Die paritätisch aus Vertretern des Kantons Jura und des Berner Juras zusammengesetzte Kommission Assemblée interjurassienne (AIJ) bekräftigte ihre Bereitschaft, eine Studie über einen gemeinsamen Kanton der drei bernischen und der drei jurassischen Bezirke auszuarbeiten. Die bernische Regierung war zur Erteilung dieses Auftrags aber nur bereit, wenn dies die einzige Studie sein wird und nicht, wie von der im Kanton Jura vom Volk angenommenen Initiative für eine Vereinigung des bernischen Juras mit dem Kanton Jura verlangt, auch noch die jurassische Regierung einen entsprechenden Bericht ausarbeitet. Auch der Bundesrat hielt die AIJ für die geeignete Stelle für die Verfassung dieser Studie und lehnte eine Anregung von Nationalrat Berberat (sp, NE) ab, eine spezielle Expertengruppe dafür einzusetzen (AB NR, 2005, Beilagen II, S. 346 f.). Grundsätzlich teilte auch die jurassische Regierung, welche die erwähnte Volksinitiative vergeblich bekämpft hatte, diese Meinung. Sie beantragte dem Parlament einen Gesetzesentwurf, der die AIJ mit der Ausarbeitung der Studie beauftragt. Die Autoren der Volksinitiative, das Mouvement autonomiste jurassien (MAJ), erklärten sich mit dieser Vorgehensweise zur Umsetzung ihres Begehrens einverstanden. Damit war auch für die bernische Regierung der Weg für eine Auftragserteilung an die AIJ frei. Unter Beteiligung des Vorstehers des EJPD, Bundesrat Blocher, unterzeichneten die beiden Kantonsregierungen ein Mandat, das von der AIJ nicht nur die erwähnte Studie, sondern auch einen Bericht darüber fordert, wie sich das neue Statut des Berner Juras und die gemeinsamen interjurassischen Institutionen auf das Zusammenleben und die Entwicklung der beiden Regionen auswirken.

Nachdem auf Antrag der Regierung auch das Parlament des Kantons Jura beschlossen hatte, die Studie über einen gemeinsamen Kanton der drei bernischen und der drei jurassischen Bezirke von der Assemblée interjurassienne (AIJ) ausarbeiten zu lassen, konnte diese im August mit dieser Arbeit anfangen. Sie rechnete damit, den Bericht, in welchem auch Alternativen zu einer Vereinigung überprüft werden sollen, im Herbst 2008 vorzulegen. Für die Behörden des Kantons Jura gilt dieser Bericht als Umsetzung der Volksinitiative „Un seul Jura“; sie erwarten davon einen konkreten Plan zur Vereinigung der beiden Regionen.

Die Assemblée interjurassienne (AIJ) publizierte einen Zwischenbericht zu ihrer für 2008 erwarteten Studie über einen gemeinsamen Kanton der drei bernischen und der drei jurassischen Bezirke oder andere Lösungen. Dieser Zwischenbericht beschränkte sich weitgehend auf eine Bestandsaufnahme der aktuellen Situation.

Die Arbeit der Assemblée interjurassienne (AIJ) an einer Studie über einen gemeinsamen Kanton der drei bernischen und der drei jurassischen Bezirke oder andere Lösungen näherte sich ihrem Abschluss. Im Februar publizierte die AIJ einen Zwischenbericht, in dem sie die Variante einer Vereinigung des Kantons Jura mit dem bernjurassischen Gebiet konkretisierte. Die inneren Strukturen dieses neuen Kantons sollen dabei gemäss der AIJ radikal verändert werden, indem die 132 Gemeinden zu nur noch sechs (in den Grenzen der heutigen Bezirke) zusammengefasst würden. In Kommentaren wurde einerseits der Mut der AIJ gelobt, mit dem Vorschlag der Gemeindefusionen ein innovatorisches Element in die Debatte eingebracht zu haben. Andererseits wurde aber auch darauf hingewiesen, dass gerade im Kanton Jura die Pläne zur Vereinigung von Kleinstgemeinden in den letzten Jahren oft auf erbitterten Widerstand gestossen waren. Kurz darauf entschied die AIJ, dass bei der Option Vereinigung zu einem neuen Kanton die bernjurassische Gemeinde Moutier zum neuen Kantonshauptort und Sitz der Kantonsverwaltung würde. In weiteren Zwischenberichten konkretisierte die AIJ auch noch die Optionen eines Verzichts des Berner Juras auf einen Kantonswechsel, aber mit verstärkter Kooperation mit dem Kanton Jura resp. grösserer Autonomie im Kanton Bern. Im September gab die Kommission bekannt, dass sie die Evaluation der verschiedenen von ihr ausgearbeiteten Modelle in Angriff nehmen wolle. Im November teilte sie dann mit, dass sie den Schlussbericht doch nicht wie geplant in diesem Jahr, sondern voraussichtlich im Frühjahr 2009 veröffentlichen werde.

Am 4. Mai konnte in Moutier (BE) die Assemblée interjurassienne (AIJ) endlich ihren Bericht über Zukunftsszenarien für den Berner Jura veröffentlichen und an die Vorsteherin des EJPD, Eveline Widmer-Schlumpf, übergeben. Dieser Bericht sieht zwei Lösungen vor. Die eine beantragt mit der Formel „Status quo plus“ ein Festhalten an den bestehenden Kantonsgrenzen, aber eine grössere Autonomie des Berner Juras und eine verstärkte Zusammenarbeit mit dem Kanton Jura. Die zweite Variante schlägt eine Fusion des Berner Juras mit dem Kanton Jura und zusätzlich eine radikale Gebietsreform vor, welche die Ortschaften der insgesamt sechs Bezirke (je drei im Norden und im Süden) zu sechs neuen Gemeinden zusammenschliesst. Eine Empfehlung zugunsten eines dieser beiden Modelle gab die AIJ nicht ab. Auf die in einigen Westschweizer Medien und auch vom Neuenburger SP-Regierungsrat Jean Studer propagierte Idee eines grösseren Zusammenschlusses mit dem Kanton Neuenburg ging sie nicht ein. Sie empfahl ferner, die AIJ als Garant für die Fortführung des Dialogs beizubehalten. Sie verzichtete hingegen darauf, konkrete Vorschläge für die Entscheidfindung und deren Ablauf zu machen. Ob und wann Volksabstimmungen zum weiteren Vorgehen durchgeführt werden sollen, liege in der Entscheidungskompetenz der beiden betroffenen Kantonsregierungen. Diese kamen überein, sich innerhalb von sechs Monaten zum Bericht zu äussern.