Suite à la démission du conseiller d'Etat Pierre Maudet (GE, sans parti), une élection complémentaire a été organisée dans le canton de Genève. Candidat à sa propre succession, Pierre Maudet s'est présenté en tant qu'indépendant après avoir été exclu du PLR suite à ses problèmes judiciaires. Pour tenter de maintenir son deuxième siège à l'exécutif, le PLR a lancé Cyril Aellen. L'UDC, tout comme les Vert'libéraux, ont proposé des conseillers nationaux, à savoir Yves Nidegger (udc, GE) et Michel Matter (pvl, GE). Les Verts lancèrent Fabienne Fischer. Le président du PBD Genève Yann Testa et Olivier Pahud (GE, sans parti) avec sa liste «Evolution Suisse», ainsi que Morten Gisselbaek (GE, pdt) briguèrent également le siège vacant. Si la candidature verte pouvait compter sur le soutien du PS, le PLR a reçu l'appui du PDC. La campagne en temps de pandémie a d'une part été marquée par les critiques envers Fabienne Fischer, suite à ses propos relatifs à la vaccination. Si ses propos pouvaient laisser transparaître des doutes sur l'utilité de la vaccination, elle rectifia plut tard vouloir se faire vacciner. D'autre part, Pierre Maudet a été condamné à une peine pécuniaire de 300 jours-amende avec sursis pour acceptation d'un avantage pour son voyage à Abu Dhabi.

Avec une participation de 48.2 pour cent, la verte Fabienne Fischer est arrivée en tête avec 38'626 voix, suivie par Pierre Maudet (29'275 suffrages), Cyril Aellen (20'129), Yves Nidegger (17'045), Michel Matter (12'322), Morten Gisselbaek (6'407), Olivier Pahud (1'562) et enfin Yann Testa (777).
Lors du deuxième tour (participation de 42.7 pour cent), le PDC a cette fois surpris en proposant la candidature de Delphine Bachmann. Le parti souhaitait « offrir une alternative à l’électorat de centre-droit », après que le PLR ait refusé de participer au second tour. Fabienne Fischer, Pierre Maudet et Yves Nidegger se sont représentés. Avec une participation de 42.7 pour cent, Fabienne Fischer a été élue avec 47'507 suffrages. Pierre Maudet n'a pas réussi à récupérer son siège avec son score de 38'184 voix. La candidate PDC est arrivée en troisième position avec 15'408 voix, suivie par Yves Nidegger et ses 12'485 suffrages. Les Verts renforçant leur présence avec un deuxième siège, la composition du Conseil d'Etat genevois compte ainsi 2 PS, 2 PLR, 1 PLR, 1 MCG et 1 PDC.

Election complémentaire au gouvernement genevois 2021
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