L’entrée en vigueur d’ « Armée XXI » n’a cependant pas manqué de déclencher un certain nombre de critiques et de polémiques. Outre des critiques sévères apportées à la nouvelle réforme par les recteurs des universités suisses et les délégués des Hautes Ecoles et des gymnases, ce sont les officiers et sous-officiers qui ont vivement critiqué celle-ci tout au long de l’année sous revue. Cela a même conduit la Société suisse des officiers (SSO) à adresser un courrier de mécontentement au Conseil fédéral en septembre, pour demander à ce dernier ce que l’armée attendait d’eux. Cette situation de confusion a d’ailleurs été renforcée par le fiasco du système informatique de gestion du personnel PISA 2000, proprement inutilisable.