Ende 2001 legte der Bundesrat dem Parlament seinen Antrag für eine Regierungsreform vor. Grundsätzlich hielt er an dem im Vorjahr vorgestellten Modell einer zweistufigen Regierung fest, reduzierte aber die Zahl der zusätzlichen Regierungsmitglieder auf sieben. Er schlug vor, dass in jedem Departement ein Delegierter Minister (DM) eingesetzt wird. Diese DM würden vom Bundesrat auf Antrag der Departementsvorsteher gewählt und vom Parlament en bloc bestätigt. Sie sollen klar definierte Aufgabenbereiche erhalten und im Parlament sowie international als Regierungsmitglieder gelten. Im neuen Exekutivgremium, welches Bundesregierung heissen soll, würden die sieben Bundesräte und ihre Delegierten Minister sitzen; letztere hätten darin zwar das Antrags-, nicht aber das Stimmrecht. Die Entscheide würden weiterhin von den sieben völlig gleichberechtigten Bundesräten gefällt, wobei wie bisher in der Abstimmung unterlegene Mitglieder den Mehrheitsentscheid mitzutragen hätten (Kollegialgremium).

Die SPK des Ständerats, welche sich als erste mit der im Vorjahr vom Bundesrat vorgeschlagenen zweistufigen Regierung mit „Delegierten Ministern“ befasste, war damit nicht zufrieden. Sie gab der Verwaltung den Auftrag, ein Modell mit neun Bundesräten und einem gestärkten Präsidialamt auszuarbeiten. Mit knapper Mehrheit entschied sie sich dann im Herbst allerdings gegen eine Erhöhung der Zahl der Bundesräte. Anstelle der vom Bundesrat vorgeschlagenen zweistufigen Regierung bevorzugte sie jedoch eine Variante, welche jedem Regierungsmitglied einen Stellvertreter zuordnet. Dieser würde vom Bundesrat gewählt und vom Parlament bestätigt, seine Amtsdauer wäre an diejenige des jeweiligen Bundesrates gekoppelt. Das Amt des Bundespräsidenten möchte die SPK in dem Sinne stärken, dass dieser auf eine Dauer von zwei Jahren mit einer Verlängerungsmöglichkeit um eine zusätzliche Zweijahresperiode gewählt würde. Dieser Präsident hätte jedoch weiterhin ein Departement zu führen und verfügte gegenüber den anderen Regierungsmitgliedern über keinerlei Weisungskompetenzen.

Als Erstrat befasste sich der Ständerat mit der vom Bundesrat vorgeschlagenen Regierungsreform. Man war sich zwar über den Reformbedarf einig, mehrheitsfähig erschien in der Debatte aber nur eine moderate Stärkung der Funktion des Bundespräsidenten. Zur Organisation der Regierung kamen aus der SPK vier Variantenvorschläge: Die Mehrheit wünschte einen vom Parlament bestätigten Stellvertreter für jeden Bundesrat, welcher diesen im Parlament und dessen Kommissionen, im Bundesrat oder im Ausland vertreten könnte, und dem von seinem Chef auch politische Aufgaben in seinem Departement zugeteilt werden. Eine Minderheit der SPK bevorzugte die Aufstockung der Regierung auf neun Mitglieder, eine weitere Minderheit verteidigte das vom Bundesrat vorgeschlagene zweistufige Modell der „Delegierten Minister“ (Stellvertreter mit Einsitz in die Regierung, aber ohne Stimmrecht) und eine dritte Kommissionsminderheit setzte sich für ein reduziertes Stellvertretermodell ein, bei dem jeder Bundesrat einen seiner Kaderleute zu seinem nebenamtlichen Stellvertreter ernennt.
Nachdem Eintreten unbestritten war, unterlagen die Varianten „Delegierte Minister“ und „Stellvertreter mit Minimalfunktionen“ in Eventualabstimmungen. Im definitiven Entscheid setzte sich die Erhöhung der Zahl der Regierungsmitglieder auf neun mit 26 zu 8 Stimmen gegen das „Stellvertretermodell“ durch. Die Rolle des Bundespräsidenten wurde in dem Sinne gestärkt, dass seine bereits im Regierungs- und Verwaltungsorganisationsgesetz festgehaltene Führungsrolle nun auch auf Verfassungsstufe formuliert wurde. Konkret hat der Bundespräsident insbesondere dafür zu sorgen, dass der Bundesrat Prioritäten setzt, seine Aufsichts- und Informationspflicht erfüllt und die Termine einhält. Als Neuerung beschloss der Ständerat eine Verlängerung der Amtszeit des Bundespräsidenten von einem auf zwei Jahre und seine Ausstattung mit einem kleinen Stab (Präsidialdienst). Die von der Kommissionsmehrheit vorgeschlagene Möglichkeit, einen Bundespräsidenten auch für eine zweite anschliessende Amtsperiode zu wählen, fand keine Mehrheit. Der Bundesrat selbst hatte sich aus Sorge um das Funktionieren des Kollegialitätsprinzips gegen jegliche Verlängerung der Amtsdauer ausgesprochen.

Als Zweitrat befasste sich der Nationalrat mit der Staatsleitungsreform. Die Kommission beantragte, das Geschäft an den Bundesrat zurückzuweisen und ihn aufzufordern, neue Modelle zur politischen Stärkung und administrativen Entlastung der Regierung vorzulegen. Einer der Gründe für diesen Antrag war, dass man dem Bundesrat Gelegenheit geben wollte, ausführlich zu dem von der Kommission skeptisch beurteilten Ständeratsbeschluss einer Erhöhung der Zahl der Bundesräte von sieben auf neun Stellung zu nehmen. Ausserdem wollte man vom Bundesrat erfahren, ob er in seiner seit dem 10. Dezember 2003 veränderten Zusammensetzung immer noch zu seinem Modell der „Delegierten Minister“ stehe, und ob er daran eventuell Retouchen anbringen möchte. Nachdem Bundesrat Blocher erklärt hatte, dass auch im Gesamtbundesrat keine grosse Begeisterung für das ursprüngliche Reformprojekt herrsche und er diesen Rückweisungsbeschluss unterstütze, wurde er vom Nationalrat mit 140:23 Stimmen gutgeheissen. Der Ständerat schloss sich dieser Rückweisung an. Eine Minderheit seiner SPK hatte vergeblich dafür plädiert, das Geschäft noch einmal zu behandeln, dabei auf der früher beschlossenen Erhöhung der Zahl der Bundesräte zu beharren und es an den Nationalrat zurückzugeben. Da dieser klar gemacht habe, dass er zusätzliche Bundesräte ablehne, könnte er es dann – ohne den Umweg über einen neuen Bericht des Bundesrates – ordentlich begraben.

Der Bundesrat beauftragte am 26. August das EJPD, in Zusammenarbeit mit der Bundeskanzlei bis zum Frühjahr 2010 Vorschläge für eine Regierungsreform auszuarbeiten. Dabei soll der Fokus einerseits auf primär organisatorische Reformen zur Verbesserung der Funktionsweise des Bundesratskollegiums gerichtet sein. Als zweiter Schwerpunkt soll die Option einer Verlängerung der Amtsdauer des Bundespräsidenten abgeklärt werden. Gegen den Willen des Bundesrates überwies der Nationalrat auch ein Postulat Burkhalter (fdp, NE) (Po. 06.3653), das eine Verlängerung der bisher auf ein Jahr beschränkten Amtsdauer des Bundespräsidenten auf zwei oder vier Jahre anregt. Ziel dieser Reform soll eine Stärkung dieses Postens und eine Verbesserung seiner Koordinations- und Führungsfunktion sein. Ohne Gegenstimme überwiesen beide Ratskammern auch noch eine vom Bundesrat unterstützte Motion Burkhalter (09.3155), die verlangt, dass die Regierungsreform zu einem zentralen Thema der nächsten Legislaturplanung werden muss.

Der Bundesrat reagierte sowohl auf die kritischen Berichte der GPK als auch auf die verschiedenen Reformvorschläge verhalten. Im Mai präsentierte er erste Eckpunkte für eine Minireform, die er im Oktober konkretisierte: Die Regierung schlägt eine zweijährige Amtszeit für ein nicht direkt wiederwählbares Präsidium vor. Damit soll die Wahrnehmung von Repräsentations- und Leitungsaufgaben erleichtert und die internationale Handlungsfähigkeit verbessert werden. Die Regierungsmitglieder sollen zudem durch vier bis zehn Staatssekretäre entlastet werden, die Vertretungsaufgaben im Parlament und im Ausland wahrnehmen sollen und mit entsprechenden Kompetenzen ausgerüstet wären. Die Regierung ist jedoch gegen eine Erhöhung der Mitgliederzahl. Gegenstand von Bundesratssitzungen sollen zudem nicht mehr Routinegeschäfte, sondern strategische Führungsfragen sein. Schliesslich soll jedes Regierungsmitglied eine Stellvertretung haben, die genügend informiert dazu fähig wäre, notfalls die Departementsführung zu übernehmen. Darüber hinaus werden Massnahmen vorgeschlagen, die das Kollegialprinzip stärken sollen. Ein Bundesrat müsste der Gesamtregierung nicht nur regelmässig Rechenschaft ablegen, sondern könnte auch zur Herausgabe von Informationen verpflichtet werden und wichtige Geschäfte sollen in Dreierausschüssen vorberaten werden. Nicht Gegenstand der Vorschläge war eine Neuordnung der Departemente. Ein Zwischenbericht dazu soll Anfang 2011 und spätestens für die neue Legislaturplanung vorliegen. Die Parteien bewerteten die Vorschläge unterschiedlich. Während die SVP die Verlängerung der Amtsdauer generell kritisierte, waren der CVP zwei Jahre zu wenig. Die SP und die FDP würdigten die Vorschläge als grundsätzlich gangbaren Weg.
Auf die Kritik am Führungsverhalten, am unzureichenden Informationsaustausch und am Mangel an Kollegialität reagierte der Bundesrat ebenfalls erst im Oktober. Doris Leuthard räumte ein, dass in der UBS-Krise das Kollegium vom zuständigen Bundesrat früher hätte informiert werden sollen, stellte aber in Abrede, dass ein gegenseitiges Misstrauen den Austausch in der Regierung erschwere. Der parlamentarische Betrieb und die direkte Demokratie liessen mehrjährige Regierungsprogramme nicht zu und politische Planung müsse eine zentrale Aufgabe der Exekutive bleiben. Mit den vorgeschlagenen Massnahmen solle die Früherkennung von Krisen gewährleistet und die kollektive Führungsverantwortung besser wahrgenommen werden. Neben einem Beschlussprotokoll soll neu auch die Diskussion zu einem Geschäft zusammengefasst werden. Auf ein Wortprotokoll soll aber verzichtet werden, da sonst der freie Austausch behindert würde. Darüber hinaus sollen die Reisetätigkeit und die Kontakte der Regierungsmitglieder mit dem Ausland besser koordiniert werden.

Neben der Erhöhung der Zahl der Regierungsmitglieder wurden im Rahmen der schier endlosen Debatte um eine Staatsleitungsreform – das Geschäft war Ende 2001 eingereicht, 2004 an den Bundesrat zurückgewiesen und 2010 mit einem Zusatzbericht ergänzt worden – zwei weitere Vorschläge diskutiert: die Verlängerung des Bundesratspräsidiums um ein Jahr und eine Erhöhung der Anzahl der Staatssekretäre bzw. eine Erweiterung deren Funktion. Der Bundesrat erhoffte sich von einer Verlängerung des Präsidiums, für die er sich in der Zusatzbotschaft von 2010 stark gemacht hatte, eine bessere und kontinuierlichere Repräsentation im Ausland und die effizientere Nutzung von Erfahrungen. Der Nationalrat beschloss allerdings, nicht auf diesen Punkt einzutreten, womit die Idee eines zweijährigen Präsidiums vorläufig vom Tisch war. Beide Räte willigten hingegen in eine Revision des Regierungs- und Verwaltungsorganisationsgesetzes ein, die die Rolle der Bundeskanzlei aufwertet, einen permanenten Präsidialstab einrichtet und die Schaffung zusätzlicher Staatssekretäre erlaubt. Allerdings forderten die Räte, dass die Regierung die Staatssekretäre primär im Verkehr mit dem Ausland aber nicht – wie vom Bundesrat vorgeschlagen – für Verhandlungen mit dem Parlament einsetzen soll.

Die unendliche Geschichte um die Staatsleitungs- und Regierungsreform fand im Berichtjahr schliesslich doch ein Ende. Zur Erinnerung: Die Räte hatten 2004 eine Vorlage des Bundesrates zurückgewiesen. Nach einer erfolgreich umgesetzten Verwaltungsreform hatte dann die Exekutive 2009 erneut Reformbedarf angemeldet und die Arbeiten zur Staatsleitungs- und Regierungsreform wieder aufgenommen. Die Optimierung der Regierungstätigkeit wurde zudem auch vom GPK-Bericht zur UBS-Krise angemahnt. Die Zusatzbotschaft war allerdings im Vorjahr von beiden Räten erneut zerzaust worden. Auf die zuletzt übrig gebliebene Idee einer zweijährigen Amtszeit des Bundespräsidenten war der Nationalrat 2012 nicht eingetreten. Diesem Entscheid folgte der Ständerat in seiner Frühjahrssession 2013 und versenkte die Vorlage damit endgültig.

Von der Debatte zur Staatsleitungs- und Regierungsreform blieb einzig eine Revision des Regierungs- und Verwaltungsorganisationsgesetzes übrig, welche die Regierungsführung stärken soll, indem die Bundeskanzlei das Sekretariat der Bundesratsausschüsse übernimmt. Zudem soll die Bundeskanzlei auch Unterstützung hinsichtlich Krisenmanagements leisten und dafür eine langfristige und kontinuierliche Lage- und Umfeldanalyse vornehmen, welche die Regierung früh und umfassend über kommende Entwicklungen und Herausforderungen informieren soll. Der von den Räten 2012 beschlossene Präsidialdienst wird ab 11. Januar 2015 zur Verfügung stehen. Das gab der Bundesrat im Rahmen seiner Sitzung Mitte Mai bekannt.