CVP-Präsident Darbellay (VS) hatte bereits im Februar angekündigt, dass seine Partei der FDP bei der nächsten Vakanz einen ihrer beiden Sitze streitig machen werde. Dabei rechtfertigte die CVP ihren Anspruch sowohl politisch als auch rechnerisch. Politisch sei die CVP zu bevorzugen, weil die FDP nach rechts in die Näher der SVP gerutscht sei und nur die CVP die wahre Mitte verkörpere. Rechnerisch gesehen habe die FDP zwar bei den letzten Wahlen den grösseren Wähleranteil erreicht, die Fraktionsgemeinschaft aus CVP, GLP und EVP verfüge aber über die grössere Nationalratsfraktion. Nachdem sich zuerst Darbellay selbst ins Spiel gebracht hatte, kristallisierte sich bald Ständerat und Fraktionschef Urs Schwaller (FR) als aussichtsreichster Kandidat heraus. Sein Manko bestand allerdings darin, dass er deutscher Muttersprache ist und zudem auch im deutschsprachigen Teil des mehrheitlich französischsprachigen Kantons wohnt. Von der FDP und auch von einem Teil der französischsprachigen Presse wurde sofort moniert, dass er deshalb nicht als Vertreter der Romandie gelten könne. Seine Kantonalpartei nominierte nicht nur ihn, sondern auch den französischsprachigen Freiburger Nationalrat de Buman. Die CVP-Fraktion entschied sich für eine Einerkandidatur und portierte Schwaller.

Die Medien spekulierten bereits vor der Rücktrittserklärung Couchepins über erfolgversprechende freisinnige Kandidaturen aus der Romandie und dem Tessin. Im Vordergrund standen dabei Nationalrat und Parteipräsident Fulvio Pelli (TI), Ständerat Didier Burkhalter (NE), die beiden Genfer Nationalräte Martine Brunschwig Graf und Christian Lüscher, welche ursprünglich zu den Liberalen gehört hatten, sowie der Waadtländer Regierungsrat Pascal Broulis. Von ihren respektiven Kantonalparteien zuhanden der FDP-Fraktion nominiert wurden Burkhalter, Brunschwig Graf und Lüscher; Pelli wurde von seiner Kantonalpartei empfohlen, aber nicht als offizieller Kandidat angemeldet. Die freisinnig-liberale Fraktion entschied sich Ende August für ein Zweierticket und schickte Burkhalter und Lüscher ins Rennen.

In der von der Öffentlichkeit mit grosser Spannung erwarteten Wahl vom 10. Dezember setzte sich die SVP gegen die von der SP und der GP unterstützte CVP durch. Nachdem die amtsältesten Leuenberger und Couchepin mit guten Resultaten wiedergewählt worden waren, musste Ruth Metzler gegen Christoph Blocher antreten. Da 1999 die Wahl von Metzler vor derjenigen von Deiss stattgefunden hatte, galt sie als Amtsältere und musste demnach zuerst antreten. Nach einem Patt (116:116) im ersten Wahlgang und einem leichten Vorsprung für Blocher im zweiten (119:117), setzte sich dieser im dritten Wahlgang mit 121:116 bei einem absoluten Mehr von 119 Stimmen (vier waren ungültig, fünf leer) durch. Bei der anschliessenden Wahl von Deiss, welcher von CVP-Fraktionschef Cina (VS) noch einmal ausdrücklich als einziger CVP-Kandidat für diesen Wahlgang empfohlen wurde, stimmten die SVP und eine Mehrheit der FDP für Metzler, welche 96 Stimmen erhielt. Deiss schaffte aber mit 138 Stimmen das absolute Mehr von 121 Stimmen im ersten Wahlgang problemlos. Nachdem anschliessend Schmid und Calmy-Rey im ersten Wahlgang wiedergewählt worden waren, schritt der Rat zur Neubesetzung des Sitzes von Villiger. Bereits im ersten Wahlgang lag Merz mit 115 Stimmen klar vor Beerli (83). Im zweiten Wahlgang wurde er mit 127 bei einem absoluten Mehr von 120 gewählt; Beerli war auf 96 Stimmen gekommen. Der 61jährige Hans-Rudolf Merz vertrat seit 1997 den Kanton Appenzell Ausserrhoden im Ständerat. Politisch gilt der Volkswirtschafter als Rechtsfreisinniger mit starkem Engagement für Fragen der Finanzpolitik und der Finanzmärkte.