Ensuite, le gouvernement a mis en consultation l'ordonnance sur la protection des bas marais d'importance nationale, qui devrait ainsi entrer en vigueur au début de 1992. Celle-ci peut mettre sous sévère protection ce type de biotopes, de la même manière que cela a été fait avec les hauts-marais. Ce texte comporte un inventaire résultant d'un travail de cinq années, et recensant près de 3'300 marais pour une surface totale de 243 km2. En leur sein, les biotopes d'importance nationale sont au nombre de 1'084 pour une surface de 185 km2, et les plus significatifs se trouvent dans les cantons de Berne, Lucerne et Schwytz. Certains cantons ont estimé que l'inventaire était trop important et que l'étendue des surfaces à protéger pouvait mettre en danger l'agriculture et le développement économique en général.