Im März appellierte das UNHCR an die europäischen Regierungen, ihre Politik der Rückschaffung von Asylbewerbern ins Kosovo zu überdenken. Das BFF erklärte aber, die Lage sei keineswegs mit jener während des Bürgerkriegs in Bosnien zu vergleichen. Die generelle Sicherheit sei trotz einzelner Unruhen im Kosovo nicht gefährdet, weshalb weiterhin Rückschaffungen vollzogen sowie Fristen für die Ausreise angesetzt würden. Trotz heftigster Proteste von SP, Grünen und der Hilfswerke hielt der Bundesrat das ganze Frühjahr über an seiner harten Position fest; als einzige Konzession entschied er, dass die Deportationen nicht mehr mit Sonderflügen, sondern mit Linienflügen durchzuführen seien. Erst als Österreich, Frankreich und mehrere deutsche Bundesländer die Rückschaffungen der Kosovaren nach Pristina und Belgrad generell suspendierten, änderte der Bundesrat Mitte Juni seine Haltung. Er verfügte, dass zumindest bis Ende Juli keine Ausschaffungen mehr ins Kosovo vorgenommen werden, es sei denn, einzelne Personen hätten die öffentliche Sicherheit und Ordnung in schwerwiegender Weise gefährdet. Darüber, ob jemand ins Kosovo zurückgeschickt wird, entschieden ab diesem Zeitpunkt auch nicht mehr die Kantone, sondern allein das BFF in Zusammenarbeit mit dem Bundesamt für Ausländer; damit sollte eine einheitliche Praxis sichergestellt werden. Dieser Entscheid fand die Zustimmung sämtlicher Parteien bis hin zur SVP. Später verlängerte der Bundesrat die Frist für die abgewiesenen Asylsuchenden bis Ende September und dann noch einmal bis Ende April 1999, wobei Straffällige von dieser Regelung weiterhin ausgenommen blieben.