Déjà occupée en août 1994 par des militants de Greenpeace, la décharge pour déchets spéciaux de Saint-Ursanne (JU) a continué d'être l'objet d'une vive polémique entre écologistes et autorités jurassiennes. Suite à une nouvelle occupation du site par Greenpeace qui devait durer trois semaines, les deux parties ont signé une convention prévoyant de soumettre les études et concepts de la décharge à des experts neutres. Désignés par l'OFEFP et le canton du Jura, ces derniers ont conclu dans un premier temps que si la décharge ne présentait aucun danger immédiat majeur, sa sécurité à long terme ne pouvait toutefois être garantie. Des travaux supplémentaires devaient révéler, en fin d'année, l'existence d'un lien hydraulique entre la décharge et la nappe phréatique alimentant plusieurs communes de la région en eau potable.

Le collège d'experts neutres qui avait été mandaté en 1995 afin de vérifier si le projet de décharge pour déchets stabilisés à Saint-Ursanne (JU) était écologiquement supportable a rendu son rapport final début février. Ayant pu constater l'existence d'une liaison hydraulique entre les galeries de l'ancienne fabrique de chaux et la nappe phréatique des Champs-Fallat qui alimente plusieurs communes avoisinantes en eau, les experts ont conclu que la sécurité à long terme de la décharge ne pouvait être garantie et qu'en conséquence cette dernière se devait d'être fermée. Prenant acte de ces conclusions, le gouvernement jurassien s'est alors donné jusqu'à la fin juin pour trouver une solution écologiquement et économiquement viable permettant l'évacuation à terme des quelque 7'700 tonnes de déchets spéciaux stockées sur le site, de même que le transfert des installations de stabilisation des boues industrielles vers un lieu approprié. Cette date buttoir atteinte, les autorités cantonales ont alors décidé d'octroyer à la Société Fairtec une autorisation d'exploiter les installations de solidification des boues durant encore cinq ans, ceci afin de lui laisser le temps de stabiliser les 7'700 tonnes de déchets encore entreposées dans les galeries, puis de les évacuer sur une décharge reconnue. Cette autorisation d'exploitation devait néanmoins être révoquée quelques mois plus tard, l'entreprise Fairtec - en proie à des difficultés financières - n'ayant pas été en mesure de fournir les CHF 2.5 millions de garanties que le gouvernement jurassien avait exigés d'elle pour la poursuite de ses activités.