En lien avec l'initiative populaire Contre les mauvais traitements envers les animaux et pour une meilleure protection juridique de ces derniers, le Conseil national avait examiné en début d’année, et préalablement aux débats ci-dessus, une initiative parlementaire de sa Commission de la science, de l’éducation et de la culture, qui faisait office de contre-projet indirect, la majorité des membres de la commission estimant que l’initiative populaire en question ne constituait pas le meilleur moyen de défendre les intérêts des animaux lésés. Selon la CSEC-CN, ce contre-projet indirect, qui permettait à la Confédération de charger les cantons de mettre en place une autorité qui défende en justice les intérêts des animaux lésés, proposait des solutions équilibrées au niveau législatif (modifications dans la loi fédérale sur la protection des animaux) et permettait d'harmoniser au mieux les dispositions du droit cantonal en la matière. Au plénum, le rapporteur de la commission, le socialiste Jean-François Steiert (FR), avait souligné que, par rapport au projet des initiants, ce contre-projet au niveau légal donnait notamment une plus grande autonomie aux cantons dans la mise en oeuvre des intentions politiques poursuivies et respectait mieux le fédéralisme. Le plénum a finalement suivi l’avis de la minorité de la commission et rejeté ce contre-projet par 91 voix contre 64 (Verts et socialistes).