Das zu revidierende Bundesgesetz über die Wehrpflichtersatzabgabe gelangte in der Wintersession ins Parlament, wo sich die grosse Kammer als Erstrat zur Vorlage zu äussern hatte. SiK-Sprecher Flach (glp, AG) stellte die Vorlage in den Grundzügen dem Plenum vor und konnte das in der Kommission unbestrittene Eintreten auf das Geschäft beantragen, er merkte hingegen bereits an, dass es in der Detailberatung mehrere Minderheitsanträge zu behandeln gebe, darunter einen zur Berechnungsart der Ersatzabgabe. Der französischsprechende Berichterstatter Sommaruga (sp, GE) fügte in seinem Votum zudem an, dass dieser einstimmige Antrag von elf Enthaltungen begleitet war, ganz unanim wurde er also nicht gefasst. Für die SP-Fraktion sprach in der Folge die Zürcher Abgeordnete Seiler Graf (sp, ZH), die später auch einige der Minderheitsanträge zu verteidigen hatte. Insgesamt drei Anträge waren von der SP vorgebracht worden. Erstens empfand die Partei das Abgabesystem als sozial nicht gerecht (vgl unten), zweitens stellte sie einen Antrag zum Sicherungsmechanismus (vgl. unten) und drittens störten sich die Genossen an der Abschluss-Ersatzabgabe, die sie ebenfalls nicht als gerecht empfanden. Zwar erfüllten zahlreiche Armeeangehörige die Dienstpflicht nicht, dies aber aus Unverschulden, beispielsweise wegen längeren Auslandaufenthalten oder Krankheitsfällen. Die angedachte Abschluss-Ersatzabgabe habe einen strafenden Charakter, was den Sozialdemokratinnen und Sozialdemokraten missfiel. Zudem brauche es mit der WEA-Armee schlicht nicht mehr jede und jeden und wenn man nicht aufgeboten werde, solle man nicht bestraft werden, wenn «gesetzliche Denkfehler» begangen worden seien. Dahingehend werde die SP den Minderheitsantrag Mazzone (gp, GE) auf Fallenlassen der Ersatzabgabe unterstützen. Letztere kam sogleich auf diesen zu sprechen und kritisierte vor allem die Ursache von verbleibenden Restdiensttagen im Falle von Versäumnissen beim Aufgebot durch die Militärverwaltung.
Eintreten war dann unbestritten und so war es die Abschluss-Ersatzabgabe, die als Erstes en détail angegangen wurde. Lisa Mazzone (gp, GE) und sechs weitere SiK-Mitglieder aus der linken Ratshälfte wollten diese gänzlich aus der Vorlage streichen. Ein Argument war dabei ein systemisches, da offenbar nicht alle Dienstpflichtigen aufgeboten würden. Daher sei der Armeebestand weiter zu dezimieren, anstatt diejenigen zur Kasse zu bitten, die noch Restdiensttage zu leisten hätten. Bundesrat Maurer entgegnete daraufhin, dass der Bundesrat diese Massnahme vorsehen wollte, weil beobachtet werden könne, dass Dienstpflichtige öfter ihre Einsätze verschieben wollten – dies in der Hoffnung, dass ihnen am Ende einige Tage geschenkt würden. Dies sei ungerecht und deswegen soll die Abschluss-Ersatzabgabe eingeführt werden. Ebenso sah das die Kommissionsmehrheit, die mit 17 zu 7 Stimmen überwog. Dass die Armee vergesse, AdA aufzubieten, könne sich die Kommissionsmehrheit nicht vorstellen, so Flach (glp, AG). Mit 128 zu 58 Stimmen unterlag der Antrag Mazzone (gp, GE) im Plenum deutlich, wobei die Blöcke spielten: Links ja, rechts-bürgerlich nein.
Es gab jedoch einen Punkt, der für mehr Gesprächsbedarf sorgen sollte: die Schriftensperre, bzw. das in der Vernehmlassungsvorlage noch vorgesehene Prinzip, dass die Behörden Pässe und Identitätskarten von Personen, die die Abschluss-Ersatzabgabe noch schuldeten, einziehen können. Lapidar gab der Bundesrat in der Übersicht über die Vernehmlassung bekannt, dass er im Gesetzesentwurf doch davon absehen wolle, da er diesen Schritt inzwischen gar als völkerrechtswidrig betrachte. Sowohl Seiler Graf (sp, ZH) als auch Balthasar Glättli (gp, ZH) äusserten im Nationalrat ihr Erstaunen über diese Massnahme. Eine derartige Praxis werde nur in totalitären Staaten vollzogen und es sei befremdlich, dass dies in der Schweiz schon nur angedacht werde, so Glättli. Damit setzte er auch einen Nadelstich gegen die SVP, die ebendiese Handhabe mit ihrem Minderheitsantrag Salzmann (svp, BE) noch einmal in die Arena brachte. Das Plenum wollte aber nichts davon wissen und schickte den Antrag mit 126 zu 56 Stimmen bachab. In der gleichen Sache, dem Sicherungsmechanismus, wurde von der SP-Fraktion hingegen vorgeschlagen, dass man sich am Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer orientiere. Dort ist vorgesehen, dass bei Verdacht auf Nichtbezahlung der Steuern «die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer auch vor der rechtskräftigen Feststellung des Steuerbetrages jederzeit Sicherstellung verlangen» kann. Dies wäre sofort vollstreckbar und hätte «im Betreibungsverfahren die gleichen Wirkungen wie ein vollstreckbares Gerichtsurteil» (vgl. Art. 169 DBG). Dies wurde aber vom Plenum ebenso, mit 126 zu 56 Stimmen, verworfen.
Damit gab es noch zwei Minderheitsanliegen zu klären. Ein Minderheitsantrag Seiler Graf (sp, ZH) wollte die Berechnung des Abgabesystems geändert wissen. Die SP stellte sich eine progressive Zunahme vor, da dies die untersten Einkommen entlaste. Zudem seien die Anreize für Gutverdienende zu gross, sich einfach vom Dienst «freizukaufen». Der Vorschlag blieb aber ebenfalls chancenlos. Auch bezüglich der Mobilität von Stellungspflichtigen und den Modalitäten zur Ankündigung und dem Bezug der Ersatzabgabe bei Auslandaufenthalten unterlag ein weiterer, linksgrüner Minderheitsantrag, so dass die Bundesratsvorlage letztlich unverändert verblieb. Zum Schluss wurde die Vorlage mit 167 Stimmen einstimmig, jedoch mit 17 Enthaltungen aus der SP- und Grünen-Fraktion, dem Ständerat überwiesen. Die bürgerlichen Parteien setzten sich schliesslich deutlich durch und auch die SVP konnte, trotz abgewiesenem Antrag Salzmann (svp, BE) – offensichtlich gut – mit der verabschiedeten Fassung leben.