Die Wahlbeteiligung sank im Vergleich zu 1987 um einen halben Punkt auf 46% und erreichte somit einen neuen Tiefststand seit der Einführung des Proporzwahlrechts 1919. Allerdings zeichnete sich eine Verlangsamung des Rückgangs in der Beteiligung ab; ohne die Erweiterung des Kreises der Wahlberechtigten durch die sich stark unterdurchschnittlich beteiligenden 18- und 19jährigen hätte das Niveau der letzten Wahlen wohl gehalten werden können. In elf Kantonen nahm die Wahlbeteiligung gegenüber 1987 ab; deutliche Abweichungen im Vergleich zu den nationalen Tendenzen ergaben sich unter anderem im Tessin, wo die Beteiligung von einem traditionell hohen Niveau noch um über sieben Prozentpunkte auf 67,5% anstieg; das spektakuläre Auftreten einer neuen Partei (Lega) in der traditionellen Tessiner Parteienlandschaft kann als Grund für diese Entwicklung gelten. Im Kanton Jura hingegen sank die Beteiligung um 8,2 Prozentpunkte auf 43,4%. In diesem jungen Kanton scheint die anfänglich sehr hohe politische Mobilisierung wegen des Konflikts um die Kantonsgründung abzuklingen. Die übrigen grösseren Veränderungen – in den Kantonen Glarus, Uri, Obwalden und den beiden Appenzell – betrafen die kleinen Wahlkreise, in denen die Möglichkeit der Auswahl unter mehreren Kandidaten – im Gegensatz zu reinen Bestätigungswahlen – in hohem Masse die Beteiligung bestimmt. Weit überdurchschnittliche Beteiligungen wiesen, abgesehen von den Kantonen Tessin und Schaffhausen – letzterer kennt den Stimmzwang – auch Luzern, Wallis und Solothurn auf. Deutlich unterdurchschnittlich war die Wahlbeteiligung wie schon in früheren Jahren in den protestantischen Kantonen der welschen Schweiz und in Graubünden.
Drei Motive können für die abnehmende Wahlbeteiligung ausgemacht werden. Das erste betrifft das in der Schweiz verbreitete Phänomen, dass sich Enttäuschung über die Regierung nicht vorwiegend im Wechsel zu Nichtregierungsparteien ausdrückt, sondern sich auch in der vorübergehenden oder dauerhaften Abstinenz manifestiert. Ein zweites Motiv liegt in der aus institutionellen Gründen geringeren Bedeutung von Wahlen in der halbdirekten Demokratie. Sachabstimmungen, aber auch Initiative und Referendum bieten für viele genügend Ausdrucksmöglichkeiten für politische Präferenzen. Ausserdem haben die Wahlen in der Schweiz keinen direkten Einfluss auf die Besetzung der Regierung. Schliesslich können in den grossen Wahlkreisen wie Zürich oder Bern die Flut von Listen und Kandidaturen eine derart unübersichtliche Situation schaffen, dass eine Auswahl schwierig wird.