Neuerdings sind den religiösen Fundamentalisten aus evangelikalen Kreisen sowie den Rechtsaussenpolitikern der SVP der Bau von Minaretten resp. neuer Moscheen ein Dorn im Auge. Im Gegensatz zu den Kirchtürmen der christlichen Konfessionen sehen sie darin nicht ein rein religiöses Symbol, sondern eine Art Kriegserklärung der islamischen Welt an die abendländische Zivilisation. Von Nationalrat Wobmann (svp, SO) in der Sommersession auf den Bau von Minaretten angesprochen, erklärte Bundesrat Couchepin, die Erteilung einer Baubewilligung liege im Ermessen der Gemeinden und Kantone, wobei für eine Ablehnung lediglich raumplanerische oder baurechtliche, nicht aber religiöse Aspekte zu berücksichtigen seien. Etwas anderes wäre mit der verfassungsmässig garantierten Glaubensfreiheit nicht vereinbar. Bundespräsident Leuenberger äusserte sich ebenfalls zu der Frage und bezeichnete die Minarett-Debatte als «reine Wahlkampf-Schaumschlägerei»: Natürlich werde seit dem 11. September 2001 über das Verhältnis zwischen Christentum und Islam und über die Ursachen des islamistischen Terrorismus diskutiert, was auch richtig sei, aber es sei keineswegs so, dass die Schweizer Bevölkerung sich durch den Bau von Minaretten bedroht fühle. In der zweiten Jahreshälfte kündigten verschiedene Gruppierungen um den rechts aussen politisierenden SVP-Nationalrat Schlüer (ZH) an, 2007 eine Volksinitiative gegen den Bau von Minaretten lancieren zu wollen.