Die Preisgestaltung der Medikamente geriet ebenfalls wieder in Bewegung. Die Kartellkommission hielt an ihrer bereits 1988 geäusserten – und von der Pharmaindustrie aufs heftigste bestrittenen – Auffassung fest, die Generika würden durch die bestehende Marktordnung benachteiligt, und sie drohte, eine Untersuchung des Arzneimittelmarktes einzuleiten. Die Schweizerische Gesellschaft für Gesundheitspolitik (SGGP) führte eine Tagung zu diesem Thema durch, in deren Verlauf die Meinungen ziemlich heftig aufeinanderprallten.

Auf Vermittlung der Kartellkommission wurde bei den Generika eine gewisse Annäherung der Positionen erzielt, insofern als die Handelsmargen der Generika etwas angehoben wurden, was dazu führen dürfte, dass vermehrt preisgünstige Nachahmerprodukte verschrieben werden.