Le Conseil des Etats a débattu parallèlement de l'initiative pour une eau potable propre et de l'initiative pour une Suisse libre de pesticides de synthèse. Il propose de rejeter tant l'une que l'autre initiative, suivant ainsi l'avis de la CER-CE, du Conseil fédéral ainsi que du Conseil national, comme préalablement rappelé par le rapporteur de commission, Christian Levrat (ps, FR). Ce dernier est brièvement revenu sur les raisons pour lesquelles une majorité de la commission de l'économie et des redevances estime qu'il faut rejeter l'initiative pour une Suisse libre de pesticides de synthèse. Une interdiction totale d'ici à dix ans aurait des conséquences défavorables pour l'agriculture, l'industrie agroalimentaire et la sécurité alimentaire de la Suisse. Une interdiction d'importation des denrées alimentaires produites à l'aide de ces substances ne serait, de plus, pas compatible avec les accords commerciaux signés avec l'UE, et dans le cadre de l'OMC et du GATT. Cet avis a été partagé par une large majorité de la CER-CE (8 voix contre 2 et 1 abstention).
A cette position de refus de la commission, deux sénatrices écologistes, Céline Vara (verts, NE) et Adèle Thorens (verts, VD) ont chacune délivré un plaidoyer pour une agriculture en accord avec la nature. Adèle Thorens a proposé de soutenir un texte qui entre en rupture avec l'actuel système de gestion des pesticides; un système en échec, selon ses propos. Pour elle, tant l'homologation des produits – dont on se rend compte après coup qu'ils sont hautement problématiques – que le non-respect des normes établies ou encore la difficulté de retirer du marché certaines substances problématiques et celle d'assainir les eaux polluées par ces produits sont autant de preuves d'un système qui ne fonctionne pas. Elle a donc plaidé pour un changement de paradigme, parlant d'une transition de l'agrochimie à l'agroécologie. La sénatrice vaudoise y voit une nécessité pour répondre à l'urgence de l'effondrement de la biodiversité qui est à comparer au réchauffement climatique. En écho à son intervention, Céline Vara a dépeint le tableau clinique de la biodiversité en Suisse, rappelant notamment la baisse de 60 pour cent des effectifs d'oiseaux insectivores dans les milieux agricoles depuis 1990. Pour elle, l'initiative élaborée par la CER-CE n'est qu'un pas de fourmi, alors que l'initiative pour une Suisse libre de pesticides de synthèse propose une solution cohérente et nécessaire afin de protéger le vivant pour les générations futures.
En réponse à ces interventions, Olivier Français (plr, VD) et Peter Hegglin (pdc, ZG) ont souhaité apporter une analyse plus nuancée, reconnaissant la nécessité d'agir, tout en rappelant que tout n'était pas aussi simple. L'élu zougois a notamment pris l'exemple de la désinfection des outils utilisé pour la production du lait. Celle-ci s'effectue avec des produits synthétiques afin de garantir une hygiène irréprochable. En cas d'interdiction de l'utilisation de ce genre de produits dans le futur, il sera alors compliqué, selon cet ancien producteur bio, d'assurer une bonne qualité du lait. Le ministre en charge de l'agriculture, Guy Parmelin, a finalement insisté sur les efforts entrepris par les agricultrices et agriculteurs afin de réduire l'utilisation des produits phytosanitaires. Il a également rappelé les mesures entreprises par la Confédération afin de renforcer la recherche de solutions alternatives, citant la restructuration d'Agroscope, le financement du Fibl ainsi que les synergies créées avec l'EPFZ.
28 sénatrices et sénateurs se sont rallié.e.s à la position de la majorité de la commission, du Conseil national et du Conseil fédéral, tandis que 9 élu.e.s ont soutenu le texte d'initiative (4 abstentions).

Lors du vote final, les deux chambres ont renouvelé leur opposition au texte – par 31 contre 9 et 4 abstentions à la chambre haute et par 111 voix contre 78 et 7 abstentions à la chambre du peuple. Il est intéressant de noter que l'initiative a récolté une vingtaine de voix de plus en sa faveur au Conseil national entre le premier vote d'ensemble et le vote final, le premier vote ayant eu lieu avant le renouvellement du Parlement en 2019.

Le Conseil national a rejoint les recommandations du Conseil fédéral et rejeté l'initiative populaire du Groupe pour une Suisse sans armée (GSsA) sur le financement des producteurs de matériel de guerre. Les débats en chambre ont pris la forme d'un clivage traditionnel gauche-droite. Au final, l'initiative populaire a été rejetée par 120 voix contre 71et 2 abstentions. Les voix de l'UDC, du PLR, du PVL et du groupe du centre ont rejeté en bloc l'initiative. De plus, un contre-projet initié par la gauche et soutenu, cette fois, par le PVL a également été rejeté. La commission de la politique de sécurité du Conseil national (CPS-CN) recommandait également le rejet de l'initiative par 17 voix contre 8. La majorité a estimé ainsi que l'initiative était non seulement irréalisable, mais que son impact potentiel serait minime. A l'opposé, une minorité a relevé la dimension éthique qu'entraîne des investissements dans du matériel de guerre.
Lors des discussions, le conseiller fédéral Parmelin a pointé du doigt l'impact réel de l'initiative populaire sur un marché où la Suisse joue un rôle infime, a rappelé l'indépendance de la Banque nationale suisse (BNS) et mentionné l'impact économique pour certaines PME. Puis, la droite a appuyé cette argumentation en insistant sur les risques économiques pour la place industrielle et financière helvétique. A l'opposé, la gauche a mis en avant l'image et la crédibilité de la Suisse, considéré que les Helvètes avaient leur mot à dire sur l'utilisation de leurs retraites par les caisses de pension et qu'il était incohérent que la BNS investisse dans des producteurs de matériel de guerre alors que la Suisse prônait la paix. Au final, l'argument économique avancé par la droite et le Conseil fédéral a été décisif.

L'initiative populaire «Stop à l’îlot de cherté – pour des prix équitables» (dite initiative pour des prix équitables) a pour objectif de réduire les prix surfaits imposés aux Helvètes en favorisant les importations parallèles. L'objectif est non seulement de protéger l'industrie, l'hôtellerie, la restauration ou encore l'agriculture qui subissent des prix excessifs, mais également les consommateurs et consommatrices sur qui ces prix majorés sont répercutés. Selon une étude, citée par la Commission de l'économie et des redevances (CER-CN), le surcoût avoisinerait les 15 milliards de francs suisse par année. Bien que soutenue par la population selon un sondage gfs, l'initiative a reçu un accueil mitigé des partis bourgeois qui ont jugé le texte excessif. D'un côté, l'UDC s'est dit sceptique quant à l'impact réel sur les consommateurs et consommatrices. D'un autre côté, le PLR a estimé que l'initiative était une entrave au marché libre et à la concurrence. De plus, le Conseil fédéral, par la voix du conseiller fédéral Guy Parmelin, a précisé que le texte de l'initiative était en inadéquation avec certaines obligations internationales de la Suisse. Ainsi, la chambre du peuple a recommandé le rejet de l'initiative par 102 voix contre 58 et 27 abstentions. Les nombreuses abstentions dans le groupe du Centre (9), dans le Parti socialiste (5) et chez les Verts (11) ont annihilé les chances de succès de l'initiative populaire.
Par contre, le Conseil national a adopté le contre-projet indirect, proposé par le Conseil fédéral, qui prévoit une modification de la loi fédérale sur les cartels (LCart). La chambre du peuple est entrée en matière par 161 voix contre 27 et 2 abstentions. Seules 18 voix du PLR et 9 voix de l'UDC se sont opposées au contre-projet indirect. Néanmoins, le Conseil national a renforcé le contre-projet du Conseil fédéral. Il a suivi les recommandations de la CER-CN en incluant, par 150 voix contre 39 et 1 abstention, non seulement la position dominante mais également le pouvoir de marché relatif comme entrave à la concurrence. De plus, le Conseil national a adopté, par 114 voix contre 60, l'interdiction du géoblocage dans le contre-projet indirect.