Mis en consultation au début de l'année, le projet de modification de la loi fédérale sur la protection des eaux (LEaux) - qui couvre également l'incinération des déchets - a été transmis aux Chambres dans le courant du mois de septembre. Dictée principalement en raison des difficultés financières auxquelles sont confrontés les pouvoirs publics et la Confédération en particulier, la principale innovation de cette révision réside dans l'introduction du principe du pollueur-payeur comme moyen de financement de l'évacuation des eaux usées et de l'élimination des déchets ménagers en lieu et place des impôts cantonaux et du système des subventions fédérales jusqu'alors en vigueur. Ainsi, des taxes conformes au principe de causalité devraient assurer à l'avenir la couverture des dépenses de construction, d'exploitation et de remplacement des installations d'évacuation et d'épuration des eaux ainsi que des usines d'incinération de déchets. Aux termes de la réglementation proposée, la Confédération n'introduira pas elle-même les émoluments nécessaires, mais chargera les communes, via les cantons, de le faire en tenant compte notamment du type et de la quantité d'eaux usées et de déchets produits dans la fixation des montants. Si ce nouvel instrument incitatif devrait permettre à la Confédération d'économiser quelque CHF 100 millions par année à partir de 2010, les particuliers verront quant à eux augmenter leurs charges dans les domaines de l'épuration des eaux et du traitement des déchets ménagers, ce qui n'a pas manqué de susciter certaines réserves parmi les milieux de défense des consommateurs. Quant à la deuxième grande modification apportée par le projet du Conseil fédéral, elle vise pour sa part à instaurer une planification globale de l'évacuation des eaux par région.
Bien que le projet des autorités ait trouvé un écho globalement favorable auprès des milieux ayant pris part à la procédure de consultation, plusieurs critiques ont néanmoins été formulées parallèlement à celles des associations de protection des consommateurs. Ainsi, l'UDC s'est déclarée en faveur d'impulsions permettant éventuellement de privatiser les installations d'élimination des déchets et d'épuration des eaux. Le PDC - qui redoutait que l'introduction du principe du pollueur-payeur ne procède que d'une logique d'assainissement des finances fédérales - s'est prononcé pour un allégement fiscal dans d'autres domaines, tel que celui de l'impôt fédéral direct. Quant aux cantons à faibles capacités financières, ils ont craint que la suppression uniforme des subventions proposée dans le cadre de la nouvelle réglementation ne soit pas supportable pour eux. Lors de l'examen de cet objet par le Conseil des Etats, les députés ont voté à l'unanimité en faveur des dispositions proposées par le gouvernement. Ils ont parallèlement approuvé une proposition Respini (pdc, TI) autorisant le Conseil fédéral à proroger du 1er novembre 1997 au 31 octobre 1999 au plus tard le délai d'octroi des indemnités allouées aux cantons pour la mise en place des infrastructures servant au traitement des déchets ménagers. Seules les régions ne possédant pas encore la capacité d'incinération suffisante pourront, si les circonstances l'exigent, bénéficier de cette clause.

Tout comme le Conseil des Etats en 1996, la Chambre du peuple a entamé en début d'année l'examen de la révision de la loi sur la protection des eaux. Si aucun groupe parlementaire n'a à cette occasion témoigné d'opposition à la consécration du principe du pollueur-payeur en tant que moyen de financement futur des installations de traitement des eaux usées ou d'incinération des déchets ménagers, plusieurs propositions de modification touchant des points davantage techniques du projet ont néanmoins été retenues par les députés du National. Ainsi, la Chambre du peuple a notamment souhaité que la Confédération prenne en charge 70%, et non pas 35%, des coûts des installations permettant d'éliminer l'azote dans les stations d'épuration des eaux usées, dans la mesure où ces équipements servent à respecter des accords internationaux visant à lutter contre la pollution des eaux en dehors de Suisse. Dans l'optique de protéger les eaux souterraines et les eaux de source, le Conseil national a par ailleurs opté pour l'introduction d'un nouvel article aux termes duquel des contributions à la surface - en sus de celles déjà prévues par la politique agricole - auraient pu être versées aux agriculteurs.

Après avoir décidé de s'en tenir à sa position initiale s'agissant de la première divergence, la Chambre des cantons adopta en outre une motion (97.3244) en lieu et place de la disposition retenue par le Conseil national concernant l'éventuel versement de subventions à l'agriculture en rapport avec la protection des eaux souterraines. Transmise à son tour par la Chambre basse, cette motion charge le gouvernement d'élaborer une proposition en vue d'une participation financière de la Confédération aux mesures visant à lutter contre le ruissellement de substances liées à l'exploitation des sols. L'ultime divergence qui subsistait encore entre les deux conseils nécessita quant à elle une conférence de conciliation à l'issue de laquelle il fut décidé que la Confédération couvrira à raison de 50% - contre les 35% et 70% retenus initialement par l'une et l'autre des Chambres - les frais rattachés aux installations servant à l'élimination de l'azote.