Gemäss einer Studie der Eidgenössischen Gewässerschutzkommission trägt die Landwirtschaft zu einem grossen Teil zur Verunreinigung der Gewässer bei, insbesondere was die Belastung mit Stickstoff in verschiedenster Form anbelangt (38% der Gesamteinleitung). Aus diesem Grund forderte die Kommission die konsequente Durchsetzung der Bestimmungen über die umweltverträgliche Bewirtschaftung der Böden, die Stilllegung von landwirtschaftlichen Nutzflächen und die Schaffung von ökologischen Ausgleichsflächen. Ebenso soll der Tierbestand weiter reduziert werden und die Integrierte Produktion (IP) sowie Bio-Landbau stärker gefördert werden.