Après près d'une année de travail en chambres, le Parlement a mis sous toit la mise en œuvre de l'initiative "contre l'immigration de masse". En mars 2016, le Conseil fédéral présentait plusieurs projets de loi, visant à concilier le verdict des urnes aux traités liant la Suisse à l'Union européenne. Le paquet comprenait quatre mesures phares, à savoir une clause de sauvegarde unilatérale en cas de dépassement de quotas d'immigration décidés par la Suisse, une meilleure exploitation de la main d’œuvre indigène, et particulièrement des personnes relevant du domaine de l'asile avec droit de séjour, la possibilité d'empêcher les personnes étrangères au chômage de bénéficier de l'aide sociale ainsi que l'extension de l'accord sur la libre circulation (ALCP) à la Croatie, condition sine qua non posée par l'UE pour que la Suisse puisse réintégrer le programme de recherche Horizon 2020.
Premier à se prononcer, le 21 septembre 2016, le Conseil national a immédiatement décidé en septembre de la même année de supprimer la clause de sauvegarde, estimant celle-ci trop dangereuse pour les relations bilatérales, déjà fortement influencées par le vote sur le Brexit en Grande-Bretagne. C'est pour la même raison que l'extension de la libre-circulation à la Croatie a obtenu l'aval des députés. Pour favoriser la main d’œuvre indigène, le National a proposé que les employeurs pourraient devoir d'abord annoncer les postes vacants aux offices régionaux de placement. En outre, en cas de problèmes économiques et sociaux importants, le Conseil fédéral devrait proposer des mesures de correction, en accord avec un comité mixte suisse/UE. Enfin, pour éviter les abus à l'aide sociale, les personnes étrangères au chômage durant leur première année de séjour en Suisse devraient quitter le pays dans les trois mois. Le projet du Conseil fédéral en comptait six.
Le Conseil des Etats, en novembre 2016, souhaitait aussi sauvegarder les bilatérales. Il a néanmoins proposé que les employeurs doivent non seulement communiquer les postes vacants, convoquer des chômeurs et chômeuses indigènes aux entretiens d'embauche et communiquer les raisons d'un éventuel refus. Par contre, le délai pour les personnes au chômage devant quitter le pays doit, selon les représentants des cantons, rester fixé à six mois.
La chambre basse a accepté en décembre 2016 ces deux modifications et souhaité qu'il soit écrit dans la loi que les éventuelles mesures correctives du Conseil fédéral doivent respecter les traités internationaux. Le Conseil des Etats a rejeté cette dernière demande quelques jours avant le vote final, qui a eu lieu le 16 décembre de la même année.
Au National, le projet a été accepté par 98 voix contre 67. L'ensemble du camp UDC a refusé en bloc, tandis que 33 parlementaires des rangs du PDC, du PLR et du PBD se sont abstenus. Aux Etats, même répartition partisane: 24 voix pour, 5 contre (groupe UDC) et 13 abstentions (PDC, PLR, PBD).
L'Union démocratique du centre avait tout au long du débat en chambre montré son désaccord avec la direction prise par le Parlement. Selon elle, le projet de mise en œuvre est un signe de mépris envers la volonté du peuple. Les députés et députées agrariennes se sont livrées à un coup d'éclat le jour du vote. Ils ont brandis des pancartes sur lesquelles ont pouvait lire "L'immigration de masse continue" et "Violation de la Constitution". L'union agrarienne a cependant annoncé qu'elle renonçait à un référendum. Le PDC s'est également distingué durant le débat, se retrouvant minoritaire avec l'UDC lors du vote de nombreux points, notamment sur la préférence nationale et la possibilité pour le Conseil fédéral de décider de mesures sans en référer au Parlement si les effets visés par la nouvelle loi ne sont pas atteints.
Dans l'opinion publique également des réactions se sont faites sentir. Si le résultat de la votation du 9 février 2014 avait été un choc pour une partie de la population, le long feuilleton de la discussion de sa mise en œuvre a également tenu la population en haleine, comme en témoignent les nombreux articles dédiés au sujet. Le feuilleton se poursuivra d'ailleurs avec l'initiative RASA, qui vise à biffer l'article constitutionnel sur l'immigration de masse.