In der Wintersession 2019 behandelte der Ständerat als Erstrat den Voranschlag 2020. Hannes Germann (svp, SH) stellte die Vorlage im Namen der Kommission vor. Er bezeichnete die Budgetsituation als positiv, zumal trotz STAF und allgemein starkem Ausgabenwachstum dank der Dynamik bei der direkten Bundessteuer und den Verrechnungssteuern ein Überschuss erwartet werde. Er verwies auf die Nachmeldung des Bundesrates vom 27. September 2019, in der dieser eine Nachzahlung von Genossenschaftsbeiträgen an die Nationale Genossenschaft für die Lagerung radioaktiver Abfälle in der Höhe von CHF 158 Mio. beantragt hatte. Nach einem Überblick stellte er die Mehrheitsanträge der FK-SR kurz vor, die gegenüber der Bundesratsvorlage Mehrausgaben von CHF 122.3 Mio. mit sich bringen würden. In der Folge diskutierte der Ständerat ausschliesslich über diese Kommissionsanträge.
Die Erhöhung der Unterstützung von Organisationen im Bereich der ausserschulischen Kinder- und Jugendförderung um CHF 4 Mio. auf CHF 14 Mio. lehnte Bundesrat Maurer als Bagatellsubvention ab; die Gewährung solcher sei aber nicht Aufgabe des Bundes, erklärte er. Peter Hegglin (cvp, ZG) betonte hingegen, dass sich der Bund seit Inkrafttreten des Kinder- und Jugendförderungsgesetzes im Jahr 2013 jährlich mit CHF 10 Mio. an diesen Organisationen beteilige. Da sich die Zahl der Anspruchsgruppen seither stetig vergrössert habe, die Beträge des Bundes jedoch gleich geblieben seien, seien die Beiträge an die einzelnen Organisationen um fast 40 Prozent gesunken. Mit 27 zu 13 Stimmen folgte die kleine Kammer der Kommission in diesem Punkt.
Diskussionen gab es ansonsten nur noch bezüglich der Bildungsausgaben. Hier beabsichtigte die Kommissionsmehrheit eine Erhöhung des Finanzierungsbeitrags an die ETH (+CHF 30 Mio.), der Beiträge für die berufliche Bildung (+CHF 15 Mio.), der Grundbeiträge an die Universitäten (+CHF 20 Mio.) und die Fachhochschulen (+CHF 15 Mio.), der Ausbildungsbeiträge (+CHF 764'100), der Finanzhilfen für WeBiG (+CHF 200'300), der Beiträge für die Institutionen der Forschungsförderung (+CHF 15 Mio.) sowie der Forschungseinrichtungen von nationaler Bedeutung (+CHF 3.1 Mio.). Damit nehme man wie bereits im Voranschlag 2019 Bezug auf die BFI-Botschaft 2017-2020, wobei die darin beschlossenen Ausgaben später um 3 Prozent reduziert worden waren, um die Kostenbremse einhalten zu können, erklärte Erich Ettlin (cvp, OW) für die Kommission. Da es die Finanzlage des Jahres 2020 erlaube, wolle man hier zu den ursprünglichen Beträgen zurückkehren, nicht aber in den Finanzplanjahren, dort müsse man dies in den jeweiligen Voranschlägen neu diskutieren. Eine Minderheit Hefti (fdp, GL) beantragte, dem Bundesrat zu folgen und auf die Erhöhungen zu verzichten. Der Bund schenke dem Bildungsbereich – richtigerweise – bereits genügend Aufmerksamkeit, die entsprechenden Ausgaben würden von CHF 7.7 Mrd. (2018) auf voraussichtlich CHF 8.6 Mrd. (2023) ansteigen, argumentierte Hefti. Weitere, «giesskannenartige» Erhöhungen sollten nicht zum Gewohnheitsrecht werden. Auch Finanzminister Maurer lehnte die Erhöhung ab. Man habe damals die nicht eingetretene Teuerung überall herausgerechnet, wie es das Parlament später im Rahmen der Motion Dittli (fdp, UR; Mo. 16.3705) bestätigt habe, einzig den Bildungsbereich nehme das Parlament immer wieder von dieser Änderung aus. Dennoch sprach sich der Ständerat deutlich für die verschiedenen Erhöhungen aus.
Den übrigen Anträgen der Kommission folgte der Rat ohne grössere Diskussionen: Für die finanzielle Unterstützung von Selbsthilfeprojekten bezüglich der Opfer von fürsorgerischen Zwangsmassnahmen beantragte die Kommission eine Budgeterhöhung von CHF 150'000 auf CHF 2 Mio. sowie eine Fortsetzung in den Finanzplanjahren. Da im Parlament noch verschiedene Vorstösse für eine Fristverlängerung zur Gesuchseinreichung für die Opfer von fürsorgerischen Zwangsmassnahmen hängig seien und der Bundesrat Empfehlungen einer unabhängigen Expertenkommission «Administrative Versorgung» prüfe, solle dieser Betrag als Spielraum für solche Projekte geschaffen werden, erklärte Christian Levrat (sp, FR) für die Kommission. Mit 27 zu 13 Stimmen sprach sich der Ständerat für diese Erhöhung aus. Im Sportbereich erhöhte er einstimmig die Kredite für Sportverbände und andere Organisationen (+CHF 10 Mio.), für nationale Sportanlagen (+CHF 5 Mio.) und für Wertberichtigungen im Transferbereich (+CHF 5 Mio.) in Voranschlag und Finanzplan, um den «Zeitraum bis zum frühestens für 2022 vorgesehenen Inkrafttreten des nächsten Nationalen Sportanlagenkonzepts zu überbrücken», wie Hannes Germann zuvor für die Kommission erklärt hatte. Den Kredit für Schweiz Tourismus erhöhte der Rat zur Umsetzung des vom Parlament gefassten Beschlusses zur Wirtschaftsförderung um CHF 2.375 Mio. Einstimmig nahm der Ständerat in der Folge den Bundesbeschluss Ia über den Voranschlag für das Jahr 2020 an.
Einen Änderungsantrag stellte die Kommission noch für den Bundesbeschluss Ib über die Planungsgrössen im Voranschlag für das Jahr 2020: Hier beabsichtigte sie, die Aufstockung bei den Institutionen der Forschungsförderung dem Schweizerischen Nationalfonds zukommen zu lassen, während die Minderheit Hefti diese Vorschrift genauso ablehnte wie die Erhöhung selbst. Einstimmig nahm der Ständerat die Änderung an. Der Bundesbeschluss II über den Finanzplan für die Jahre 2021-2023 bedarf keiner Gesamtabstimmung, hingegen stimmte der Ständerat dem Bundesbeschluss III über die Entnahmen aus dem Bahninfrastrukturfonds für das Jahr 2020 sowie dem Bundesbeschluss IV über die Entnahmen aus dem Nationalstrassen- und Agglomerationsverkehrsfonds für das Jahr 2020 einstimmig zu.

Mit acht Differenzen kam der Voranschlag 2018 schliesslich in die Einigungskonferenz. Hier setzte sich die Version des Nationalrats beim umstrittensten Punkt knapp mit 14 zu 12 Stimmen durch: Die durch die Ablehnung der Altersreform 2020 frei gewordenen CHF 442 Mio. sollen der AHV zugute kommen, allerdings muss der Betrag auf CHF 370 Mio. reduziert werden, damit die Schuldenbremse eingehalten werden kann. In den übrigen, finanziell weniger gewichtigen Punkten folgte die Einigungskonferenz dem Ständerat.
In der Ständeratsdebatte betonte die Präsidentin der FK-SR, Anita Fetz (sp, BS), dass sich der Ständerat über die gesamte Budgetdebatte mehrheitlich durchgesetzt habe – ausser bei den AHV-Millionen. Da sie in der Debatte für alle drei diskutierten Varianten – Einzahlung in die AHV, in den BIF und Verwendung zum Schuldenabbau – Vor- und Nachteile gehört habe, bat sie die Ständekammer, „auf der institutionellen Ebene nicht die gleichen Machtspiele [zu] machen [...] wie unser Schwesterrat“ und entsprechend den Entscheid der Einigungskonferenz anzunehmen. Dagegen sprach sich eine Minderheit Müller (fdp, AG) aus. Die CHF 370 Mio. seien „angesichts des effektiven Finanzbedarfs der AHV [...] eine Placebomassnahme“, und da die gesetzliche Grundlage dazu innert kürzester Zeit und ohne Vernehmlassung geschaffen werden müsste, stünde der Voranschlag auf unsicherem Boden. Dieser Minderheit folgte der Ständerat mit 25 zu 16 Stimmen bei 2 Enthaltungen und lehnte damit den Vorschlag der Einigungskonferenz ab.
„Der Ständerat hat das gemacht, was wir letztes Jahr mit dem Voranschlag gemacht haben. Die Welt dreht sich weiter“, kommentierte Thomas Müller (svp, SG) die ständerätliche Entscheidung in der abschliessenden Nationalratsdebatte.
Somit wurde für die noch offenen Positionen der jeweils tiefere Betrag der beiden Räte aus der dritten Beratungsrunde für den definitiven Voranschlag übernommen. Folglich flossen die CHF 442 Mio. in den Schuldenabbau, AHV und BIF erhielten keine zusätzlichen Gelder. Die Sozialhilfe für Asylsuchende, vorläufig Aufgenommene und Flüchtlinge wurde um CHF 41 Mio. reduziert und folgte somit bereits nicht mehr der 2016 neu geschaffenen Schätzmethode des SEM. Bei der Zollverwaltung wurden keine 30 neuen Stellen für das Grenzwachtkorps geschaffen, die aufgrund des Stellenplafonds andernorts hätten kompensiert werden müssen. Der Betrag für die höhere Schulbildung wurde auf dem bundesrätlichen Vorschlag, der Sollwert bei der Bedarfsplanung auf 2 Prozent belassen und die Gelder der Stiftung Schweizerische Theatersammlung sowie die Entschädigungen an 17 Einsatzbetriebe des Zivildienstes wurden nicht gestrichen. Insgesamt änderte das Parlament damit den bundesrätlichen Vorschlag auf 15 Positionen. Dadurch umfasste der Voranschlag 2018 budgetierte Ausgaben von CHF 71.027 Mrd. und budgetierte Einnahmen von CHF 71.322 Mrd., was einem Überschuss von CHF 295 Mio. und einem strukturellen Überschuss von CHF 437 Mio. entspricht.

In der ersten Sitzung des Differenzbereinigungsverfahrens zum Voranschlag 2018 erledigte der Ständerat kaum Differenzen. Einzig bei der Einlage in die Publica respektive den Lohnmassnahmen für das Bundespersonal und teilweise bei der Landwirtschaft schwenkte er auf die Linie des Nationalrates um. Somit verzichtete der Bund auf die einmalige Einlage in die Publica und erhöhte stattdessen die Löhne des Bundespersonals um 0.6 Prozent. Im Bereich der Landwirtschaft wurden mehrere Stimmen aus den SVP-, CVP- und FDP-Fraktionen laut, welche das bisherige Vorgehen der kleinen Kammer kritisierten. So sei es nicht in Ordnung, dass man mit der Landwirtschaft – und damit mit den Bauernfamilien – taktische Spiele spiele und sie „quasi immer so in Geiselhaft“ nehme, betonte zum Beispiel Peter Hegglin (cvp, ZG). Dem entgegneten Christian Levrat (sp, FR) und Anita Fetz (sp, BS), dass es sich keinesfalls um Spielchen handle, sondern um eine Gleichbehandlung der zwei Räte. Man brauche für die nächste Runde des Differenzbereinigungsverfahrens und für die Einigungskonferenz noch Verhandlungsspielraum, sonst bräuchte der Ständerat diesbezüglich nicht mehr zu tagen. Dennoch entschied sich die kleine Kammer, dem Nationalrat bei den landwirtschaftlichen Strukturverbesserungen entgegenzukommen, und folgte dem bundesrätlichen Vorschlag, der einen Mittelweg zwischen der Position des Nationalrats und jener des Ständerats in der ersten Runde darstellte. Bei den Direktzahlungen folgte der Ständerat der Minderheit seiner FK-SR mit 25 zu 17 Stimmen (0 Enthaltungen) und damit dem Beschluss des Nationalrats. Ansonsten hielt der Ständerat an seinen Beschlüssen fest. Bei den freigewordenen Geldern der Altersvorsorge 2020 lehnte er einen Minderheitsantrag Müller Philipp (fdp, AG) ab, der alles Geld für den Schuldenabbau verwenden wollte. Der nationalrätliche Vorschlag wurde nicht eingebracht.

Für die erste Sitzung des Differenzbereinigungsverfahrens im Nationalrat beabsichtigte die FK-NR, zahlreiche Differenzen zu bereinigen, wogegen jedoch wie bereits in der ersten nationalrätlichen Behandlung des Voranschlags erneut zahlreiche Minderheitsanträge gestellt wurden. Dennoch pflichtete die grosse Kammer dem Erstrat in zahlreichen Punkten bei: Der höhere Betrag des Ständerats obsiegte somit bei den Familienorganisationen und der ausserschulischen Kinder- und Jugendförderung, bei Swisstopo, den Globalbudgets der Spielbankenkommission, der Steuerverwaltung und der Finanzkontrolle sowie beim Finanzierungsbeitrag an den ETH-Bereich. Bei der Unterstützung kultureller Organisationen und beim Globalbudget des SEM setzte sich der tiefere Betrag des Ständerats durch. Auch bei den vier verbliebenen Differenzen bezüglich der Landwirtschaft stimmte der Nationalrat der kleinen Kammer zu, wodurch Letztere, wie Christian Levrat und Anita Fetz befürchtet hatten, ihre Trümpfe für die übrigen Verhandlungsrunden verlor. Nachdem eingangs dieser Runde im Nationalrat vor allem darüber diskutiert worden war, ob durch die Verwendung der CHF 442 Mio. für die AHV der in der Abstimmung vom 24. September 2017 ausgedrückte Volkswille verletzt würde oder nicht, hielt die grosse Kammer an ihrem Beschluss fest. Damit schloss der Voranschlag des Nationalrates jedoch mit einem strukturellen Defizit von 31 Millionen Franken, wodurch die Schuldenbremse nicht eingehalten werden könnte.

Nachdem der Ständerat in seiner nächsten Sitzung des Differenzbereinigungsverfahrens lediglich bei der Qualitätssicherung Milch, wo er ursprünglich dafür sorgen wollte, dass die Branche wie alle anderen auch ihre Qualitätssicherung selber bezahlt, äusserst knapp eingelenkt hatte, lagen dem Nationalrat in der letzten Sitzung noch zwölf Differenzen vor. Bei der Kulturabgeltung an die Stadt Bern, dem Eidgenössisches Hochschulinstitut für Berufsbildung (EHB) sowie der Finanzierung des Schweizerischen Sozialarchivs und der Schweizerischen Friedensstiftung swisspeace lenkte der Nationalrat ein. Somit verblieben für die Einigungskonferenz noch acht Differenzen, wovon vor allem die Frage, was mit den CHF 442 Mio. geschehen solle, finanziell ins Gewicht fiel.

Der Nachtrag II zum Voranschlag 2017 beinhaltete neun Nachtragskredite in der Höhe von insgesamt CHF 107 Mio. Mehr als die Hälfte davon (CHF 60 Mio.) beantragte das Eidgenössische Personalamt zur Abfederung der Senkung des technischen Zinssatzes bei der Pensionskasse des Bundes, der Publica. Der Bundesrat wollte die für die Versicherten dadurch entstehenden Leistungseinbussen von 10 Prozent durch eine einmalige Einlage von CHF 160 Mio. auf die Altersguthaben und durch eine Erhöhung der Sparbeiträge auf maximal 5 Prozent reduzieren. Dies sollte mittels dreier Tranchen in den Jahren 2017 (70 Mio.), 2018 (70 Mio.) und 2019 (26 Mio.) geschehen, wovon CHF 10 Mio. der ersten Tranche mit den Sammelkrediten des EPA kompensiert würden. Im Gegenzug würden die Mitarbeitenden der Bundesverwaltung in Übereinstimmung mit der Motion Dittli (fdp, UR) 2018 auf einen Teuerungsausgleich verzichten.
Weitere CHF 32 Mio. beantragte der Bundesrat nachträglich für Zahlungen bezüglich der Erweiterung der EU, wobei dieser Kredit grösstenteils Rückerstattungen an die Partnerstaaten für deren Projektausgaben beinhaltete. Dieser Nachtrag war nötig geworden, weil provisorische Auszahlungspläne oft nicht eingehalten werden konnten, sei es aufgrund von Projektverzögerungen durch komplexe Beschaffungsverfahren und Einsprüche, aufgrund der Frankenaufwertung oder weil für das Jahr 2016 geplante Auszahlungen aufgrund von Verzögerungen erst im Jahr 2017 getätigt werden konnten.
Die restlichen knapp CHF 15 Mio. verteilten sich auf sieben weitere Projekte. Der Kredit zur Zahlung von Vergütungszinsen in der Höhe von CHF 6.2 Mio. war mit der Autorisierung der FinDel bereits als Vorschuss ausbezahlt worden. Die Vergütungszinsen werden aufgrund des NFB in einem eigenen Kredit verbucht, jedoch war im Voranschlag 2017 aufgrund eines Bundesgerichtsentscheids zur Umsatzabgabe und eines Rechtsfalls bei der Mehrwertsteuer zu wenig Geld budgetiert worden. Da aber die Vergütungszinsen jeweils innert 30 Tagen fällig werden, war ein Vorschuss nötig geworden.

In der Wintersession 2017 behandelte zuerst der Ständerat das Geschäft gemeinsam mit dem Voranschlag 2018. Umstritten waren lediglich die flankierenden Massnahmen zur Senkung des technischen Zinssatzes bei der Publica. Eine Minderheit Hegglin (cvp, ZG), unterstützt von Werner Hösli (svp, GL), beantragte, diesen Nachtragskredit abzulehnen. Beide Ständeräte betonten, dass es für sie – und offensichtlich auch für die Bundesverwaltung, die ihnen keine entsprechenden Unterlagen in nützlicher Frist liefern konnte – schwierig sei, „den Beschluss und seine Folgen im Vergleich zu Leistungen anderer Körperschaften ein[zu]schätzen“. Bisher seien aber die Vorsorgewerke des Bundes grosszügig gewesen, vermutlich auch deutlich grosszügiger als diejenigen der Steuerzahler. Zudem würden diese Einlagen nicht zur Stabilisierung der Kasse beitragen, so dass bei einer paritätischen Ausfinanzierung einer allfälligen zukünftigen Unterdeckung der Bund wiederum werde zahlen müssen. Aus einem anderen Gesichtspunkt kritisierte Christian Levrat (sp, FR) den Vorschlag: Dadurch dass die Rekapitalisierung auf Kosten des Teuerungsausgleichs – der 2018 etwa CHF 33 Mio. ausmache – zustande komme, sei der hier bezahlte Betrag in fünf Jahren bereits wieder hereingeholt. Somit würde die Senkung des technischen Zinssatzes in den kommenden Jahren ausschliesslich von den Arbeitnehmenden bezahlt. Dies sei ein schlechter Deal für die Bundesangestellten. Zudem lägen die Leistungen der Publica höchstens im Mittelfeld, vor allem verglichen mit Pensionskassenleistungen von Grossunternehmen. Finanzminister Maurer betonte, dass dieses Paket eine Kompromisslösung mit den Personalverbänden darstelle und der Bund bei Lohnerhöhungen im Vergleich zur Privatwirtschaft eher hinterherhinke. Auch der Bund sei aber darauf angewiesen, die besten Mitarbeitenden anheuern zu können. Zudem hätten die Bundesangestellten seit dem Jahr 2000 deutlich mehr an den Primatwechsel bezahlt als der Bund. Wie bereits die FK-SR entschied sich auch der Ständerat, dem Bundesrat in diesem Anliegen zu folgen. Mit 24 zu 19 Stimmen (2 Enthaltungen) nahm er den Nachtragskredit an.

In der Sommersession 2017 behandelte der Ständerat den Nachtrag I zum Voranschlag 2017, der neun Nachtragskredite im Wert von insgesamt CHF 37 Mio. umfasste, sowie den Nachtrag Ia zum Voranschlag 2017, der einen Nachtragskredit in der Höhe von CHF 215 Mio. beinhaltete. Der Nachtrag I enthielt einen zusätzlichen Kredit für die Bundesanwaltschaft, die gemäss Philipp Müller (fdp, AG) bereits grosse Anstrengungen zur Stabilisierung ihrer Lohnentwicklung unternommen hatte, durch die im Voranschlag 2017 beschlossenen Querschnittskürzungen nun aber Probleme bekam, die Löhne zu zahlen (CHF 700'000). Weitere Kredite wurden durch die Beitragspflicht und den Anstieg der Betragssätze an die Organisation des Vertrages über das umfassende Verbot von Nuklearversuchen (CHF 40'000), an die Internationale Organisation für Migration (CHF 97'673) sowie an das Europäische Unterstützungsbüro für Asylfragen (CHF 2.5 Mio.) nötig. Zudem beantragte das VBS einen Nachtragskredit für 30 befristete Vollzeitäquivalentstellen beim Generalsekretariat, deren Finanzierung zur Zeit des Voranschlags 2017 noch nicht geklärt war (CHF 4.9 Mio.). Als eher ungewöhnlich bezeichnete Bundesrat Maurer schliesslich die beantragten CHF 18 Mio. für das Projekt FISCAL-IT. Für das Nachfolgeprojekt von INSIEME waren zunächst CHF 85.2 Mio. bewilligt worden, um 29 Teilprojekte zu den verschiedenen Steuerarten (Verrechnungssteuer, Mehrwertsteuer, direkte Bundessteuer usw.) umzusetzen. Gemäss Finanzminister Maurer sind bereits ein Grossteil dieser Teilprojekte in Betrieb, es seien jedoch einige Teilprojekte hinzugekommen und es habe teilweise Verzögerungen gegeben, weswegen nun dieser Nachtragskredit nötig wurde. Die FK-SR beantragte die Annahme aller Nachtragskredite und der Ständerat stimmte ihr einstimmig mit 40 Stimmen (bei einer Enthaltung) zu.
Deutlich mehr Beachtung fand sowohl in den Medien als auch im Ständerat der Nachtrag Ia zum Voranschlag 2017. Der Bundesrat beantragte CHF 215 Mio. für einen fälligen Bürgschaftskredit des Bundes für die Schweizer Hochseeflotte. Die Bundesräte Maurer und Schneider-Ammann erklärten den Ständerätinnen und Ständeräten ausführlich, dass zwei Reedereien, denen der Bund durch Bürgschaften bei der Finanzierung ihrer Flotte half, kurz vor dem Bankrott gestanden hätten. Die Bürgschaften war der Bund eingegangen, damit die Schiffe im Gegenzug die Schweiz im Krisenfall mit wichtigen Gütern und Ressourcen versorgen würden. Um den Bankrott der Reedereien zu verhindern, mussten dreizehn Schiffe zu relativ tiefen Preisen verkauft werden, wodurch dem Bund als Bürge nun Kosten entstünden. Entsprechend hätten weder Bundesrat noch Parlament wirklich eine Wahl, die Bürgschaft sei zu zahlen; das Parlament könne entsprechend entweder dem Nachtragskredit zustimmen oder Ende Jahr eine Kreditüberschreitung zur Kenntnis nehmen. Der Nachtragskredit erlaube es aber, Zinsen gegenüber den Banken in der Höhe von monatlich CHF 1 bis 2 Mio. zu sparen. Dieses Argument überzeugte den Ständerat, stillschweigend nahm er den Nachtragskredit Ia an.

In der Frühjahrssession 2017 behandelte der Ständerat die Motion der FK-NR gegen eine „Aufweichung der bewährten Schuldenbremse“. Dabei stellte Konrad Graber (cvp, LU) einen Ordnungsantrag auf Sistierung der Behandlung der Motion bis nach der Beratung des Berichts „Zukunftsperspektiven für die Schweiz”. In dem Bericht würden dieselben Fragen behandelt, welche im Rahmen dieser Motion relevant seien. Die WAK-SR werde den Bericht in Kürze beraten und, da diese Fragen „eine breitere Diskussion” erforderten, werde er beantragen, den Bericht im Plenum zu diskutieren. Bei Annahme seines Ordnungsantrags müsste man folglich diese Diskussion nicht zweimal führen, erklärte Graber. Im Namen der FK-SR unterstützte Anita Fetz (sp, BS) den Antrag auf Sistierung. Philipp Müller (fdp, AG) hingegen erklärte, dass der Grundsatz der Schuldenbremse nicht angetastet werden solle und der Bericht daher überflüssig sei. Er lehne den Ordnungsantrag in der Annahme ab, dass die Motion angenommen werde. Soweit kam es jedoch nicht: Mit 34 zu 9 Stimmen (bei einer Enthaltung) sprach sich der Ständerat für die Sistierung der Motion aus.

Nachdem der Nationalrat den Voranschlag 2017 in der ersten Runde abgelehnt hatte, stand vier Tage später dessen Behandlung durch den Ständerat an. Der Antrag seiner Finanzkommission beinhaltete ein strukturelles Defizit von CHF 13,4 Mio., das es im Laufe der Behandlung zu beseitigen galt. Stattdessen zeigte sich der Ständerat aber mehrheitlich grosszügig: Zum einen erklärte er sich einverstanden, die vom Bundesrat vorgeschlagenen CHF 400 Mio. für den Asylbereich ausserordentlich zu verbuchen und somit von der Schuldenbremse auszunehmen. Zum anderen erhöhte er das Budget gegenüber dem Bericht des Bundesrates vor allem im Bildungsbereich und in der Landwirtschaft. So wollte der Bundesrat zum Beispiel die Direktzahlungen an die Bauern um knapp CHF 62 Mio. kürzen, der Ständerat entschied sich aber mit 21 zu 20 Stimmen knapp dagegen. Dies obwohl Christian Levrat (sp, FR) darauf hingewiesen hatte, dass der Ständerat im Differenzbereinigungsverfahren auf ein Druckmittel angewiesen sei, um dem Nationalrat einen Kompromiss bei dessen geplanten Kürzungen im Asylbereich und in der Verwaltung abringen zu können. Dadurch dass sich bei einer Einigungskonferenz zum Budget bei Uneinigkeit zwischen den Räten jeweils der tiefere Betrag durchsetzt, blieben dem Ständerat mit diesem Entscheid lediglich die Ausfuhrbeiträge für landwirtschaftliche Verarbeitungsprodukte als Druckmittel. Überall sonst hatte der Nationalrat in der ersten Behandlung des Voranschlags tiefere Beträge budgetiert als nun der Ständerat. Insgesamt beinhaltete der Voranschlag nach der Behandlung durch den Ständerat ein strukturelles Finanzierungsdefizit von CHF 13,7 Mio., wodurch er die Vorgaben der Schuldenbremse verletzte. Dennoch nahm ihn die grosse Kammer mit 39 zu 4 Stimmen an, wohlwissend, dass diese Differenz in späteren Runden noch korrigiert werden würde.

In der Herbstsession 2016 behandelte der Ständerat als Erstrat das Stabilisierungsprogramm 2017-2019. Roberto Zanetti (sp, SO) stellte einen Minderheitsantrag auf Rückweisung, der den Auftrag an den Bundesrat beinhaltete, die Berechnung des Konjunkturfaktors an die makroökonomischen Gegebenheiten anzupassen und entsprechend die Handhabung der Schuldenbremse zu überprüfen. Die kleine Kammer lehne diesen Antrag mit 31 zu 13 Stimmen und der Begründung ab, dass die Schuldenbremse nicht in Frage gestellt werden sollte. Bei der Behandlung des Programms reduzierte der Ständerat die Sparanstrengungen des Bundesrates deutlich. Während der Bundesrat Einsparungen von CHF 796 Mio. (2017), CHF 898 Mio. (2018) und CHF 978 Mio. (2019) vorgesehen hatte, verringerte die kleine Kammer diese auf CHF 652 Mio. (2017), 637 Mio. (2018) und 702 Mio. (2019). Insbesondere bezüglich der Landwirtschaft und der Bildung zeigte sich der Ständerat grosszügig: Bei der Landwirtschaft strich er sämtliche Sparmassnahmen bei den Direktzahlungen (CHF 62-69 Mio. jährlich), da die Einkommen der Bauern – wie Peter Hegglin (cvp, ZG) argumentierte – bereits sehr tief wären und sich Letztere gerade erst auf die neuen Zielsetzungen, Grundlagen und Rahmenbedingungen der Agrarpolitik 2014-2017 eingestellt hätten. Unverändert beliess der Ständerat die Vorlage des Bundesrates bezüglich der Investitionskredite und der landwirtschaftlichen Strukturverbesserungen. Bei den Bildungsausgaben reduzierte er den vom Bundesrat vorgeschlagenen Sparbetrag um CHF 74-108 Mio. und folgte damit dem Antrag Noser (fdp, ZH) als Sprecher der WBK-SR. Als Kantonsvertreter verzichtete der Ständerat zudem gegen den Willen des Bundesrates darauf, die Integrationsbeiträge an die Kantone sowie die Bundesanteile an den Krankenkassenprämien-Verbilligungen zu reduzieren, da dies zu einer Mehrbelastung der Kantone geführt hätte. Zusätzlich zu den vom Bundesrat vorgeschlagenen Sparanstrengungen wollte die FK-SR hingegen bei der Entwicklungshilfe sparen. Als Befürworter dieser zusätzlichen Reduktion um weitere CHF 100 Mio. argumentierte zum Beispiel Philipp Müller (fdp, AG), dass die diesbezüglichen Ausgaben in den letzten Jahren stetig angestiegen seien, ihre Wirkung hingegen fraglich sei. Werner Hösli (svp, GL) ergänzte, dass die bisherigen Zahlungen offensichtlich die steigenden Asylkosten nicht hatten verhindern können. Christian Levrat (sp, FR) rief dementgegen in Erinnerung, dass das Parlament die APD-Quote – also den prozentualen Anteil der öffentlichen Entwicklungshilfe am Bruttonationaleinkommen – im Februar 2011 auf 0,5 Prozent des Bruttonationaleinkommens (BNE) erhöht hatte. Zudem könne die zusätzliche Reduktion gemäss Bundesrat Burkhalter zur Streichung ganzer Projekte in Nordafrika, dem Mittleren Osten und Afghanistan führen. Knapp entschied sich der Ständerat mit 25 zu 19 Stimmen gegen seine Kommission und erhöhte den Sparbetrag bei der Entwicklungshilfe nicht zusätzlich. In der Wintersession 2016 befasste sich der Nationalrat mit diesem Geschäft.

Ende August präsentierte Finanzminister Villiger den Voranschlag für das Jahr 2002, welcher von einem Einnahmenüberschuss von 356 Mio Fr. ausging. Dies sei zwar erfreulich, doch reiche der Betrag nicht aus, um den Anforderungen einer nachhaltigen Haushaltspolitik gerecht zu werden. Die Swissair-Krise im Herbst führte dazu, dass das vom Parlament im Dezember verabschiedete Budget 2002 bei veranschlagten Ausgaben von 51'249 Mio Fr. und Einnahmen von 50'955 Mio Fr. einen Ausgabenüberschuss von 294 Mio Fr. vorsah. Damit überschritten die veranschlagten Ausgaben erstmals die 50-Mia-Grenze und übertrafen das Budget des Vorjahres um 2,3 Mia Fr. oder 4,8%. Am meisten zusätzliche Mittel benötigte der Verkehr mit rund 1,3 Mia Fr. oder 18,6% mehr als im Vorjahr, wobei vor allem die Bewältigung der Swissair-Krise zu Buche schlug. Der Bereich Finanzen und Steuern wies ebenfalls ein überdurchschnittliches Ausgabenwachstum auf (+550 Mio), da für den Schuldendienst und die Anteile Dritter an den Bundeseinnahmen mehr Geld zur Verfügung stehen musste. Entlastungen ergaben sich hingegen bei der sozialen Wohlfahrt (-67 Mio). Bei den Einnahmen ging der Voranschlag von einem Zuwachs von rund 2 Mia Fr. oder 4,2% aus. Mehreinnahmen sollten vor allem die Mehrwertsteuer, die direkte Bundessteuer und die Verrechnungssteuer einbringen (total +2,5 Mia). Bei den Vermögenserträgen und den Einfuhrzöllen sei jedoch mit weniger Einnahmen zu rechnen.

Am umstrittensten waren in den Parlamentsdebatten neben den Kürzungen beim VBS vor allem die Investitionskredite für die SBB und die Beitragserhöhungen für die Filmförderung und für die Schweizer Schulen im Ausland: Mit Einverständnis des Bundesrates erhöhte der Ständerat den Kredit an die kantonalen Hochschulen um 32 Mio Fr. und stockte, diesmal gegen den Willen der Regierung, den Zahlungsrahmen für die Universitätsförderung 2001-2003 um 101,2 Mio Fr. auf – Plattner (sp, BS) hatte eine noch höheren Betrag verlangt. Ausserdem machte die kleine Kammer die vom Bundesrat beschlossenen Kürzungen der Infrastrukturbeiträge an die SBB von 42 Mio Fr. rückgängig. Ohne Auswirkungen auf den Haushalt blieb die Erhöhung der vom Bundesrat beantragten Beihilfen für die Milchwirtschaft um 20 Mio Fr. zulasten von Investitionsgütern und Betriebshilfen. Diskussionslos kürzte der Ständerat schliesslich das Budget des Finanzdepartements um 150 Mio Fr.; aufgrund der tieferen Teuerung sei mit einer geringeren Zunahme der Lohnausgaben zu rechnen.

Im Nationalrat verlangte Müller (fdp, ZH) namens der Finanzdelegation, dass der Bundesrat die nötigen Kreditvorlagen für die Expo rechtzeitig dem Parlament unterbreite. Die Finanzdelegation sei nicht bereit, diese Kredite im Schnellverfahren am Parlament vorbeizuschleusen. Namens der SVP-Fraktion beantragte Zuppiger (ZH) Rückweisung des Budgets an den Bundesrat mit dem Auftrag, die Ausgaben um 800 Mio Fr. zu reduzieren. Rechsteiner (sp, BS) wollte den Voranschlag ebenfalls zurückweisen: Die Verteidigungsmassnahmen seien zu kürzen und auf die neue Bedrohungslage nach den Terroranschlägen vom 11. September in den USA auszurichten. Beide Anträge wurden verworfen. Im Einklang mit dem Bundesrat und der Finanzkommission lehnte der Nationalrat alle Aufstockungsanträge von Seiten der SP und der Grünen bei der Entwicklungszusammenarbeit ab, ebenso eine Erhöhung des Kredits für Massnahmen zur Integration von Ausländerinnen und Ausländern. Keine Chancen hatten auch die Kürzungsanträge der SVP im Flüchtlingsbereich und beim Bundespersonal sowie die Forderung, Aufstockungen beim Budget von „Präsenz Schweiz“ wieder rückgängig zu machen. Bei der Presseförderung folgte der Rat der Kommissionsminderheit und verzichtete auf eine Kürzung von 30 Mio Fr. für die Verbilligung der Posttaxen für Zeitungen. Auch die Personalbezüge des UVEK-Generalsekretariats blieben unangetastet. Gegen den Willen des Bundesrates stockte der Rat die Mittel zur Förderung erneuerbarer Energien um 4 Mio Fr. auf. Ausserdem gewährte er 200'000 Fr. für die Durchführung des europäischen Jugendfestivals und zusätzliche 4,3 Mio Fr. für die Schweizer Schulen im Ausland bzw. 3,5 Mio Fr. für die Filmförderung. Der parteiübergreifende Antrag, die Bundesbeiträge an die Universitäten zusätzlich zu erhöhen, wurde hingegen abgelehnt, die vom Ständerat gewährten Erhöhungen jedoch gebilligt. Auch bei den Beihilfen für die Milchwirtschaft und bei der Erhöhung des Nationalstrassenbudgets um 88 Mio Fr. schloss sich die grosse Kammer dem Ständerat an, beim Bahnverkehr machte er aber die von der kleinen Kammer vorgenommene Aufstockung wieder rückgängig.

Nach und nach einigten sich die Räte schliesslich im Einklang mit dem Bundesrat auf Kürzungen beim VBS von 37 Mio Fr., beschlossen, die Kredite für die Schweizer Schulen um 2 Mio Fr. und für die Filmförderung um 1,75 Mio Fr. aufzustocken und die vom Bundesrat bei der SBB gestrichenen Investitionen von 42 Mio Fr. rückgängig zu machen. Im zweiten Anlauf stimmte der Nationalrat auch einem Verpflichtungskredit des VBS zur Materialbeschaffung bei, der das Quorum der Ausgabenbremse zunächst nicht erreicht hatte, da SVP, Grüne und Teile der SP ihm die Unterstützung versagt hatten.