Sur les sept membres sortants du gouvernement du canton de Bâle Ville, deux ne se représentaient pas pour un mandat supplémentaire: le libéral-démocrate Christoph Eymann, élu au Conseil national en octobre 2015, et Guy Morin (verts). Les socialistes Christoph Brutschin, Eva Herzog et Hans-Peter Wessels souhaitaient briguer un mandat supplémentaire, tout comme Baschi Dürr (plr) et Lukas Engelberger (pdc). A leurs côtés, sept candidats étaient en lice: Conradin Cramer (pld), Elisabeth Ackermann (bastA), Heidi Mück (bastA), Lorenz Nägelin (udc), Martina Bernasconi (pvl), Eric Weber (va) et Christian Mueller (fuk).
Pour la première fois, une collaboration entre le PDC, le PLR, l'UDC et le PLD a vu le jour, dans le but de retrouver une majorité bourgeoise au gouvernement, majorité perdue depuis douze ans. Quatre candidats profitaient donc de cette collaboration, à savoir Lukas Engelberger, Baschi Dürr, Conradin Cramer et Lorenz Nägelin. Lors des discussions, Michel Rusterholtz (BS, pbd) avait été proposé pour occuper la place de Lorenz Nägelin sur le ticket bourgeois, le candidat UDC ne représentant pas tous les électeurs bourgeois selon certains avis. Finalement, le PBD décida ne pas présenter son candidat, en tout cas pour le premier tour, afin de ne pas mettre en péril l'atteinte d'une majorité bourgeoise au gouvernement. La stratégie du PS était quant à elle défensive, à savoir assurer la réélection de ses trois membres sortants et, notamment avec la candidature d'Elisabeth Ackermann, défendre la majorité rouge-verte. La gauche visait également le siège vacant de Christoph Eymann, afin de renforcer sa présence au gouvernement. Lors de la campagne, l'UDC a mis en avant les thèmes de la sécurité, de la diminution d'impôts et de la lutte contre la criminalité étrangère. Le PS militait pour un contrôle accru des entreprises, pour une politique économique plus redistributive et une meilleure protection des travailleurs. Outre ces thématiques, le PS a choisi de jouer la carte de la transparence quant à son budget de campagne. Les autres partis en course n'ont pas suivi la même voie, estimant que l'électeur n'était pas intéressé par ce genre d'information. Autre fait ayant suscité la curiosité durant cette campagne, la candidate Martina Bernasconi a, dans une vidéo de campagne des jeunes Vert'libéraux, embrassé une fille afin de faire passer un message libéral et en faveur de la liberté. Finalement, une organisation de migrants appela au boycott de l'élection, déplorant l'absence d'une politique d'intégration véritablement constructive.
Lors du premier tour, avec une majorité absolue fixée à 23'422 voix, trois membres sortants du gouvernement sont arrivés en tête: les socialistes Eva Herzog, avec un score de 33'576 voix, et Christophe Brutschin, avec 29'448 voix, ainsi que Lukas Engelberger, qui totalisa 26'635 voix. Deux nouveaux membres accédèrent également au pouvoir exécutif: Conradin Cramer avec 24'078 voix et Elisabeth Ackermann avec 23'546 voix. Hans-Peter Wessels comptabilisa 22'550 voix, nombre insuffisant pour obtenir un siège au regard de la majorité absolue. Suivaient Baschi Dürr avec 21'090 voix, Heidi Mück avec 18'105 voix, Lorenz Nägelin avec 17'269 voix, Martina Bernasconi (14'115 voix), Christian Mueller (6'414 voix) et Eric Weber avec 3'247 voix. Le PLD a donc conservé son siège. Le siège de Guy Morin sera occupé par Elisabeth Ackermann. Les Verts et le Parti socialiste pouvaient d'ores et déjà se féliciter. A la suite de son élection dès le premier tour, il devenait fort probable qu'Elisabeth Ackermann accède à la présidence du gouvernement, son principal concurrent, Baschi Dürr, n'ayant pas obtenu la majorité absolue.
Lors du deuxième tour, organisé le 27 novembre 2016, cinq candidats s'affrontaient pour les deux sièges encore disponibles: les sortants Hans-Peter Wessels et Baschi Dürr, ainsi que Heidi Mück, Lorenz Nägelin et Eric Weber. Hans-Peter Wessels totalisa 26'155 voix, suivi par Baschi Dürr avec 22'906 voix. Tous deux entameront donc un mandat supplémentaire au pouvoir exécutif. Heidi Mück arriva en troisième position avec un total de 21'072 voix, suivie par Lorenz Nägelin (19'084 voix) et Eric Weber (2'716 voix). Elisabeth Ackermann accède à la présidence du gouvernement. C'est donc une majorité rouge-verte qui, une fois de plus, domine le gouvernement bâlois.

Kantonale Wahlen - Basel-Stadt
Kantonale Regierungswahlen 2016