Nachdem der Nationalrat die Frist für die Erfüllung einer parlamentarischen Initiative Müller (fdp, AG) mit der Forderung nach einer Harmonisierung der kantonalen Baurechtsvorschriften dreimal verlängert hatte, schrieb er den Gesetzgebungsauftrag in der Wintersession 2016 ab. Er tat dies auf Empfehlung seiner UREK-NR, die in einem Bericht über die Fortschritte bezüglich Beitritt der Kantone zur interkantonalen Vereinbarung vom 31. Januar 2006 über die Harmonisierung der Baubegriffe Auskunft gab: Im Jahr 2010 waren sechs Kantone der Vereinbarung beigetreten, womit diese hatte in Kraft treten können. Ende 2012 hatte die Vereinbarung elf beigetretene Kantone gezählt, bis zum Zeitpunkt des Berichts (November 2016) war diese Zahl auf 16 Kantone angewachsen. Mit den Kantonen Genf, Jura, Wallis und Waadt würden in vier weiteren Kantonen Vorbereitungsarbeiten zum Beitritt zur Vereinbarung laufen. Während mit den Kantonen Zürich, Glarus und St. Gallen drei weitere Kantone den Weg des autonomen Nachvollzugs der Bestimmungen gewählt hätten, verblieben somit mit Basel-Stadt, Appenzell Ausserrhoden und dem Tessin lediglich drei Kantone, die keinerlei Harmonisierungsbestrebungen zeigten. Eine verfassungsrechtliche Anpassung auf eidgenössischer Ebene sei aufgrund der beträchtlichen Fortschritte nicht mehr länger angezeigt, weswegen man mit 15 zu 5 Stimmen (3 Enthaltungen) beantrage, die Initiative abzuschreiben. Der Nationalrat kam diesem Antrag in der Wintersession 2016 diskussionslos nach.

Gegen den Widerstand der Linken stimmte der Nationalrat der Abschaffung der so genannten Dumont-Praxis zu. Auslöser war eine parlamentarische Initiative Müller (fdp, AG) aus dem Jahr 2004 gewesen, welcher die Wirtschaftskommissionen beider Räte Folge gegeben hatten. Diese Dumont-Praxis geht auf ein Bundesgerichtsurteil von 1973 zurück und schreibt vor, dass Käufer von vernachlässigten Liegenschaften die Renovationsarbeiten während der ersten fünf Jahre nicht als Unterhaltsaufwand vom steuerpflichtigen Einkommen abziehen dürfen. Während Müller noch eine Reduktion der Frist auf zwei Jahre verlangt hatte, beantragte die WAK-NR eine gänzliche Aufhebung der Bestimmungen auf Bundesebene. Den Kantonen sollte es frei gestellt sein, ob sie die Dumont-Praxis weiter führen wollen. Der Bundesrat opponierte in seiner Stellungnahme gegen diese Wahlfreiheit der Kantone, da sie die Bestrebungen der Steuerharmonisierung unterlaufe. Die WAK übernahm dieses Argument und beantragte, die Dumont-Praxis ganz abzuschaffen. Wohnbaupolitisch spreche insbesondere dafür, dass nötige Renovierungsarbeiten und energiepolitische Sanierungen nicht aus Steuergründen hinaus gezögert würden. Gegen den Widerstand der SP und der GP, die darin primär ein Steueroptimierungsinstrument für Reiche sahen, stimmte der Nationalrat dieser Aufhebung mit 127 zu 56 Stimmen zu. In der Schlussabstimmung sprachen sich auch die Grünen für die Aufhebung aus, da sie schliesslich den Aspekt der Erleichterung von Renovationen mit dem Ziel der Verbesserung der Energieeffizienz höher bewerteten als die von ihnen ursprünglich bekämpften steuerpolitischen Auswirkungen. Der Ständerat schloss sich diesem Entscheid einstimmig bei drei Enthaltungen an.

Die Staatspolitische Kommission des Nationalrats legte ihren in Form einer parlamentarischen Initiative gehaltenen Entwurf für einen indirekten Gegenvorschlag zur Volksinitiative „Volkssouveränität statt Behördenpropaganda“ vor (VI: 05.054). Diese gilt als Umsetzung der parlamentarischen Initiative Burkhalter (fdp, NE). Im Wesentlichen geht es dabei um die Aufnahme der bereits heute in Leitlinien festgelegten Grundsätze der Behördeninformation bei Volksabstimmungen in das Gesetz über die politischen Rechte. Diese Informationen sollen sachlich, transparent und verhältnismässig sein. Als Besonderheit soll der Bundesrat verpflichtet werden, umfassend zu eidgenössischen Volksabstimmungen zu informieren und dabei – das wäre eine Neuerung – immer den Standpunkt des Parlaments zu vertreten. Der Bundesrat sah weiterhin keinen Anlass, die bisher praktizierten Regeln von Leitlinien- auf Gesetzesstufe zu befördern und sprach sich dezidiert dagegen aus, dass die Regierung in jedem Fall die Haltung des Parlaments vertreten müsse. Der Nationalrat befasste sich in der Dezembersession mit diesen Vorschlägen. Gegen die Anträge der SVP, welche ihre eigene Volksinitiative bevorzugt, und des Bundesrates beschloss er Eintreten. In der Frage, ob der Bundesrat auch dann den Standpunkt der Bundesversammlung vertreten müsse, wenn er damit nicht einverstanden ist, beschloss der Rat auf Antrag Müller (fdp, AG) eine weniger rigide Lösung, indem er ihm untersagte, in diesem Fall eine abweichende Empfehlung abzugeben. Dieser Beschluss stützte sich auf ein Gutachten des EJPD, welches der Regierung die Propagierung einer vom Parlamentsentscheid abweichenden Parole untersagt, ihr aber erlaubt, sich in diesem Falle zurückzuhalten. Des weiteren verlängerte das Parlament die Behandlungsfrist für die Volksinitiative um ein Jahr.

Der Nationalrat lehnte eine parlamentarische Initiative Müller (fdp, AG) betreffend einen Verzicht der staatlichen Wohnbau- und Wohneigentumsförderung im Vorprüfungsverfahren ab.