In der Herbstsession 2021 beriet der Ständerat die Motion Germann (svp, SH) «Kein InstA-Hüftschuss ohne Klärung der offenen Punkte», welche inhaltlich identisch mit der im Dezember 2020 vom Nationalrat abgelehnten Motion 20.3985 der SVP-Fraktion war. Damian Müller (fdp, LU) empfahl im Namen der APK-SR die Ablehnung der Motion. Mit dem Beschluss der Nichtunterzeichnung des Rahmenabkommens sei die Motion inhaltslos geworden. Motionär Germann lobte den Bundesrat für diese Notbremse und den Verhandlungsabbruch. Den Grund für das Scheitern verortete er in der «dogmatischen Sturheit und Arroganz der Brüsseler Zentralbürokratie». Aufgrund der Unerfüllbarkeit zog Germann seine Motion zurück.

Im Juli 2021 hatte die APK-SR die Motion Salzmann (svp, BE; Mo. 20.3993) vorberaten, welche die Nichtunterzeichnung und Abschreibung des institutionellen Abkommens mit der EU forderte. Die gleichlautende Motion Aeschi (svp, ZG; Mo. 20.3986) war bereits im Dezember 2020 im Nationalrat gescheitert. Angesichts des Abbruchs der Verhandlungen über das institutionellen Rahmenabkommen erachtete die Kommission die Motion als obsolet. Diesen Standpunkt vertrat in der Herbstsession 2021 auch Kommissionssprecher Müller (fdp, LU) im Rat, woraufhin Salzmann seine Motion zurückzog.

In der Herbstsession 2021 behandelte der Nationalrat die Motion Müller (fdp, LU), die vom Bundesrat Verhandlungen mit Algerien über Rückführungen auf dem Seeweg forderte. Eine Minderheit der SPK-NR, angeführt von Greta Gysin (gp, TI), beantragte die Ablehnung der Motion, da der Bundesrat bereits im Austausch mit Algerien stehe, um die Situation bei den Rückführungen zu verbessern, und die Zielsetzung der Motion diesbezüglich «nicht zielführend» sei. Zudem habe die Schweiz kein Problem bei der Durchführung von Zwangsrückführungen, sondern mit 50 Prozent gar eine deutlich höhere Abschiebequote als beispielsweise die EU, argumentierte Gysin in der Ratsdebatte. Eine marginale Mehrheit der Kommission – der Entscheid war mit 10 zu 8 Stimmen bei 1 Enthaltung sehr knapp ausgefallen – setzte sich hingegen für Annahme des Vorstosses ein, weil die Motion den Anstrengungen des Bundesrats Nachdruck verleihe. Kommissionssprecher Jauslin (fdp, AG) kritisierte, dass in der gegenwärtigen Lage eine Rückführung nur mit Linienflügen möglich sei, während Algerien Sonderflüge nicht erlaube. Viele abgewiesene Asylsuchende blieben daher auf unbestimmte Zeit in der Schweiz, weshalb auch die in der Motion vorgeschlagenen Rückführungen auf dem Seeweg sinnvoll seien. Die Mehrheit der Kommission vertrete die Meinung, dass der effiziente Vollzug von Rückführungen wichtig für die Glaubwürdigkeit des Asylsystems sei, schloss Jauslin. Bundesrätin Karin Keller-Sutter wies darauf hin, dass Algerien auch keine Sonderflüge aus anderen europäischen Ländern akzeptiere, ansonsten aber das Rückübernahmeabkommen mit der Schweiz gut umsetze. Die Rückkehrpendenzen seien trotz der Corona-bedingten Verzögerung nur leicht angestiegen und man sei überzeugt, dass sich die positive Entwicklungstendenz nach Ende der Pandemie wieder einstellen werde. Die Bundesrätin bezweifelte, dass sich Algerien auf die Verhandlungen für ein Abkommen zur maritimen Rückführung einlassen werde, weshalb ein verbindlicher Verhandlungsauftrag nicht hilfreich wäre.
Der Nationalrat tat es in der Abstimmung jedoch der kleinen Kammer gleich und nahm die Motion mit 116 zu 64 Stimmen (bei 0 Enthaltungen) gegen den Willen des Bundesrats an. Der geeinte Widerstand der SP- und Grünen-Fraktionen vermochte die Annahme nicht zu verhindern.

In der Frühjahrssession 2021 nahm auch der Ständerat Kenntnis vom Bericht zur Aussenwirtschaftspolitik 2020 und dem Bericht über zolltarifliche Massnahmen 2020. Die APK-SR hatte im Vorfeld der Session empfohlen, von diesen Berichten Kenntnis zu nehmen und darüber hinaus die drei Bundesbeschlüsse zur Genehmigung der Änderungsbeschlüsse der EFTA-Konvention, zur Genehmigung der Änderung der Liste LIX-Schweiz-Liechtenstein und zur Genehmigung zolltarifarischer Massnahmen anzunehmen.
Kommissionssprecher Damian Müller (fdp, LU) lobte den Bundesrat dafür, im Berichtsjahr die Warenflüsse gewährleistet zu haben und bezeichnete den internationalen Handel als Teil der Lösung angesichts geschwächter multilateraler Institutionen und interventionistischer Industriepolitik. Die Kommission zeigte sich mit der Qualität des Berichts und den darin gezogenen Schlüssen zufrieden. Carlo Sommaruga (sp, GE) gab allerdings zu bedenken, dass die Schweizer Bevölkerung in den vergangenen Abstimmungen zur Konzernverantwortungsinitiative und dem Freihandelsabkommen mit Indonesien Bedenken hinsichtlich der Konsequenzen des Schweizer Aussenhandels auf die Umwelt zum Ausdruck gebracht habe. Daher müsse man sich vertieft über die Vereinbarkeit des Freihandels mit der Agenda 2030 Gedanken machen und diese Thematik sei in Zukunft im Rahmen des Berichts zentral zu behandeln. Der Ständerat nahm die drei Bundesbeschlüsse gemäss der Empfehlung der Kommission einstimmig an.
Auch in den Schlussabstimmungen trafen die drei Bundesbeschlüsse auf keinerlei Widerstand. Der Beschluss zu den Pan-Europa-Mittelmeer-Präferenzursprungsregeln wurde vom Nationalrat mit 190 zu 1 Stimme (bei 3 Enthaltungen) und vom Ständerat einstimmig angenommen. Einstimmigkeit herrschte in beiden Räten auch bezüglich der Annahme des Bundesbeschluss über die Genehmigung der Änderung der Liste LIX-Schweiz-Liechtenstein bezüglich Würzfleisch.

Nachdem die APK-SR die Motion Cottier (fdp, NR) «Von der Mind-the-Gap-Strategie zur Build-the-Bridge-Strategie wechseln» im Januar 2021 einstimmig zur Annahme beantragt hatte, beriet sie der Ständerat in der darauffolgenden Frühjahrssession. Die Motion verlangte vom Bundesrat die Erarbeitung einer neuen Strategie für vertiefte Handelsbeziehungen mit dem Vereinigten Königreich. Kommissionssprecher Damian Müller (fdp, LU) sprach im Namen der Kommission dem Freihandelsabkommen «der zweiten Generation», das neben dem Güterverkehr auch Dienstleistungen, Investitionen, geistiges Eigentum etc. regulieren soll, die Unterstützung aus. Müller zufolge stimmte die Kommission dem Bundesrat aber dahingehend zu, dass ein derart umfassendes Abkommen erst dann umsetzbar sei, wenn der Brexit-Austrittsvertrag zuvor vertieft analysiert worden sei. Auch Bundesrat Guy Parmelin betonte im Anschluss mit Nachdruck, dass Sondierungsgespräche für die Ermittlung der bilateralen Interessen nötig seien, bevor man mit der Verhandlung eines derartigen Abkommens beginnen könne. Der Gesamtbundesrat wünsche sich zudem eine gewisse formelle und inhaltliche Flexibilität bei der Erarbeitung des Abkommens. Die kleine Kammer nahm die Motion stillschweigend an.

Im Dezember 2020 reichte Damian Müller (fdp, LU) eine Motion ein, mit der er den Bundesrat beauftragen wollte, Rückführungen nach Algerien auf dem Seeweg zu vollziehen. Konkret forderte er den Abschluss einer Vereinbarung mit Algerien, welche Rückführungen erlaubt, ein Transitlands mit Seezugang bewilligt und die Entsendung eines sogenannten Immigration Liaison Officers (ILO) nach Algier ermöglicht. Ständerat Müller begründete seine Motion damit, dass algerische Flüchtlinge in der Schweiz «praktisch keine Chance» auf einen legalen Verbleib hätten und Algerien die nationale Liste der hängigen Ausschaffungen daher seit Jahren anführe. Müller verwies auch auf Aussagen der kantonalen Migrationsbehörden, gemäss derer es vermehrt «Problemfälle» aus Algerien gebe. Obwohl Algerien 2012 vom EJPD als prioritäres Land zur Rückkehr von Migrantinnen und Migranten eingestuft worden war, seien zwangsweise Rückführungen mittels Sonderflügen auf Basis des bestehenden Rückübernahmeabkommens nicht möglich. Gemäss Ständerat Müller funktioniere die Rückführung auf dem Seeweg nach Marokko hingegen gut, weshalb man auf diesem Modell aufbauen sollte. Die Entsendung eines ILO nach Algier schliesslich sei notwendig, um die Beziehungen mit den algerischen Behörden im Migrationsbereich zu verbessern. Müller verwies dabei auf die Absicht des SEM weitere ILO-Stellen schaffen zu wollen.
Der Bundesrat räumte in seiner Stellungnahme ein, dass Rückführungen auf dem Seeweg oder durch Sonderflüge gemäss dem geltenden Abkommen mit Algerien unzulässig seien. Die Zusammenarbeit mit Algerien habe sich in den vergangenen Jahren jedoch verbessert und die Vollzugspendenzen seien bis zur Reisebeschränkungen durch die Covid-19-Pandemie deutlich gesenkt worden. Der Bundesrat zeigte sich optimistisch, dass neue Rückführungsmassnahmen – wie zum Beispiel Abflüge von Basel aus – nach der Öffnung der Grenzen zur positiven Entwicklung beitragen werden. Die Entsendung eines ILO sei zurzeit nicht notwendig. Einerseits weil dieser gemäss SEM in Algier nicht ausreichend ausgelastet wäre, andererseits aber auch weil die Schweizer Botschaft in Algerien über ein gutes Beziehungsnetz in der Migrationszusammenarbeit verfüge. Aus diesen Gründen beantragte der Bundesrat die Ablehnung der Motion.

In der Frühjahrssession 2021 gelangte das Anliegen in den Ständerat, wo der Motionär dem Bundesrat Passivität vorwarf. Der Bundesrat lobe sich selber für die Senkung der Vollzugspendenzen, obwohl selbige wieder angestiegen seien. Algerier gehörten zu jenen Asylsuchenden, die «auffällig oder eben sehr oft auch straffällig» würden. Laut Müller habe sich die Zusammenarbeit mit Algerien in den vergangenen drei Jahren, entgegen der Einschätzung des Bundesrats, nicht verbessert. Er forderte die anwesende Bundesrätin Karin Keller-Sutter dazu auf, es ihrem Amtskollegen Cassis gleichzutun und für bilaterale Gespräche nach Algerien zu reisen. Bundesrätin Keller-Sutter entgegnete, dass der Ausbau der Zusammenarbeit mit Algerien im Rückkehrbereich für den Bundesrat höchste Priorität habe, jedoch habe die Corona-Pandemie für einen zeitweiligen Stopp der Bemühungen gesorgt. Die Bundesrätin bat, die Motion abzulehnen, da ein verbindliches Verhandlungsmandat ihrer Ansicht nach aussichtslos wäre. Der Ständerat liess sich davon jedoch nicht beeindrucken und nahm die Motion mit 25 zu 16 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) an.

In der Herbstsession 2020 befasste sich der Ständerat mit dem Abkommen mit dem Vereinigten Königreich von Grossbritannien und Nordirland, wobei nach der einstimmigen Annahme durch den Nationalrat im Juni desselben Jahres auch in der kleinen Kammer kaum Diskussionsbedarf bestand. Laut Kommissionssprecher Damian Müller (fdp, LU) empfehle auch die APK-SR die Vorlage einstimmig zur Annahme. Bundesrätin Keller-Sutter bezeichnete das Abkommen als ein Zeichen der «engen und freundschaftlichen Beziehungen» zwischen den beiden Ländern, welches Kontinuität und Rechtssicherheit schaffe. Schweizer Staatsangehörige würden zukünftig im Vereinigten Königreich mindestens gleich gut behandelt wie EU-Bürgerinnen und -Bürger. Der Ständerat nahm den Entwurf mit 40 Stimmen und ohne Enthaltungen einstimmig an. Auch das Ergebnis der Schlussabstimmungen war eindeutig. Der Nationalrat wie auch der Ständerat stimmten mit 195 Stimmen respektive 44 Stimmen einstimmig für die Annahme des Entwurfs.

In der Herbstsession 2020 überwies der Ständerat die Motion Chiesa (svp, TI) zur Internationalen Positionierung und den Freihandelsabkommen der Schweiz an die zuständige Kommission. Carlo Sommaruga (sp, GE) hatte zuvor mittels Ordnungsantrag verlangt, dass man die Vorlage zuerst in der APK-SR diskutieren solle, bevor man der Bundesverwaltung und dem Departement neue Arbeit auferlege, insbesondere weil der Bundesrat bis Ende 2020 nebst einer China-Strategie noch mehrere Strategien zur Aussenpolitik veröffentlichen werde. Gemäss Ständerat Sommaruga teile der Kommissionsvorsitzende Damian Müller (fdp, LU) diese Ansicht. Motionär Chiesa unterstützte diesen Vorschlag nicht, da der Bundesrat die Erfüllung der Motion bereits zugesichert hatte und man ihm daher das Mandat direkt erteilen könne. Der Ordnungsantrag Sommaruga wurde dennoch mit 22 zu 14 Stimmen (bei 1 Enthaltung) angenommen, womit das Geschäft an die APK-SR zur Vorberatung überwiesen wurde.

Aufgrund des Corona-bedingten Sessionsabbruchs nahm der Ständerat erst in der Sommersession 2020 Kenntnis vom Aussenpolitischen Bericht 2019. Damian Müller (fdp, LU) äusserte sich im Namen der APK-SR dazu und lobte vor allem die erfolgreiche Erarbeitung der «Mind the Gap»-Strategie zur Sicherstellung der Rechte und Pflichten gegenüber dem Vereinigten Königreich nach dem Brexit, die enge Kooperation mit den Nachbarländern und die Bemühungen um den Abschluss des institutionellen Rahmenabkommens mit der EU.

Der Nationalrat nahm die Motion von Sibel Arslan (basta, BS), welche mehr Transparenz und Informationen bei Verhandlungen über Freihandelsabkommen forderte, in der Frühjahrssession 2019 stillschweigend an.

Im Ständerat waren die Meinungen in der Frühjahrssession 2020 hingegen gespalten. Die APK-SR hatte die Motion im Vorfeld der Ratsdebatte nach Stichentscheid des Präsidenten knapp abgelehnt, da sie darin keinen wesentlichen Mehrwert gegenüber der bereits bestehenden Rechtslage und Praxis erkennen konnte. Laut Kommissionssprecher Damian Müller (fdp, LU) war man sich zwar einig, dass eine aktive Information in Bezug auf die Verhandlungen über Freihandelsabkommen wichtig sei. Im Parlamentsgesetz sei aber sowieso vorgeschrieben, dass der Bundesrat die für die Aussenpolitik zuständigen Kommissionen informieren müsse. Somit renne man mit der Motion offene Türen ein und eine Annahme der Motion hätte gar keine Wirkung. Guy Parmelin empfahl dennoch die Annahme der Motion, weil der Bundesrat das Vertrauen zwischen Bundesrat, Parlament und anderen Akteuren bei der Erarbeitung von Freihandelsverträgen weiter stärken wolle. Dazu gehöre auch, dass er die aussenpolitischen Kommissionen noch systematischer über den Stand derartiger Verhandlungen informiert. Der Ständerat lehnte die Motion dennoch mit 29 zu 15 Stimmen (bei 1 Enthaltung) ab.

Im März 2019 reichte Filippo Lombardi (cvp, TI) eine Motion ein, welche die Intention hatte, die gesetzliche Grundlage zur Wahrung des Mitsprache- und Entscheidungsrechts von Parlament, Volk und Kantonen bei der Umsetzung des Rahmenabkommens zu gewährleisten. Für den Fall, dass der Bundesrat das institutionelle Rahmenabkommen mit der EU unterzeichnen sollte, brauche es eine eindeutige Regelung der dynamischen Übernahme von EU-Recht, damit das Mitspracherecht von Parlament, Volk und Kantonen garantiert sei, begründete der Motionär seinen Vorstoss. Ständerat Lombardi erhoffte sich durch diese Motion auch, dass durch ein frühzeitiges Mitspracherecht die demokratische Legitimation und Akzeptanz des Abkommens gesteigert und die parlamentarischen Kompetenzen geklärt werden würden.
Der Bundesrat beantragte im Mai die Annahme der Motion. Neuerungen im EU-Recht hinsichtlich der Marktzugangsabkommen würden zwar die Mitspracherechte von Parlament, Kantonen und Volk grundsätzlich nicht beeinträchtigen, erklärte er. Im Rahmen des Verhandlungsmandats habe man aber bereits die Überprüfung einer stärkeren Mitsprache des Parlaments und der Kantone beim Abschluss des institutionellen Abkommens eingeleitet. Ausserdem werde man im Falle einer Unterzeichnung des Abkommens prüfen, inwiefern die Partizpationsrechte im Rahmen der Umsetzung gestärkt werden könnten.
Im Juni gelangte das Geschäft in den Ständerat, wo Damian Müller (fdp, LU) einen Ordnungsantrag – zur Zuweisung der Motion an die zuständige Kommission zur Vorprüfung – stellte. Ständerat Müller begründete den Antrag mit der kurz zuvor erfolgten Annahme einer ähnlichen Motion der WAK-SR Die Entwicklungen der jüngeren Vergangenheit und die Relevanz des Themas machten seiner Meinung nach die Zuweisung sinnvoll. Dagegen wehrte sich der Urheber der Motion zwar, weil diese inhaltlich mehr umfasse als die WAK-Motion, doch sein Drängen fand nicht genug Gehör. Der Ständerat sprach sich mit 23 zu 16 Stimmen für den Ordnungsantrag aus.