesrates gefolgt war. Die Vorlage des Bundesrates unterstützte die WBK-SR zum anderen auch mit ihrem Entscheid zur Höhe der Beteiligung der Umsetzungspartner, also derjenigen Firmen, die sich an von Innosuisse geförderten Projekten beteiligen. Sie hatte sich dafür eingesetzt, dass deren Beteiligung bei einer Bandbreite von 40 bis 60 Prozent bleiben soll; damit wollte die Kommission eine höhere Beteiligung als der Nationalrat, der diese bei 30 bis 50 Prozent ansetzen wollte. Darüber hinaus hatte sich die Kommission dafür entschieden, aufgrund der problematischen Situation in Bezug auf die Nicht-Assoziierung der Schweiz an das EU-Forschungsprogramm «Horizon Europe» eine neue Bestimmung einzufügen. Mit dieser neuen Bestimmung soll es der Innosuisse ermöglicht werden, Projekte mit grossem Innovationspotenzial von Jungunternehmen sowie von KMU zu fördern. Dies sei notwendig geworden, weil die fehlende Assoziierung auch die Innovationsförderung treffe. Bundesrat Parmelin zeigte sich mit den Anträgen der WBK-SR einverstanden, auch den neu hinzugefügten Artikel betreffend Horizon Europe schätzte er als sinnvoll ein. Der Ständerat folgte seiner Kommission anschliessend in allen Punkten und stimmte der Vorlage in der Gesamtabstimmung einstimmig zu.

Der Nationalrat befasste sich in der Sommersession 2021 mit der Änderung des FIFG, durch welche die Innosuisse mehr Flexibilität erhalten soll. Der Nationalrat folgte dabei in weiten Teilen dem Vorschlag des Bundesrates, stimmte aber auch einigen wichtigen Änderungsanträgen der Mehrheit der vorberatenden WBK-NR zu. So sprach sich die grosse Kammer etwa dafür aus, dass sich Firmen (die sogenannten Umsetzungspartner) mit 30 bis 50 Prozent Eigenleistung finanziell an von der Innosuisse geförderten Projekten beteiligen müssen. Der Bundesrat hatte eine Bandbreite von 40 bis 60 Prozent vorgeschlagen und wollte die Umsetzungspartner damit stärker zur Kasse bitten. Weiter erhöhte der Nationalrat auch die Obergrenze der Reserven, welche die Innosuisse halten darf. Schliesslich entschied die grosse Kammer – entgegen dem Antrag des Bundesrates –, dass als Stipendien ausgerichtete Forschungs- und Förderbeiträge, die der SNF oder Innosuisse an Nachwuchsforschende vergeben, nicht versteuert werden müssen. In der Gesamtabstimmung sprach sich die grosse Kammer einstimmig, und zwar mit 186 zu 0 Stimmen, für die Gesetzesänderung aus.

Im Februar 2021 präsentierte der Bundesrat seine Botschaft zur Änderung des FIFG (BRG 21.026). Das Hauptziel dieser Gesetzesrevision lag darin, der Schweizerischen Agentur für Innovationsförderung Innosuisse bei ihrer Förderpraxis mehr Handlungsspielraum und Flexibilität zu geben. Neu sollen sich Unternehmen, welche bei der Förderung von Innovationsprojekten als Umsetzungspartner fungieren, mit 40 bis 60 Prozent an den Gesamtkosten beteiligen. Im Ausnahmefall soll die Innosuisse auch eine höhere oder tiefere Beteiligungsquote festlegen können. Bisher beteiligten sich die Unternehmen in der Regel zu 50 Prozent an den Kosten. Eine weitere vorgeschlagene Neuerung bestand darin, dass Innosuisse künftig Innovationsprojekte von Start-ups direkt finanzieren kann. Bisher war nur eine indirekte Förderung möglich – beispielsweise in den Bereichen Coaching oder Weiterbildung. Mit dieser gesetzlichen Anpassung soll der Start-up-Szene in der Schweiz zusätzlicher Schub verliehen werden. Zudem soll die Innosuisse auch «bei der Nachwuchsförderung, bei der Förderung des wissenschaftsbasierten Unternehmertums und dem Wissens- und Technologietransfer sowie bei der Entschädigung für indirekte Forschungskosten (Overhead) bei vom Bund unterstützten Technologiekompetenzzentren» mehr Möglichkeiten erhalten. Daneben schlug der Bundesrat auch noch weitere kleinere Änderungen des FIFG vor.

Le Conseil des Etats a dans l'ensemble suivi les décisions du Conseil national quant à la modification de la loi sur l'Agence suisse pour l’encouragement de l’innovation (InnoSuisse). Deux points ont cependant été discutés: la possibilité de réélection des membres du conseil: les sénateurs ont souhaité la limiter à un seul mandat supplémentaire. De plus, le Conseil des Etats a préféré s'en tenir à la version du Conseil fédéral en ce qui concerne le budget: les réserves ne devraient pouvoir en excéder 10%. De retour au Conseil national, l'objet tel que voulu par le Conseil des Etats a été accepté à l'unanimité. La modification finale de la loi a été approuvée par les deux chambres lors de la session d'été 2017. Le Conseil national l'a plébiscitée à 130 voix contre 65 avec une abstention et le Conseil des Etats à 41 voix contre 3, sans abstentions. Dans les deux conseils les voix contre provenaient du camp agrarien.

Grâce à la loi fédérale sur l’encouragement de la recherche et de l’innovation (LERI), le Conseil fédéral soutient le transfert de savoir des hautes écoles helvétiques vers les entreprises. Ce pont, essentiel pour l’économie suisse, dynamise la capacité d’innovation des entreprises, leur compétitivité et donc l’emploi en Suisse. La Commission pour la technologie et l’innovation (CTI) correspond à l’un des organes clés de ce système à succès. Cependant, au cours des dernières années, de nombreuses interventions parlementaires ont remis en question le fonctionnement de cette commission extraparlementaire. Plus précisément, l’adoption d’une motion du conseiller aux Etats Félix Gutzwiller (plr, ZH) a permis au Conseil fédéral de proposer une réforme en profondeur des structures de la CTI. En outre, un rapport conduit par le Secrétariat d’Etat à la formation, à la recherche et à l’innovation (SEFRI) a souligné la nécessité d’une réforme des structures de gouvernances de la Commission. Ce rapport a non seulement appuyé la nécessité d’une réforme, mais aussi orienté le projet élaboré par le Département de l’économie, de la formation et de la recherche (DEFR).
Le Conseil fédéral propose ainsi un projet de loi sur l’Agence suisse pour l’encouragement de l’innovation (InnoSuisse). L’objectif concret est la transformation de la CTI en un établissement fédéral de droit public. Cette agence InnoSuisse devrait permettre de faire face aux défis liés à l’encouragement de l’innovation. Si InnoSuisse reprend principalement les tâches assignées à la CTI, deux modifications majeures doivent permettre d’augmenter l’efficacité de cet organe. Premièrement, ce nouveau projet permet une séparation nette entre gestion stratégique et opérationnelle, et garantit l’indépendance de la surveillance. Deuxièmement, en adéquation avec la volonté de combattre la pénurie de personnels qualifiés, InnoSuisse soutient la relève par l’intermédiaire de bourses allouées à des diplômés de hautes écoles.
La Commission de la science, de l’éducation et de la culture de la chambre basse (CSEC-CN) s’est penchée sur l’objet du Conseil fédéral. Par 16 voix contre 7 et 1 abstention, la CSEC-CN propose à son conseil d’adopter le projet de loi fédérale InnoSuisse. Elle propose néanmoins certaines modifications. Tout d’abord, l’un des principaux points de discussion a concerné l’organisation du conseil de l’innovation. La CSEC-CN s’est positionnée en faveur de la possibilité d’un double renouvellement de mandat afin de garantir continuité et compétence. Mais aussi, une minorité a argumenté en faveur de la composition de ce conseil. Elle estime qu’il devrait représenter la diversité sociodémographique helvétique. A l’opposé, la majorité de la commission a considéré que la compétence devait s’imposer comme unique critère de sélection. Ensuite, la CSEC-CN s’est félicitée de la nouvelle possibilité de créer des réserves sur les contributions fédérales. Néanmoins, elle propose d’augmenter le plafond des réserves à 15 pour cent au lieu de 10 pour cent. Ces réserves garantissent une vision à long-terme et une marge de manœuvre plus grande. Finalement, une minorité a proposé la mise en place de prêts sans intérêts, en plus des bourses, pour le soutien de la relève.
En tant que conseil prioritaire, la chambre basse s’est prononcée sur la question en premier. Fathi Derder (plr, VD), porte-parole de la CSEC-CN, a accentué l’importance de l’innovation pour l’économie suisse. De plus, il a précisé que le projet InnoSuisse permettait un gain de souplesse et d’efficacité, mais ne constituait pas une révolution de l’entrepreunariat scientifique. L’agence s’inscrit ainsi, selon lui, dans la continuité de la CTI. Plusieurs propositions ont vu le jour lors du débat. Premièrement, l’UDC souhaitait stabiliser les frais de fonctionnement. Cette proposition a été rejetée par 126 voix contre 68. Deuxièmement, la gauche désirait une représentation des partenaires sociaux dans le conseil d’administration. Par 139 voix contre 49, la chambre du peuple a refusé cette proposition. Troisièmement, la proposition de pouvoir renouveler le mandat des membres du conseil de l’innovation deux fois, au lieu d’une, a fait son chemin jusqu’à être acceptée par 138 voix contre 54. Finalement, sur le projet d’ensemble, le Conseil national a accepté l’objet par 125 voix contre 66. Seul les membres de l’UDC se sont opposés à cette transformation de la CTI en Agence InnoSuisse.

Après une année particulière en 2012, le Conseil fédéral a repris un rythme quadriennal avec son message relatif à l’encouragement de la formation, de la recherche et de l’innovation (FRI) 2013-2016. Le gouvernement, convaincu de la priorité politique de ces domaines, a proposé de leur affecter 23’878 millions de francs. Cette enveloppe budgétaire correspond à une croissance annuelle nominale des crédits de 3,7% en moyenne. Ce message, composé de 11 arrêtés financiers, vise le maintien de la position de la Suisse à la pointe de l’échiquier international. Il concerne plus précisément la formation professionnelle, les hautes écoles et universités, telles que EPF, HES ou encore Hautes Ecoles Cantonales, la recherche, à travers la Commission pour la Technologie et l’Innovation (CTI) et le Fonds National Suisse (FNS). Recommandé par les Commissions de la science, de l’éducation et de la culture des deux chambres (CSCE), ce texte a cependant suscité le débat. La Commission du Conseil des Etats a proposé un budget de 29,22 milliards de francs, ainsi qu’un rehaussement du plafond des dépenses de certaines institutions, alors que la Commission du Conseil national a proposé un budget allant jusqu’à 30,09 milliards de francs. En outre, toutes les deux ont plaidé pour un lissage du budget, mettant en exergue les dangers d’un financement irrégulier. Aux yeux des parlementaires, ce sont les modalités d’application qui ont alimenté le débat. Tout d’abord, l’enveloppe de 23,878 milliards de francs a été jugée insuffisante au vu de la concurrence internationale accrue, ainsi que du nombre croissant d’étudiants. Mais surtout, c’est la proposition de financement progressif sur quatre ans du Conseil fédéral qui a posé problème. Beaucoup ont estimé que le caractère irrégulier du financement risquait de mettre en difficulté les programmes de recherche, de limiter les emplois académiques et de réduire le niveau très élevé de la formation. Ils ont ainsi proposé un lissage du budget à la place du système de stop and go.

Anfang des Berichtsjahrs nahm die Kommission für Technologie und Innovation (KTI) ihre Funktion als verwaltungsunabhängige, entscheidungsfähige Behördenkommission auf. Für ihre reguläre Fördertätigkeit zugunsten der anwendungsorientierten Forschung setzte die KTI insgesamt 110,8 Mio. CHF ein. Dazu vergab sie im Rahmen der flankierenden Massnahmen gegen den starken Franken zwischen Oktober und Dezember weitere 114,5 Mio. CHF an Projektkrediten. Bei ihrer regulären Fördertätigkeit beurteilte die KTI 520 Gesuche, von denen 293 bewilligt wurden. Im Rahmen der Sonderförderung gingen 1064 Förderanträge ein, von denen 545 beurteilt und 246 unterstützt wurden. Knapp 70% aller geförderten Projekte wurden von KMU eingereicht und stammten hauptsächlich aus dem Bereich der Ingenieurwissenschaften, der Life sowie der Enabling Sciences.

Mit dem zweiten Konjunkturpaket, welches National- und Ständerat in der Frühjahrssession verabschiedeten, wurde das Budget der KTI für 2008-2011 um 21,5 Mio Fr. erhöht. Die zusätzlichen Mittel werden für Forschungs- und Entwicklungsprojekte, welche einzelne Unternehmen zusammen mit Fachhochschulen, der ETH oder anderen Instituten betreiben, eingesetzt. Zudem haben kleinere und mittlere Unternehmen (KMU), die erstmals in Forschung und Entwicklung investieren wollen, die Möglichkeit, für Leistungen einer Hochschule oder eines anderen öffentlichen Forschungsinstitutes einen zusätzlichen Beitrag von maximal 7500 Fr. zu beantragen.

Im Dezember verabschiedete der Bundesrat die Botschaft zur Teilrevision des Bundesgesetzes über die Forschung. Die Kommission für Technologie und Innovation (KTI) des Bundes wird zu einer verwaltungsunabhängigen Behördenkommission mit eigenen Entscheidkompetenzen. Die Revision wurde in der Vernehmlassung grundsätzlich begrüsst, es gab aber auch kritische Voten zum Entwurf des Bundesrates. Die Rektorenkonferenz der Schweizer Universitäten (CRUS) und die Rektorenkonferenz der Fachhochschulen (KFH) pochten auf mehr Unabhängigkeit für die KTI. Nach den Vorstellungen der CRUS sollte die KTI wie der Nationalfonds als privatrechtliche Stiftung organisiert werden. Positiv wurde die Vorlage von der SP, der CVP und den Grünen beurteilt. Die FDP verlangte dagegen eine Überarbeitung des Entwurfs und die SVP forderte eine Totalrevision des Forschungsgesetzes. Sie möchte insbesondere den Aufgabenbereich der KTI einschränken.