Après un renvoi visant à ne pas interférer avec le paraphe des bilatérales, la Commission européenne s’est prononcée sur un document interne concernant les relations futures entre l’Europe et la Suisse. En substance, elle a pris position contre un deuxième train de négociations sectorielles avec la Suisse tant que les accords bilatéraux n’auront pas été ratifiés. Passé ce cap, elle serait prête à entrer en matière sur un nouveau paquet d’accords, mais à condition que la Suisse coopère dans la lutte contre le crime organisé et en matière de fiscalité de l’épargne. L’organe exécutif a également affirmé que l’UE avait de toute façon peu à gagner d’un nouveau paquet d’accords surtout favorables à la Confédération et s’est refusé à accorder un « ticket gratuit au pays le plus riche d’Europe ». La Commission européenne préférerait de loin que la Suisse adhère à l’UE, notamment afin qu’elle participe financièrement au pot commun. Selon ses dires, l’obtention par la Suisse d’un accès sans limite (EEE à la carte) et avec peu de contraintes institutionnelles supprimerait tout stimulant à l’adhésion et ne favoriserait pas les forces pro-européennes. Le Conseil fédéral souhaiterait par contre entamer rapidement des négociations dans huit autres secteurs (accès au marché européen de l’électricité et des services, notamment financiers; libre-échange pour les produits agricoles transformés; participation aux programmes européens dans les domaines de la formation et de l’audiovisuel; coopération en matière de statistiques; adhésion à l’Agence européenne de l’environnement et accord parallèle à la Convention de Dublin sur le pays de premier asile). A l’occasion des entretiens trimestriels de Watteville qui réunissent les quatre partis gouvernementaux, la décision a été unanime pour reconnaître que les accords bilatéraux constituaient l’objectif prioritaire de la Suisse et qu’ils ne préjugeaient pas de l’adhésion ou non à l’Union. L’UDC, le PDC, le PRD et le PS ont également accepté les échéances majeures suivantes de l’agenda politique suisse, à savoir d’abord la votation sur les bilatérales (en cas de succès du référendum) et ensuite seulement les discussions parlementaires sur l’initiative « Oui à l’Europe ».