Im Jahr 2017 wurde die Übergabe des Programms «Jugend und Sport» vom BASPO an Swiss Olympic in die Wege geleitet. Dieser Änderung, welche die Nachwuchsförderung fortan zur Sache des Privatsports machte, stimmte der Bundesrat im November 2017 zu. Damit wurde Swiss Olympic mit der Koordination des gesamten Leistungssports aller Altersstufen betraut, wodurch eine klarere Aufgabentrennung zwischen BASPO und Swiss Olympic beabsichtigt wurde. Die Übergabe hatte keine finanziellen Konsequenzen, weil der Bund weiterhin seinen Anteil an Mitteln zur Verfügung stellen würde, bedeutete hingegen weniger Aufwand für das BASPO.
Diese Kompetenzenverlagerung ging auf den Wunsch von Swiss Olympic zurück, das sich im Zuge der Konkretisierung des Leistungssportkonzeptes des Bundes um die Übernahme der Koordination der nationalen Nachwuchsförderung bemüht hatte. Hinzu kam auch eine deutlichere Abgrenzung der J+S-Angebote, indem nur noch jene Jugendorganisationen in den Genuss von Subventionen kommen sollten, welche die Voraussetzungen des Kinder- und Jugendförderungsgesetzes erfüllten. Religiös geprägte Organisationen fielen damit aus dem Raster, womit der Bundesrat mehreren Entscheiden des Bundesverwaltungsgerichts nachkam. Die Streichung dieser Gelder löste bei den Betroffenen Unverständnis aus. Als Reaktion wurde eine Petition lanciert mit dem Ziel, den Entscheid rückgängig zu machen. Andi Bachmann-Roth, Jugendbeauftragter der Schweizerischen Evangelischen Allianz, stritt gegenüber der NZZ zwar nicht ab, dass die Verbände die Lagerteilnehmenden zur Konversion einladen würden, es sei jedoch auch ihr gutes Recht «in einem freien Land», dies zu tun. Schliesslich gehe es den Verantwortlichen um eine ganzheitliche Förderung der Jugendlichen. Auch in Politikerkreisen stiess der Beschluss auf Kritik. So kritisierte SP-Nationalrat Nussbaumer (sp, BL), der selber Mitglied einer Freikirche ist, die Streichung der Subventionen ebenfalls als unangemessen. Er zeigte sich einverstanden damit, dass der Staat fundamentalistische Organisationen nicht unterstützen könne, «einfach alle Freikirchen in einen Topf [zu] werfen», sei indes falsch. Ob er oder andere christliche Politikerinnen oder Politiker dazu einen Vorstoss einreichen wollten, wurde vorerst aber offen gelassen.

Zur Umsetzung der beabsichtigten Neuerungen waren drei Verordnungen einer Teilrevision unterzogen worden: Die Entwürfe der neuen Sportförderungsverordnung, der Verordnung des VBS über die Sportförderungsprogramme und -projekte sowie der Verordnung des BASPO über «Jugend und Sport» wurden zwischen März und Juni 2017 einer Vernehmlassung unterzogen. Dort stiessen die Reformen kaum auf Widerstand. Vor allem die betroffenen Sportverbände zeigten sich zufrieden mit den Änderungen, auch weil sich eine Unterscheidung von Spitzen- und Breitensport erübrige. Mit dem positiven Widerhall wurden die Verordnungen vom Bundesrat auf Jahresbeginn 2018 in Kraft gesetzt.

Im Februar 2018 revidierte das BASPO den Entscheid, dass stark glaubensbasierte Jungscharen keine Sportfördergelder mehr erhalten sollen. Unter bestimmten Voraussetzungen können sie gleichwohl J+S-Gelder beantragen. Notwendig dafür sind aber vorbestimmte Statutenrevisionen oder überhaupt eine Neuorganisation als Verein im Sinne des ZGB. Unter anderem wurde eine juristische Trennung der Jungscharen von ihren Mutterkirchen gefordert. Dieses Kriterium war nicht allen Organisationen genehm; so sprachen sich zum Beispiel der Bund Evangelischer Schweizer Jungscharen (BESJ) oder die Jungschar der Evangelisch-Methodistischen Kirche (JEMK) gemäss der Zeitung «Bund» gegen eine solche Trennung aus. Dieselben Organisationen lehnten entsprechend auch einen Beitritt zu dem neu gebildeten Dachverband AF+ ab. AF+ vereinigt diverse Jugendorganisationen mit christlichem Hintergrund und ermöglicht, dass diese weiterhin J+S Zuwendungen erhalten können, indem das BASPO mit ebendiesem Verband einen J+S-Partnerschaftsvertrag einging. Die J+S-Kaderausbildung soll fortan durch diesen Verband ausgeübt werden. AF+ musste sich dafür in seinen Statuten an den Zielen von J+S orientieren und die Grundsätze der Charta des Schweizer Sports und der Charta Christlicher Kinder- und Jugendarbeit akzeptieren. Diese Kriterien gelten auch für Organisationen, die AF+ nicht beigetreten sind, jedoch weiterhin an J+S teilhaben wollen.