Die Wahlen standen im Zeichen des 1995 begonnen Widererstarkens der Bundesratsparteien, die in der neuen Legislatur insgesamt über einen Wähleranteil von 80,8% (1995: 73,7%) und 173 Nationalratsmandate verfügen. Bei der Verteilung von Restmandaten hatte die CVP Proporzglück, die SP im Gegensatz zu den Wahlen von 1995 Proporzpech. Die SVP konnte auf Kosten der kleinen Rechtsaussenparteien SD und FP viel Boden gutmachen und erreichte gleichauf mit der SP eine Parteienstärke von 22,5%. Für die SP war dies ein kleiner Schritt von 0,7% nach vorn; für die SVP ein gewaltiger Schritt von 7,6%. Für die SP, die 1987 ihr seit 1919 tiefstes Wahlergebnis von 18,4% erreicht hatte, bedeutete das Wahlergebnis 1999 eine Bestätigung des Wahlerfolgs von 1995, als sie um über 3% zulegen konnte. Ein Erfolg wie derjenige der SVP mit einem um 7,6 Prozentpunkte höheren Wählerstimmenanteil und 15 Sitzgewinnen war seit Einführung des Proporzsystems für die Nationalratswahlen im Jahr 1919 von keiner Partei erreicht worden.. Die SVP hat seit 1987 (11%) ihre Parteistärke mehr als verdoppelt und ist vom ehemaligen Juniorpartner im Bundesrat zur stärksten Bundesratspartei avanciert. Auch in der ausländischen Presse erzeugte der SVP-Sieg eine grosses Echo. Er wurde gemeinhin als Rechtsrutsch interpretiert und mit den Erfolgen von Haiders FPÖ in Österreich verglichen. Israelische Zeitungen vermuteten einen direkten Zusammenhang mit der in den Jahren vor der Wahl virulenten Debatte um nachrichtenlose Vermögen von Holocaust-Opfern in der Schweiz. In der Schweiz wurde dazu angemerkt, dass von einem Rechtsrutsch nur bedingt die Rede sein könne, da das Kräfteverhältnis zwischen der Linken und den Bürgerlichen stabil geblieben, und die Hälfte des Erfolgs der SVP auf die Niederlage der kleinen Rechtsaussenparteien zurückzuführen war.

Besonders deutlich waren die Avancen der SVP in St. Gallen, Appenzell-Ausserrhoden und Basel-Stadt – wo sie 1995 nicht angetreten war –, im Aargau und im Kanton Solothurn mit mehr als 10%. Stark ins Gewicht für die nationale Parteistärke fielen ferner die Zugewinne in den Kantonen Zürich (+8,0%) und Luzern (+8,6%). Die 15 Sitzgewinne der SVP (1995: 29, 1999: 44) erfolgten mit einer Ausnahme (Waadt) in den Deutschschweizer Kantonen. In Zürich konnte die Partei 4 Sitze dazu gewinnen und stellt neu 13 Nationalrätinnen und -räte. In St. Gallen erreichte sie zwei Sitzgewinne und in den Kantonen Luzern, Solothurn, Basel-Stadt, Graubünden, Thurgau und Waadt jeweils einen. Je ein zusätzliches Mandat im Aargau und in Solothurn hatte sie bereits während der vergangenen Legislatur von der FP durch Parteiübertritte geerbt. Trotz den teilweise beachtlichen Zugewinnen an Wählerstimmen in der lateinischen Schweiz, hatte die Partei von Christoph Blocher in diesen Landesteilen kein Proporzglück. Mit einem Mandatsgewinn in der Waadt stellt sie in der neuen Legislatur zwei welsche Ratsmitglieder.

Die SP gewann am deutlichsten in Appenzell-Ausserrhoden (+7,8%) und in Graubünden (+5,0%). Deutlich an Wählergunst verloren hat sie jedoch im Stadtkanton Genf (-10,0%) und in Zug (-10,1%). Die Sozialdemokraten mussten in Basel-Stadt, St. Gallen, Graubünden und Zug auf je einen Sitz verzichten, in Genf verloren sie gleich zwei von ehemals vier Sitzen. Hingegen konnte die SP in Zürich, Freiburg und im Kanton Wallis um je ein Mandat zulegen. Insgesamt verlor die SP drei Mandate gegenüber 1995 und ist neu mit 51 Mandaten in der grossen Kammer vertreten. Nachdem die Partei 1995 mit viel Proporzglück 14 Sitze dazugewonnen hatte, konnte sie ihre Vertretung in der grossen Kammer in diesem Jahr somit weitgehend konsolidieren.

Die beiden anderen Bundesratsparteien standen im Vergleich zu den Wahlen 1995 etwas weniger in der Wählergunst. Die FDP verlor 0,3% und erreichte 19,9% Parteistärke; die CVP verlor 0,9% und erreichte 15,9% Parteistärke. Die CVP musste somit seit den Wahlen 1979 kontinuierliche Rückschritte in Kauf nehmen und erzielte in diesem Jahr ihr schlechtestes Ergebnis seit 1919. Den freisinnigen Zugewinnen in Schaffhausen (+8,5%) standen Verluste in Neuenburg (-5,0%) und im Jura (-10,0%) gegenüber. Die FDP legte in den Kantonen Bern und Basel-Land um je ein Mandat zu, verlor allerdings in Luzern, im Tessin, im Wallis und im Kanton Neuenburg je ein Mandat. Im Nationalrat nehmen daher anstatt 45 nurmehr 43 Freisinnige ihren Platz ein.

Die Christlichdemokraten büssten in St. Gallen (-5,0%) am meisten Wählerstimmen ein. In den Kantonen Zürich, Bern, Aargau, Thurgau, Genf und Jura vermochten sie moderate Gewinne zu erzielen. Die CVP verlor einen ihrer drei Freiburger Sitze an die SP. Dagegen konnte sie im Aargau einen Sitz zulegen. Im Kanton Genf, wo sie bislang mit einem Mandat vertreten war, machte die CVP einen zusätzlichen Sitz. Sie baute ihr Kontingent für die grosse Kammer auf 35 Mandate aus (+1).

Zu den grossen Verlierern der diesjährigen Wahlen zählten die rechten Oppositionsparteien FP und SD. Die EDU und die Lega konnten sich halten. Insgesamt verloren sie im Vergleich zu 1991, als sie mit 10,8% ihre grösste Parteienstärke erlangt hatten, ganze 6%. Umfragen zeigten, dass die verloren gegangenen Stimmen sich hauptsächlich bei der SVP wiederfanden. Die FP (1999: 0,9%), ehemals stärkste unter den kleinen Rechtsaussenparteien, brach bei den Wahlen regelrecht ein und verlor alle ihre bisherigen sieben Nationalratssitze sowie rund drei Viertel des Wähleranteils von 1995. Die SD verloren im Vergleich zu den letzten Wahlen 1,3% und erreichten 1,8%. Damit sind sie trotz des schlechten Wahlergebnisses neu die stärkste unter den kleinen Rechtsaussenparteien. Da sie ihre Sitze in Zürich und Baselland verloren haben, muss Parteisekretär Hess (BE) die Partei in der neuen Legislatur alleine im Parlament vertreten. EDU und Lega gingen beinahe unverändert aus dem Rennen. Die EDU konnte sich seit ihrer Gründung 1975 von Wahl zu Wahl geringfügig steigern und 1999 ihr Niveau auf 1,3% Parteienstärke bestätigen. Der Berner Sitz blieb der Partei erhalten. Im Tessin erlangte die Lega immerhin rund einen Fünftel aller Wählerstimmen. Mit Parteipräsident Bignasca konnte sie den vor vier Jahren verlorenen zweiten Sitz wieder zurückholen.

Die Oppositionsparteien aus dem linken Parteienspektrum (GP, PdA, Solidarités und FGA) erreichten zusammen 6,9% Parteienstärke. Stärkste Partei in diesem Lager blieb die GP. Während sie in der Deutschschweiz etwas an Boden verlor, konnte sie in der Romandie (NE: +7,4%) an Stimmen dazugewinnen. Die GP büsste eines ihrer Zürcher Mandate sowie den Aargauer Sitz ein und konnte in Genf und Neuenburg je einen Sitz gewinnen. Damit ist sie im Nationalrat weiterhin mit 8 Mitgliedern als stärkste Nicht-Regierungspartei vertreten. PdA und Solidarités, die ihre Wählerschaft fast ausschliesslich in der Romandie haben, erreichten 1,0% und 0,5% Parteienstärke, die feministischen und grünalternativen Gruppierungen FGA nur gerade 0,3%. Allerdings kandidierten die FGA in den Kantonen Bern, Baselstadt und Zug auf gemeinsamen Wahllisten mit der GP resp. der "BastA!" oder der SP. Die so erlangten Parteienstimmen wurden nicht den FGA zugerechnet. In Zürich verlor die Gruppierung „Frauen macht Politik“ (FraP) ihren bisherigen Sitz.

Von den übrigen Nicht-Bundesratsparteien zeigten sich die LP (2,3%), die EVP (1,8%) und die CSP (0,4%) erneut stabil. Dennoch verloren die Liberalen in der Waadt ein Mandat an die SVP und retteten mit den verbleibenden sechs Mandaten ihre Fraktionsstärke nur knapp. Dagegen konnte die EVP im Aargau ein Mandat gewinnen. Der LdU – ehemals grösste der Nicht-Bundesratsparteien – setzte seine Serie der Niederlagen seit 1967 (9,1%) fort. Trotz der Restrukturierung verlor er weitere 1,1% und erreichte mit 0,7% das schlechteste Wahlergebnis seit seiner Gründung 1936. In Zürich wurde der im Laufe des Jahres in den Nationalrat nachgerückte Parteipräsident Schaller nicht wiedergewählt und das Aargauer Mandat ging der Partei ebenfalls verlustig. Dem LdU, der sich nach den Wahlen auflöste, blieb ein einziger Zürcher Sitz in der grossen Kammer.

Angesichts dieser Resultate kann von einem Rechtsrutsch, wie er von vielen inländischen und ausländischen Medien nach den Wahlen kommuniziert worden war, trotz des Wahlsiegs der SVP nicht gesprochen werden. Vielmehr konzentrierte sich der schon vorher im Parlament vertretene nationalkonservative Protest auf eine Partei und führte nahezu zum Verschwinden der kleinen Rechtsaussenparteien.