Das EFD schickte die Reform zur Vereinfachung des Bundesgesetzes über die Mehrwertsteuer in die Vernehmlassung. Da die Mehrwertsteuer als zu komplex und für die Steuerzahler und die Verwaltung administrativ als zu aufwändig und risikoreich kritisiert wurde, schlug der Bundesrat zahlreiche Änderungsvorschläge von eher technischer Natur bis hin zu radikalen und innovativen Reformschritten, wie die Einführung eines einheitlichen Steuersatzes und die Abschaffung möglichst vieler Steuerausnahmen, vor. Als Modelle standen zur Diskussion: 1. Ein Einheitssteuersatz von 6%, der auch für das Gesundheitswesen gilt, 2. Zwei Sätze von 3.4 und 7.6% sowie der Verzicht auf viele Ausnahmen und 3. Die Beibehaltung der drei heutigen Sätze, aber mit administrativen Vereinfachungen. Umstritten waren dabei nicht die Vereinfachungen im Gesetz, wohl aber die Änderungen bei den Steuersätzen, die allenfalls eine Verfassungsänderung erfordern würden sowie der Abbau von Ausnahmen bei der Steuerpflicht. Gegen den Einheitssteuersatz wehrten sich SP, SVP und CVP, welche diesen als unsozial und als versteckte Steuererhöhung ansahen.

Der Bundesrat hatte im Januar 2008 nach Kenntnisnahme der Ergebnisse der Vernehmlassung in einem Grundsatzentscheid beschlossen, dem Parlament eine Botschaft zur Reform der Mehrwertsteuer mit zwei voneinander unabhängigen Teilen zu unterbreiten. Die Ende Juni 2008 verabschiedete Sammelbotschaft ist so aufgebaut, dass beide Teile nacheinander behandelt werden können. Es ist aber auch möglich, direkt Teil B zu behandeln, welcher die Reformmassnahmen von Teil A ebenfalls umfasst. Der Gesetzesentwurf wurde nach dem Grundsatzentscheid noch einmal deutlich überarbeitet, um die Anliegen der betroffenen Kreise noch besser zu berücksichtigen.

Das Fundament der Reform bildet der erste Teil der Botschaft mit einem vollständig überarbeiteten MWSt-Gesetz. Die technischen Anpassungen betreffen hauptsächlich die steuerpflichtigen Unternehmen und die Verwaltung. Die mit der Abrechnung der MWSt verbundenen administrativen Kosten der Unternehmen werden um durchschnittlich über 10% abnehmen. Das überarbeitete Gesetz zeichnet sich durch eine einfachere Systematik und inhaltliche Revisionen in über 50 Punkten aus. Es wird damit wesentlich zum Abbau des oft gerügten Formalismus der Steuerbehörden beitragen. Die heute gültigen Steuersätze und Ausnahmen bleiben in diesem Teil der Botschaft bestehen. Im zweiten Teil der Botschaft schlägt der Bundesrat zusätzlich zu den Massnahmen des Teils A vor, einen Einheitssatz von 6,1% einzuführen und möglichst viele Ausnahmen abzuschaffen. Beide Teile der Botschaft führen in der MWSt zu wesentlichen Vereinfachungen, mehr Rechtssicherheit und Transparenz. Nach Ansicht des Bundesrats wird die Anwendung der MWSt mit dem Einheitssatz und der Aufhebung von Ausnahmen am einfachsten. Der Bundesrat strebt deshalb die Umsetzung sowohl der in Teil A als auch der in Teil B enthaltenen Reformen an.

Der Bundesrat hatte dem Parament im Juni 2008 eine Botschaft zur Reform des Mehrwertsteuergesetzes vorgelegt. Diese Vorlage enthält zwei Teile: Teil A beinhaltet den Entwurf eines totalrevidierten Mehrwertsteuergesetzes, das zahlreiche Vereinfachungen vorsieht und generell anwendungsorientierter ist. Mit über 50 Einzelmassnahmen sollen die Unternehmen administrativ entlastet werden, die geltenden Steuertarife werden jedoch beibehalten. Hier setzt Teil B der Reform an, der alle Änderungsvorschläge des ersten Teils enthält, jedoch darüber hinaus einen einheitlichen Mehrwertsteuersatz von 6,1% vorschlägt und weiter möglichst viele Ausnahmen abschaffen will. Der Bundesrat strebte die Umsetzung sowohl der in Teil A als auch der in Teil B enthaltenen Reformen an.

Die vorberatende Kommission des Nationalrates beschloss zuerst nur Eintreten auf den Teil A der Reform und vertagte den Eintretensentscheid zu Teil B. Sie wollte damit eine möglichst rasche Beschlussfassung bezüglich des Teils A gewährleisten. Der Nationalrat hatte in der Folge über Eintreten auf Teil A der Vorlage zu befinden. Es lagen zwei Anträge auf Rückweisung vor. Ein erster wollte den Bundesrat beauftragen nur eine Teilrevision zu präsentieren und wurde von der SP, nicht aber von der grünen Fraktion unterstützt. Er scheiterte im Parlament deutlich. Auch ein zweiter Rückweisungsantrag von Nationalrat Zisyadis (al, VD), der eine komplette Neugestaltung der Mehrwertsteuer verlangt hatte, wurde klar abgelehnt.

In der Detailberatung des Nationalrates war der Sondersatz für Hotellerieleistungen umstritten. Der bundesrätliche Entwurf sah dessen Fortführung vor, die Ratslinke und die Grünen bekämpften diesen Sondersatz. Mit 109 zu 57 Stimmen setzte sich die bürgerliche Ratsmehrheit und Bundesrat Hans-Rudolf Merz durch. In der Frage des Verzichts auf die Befreiung von der Steuerpflicht, eine Regelung, die vor allem bei neugegründeten Firmen angewendet wird und diesen Anspruch auf den Vorsteuerabzug gibt, entschied der Rat nach Vorgabe seiner Kommissionsmehrheit, aber gegen den Bundesrat und die Ratslinke. Er setzte dabei insbesondere durch, dass der Verzicht rückwirkend auf bis zu drei zusammenhängende Steuerperioden ermöglicht werden soll. Die Kommission setzte sich mit ihrem Vorschlag auch bei der Erhöhung der unteren Umsatzgrenze für die Steuerpflicht von gemeinnützigen Institutionen, Sport- und Kulturverbänden von 100'000 auf 300'000 Fr. pro Jahr durch. Dieser Vorschlag wurde diskussionslos angenommen. Mehr zu reden gab die von der Kommission vorgeschlagene Verkürzung der Verjährungsfrist, also jener Frist, innerhalb derer die Steuerverwaltung eine Steuerforderung stellen kann. Die Kommission hatte entgegen dem Entwurf des Bundesrates eine Verkürzung dieser Frist von fünf auf drei Jahre gefordert. Eine links-grüne Minderheit sowie Bundesrat Merz argumentierten, dass eine solche Verkürzung nicht nur zu Steuerausfällen sondern auch zu administrativem Mehraufwand führen werde. Dennoch setzte sich die Kommissionsmehrheit, wenn auch relativ knapp, mit 81 zu 72 Stimmen durch. Eine vorwiegend aus SVP-Vertretern zusammengesetzte Minderheit wollte den Entwurf dahingehend ändern, für Mehrwertsteuerberater, Steuerexperten oder Treuhändler eine Art Berufsgeheimnis einzuführen und sie somit nicht der Auskunfts- und Offenlegungspflicht zu unterstellen. Dieser Antrag setzte sich gegen die Kommissionsmehrheit knapp mit 87 zu 86 Stimmen durch, dafür hatte neben der SVP- auch die FDP-Fraktion gestimmt. Die Vorlage wurde in der Gesamtabstimmung mit 110 zu 59 Stimmen angenommen, die Ratslinke hatte geschlossen dagegen, die bürgerlichen Fraktionen ebenso geschlossen dafür votiert.

Im Ständerat war die vom Nationalrat vorgenommene Erhöhung der Umsatzgrenze für die Steuerpflicht von gemeinnützigen Institutionen, Sport- und Kulturverbänden ein erster wichtiger Diskussionspunkt. Die Kommission schlug vor, dem bundesrätlichen Entwurf zu folgen und die Grenze auf 100'000 Fr. zu senken. Felix Gutzwiller (fdp, ZH) argumentierte für eine Beibehaltung der aktuell gültigen Grenze von 150'000 Fr. Der Rat entschied nur mit Stichentscheid seines Präsidenten Berset (sp, FR) mit 23 zu 22 für den Kommissionsvorschlag und damit in Abweichung der Fassung des Nationalrates. Auch im Unterschied zum Nationalrat hielt die kleine Kammer an der vom Bundesrat vorgeschlagenen fünfjährigen Verjährungsfrist fest und wollte diese nicht auf drei Jahre reduzieren. Weiter setzte der Ständerat geänderte Bestimmungen zum Strafrecht der Mehrwertsteuer durch und strich das vom Nationalrat neu eingeführte Auskunftsverweigerungsrecht für Steuerberater wieder. Dies vor allem weil die Berufsbezeichnung Steuerberater nicht geschützt ist und somit die Umsetzung dieses Artikels unklar bleiben würde. Unbestritten war im Ständerat auch die Fortführung des Sondersatzes der Mehrwertsteuer auf Hotellerieleistungen. In der Gesamtabstimmung wurde das Gesetz einstimmig bei 4 Enthaltungen angenommen.

Im Differenzbereinigungsverfahren passierte im Nationalrat ein von der WAK-NR ausgearbeiteter Kompromiss, die Umsatzlimite von Sport- und Kulturvereinen sowie von gemeinnützigen Organisationen auf dem bereits im bestehenden alten Gesetz festgeschriebenen Betrag von 150'000 Fr. zu belassen. Sonst schloss er sich weitgehend den Beschlüssen des Ständerates an. Der Ständerat übernahm die vom Nationalrat bereinigte Version des Gesetzes ohne Debatte. In der Schlussabstimmung wurde das Gesetz im Ständerat einstimmig, im Nationalrat mit 4 Gegenstimmen gutgeheissen.

Der Bundesrat hatte dem Parament im Jahr 2008 eine Botschaft zur Reform des Mehrwertsteuergesetzes vorgelegt. Die Botschaft enthält zwei Teile, wobei Teil A der Vorlage 2009 vom Parlament verabschiedet worden war. Darin ging es um rund 50 materielle Änderungen, die zu einer wesentlichen Vereinfachung des Besteuerungssystems führen sollen. Teil B geht über diesen Massnahmenplan hinaus, indem er die Vereinfachung der Mehrwertsteuer weiterführt und einen einheitlichen Steuersatz von 6,5% vorschlägt. Weiter sollen die meisten Ausnahmen aufgehoben werden und Ausnahmen nur dort bestehen bleiben, wo der administrative Aufwand in keinem Verhältnis zum Ertrag steht oder wo eine korrekte Bestimmung der Steuerbemessungsgrundlage technisch nicht machbar ist. Konkret schlug der Bundesrat Ausnahmen in folgenden Bereichen vor: Finanz- und Versicherungsbranche, Verkauf und Vermietung von Immobilien, Urprodukte (u.a. Landwirtschaft- und Forstwirtschaft), Glücksspiele sowie Leistungen innerhalb des gleichen Gemeinwesens. Die vorberatende Kommission des Nationalrates anerkannte, dass das vorliegende Geschäft mit seinen zahlreichen Vereinfachungen die Rechtsicherheit verbessere Die Kommissionsmitglieder waren sich aber uneins, ob die Einführung eines Einheitssatzes die beste Lösung sei. Insbesondere wurde das Vorhaben als unrealistisch und politisch nicht durchführbar beurteilt. Auch äusserte eine Minderheit der Kommission Sorge darüber, dass eine Änderung der heutigen Situation unvermeidlich zu einer Benachteiligung der Bevölkerungsschichten mit niedrigem Einkommen führen würde. Die Kommission beantragte deshalb bei ihrem Rat die Rückweisung der Vorlage mit dem Auftrag, dem Parlament eine Vorlage für eine MWST-Revision nach einem 2-Satz-Modell mit Ausnahmen zu unterbreiten. Insbesondere sollen die folgenden Bereiche als Ausnahmen vorgesehen werden: das Gesundheitswesen, das Bildungswesen, die Kultur, Leistungen/Veranstaltungen im Sportbereich sowie wohltätigen Institutionen. Weiterhin soll für Nahrungsmittel, das Gastgewerbe sowie die Beherbergung ein reduzierter Satz gelten. Im Nationalrat war das Eintreten auf die Vorlage umstritten, die Sozialdemokraten und die Grünen verlangten Nicht-Eintreten. Der Rat folgte jedoch seiner Kommission und beschloss das Eintreten auf die Vorlage mit 113 zu 58 Stimmen. In der nachfolgenden Debatte über den Rückweisungsantrag wurde die Vorlage wiederholt als „Totgeburt“ und illusorisch gebrandmarkt und ausser der FDP sprach sich niemand für die Vorlage aus. Während die CVP, SVP und die BDP für den Rückweisungsantrag votierten, stimmten die SP und die Grünen gegen den Rückweisungsantrag, da sie auch das vorgeschlagene 2-Satz System ablehnten. Dem Rückweisungsantrag der Kommission wurde schliesslich mit 106:62 Stimmen stattgegeben. Damit geht die Vorlage zurück an den Bundesrat.

Die Reform des Mehrwertsteuergesetzes erlitt einen weiteren Rückschlag. Im Dezember 2010 hatte der Nationalrat die Einführung eines Einheitssatzes (Teil B) an den Bundesrat zurückgewiesen. Auch im Ständerat hatte das Anliegen einen schweren Stand. In der Frühjahrssession sprach sich indessen eine Mehrheit von 19 zu 18 Stimmen knapp gegen den Rückweisungsantrag aus. In der Wintersession hielt der Nationalrat mit 128 zu 58 Stimmen jedoch an seinem Entscheid vom Vorjahr fest, wodurch die Vorlage definitiv an den Bundesrat zurückgewiesen wurde. Eine Mehrheit aus SP, Grünen, CVP und SVP störte sich daran, dass die Reform die Güter des Grundbedarfs verteuert hätte. Mit dem Systemwechsel wären auch der Gesundheits- und der Bildungsbereich der Mehrwertsteuer unterstellt worden. Die Befürworter wiesen vergeblich auf den beträchtlichen Abbau von administrativen und Regulierungskosten hin.

Im Januar verabschiedete der Bundesrat eine Zusatzbotschaft zur Reform des Mehrwertsteuergesetzes, die sich mit dem Zwei-Satz-Modell auseinander setzte. Dadurch kam die Landesregierung widerwillig einem Auftrag nach, der vom Parlament im Zusammenhang mit der Rückweisung der Einführung eines Einheitssatzes im Jahre 2011 formuliert worden war. Gemäss dem Zwei-Satz-Modell sollten Gastronomie und Hotellerie in Genuss einer gegenüber dem Mehrwertsteuer-Normalsatz reduzierten Steuer kommen und die meisten der 29 Steuerausnahmen beibehalten werden. Allerdings gab der Bundesrat zu bedenken, dass damit weder die administrativen Kosten der Wirtschaft gesenkt noch ein gesamtwirtschaftlicher Wachstumsimpuls erwartet werden konnte. Der Bundesrat legte bezüglich der Höhe des reduzierten Satzes zwei Varianten vor, die beide ertragsneutral ausgestaltet waren, indem sie die Kompensation von Mindereinnahmen vorsahen. Wie aus den mehrheitlich negativen parteipolitischen Reaktionen auf die Zusatzbotschaft erwartet werden konnte, beschloss der Nationalrat in der Sommersession, nicht auf die Vorlage einzutreten. Die Mehrheit der grossen Kammer gelangte zur Einsicht, dass das Zwei-Satz-Modell keinen wesentlichen Zusatznutzen brachte. Im Rahmen der Herbstsession sprach sich auch der Ständerat für ein Nichteintreten aus, womit nach dem Einheitssteuersatz ein zweites Reformvorhaben im Bereich der Mehrwertsteuer scheiterte.