Suite à un rapport de l'entreprise Hayek, la Délégation parlementaire de surveillance des NLFA (DSN) s'est rendue compte du risque d'explosion du cadre financier de CHF 12,6 milliards des NLFA à 13,6. La première raison est que l'utilisation de l'indice des constructions de Zurich n'était pas adapté pour les coûts des travaux. L'OFT a dû s'atteler à la création d'un nouveau. A noter que le renchérissement n'a pas été pris en compte. Par conséquent les offres présentées pour les différents chantiers dépassaient les crédits initialement prévus. Le second facteur de surcoût était lié à la sécurité; certaines installations n'avaient pas été prévues, comme par exemple le Monte Ceneri, qui a dû être équipé de galeries séparées. Il avait également été décidé d'équiper les tunnels principaux de passages transversaux de secours tous les 300 mètres au lieu de 600.

Utilisant l’indice zurichois de la construction, la Délégation des Chambres fédérales et l’OFT ont chacun publié en début d’année un rapport sur les NLFA. Ils constataient que celles-ci allaient entraîner des coûts supplémentaires bien plus importants que prévus et ont mis en évidence le retard pris par le Gothard. Avec l’introduction de la nouvelle méthode de calcul du renchérissement des NLFA, les chiffres ont pu être affinés : le crédit global atteindra CHF 14,7 milliards. Celui de 1998 devait en conséquence être rallongé de CHF 2,1 milliards : CHF 1,3 milliards au titre de correction de l’indice et CHF 0,8 milliard pour tenir compte du renchérissement effectif survenu entre 1991 et 1998. Les solutions de financement revenaient au Conseil fédéral; en effet le parlement l’a autorisé à recourir à des crédits supplémentaires, de manière à ce qu’il finance les renchérissements, les intérêts intercalaires et la TVA, ne faisant pas partie du crédit global. Des réserves de 15% (CHF 1,7 milliards) avaient bien été comprises dans le crédit global pour les modifications de projet. Toutefois, celles-ci ne pouvaient être d’aucune utilité, car elles avaient pour l’heure déjà coûté près de CHF 520 millions. La facture a été encore revue deux fois à la hausse, premièrement suite à la décision définitive de munir le tunnel du Monte Ceneri (TI) de deux tubes à voie unique. Le percement de ce tunnel appartenait à la deuxième phase du projet des NLFA. La modification coûtera CHF 490 millions de plus que prévu, soit avec le nouvel indice, CHF 1,8 milliards en tout. Le Conseil fédéral justifiait cette solution pour des impératifs de sécurité. La seconde augmentation est due à la décision du DETEC de construire un deuxième tube entre Frutigen et Wengi-Ey (BE). Les coûts supplémentaires se limiteront à CHF 17 millions pour autant que l’ouvrage soit réalisé selon la planification. Initialement, le DETEC avait décidé de réduire le projet à un seul tube afin d’économiser CHF 50 millions. Dans l’intervalle, les prix ont baissé à CHF 17 millions, d’où la volte-face du Département fédéral. En fin d’année, l’OFT a apporté de nouvelles précisions financières sur le chantier du Gothard : la section de Sedrun, passage clé du futur tunnel de base, a connu d’importants surcoûts; faisant augmenter la facture de 58% pour la porter à CHF 735 millions. La conséquence de ce dépassement sera d’entraîner dès 2006 un gel des travaux de la seconde étape de Rail 2000. En effet, durant la période 2005-2008, celle où les travaux des NLFA seront les plus importants, la Confédération aura besoin de la totalité des CHF 4,2 milliards du Fonds pour les grands projets.

Lors de sa conférence de presse, la Délégation parlementaire de surveillance des Nouvelles lignes ferroviaires alpines (NLFA) a indiqué que le budget total de CHF 14,7 milliards, décidé en 1998, sera probablement dépassé. Quant aux réserves de CHF 1,95 milliard, constituées pour faire face aux imprévus, la quasi-intégralité avait déjà été affectée. Les travaux au Monte Ceneri (CHF 1,07 milliard) et au Lötschberg (CHF 480 millions) en étaient les principaux fautifs. Seuls CHF 160 millions de réserves étaient encore disponibles. A cela s'y ajoutaient d'autres frais additionnels de l'ordre de CHF 230 millions. Afin que les travaux ne se retrouvent pas subitement bloqués, faute de moyens financiers, et que le parlement ne soit pas amené à voter un crédit additionnel le couteau sous la gorge, la Délégation parlementaire a souhaité que le Conseil fédéral évalue le montant du crédit supplémentaire nécessaire. Répondant à la Délégation, le Département des transports a fait savoir que tant que les coûts du chantier ferroviaire resteront dans la fourchette prévue, des crédits supplémentaires ne seront pas discutés. L'état financier du projet sera présenté au parlement en été 2003, lorsque ce dernier se prononcera sur la deuxième phase de réalisation des NLFA. La Délégation parlementaire s'est déclarée satisfaite de l'état d'avancement des travaux qui, pour l'heure, tiennent le calendrier prévu (Lötschberg en 2007 et Gothard en 2014). Des inquiétudes demeuraient toutefois quant au raccordement des NLFA avec l'Italie. Cette dernière n'avait pas encore pris d'option définitive pour le raccordement à partir de Milan.

Pour la deuxième phase de la NLFA 1, le Conseil fédéral a adopté un arrêté fédéral assorti d’un message au parlement. Vu le programme d'assainissement des finances fédérales, seule la partie prioritaire des crédits bloqués a été libérée, soit CHF 2,25 milliards des CHF 3,38 milliards prévus (crédit global CHF 14,7 milliards). Il s’agit du tunnel de base du Ceneri, dont la planification est très avancée et qui est nécessaire à l’achèvement de l’axe du Gothard. Les crédits des projets moins urgents comme les tunnels de base du Zimmerberg et de l’Hirzel ont été mis en réserve. En même temps, le Conseil fédéral a proposé d’allouer un crédit additionnel de CHF 900 millions pour renforcer les réserves. En raison d’investissements propres à augmenter la sécurité et la qualité des ouvrages, ainsi que de difficultés géologiques, les réserves initialement allouées à la NLFA ont été attribuées intégralement. La seule décision de construire au Ceneri un tunnel de base à deux voies, prise pour des raisons sécuritaires, a entraîné des coûts supplémentaires de près de CHF 650 millions. Sans crédit additionnel, les autorités fédérales craignaient que la première phase de la NLFA ne puisse pas être achevée dans les délais. Un tel retard compromettrait les chances d’atteindre l’objectif de transfert du trafic modal de la Confédération. La Commission des transports et des télécommunications du Conseil des Etats (CTT-E) a demandé au Conseil fédéral un réexamen global de tous les projets FTP (Fonds pour les grands projets ferroviaires) en vue d’établir une liste des priorités et une récapitulation des frais subséquents à long terme engendrés par ces chantiers.

Suivant sa commission, le Conseil des Etats a débloqué, par 34 voix contre 1, le crédit additionnel de CHF 900 millions et CHF 2,25 milliards pour la deuxième phase de la première étape des NLFA. Les Etats se sont également montrés sensibles aux nuisances que subit le canton d'Uri; par 31 voix contre 5, les sénateurs ont refusé de fermer définitivement la porte à un tracé dans la montagne, octroyant CHF 100 millions pour les travaux préparatoires. Cette somme ne sera libérée que si les travaux peuvent débuter d'ici le 31 mars 2005. La proposition d'une minorité emmenée par Pfisterer (prd, AG), qui aurait voulu augmenter les moyens du tronçon uranais de CHF 250 millions, mais en les affectant exclusivement à une variante "vallée optimisée", a été repoussée. Répondant à l’interpellation « Explosion des coûts des NLFA » de Mathys (udc, AG) (03.3524), le Conseil fédéral a déclaré que selon le dernier rapport d’étape NLFA, les frais finaux prévisionnels se monteraient à CHF 15 milliards. Ils dépasseraient donc pour la première fois de deux pour-cent le total du crédit global NLFA (CHF 14,7 milliards, état des prix en 1998). Auparavant, la délégation de surveillance des NLFA avait estimé que les coûts des ouvrages restaient sous contrôle.

Suivant sa commission des transports, le Conseil national a donné son aval, par 119 voix contre 51, au crédit additionnel de CHF 900 millions. Le principal détracteur a été l’UDC, qui a tenté, en vain, de renvoyer le projet au Conseil fédéral. Sa proposition a été rejetée par 131 voix contre 47. Les députés ont toutefois insisté sur le fait qu’il fallait tout faire pour maîtriser au mieux les coûts. Outre le crédit supplémentaire, le Conseil national a débloqué une nouvelle tranche de crédits pour la deuxième phase de la première étape des NLFA. Des CHF 3,38 milliards prévus pour cette phase, CHF 2,25 milliards seront libérés. Le Conseil national a voté l’ensemble par 134 voix contre 42. Alloués par le parlement, le Conseil fédéral a libéré CHF 134 millions de la deuxième phase de la NLFA 1. Cette somme représente une première tranche de CHF 100 millions pour le tunnel de base du Monte-Ceneri et de CHF 34 millions pour les aménagements sur la ligne St-Gall – Arth-Goldau. Le Conseil fédéral a également débloqué CHF 476,5 millions (prix de 1998) des réserves. CHF 366,9 millions concernent l’axe du Lötschberg (surcoûts au niveau des adjudications et modifications des projets). CHF 109,6 millions serviront aux préparatifs d’exploitation du tunnel de base du Lötschberg par le BLS. Le solde des réserves est de CHF 1'597,8 millions.