Als Indiz für eine sich aufweichende innerparteiliche Kohärenz und die stärker werdende Kritik können auch die abweichenden Parolen der Kantonalsektionen bei den zwölf im Berichtjahr abgestimmten nationalen Vorlagen gelten. Fünf Mal wich mindestens eine kantonale Partei mit ihrer Empfehlung von der Parole der Mutterpartei ab. Beim Tierseuchengesetz waren es sogar sieben Kantonalsektionen (ZH, BE, BL, TG, VD, VS, GE) welche ein Ja statt des von der Delegiertenversammlung Ende Oktober mit 250 zu 89 Stimmen gefassten Neins empfahlen. Zuletzt hatte es 2003 so starke parteiinterne Opposition gegeben: beim Bundesgesetz über den Bevölkerungsschutz und den Zivilschutz sowie beim Bundesgesetz zur Armee XXI stimmten gar zwölf Kantonalsektionen gegen die vom damaligen VBS-Chef Samuel Schmid durchgeführten Armeereformen. Bei der Revision des Tierseuchengesetzes hatte sich die SVP-Fraktion im Parlament eigentlich noch für eine Annahme stark gemacht. Der angebliche Zentralismus, der die Bauern entmündige und die Skepsis gegen die von der EU angeführten internationalen Pharmafirmen führte an der Delegiertenversammlung in Seedorf (UR) Ende Oktober aber dann zu einem relativ wuchtigen Nein, das auch die aufgeheizte Stimmung an der Basis widerspiegelte. Ebenfalls vor allem an der Basis umstritten und von drei Kantonalsektionen (UR, GL, VS) mit einer Ja- statt einer Nein-Parole versehen war die Managed Care-Vorlage. Auch hier hatte die SVP-Fraktion zu den Befürworterinnen im Parlament gehört, aber auch hier gab es Anfang Mai an der Delegiertenversammlung in Klingnau eine mit 368 zu 52 Stimmen relativ deutliche Abfuhr. Erschwerend kam hinzu, dass der SVP-Gesundheitsexperte Toni Bortoluzzi (ZH) gegen Gregor Rutz (ZH) antreten musste, welcher seinerseits das Gegnerkomitee organisierte. Bortoluzzi führte das Nein in Klingnau auf das wachsende Misstrauen in seiner Partei gegenüber dem Gesundheitswesen zurück. Folge der internen Auseinandersetzung war, dass Bortoluzzi seine ursprünglich angekündigte Absicht, vor Legislaturende zurückzutreten und dem ersten Ersatzmann – Gregor Rutz – Platz zu machen, widerrief. Die SVP war allerdings nicht die einzige Partei, die während der Kampagne zu Managed Care kippte. Von immerhin noch zwei Kantonalsektionen (ZG, TG) bekämpft wurde der Bundesbeschluss zur Regelung der Geldspiele, der Ende Januar vom Zentralvorstand zur Annahme empfohlen worden war. Je eine Kantonalsektion wich ab beim Bundesbeschluss zur Jugendmusikförderung (VS) bzw. bei der Initiative für ein steuerlich begünstigtes Bausparen (ZG). Erstere war von der Mutterpartei an der Delegiertenversammlung Ende August in Basel zur Ablehnung, zweitere im Januar vom Zentralvorstand zur Annahme empfohlen worden. Die restlichen Vorlagen waren – auch was die fehlenden Abweichungen in der Parolenfassung durch die Kantonalsektionen betraf – unbestritten. In Berg (TG) wurde die Buchpreisbindung mit 342 zu 88 Stimmen und die Ferieninitiative mit einer Gegenstimme abgelehnt. In Klingnau wurde – neben Managed Care – mit 486 zu 0 einstimmige Unterstützung für die Auns-Initiative („Staatsverträge vors Volk“) und mit 415 zu 15 Stimmen die Annahme der Initiative „Eigene vier Wände dank Bausparen“ empfohlen. In Basel wurde Ende August die Nein-Parole zur Initiative „Schutz vor Passivrauchen“ (284 zu 25 Stimmen) und die Ja-Parole zur Initiative „Wohnen im Alter“ (289 zu 6 Stimmen) gefasst.

Mit der Nichtwiederwahl von Bundesrat Blocher Ende 2007 und dem darauf folgenden Parteiausschluss resp. -austritt der SVP-Bundesräte Widmer-Schlumpf und Schmid war vom Sommer an zum ersten Mal seit 1959 eine der vier grössten Parteien nicht mehr in der Landesregierung vertreten. Dass es mit der SVP die mit Abstand stärkste betraf, machte die Situation erst recht brisant. Von einer Konkordanzregierung durfte deshalb im Jahre 2008 nicht mehr gesprochen werden, und die Ankündigung der SVP, eine permanente und aggressive Oppositionspolitik betreiben zu wollen, liess Schlimmes für das Funktionieren der politischen Institutionen und die Stabilität des Systems befürchten.
Es zeigte sich dann aber bald, dass diese Befürchtungen übertrieben waren. Zum einen war die SVP, wie auf der anderen Seite des politischen Spektrums auch die SP, schon vorher als Regierungspartei oft in Opposition zur Parlamentsmehrheit und zum Bundesrat gewesen und hatte deren Entscheide in Volksabstimmungen bekämpft. Zum anderen hatte die SVP in den Nationalratswahlen vom Herbst 2007 ihre Position als stärkste Partei zwar noch ausgebaut, sie war aber mit 62 von 200 Sitzen (und gar bloss 8 von 46 im Ständerat) weiterhin eine Minderheitspartei geblieben. Sie konnte deshalb im Parlament, wenn sie sich nicht den anderen bürgerlichen Parteien anschloss, keine wesentliche Rolle spielen. Mit ihren eigenen Vorstössen unterlag sie wie schon in den früheren Jahren fast immer klar. Erfolg hatte sie nur einige Male, als sie zusammen mit der Linken Entscheide blockieren konnte, z.B. in der Armeepolitik. Aber nicht nur im Parlament, sondern auch in den Volksabstimmungen blieb sie erfolglos und musste bei ihrer Volksinitiative zur Einbürgerungspolitik sogar eine Schlappe einstecken.

An ihrer Delegiertenversammlung in Payerne (VD) beschloss die SVP, bei einer Abwahl eines ihrer Bundesräte in die Opposition zu gehen. Zudem solle aus der SVP-Fraktion ausgeschlossen werden, wer anstelle von Schmid oder Blocher eine Wahl in den Bundesrat annehme. Die Delegierten sprachen sich ohne Gegenstimme gegen die Initiative für eine Einheitskrankenkasse aus. Bundesrat Schmid äusserte sich in der Presse, er werde bei einer Nichtwiederwahl von Bundesrat Blocher frei entscheiden, ob er in der Regierung verbleibe.

Les réactions à ce remaniement des priorités de l’armée ont été nombreuses. Si le PDC et une partie du PRD ont apporté leur soutien – sous certaines conditions – à ces adaptations, la Société suisse des officiers et l’UDC ont crié au démantèlement de la défense classique. De leur côté, le PS, les Verts et le GSsA ont affirmé leur volonté de briser le tabou de l’obligation de servir. S’appuyant sur le rejet du programme d’armement 2004 par les chambres, les socialistes ont notamment fait plusieurs propositions concrètes en présentant leur conception de l’armée suisse et de sa mission dans un papier de position publié au mois de mai. Selon eux, la tâche principale de l’armée doit désormais être l’engagement dans des missions de maintien de la paix organisées sous l’égide de l’ONU ou de l’OSCE. À ce titre, ils ont réclamé la création d’un bataillon d’environ 1500 soldats au maximum, qui puisse être engagé à tout moment dans des missions de paix à l’étranger. Dans cette perspective, le PS a proposé une armée de 50'000 hommes, composée d’un noyau dur de 12'000 militaires professionnels et de 38'000 volontaires de milice, c’est-à-dire des personnes dont l’activité professionnelle principale serait une activité civile, mais qui s’engageraient contractuellement à suivre une formation militaire. Or, comme les socialistes l’ont précisé, cela impliquerait la levée de l’obligation de servir, incompatible avec des effectifs aussi modestes. Quant aux coûts d’une telle armée, ils seraient de CHF 2.5 milliards au lieu des 4.7 milliards inscrits au budget de l’année sous revue. ((Notons que la Jeunesse socialiste a critiqué le papier de position du PS, jugeant que celui-ci n’allait pas dans la bonne direction. Pour la JS en effet, l’armée ne doit aucunement être réformée, mais supprimée) Le PS a appelé le PRD et le PDC à réfléchir avec lui sur ces réformes. Les socialistes n’ont cependant pas souhaité y associer l’UDC, jugée « trop éloignée » pour permettre l’entame d’un dialogue. Les démocrates du centre ont de leur côté réitéré en fin d’année leurs vives critiques vis-à-vis du projet de remaniement de l’armée du Conseil fédéral – prenant le relais de celles émises par la Société suisse des officiers – et ont attaqué de ce fait indirectement le conseiller fédéral UDC Samuel Schmid.

Mitte Juni verabschiedeten die Christlichdemokraten Alt-Bundesrätin Ruth Metzler mit einer stehenden Ovation. Nur wenige Tage vor der Delegiertenversammlung war Metzlers Buch erschienen, in dem sie sich kritisch zum Verhalten der Parteispitze im Vorfeld der Bundesratswahlen 2003 äusserte und das in der Partei einige Irritationen ausgelöst hatte. Interimspräsidentin Doris Leuthard attestierte der ersten CVP-Frau im Bundesrat, während viereinhalb Jahren in so schwierigen Bereichen wie der Migrationspolitik mit Herzblut und Sachverstand gewirkt zu haben. Das Scheitern der Bestätigungswahl stellte sie als Konsequenz der von der CVP verlorenen Parlamentswahlen hin. Nachdem in den vergangenen Tagen viel von Entfremdung zwischen der früheren Bundesrätin und ihrer Partei die Rede gewesen war, versicherte Ruth Metzler den Delegierten, sie fühle sich in der CVP zuhause, denn diese trete für Werte ein, die ihr persönlich und für das Vorankommen des Landes wichtig seien. Die Delegierten beschlossen mit 163:2 resp. 163:3 Stimmen und je einer Enthaltung die Ja-Parole zur Neuregelung des Bürgerrechts und folgten damit dem Plädoyer der ehemaligen EJPD-Chefin, welche diese Revision vorangetrieben hatte.

Zwei Wochen später eröffnete die SVP an ihrer Delegiertenversammlung in Biel die Unterschriftensammlung. Zur SP-Gesundheitsinitiative, welche einkommens- und vermögensabhängige Krankenkassenprämien verlangt, beschlossen die Delegierten einstimmig die Nein-Parole. In seiner Rede zur Situation der Sozialwerke forderte Bundesrat Samuel Schmid, die demographische Entwicklung zu berücksichtigen. Nicht Anreize zur Frühpensionierung seien gefragt, sondern Arbeitsmodelle für ältere Personen, ohne aber einfach das Rentenalter zu erhöhen. Nach einem kurzen Disput zwischen Parteipräsident Ueli Maurer und dem Berner Kantonalpräsidenten Hermann Weyeneth stimmten die SVP-Delegierten dem Antrag der Waadtländer SVP zu, ein Strategiepapier zur Agrarpolitik auszuarbeiten. Weyeneth hatte eingewandt, die SVP sei kein Ersatz-Bauernverband.

An ihrem Sonderparteitag in Pratteln (BL) eröffnete die SVP den Wahlkampf: Einstimmig beschlossen die Delegierten die Ja-Parole zu ihrer Volksinitiative "gegen Asylrechtsmissbrauch". Nach einer Ansprache von Bundesrat Samuel Schmid zur Verzahnung zwischen innerer und äusserer Sicherheit und anschliessenden Referaten zum Spannungsfeld Migration und Sicherheit verabschiedeten die Delegierten einen Forderungskatalog "Sicherheit Schweiz", der von der Grenzsicherung, dem Misstrauen gegenüber dem Schengen-System der EU, der abschreckenden Behandlung von Asylsuchenden, der Verbrechensbekämpfung in den Städten bis zu Sanktionen gegen Eltern gewalttätiger Schüler reichte.